# TARGET T0467 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 86 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.001 0.002 0.007 0.003 0.982 2 D 0.145 0.069 0.009 0.021 0.012 0.037 0.707 3 L 0.237 0.024 0.038 0.046 0.145 0.120 0.390 4 N 0.324 0.031 0.051 0.047 0.130 0.120 0.298 5 R 0.296 0.029 0.057 0.048 0.131 0.108 0.331 6 M 0.225 0.021 0.053 0.036 0.179 0.237 0.249 7 G 0.125 0.018 0.051 0.021 0.181 0.438 0.167 8 K 0.097 0.007 0.037 0.010 0.304 0.363 0.182 9 D 0.244 0.027 0.020 0.009 0.242 0.125 0.334 10 E 0.436 0.054 0.017 0.007 0.141 0.066 0.279 11 Y 0.508 0.020 0.012 0.003 0.126 0.026 0.305 12 Y 0.675 0.010 0.010 0.002 0.056 0.020 0.227 13 V 0.878 0.006 0.005 0.002 0.022 0.008 0.078 14 Q 0.943 0.007 0.002 0.001 0.008 0.002 0.038 15 I 0.915 0.013 0.001 0.001 0.007 0.003 0.061 16 T 0.769 0.008 0.004 0.001 0.030 0.022 0.166 17 V 0.390 0.010 0.019 0.002 0.196 0.269 0.116 18 D 0.279 0.007 0.018 0.001 0.255 0.268 0.172 19 G 0.658 0.004 0.004 0.001 0.123 0.032 0.179 20 K 0.901 0.005 0.001 0.001 0.015 0.003 0.075 21 E 0.957 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.032 22 V 0.953 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.038 23 H 0.907 0.009 0.001 0.001 0.010 0.002 0.070 24 S 0.678 0.013 0.002 0.002 0.037 0.010 0.257 25 K 0.370 0.013 0.014 0.005 0.146 0.129 0.322 26 A 0.145 0.014 0.031 0.010 0.236 0.352 0.213 27 D 0.073 0.010 0.042 0.011 0.295 0.352 0.217 28 N 0.064 0.009 0.038 0.011 0.346 0.310 0.223 29 G 0.114 0.019 0.039 0.010 0.305 0.250 0.262 30 Q 0.232 0.034 0.027 0.008 0.243 0.088 0.368 31 K 0.368 0.023 0.021 0.007 0.162 0.106 0.313 32 Y 0.438 0.026 0.029 0.006 0.141 0.085 0.275 33 K 0.602 0.020 0.022 0.004 0.099 0.030 0.225 34 D 0.755 0.008 0.008 0.002 0.039 0.013 0.175 35 Y 0.908 0.005 0.003 0.001 0.017 0.004 0.062 36 E 0.954 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.035 37 Y 0.953 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.037 38 K 0.966 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.026 39 L 0.898 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.089 40 T 0.911 0.005 0.001 0.001 0.013 0.001 0.069 41 G 0.877 0.002 0.001 0.001 0.021 0.003 0.096 42 F 0.856 0.034 0.001 0.001 0.032 0.005 0.070 43 D 0.321 0.018 0.004 0.001 0.019 0.013 0.625 44 K 0.029 0.002 0.015 0.001 0.110 0.773 0.070 45 D 0.010 0.001 0.008 0.002 0.126 0.840 0.014 46 G 0.061 0.002 0.003 0.001 0.657 0.126 0.151 47 K 0.248 0.011 0.001 0.001 0.063 0.008 0.670 48 E 0.892 0.019 0.001 0.001 0.006 0.001 0.083 49 K 0.954 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.036 50 E 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 51 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 52 E 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 53 F 0.959 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.035 54 T 0.724 0.007 0.002 0.001 0.036 0.014 0.216 55 A 0.276 0.021 0.016 0.007 0.202 0.144 0.335 56 Q 0.073 0.020 0.039 0.009 0.342 0.179 0.338 57 K 0.052 0.010 0.053 0.016 0.438 0.172 0.259 58 N 0.085 0.029 0.057 0.035 0.216 0.183 0.395 59 L 0.071 0.028 0.036 0.030 0.159 0.083 0.593 60 R 0.052 0.018 0.040 0.019 0.133 0.058 0.680 61 K 0.025 0.010 0.125 0.038 0.194 0.496 0.111 62 E 0.066 0.004 0.099 0.012 0.151 0.536 0.131 63 A 0.394 0.012 0.021 0.007 0.091 0.022 0.453 64 F 0.894 0.009 0.002 0.002 0.015 0.003 0.075 65 L 0.960 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.029 66 R 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 67 V 0.968 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 68 Y 0.949 0.003 0.001 0.002 0.005 0.002 0.039 69 H 0.820 0.006 0.004 0.004 0.020 0.017 0.129 70 S 0.194 0.005 0.020 0.007 0.159 0.492 0.122 71 D 0.043 0.004 0.023 0.004 0.206 0.662 0.058 72 K 0.088 0.013 0.038 0.005 0.270 0.265 0.321 73 K 0.173 0.012 0.017 0.005 0.303 0.246 0.245 74 G 0.346 0.013 0.014 0.004 0.172 0.203 0.249 75 V 0.697 0.024 0.004 0.002 0.045 0.019 0.210 76 S 0.774 0.027 0.003 0.002 0.032 0.005 0.158 77 A 0.718 0.015 0.005 0.005 0.022 0.005 0.228 78 W 0.537 0.008 0.077 0.063 0.050 0.043 0.222 79 E 0.577 0.009 0.065 0.076 0.074 0.034 0.165 80 E 0.656 0.019 0.046 0.056 0.045 0.019 0.158 81 V 0.426 0.034 0.021 0.046 0.121 0.021 0.333 82 K 0.153 0.012 0.020 0.035 0.080 0.025 0.675 83 K 0.009 0.003 0.507 0.275 0.040 0.106 0.059 84 D 0.006 0.001 0.431 0.293 0.057 0.176 0.037 85 E 0.004 0.008 0.504 0.241 0.044 0.146 0.053 86 L 0.011 0.041 0.039 0.287 0.267 0.045 0.310 87 P 0.005 0.006 0.016 0.410 0.058 0.065 0.441 88 A 0.001 0.001 0.022 0.912 0.012 0.042 0.012 89 K 0.001 0.001 0.015 0.940 0.005 0.033 0.006 90 V 0.001 0.001 0.014 0.961 0.005 0.013 0.007 91 K 0.001 0.001 0.031 0.936 0.006 0.017 0.009 92 E 0.003 0.001 0.040 0.874 0.008 0.065 0.011 93 K 0.002 0.002 0.048 0.758 0.007 0.173 0.010 94 L 0.012 0.007 0.026 0.509 0.068 0.310 0.069 95 G 0.032 0.008 0.030 0.272 0.067 0.372 0.219 96 V 0.029 0.018 0.010 0.092 0.016 0.055 0.779 97 K 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.993