# TARGET T0467 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 86 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.072 0.012 0.017 0.044 0.281 0.574 2 D 0.133 0.034 0.031 0.042 0.323 0.436 3 L 0.205 0.025 0.088 0.045 0.369 0.267 4 N 0.256 0.018 0.090 0.045 0.362 0.230 5 R 0.345 0.018 0.049 0.024 0.340 0.224 6 M 0.309 0.035 0.028 0.016 0.333 0.279 7 G 0.214 0.019 0.017 0.007 0.402 0.341 8 K 0.230 0.008 0.018 0.005 0.436 0.303 9 D 0.419 0.016 0.015 0.004 0.284 0.263 10 E 0.618 0.013 0.009 0.002 0.178 0.180 11 Y 0.740 0.004 0.005 0.002 0.127 0.122 12 Y 0.832 0.003 0.003 0.002 0.069 0.091 13 V 0.930 0.003 0.001 0.002 0.030 0.034 14 Q 0.949 0.001 0.001 0.002 0.024 0.024 15 I 0.925 0.002 0.001 0.001 0.035 0.036 16 T 0.842 0.008 0.002 0.002 0.088 0.058 17 V 0.549 0.006 0.006 0.004 0.266 0.168 18 D 0.487 0.007 0.005 0.003 0.279 0.218 19 G 0.686 0.011 0.003 0.003 0.132 0.165 20 K 0.832 0.004 0.002 0.003 0.040 0.118 21 E 0.935 0.006 0.001 0.003 0.011 0.045 22 V 0.933 0.003 0.001 0.003 0.020 0.041 23 H 0.877 0.006 0.002 0.003 0.030 0.083 24 S 0.611 0.012 0.003 0.004 0.104 0.265 25 K 0.320 0.016 0.007 0.004 0.309 0.343 26 A 0.145 0.016 0.016 0.005 0.503 0.315 27 D 0.115 0.021 0.024 0.004 0.648 0.188 28 N 0.126 0.011 0.029 0.003 0.660 0.172 29 G 0.193 0.011 0.021 0.002 0.497 0.277 30 Q 0.407 0.013 0.015 0.001 0.329 0.235 31 K 0.537 0.005 0.007 0.001 0.192 0.258 32 Y 0.801 0.008 0.003 0.001 0.073 0.116 33 K 0.893 0.006 0.001 0.001 0.041 0.059 34 D 0.912 0.001 0.001 0.001 0.026 0.061 35 Y 0.941 0.002 0.001 0.001 0.014 0.043 36 E 0.958 0.001 0.001 0.001 0.011 0.030 37 Y 0.968 0.002 0.001 0.001 0.007 0.022 38 K 0.956 0.002 0.001 0.001 0.011 0.031 39 L 0.897 0.007 0.002 0.001 0.025 0.068 40 T 0.817 0.004 0.002 0.001 0.048 0.127 41 G 0.775 0.006 0.006 0.001 0.068 0.144 42 F 0.826 0.098 0.001 0.001 0.024 0.050 43 D 0.431 0.046 0.004 0.002 0.501 0.016 44 K 0.038 0.001 0.007 0.003 0.946 0.005 45 D 0.008 0.001 0.002 0.001 0.986 0.003 46 G 0.014 0.003 0.001 0.001 0.972 0.010 47 K 0.389 0.017 0.001 0.001 0.142 0.450 48 E 0.879 0.033 0.001 0.001 0.020 0.068 49 K 0.942 0.002 0.001 0.001 0.016 0.041 50 E 0.962 0.005 0.001 0.001 0.009 0.024 51 L 0.962 0.002 0.001 0.001 0.008 0.028 52 E 0.974 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 53 F 0.958 0.004 0.001 0.001 0.010 0.028 54 T 0.760 0.008 0.002 0.002 0.097 0.131 55 A 0.229 0.018 0.006 0.006 0.363 0.378 56 Q 0.053 0.007 0.009 0.005 0.526 0.399 57 K 0.043 0.015 0.032 0.028 0.637 0.244 58 N 0.084 0.023 0.043 0.051 0.400 0.399 59 L 0.142 0.044 0.080 0.083 0.407 0.245 60 R 0.123 0.020 0.023 0.026 0.651 0.157 61 K 0.120 0.037 0.046 0.045 0.640 0.112 62 E 0.131 0.005 0.026 0.014 0.687 0.137 63 A 0.583 0.005 0.010 0.008 0.287 0.107 64 F 0.865 0.019 0.003 0.006 0.035 0.073 65 L 0.952 0.005 0.001 0.003 0.010 0.027 66 R 0.977 0.002 0.002 0.002 0.007 0.011 67 V 0.976 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 68 Y 0.971 0.002 0.002 0.001 0.015 0.010 69 H 0.949 0.002 0.002 0.001 0.028 0.018 70 S 0.573 0.005 0.011 0.003 0.355 0.053 71 D 0.138 0.006 0.056 0.007 0.714 0.079 72 K 0.295 0.009 0.038 0.006 0.567 0.085 73 K 0.429 0.026 0.034 0.010 0.409 0.092 74 G 0.546 0.008 0.007 0.003 0.183 0.253 75 V 0.850 0.023 0.002 0.002 0.055 0.067 76 S 0.856 0.015 0.001 0.001 0.029 0.098 77 A 0.801 0.007 0.002 0.008 0.059 0.124 78 W 0.176 0.003 0.455 0.134 0.150 0.082 79 E 0.165 0.007 0.494 0.091 0.150 0.094 80 E 0.130 0.009 0.556 0.067 0.152 0.086 81 V 0.139 0.019 0.043 0.033 0.187 0.580 82 K 0.169 0.045 0.053 0.042 0.360 0.331 83 K 0.031 0.002 0.515 0.083 0.314 0.055 84 D 0.029 0.002 0.445 0.088 0.384 0.052 85 E 0.030 0.013 0.290 0.087 0.437 0.143 86 L 0.071 0.022 0.008 0.037 0.206 0.656 87 P 0.014 0.007 0.007 0.131 0.212 0.629 88 A 0.001 0.001 0.014 0.936 0.030 0.020 89 K 0.001 0.001 0.009 0.951 0.032 0.007 90 V 0.001 0.001 0.009 0.961 0.025 0.003 91 K 0.002 0.001 0.013 0.951 0.025 0.009 92 E 0.003 0.001 0.046 0.885 0.054 0.013 93 K 0.004 0.001 0.049 0.825 0.080 0.042 94 L 0.014 0.003 0.035 0.570 0.141 0.237 95 G 0.038 0.013 0.015 0.105 0.194 0.635 96 V 0.104 0.018 0.006 0.033 0.096 0.742 97 K 0.024 0.010 0.004 0.020 0.132 0.810