# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.8115 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.024 0.080 0.092 0.107 0.007 0.048 0.047 0.002 0.001 0.004 0.004 0.008 0.009 0.077 0.042 0.098 0.058 0.105 0.160 0.005 2 D 0.030 0.033 0.059 0.067 0.180 0.012 0.055 0.070 0.004 0.001 0.005 0.005 0.010 0.011 0.052 0.041 0.074 0.058 0.093 0.136 0.004 3 L 0.030 0.035 0.061 0.079 0.147 0.009 0.059 0.067 0.006 0.002 0.010 0.008 0.020 0.020 0.064 0.051 0.163 0.032 0.075 0.056 0.005 4 N 0.042 0.048 0.106 0.067 0.112 0.015 0.115 0.099 0.005 0.002 0.007 0.007 0.017 0.015 0.094 0.020 0.066 0.038 0.054 0.065 0.006 5 R 0.045 0.045 0.085 0.086 0.162 0.011 0.096 0.053 0.007 0.003 0.010 0.008 0.016 0.015 0.038 0.025 0.105 0.050 0.071 0.064 0.005 6 M 0.023 0.027 0.076 0.069 0.155 0.006 0.114 0.029 0.003 0.002 0.005 0.006 0.013 0.011 0.051 0.030 0.172 0.038 0.059 0.105 0.004 7 G 0.023 0.027 0.097 0.071 0.101 0.003 0.111 0.016 0.002 0.002 0.003 0.003 0.006 0.005 0.045 0.020 0.096 0.086 0.121 0.161 0.002 8 K 0.018 0.019 0.072 0.055 0.208 0.002 0.062 0.013 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.003 0.023 0.031 0.239 0.042 0.065 0.130 0.003 9 D 0.023 0.035 0.159 0.110 0.134 0.003 0.161 0.017 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.003 0.042 0.011 0.102 0.047 0.045 0.093 0.002 10 E 0.040 0.057 0.073 0.077 0.320 0.002 0.142 0.010 0.001 0.001 0.005 0.007 0.012 0.004 0.023 0.016 0.075 0.041 0.038 0.051 0.003 11 Y 0.080 0.098 0.222 0.191 0.154 0.001 0.047 0.007 0.001 0.001 0.004 0.005 0.010 0.004 0.039 0.012 0.017 0.018 0.023 0.062 0.006 12 Y 0.122 0.225 0.060 0.084 0.404 0.001 0.014 0.005 0.001 0.001 0.004 0.004 0.011 0.002 0.013 0.010 0.009 0.009 0.007 0.010 0.008 13 V 0.226 0.329 0.092 0.133 0.146 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.004 0.004 0.013 0.002 0.019 0.004 0.002 0.002 0.002 0.002 0.009 14 Q 0.176 0.269 0.096 0.184 0.207 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.004 0.012 0.002 0.014 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.011 15 I 0.173 0.290 0.047 0.109 0.322 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.012 0.001 0.008 0.005 0.001 0.003 0.003 0.002 0.011 16 T 0.190 0.234 0.100 0.236 0.180 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.001 0.015 0.003 0.001 0.006 0.005 0.005 0.005 17 V 0.142 0.132 0.101 0.229 0.339 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.003 0.006 0.003 0.004 0.014 0.001 18 D 0.064 0.115 0.141 0.331 0.195 0.001 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 0.003 0.010 0.012 0.006 0.032 0.001 19 G 0.073 0.142 0.083 0.099 0.377 0.001 0.082 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.015 0.010 0.015 0.061 0.009 0.021 0.003 20 K 0.095 0.122 0.336 0.144 0.237 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.019 0.004 0.002 0.011 0.004 0.007 0.003 21 E 0.094 0.134 0.050 0.073 0.620 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 22 V 0.171 0.172 0.078 0.318 0.205 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.001 0.025 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 23 H 0.168 0.175 0.057 0.234 0.311 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.001 0.014 0.003 0.002 0.004 0.003 0.006 0.002 24 S 0.166 0.151 0.095 0.169 0.310 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.024 0.005 0.007 0.015 0.011 0.022 0.002 25 K 0.062 0.065 0.129 0.165 0.332 0.001 0.017 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.032 0.008 0.046 0.035 0.029 0.061 0.001 26 A 0.036 0.033 0.127 0.151 0.263 0.002 0.053 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 0.006 0.116 0.055 0.042 0.072 0.001 27 D 0.023 0.018 0.155 0.110 0.219 0.002 0.120 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 0.003 0.116 0.064 0.043 0.093 0.001 28 N 0.015 0.012 0.108 0.114 0.173 0.001 0.144 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.126 0.063 0.056 0.170 0.001 29 G 0.021 0.020 0.078 0.044 0.366 0.001 0.096 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.003 0.074 0.147 0.039 0.092 0.001 30 Q 0.024 0.022 0.279 0.128 0.204 0.001 0.033 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.004 0.057 0.022 0.053 0.150 0.001 31 K 0.021 0.034 0.088 0.108 0.517 0.001 0.037 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.014 0.005 0.051 0.026 0.030 0.053 0.002 32 Y 0.070 0.080 0.225 0.190 0.227 0.001 0.042 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.001 0.026 0.005 0.020 0.016 0.030 0.046 0.003 33 K 0.041 0.054 0.173 0.336 0.249 0.001 0.021 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.018 0.008 0.023 0.009 0.014 0.037 0.004 34 D 0.090 0.178 0.073 0.088 0.407 0.001 0.064 0.002 0.001 0.001 0.005 0.007 0.015 0.002 0.016 0.008 0.013 0.010 0.004 0.008 0.007 35 Y 0.203 0.239 0.183 0.182 0.109 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.012 0.002 0.019 0.007 0.001 0.007 0.004 0.003 0.008 36 E 0.209 0.244 0.042 0.055 0.401 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.011 0.002 0.011 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 37 Y 0.241 0.315 0.111 0.165 0.080 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.021 0.006 0.028 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.007 38 K 0.196 0.242 0.032 0.057 0.387 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.021 0.004 0.019 0.009 0.001 0.002 0.002 0.003 0.008 39 L 0.335 0.370 0.071 0.127 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 40 T 0.185 0.174 0.017 0.041 0.539 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.001 0.010 0.005 0.004 0.002 0.001 0.002 0.003 41 G 0.095 0.135 0.268 0.355 0.058 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.039 0.003 0.002 0.006 0.006 0.011 0.002 42 F 0.025 0.048 0.020 0.016 0.846 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.003 0.004 0.006 0.005 0.010 0.002 43 D 0.141 0.086 0.144 0.337 0.121 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.002 0.007 0.030 0.044 0.049 0.003 44 K 0.016 0.009 0.143 0.242 0.416 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.143 0.001 0.002 0.010 0.001 45 D 0.002 0.010 0.021 0.056 0.010 0.001 0.875 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.006 0.002 0.010 0.001 46 G 0.040 0.025 0.058 0.012 0.222 0.001 0.144 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.429 0.013 0.040 0.001 47 K 0.020 0.026 0.579 0.167 0.163 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.005 0.005 0.024 0.001 48 E 0.020 0.050 0.007 0.008 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 49 K 0.025 0.024 0.168 0.736 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 E 0.105 0.229 0.004 0.041 0.583 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.010 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 51 L 0.404 0.253 0.134 0.121 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.012 0.004 0.023 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 52 E 0.191 0.275 0.023 0.039 0.418 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.017 0.004 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 53 F 0.271 0.332 0.072 0.074 0.122 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.022 0.008 0.067 0.006 0.001 0.002 0.003 0.003 0.006 54 T 0.147 0.127 0.054 0.134 0.302 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.009 0.011 0.033 0.018 0.088 0.021 0.008 0.011 0.011 0.015 0.004 55 A 0.061 0.057 0.117 0.190 0.210 0.001 0.014 0.005 0.001 0.001 0.004 0.004 0.011 0.009 0.131 0.024 0.053 0.016 0.023 0.065 0.001 56 Q 0.052 0.054 0.043 0.046 0.266 0.004 0.133 0.016 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.003 0.067 0.014 0.067 0.077 0.056 0.089 0.001 57 K 0.017 0.012 0.075 0.071 0.091 0.011 0.090 0.060 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.053 0.010 0.256 0.085 0.053 0.103 0.001 58 N 0.012 0.013 0.051 0.039 0.167 0.017 0.209 0.127 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.023 0.008 0.144 0.076 0.050 0.052 0.001 59 L 0.014 0.014 0.070 0.071 0.113 0.011 0.073 0.138 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.036 0.011 0.073 0.061 0.141 0.164 0.001 60 R 0.010 0.009 0.036 0.051 0.103 0.006 0.033 0.193 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.008 0.141 0.043 0.108 0.229 0.001 61 K 0.004 0.006 0.024 0.055 0.044 0.006 0.073 0.163 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.006 0.529 0.012 0.023 0.037 0.001 62 E 0.022 0.029 0.024 0.025 0.054 0.013 0.280 0.400 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.003 0.034 0.041 0.028 0.023 0.001 63 A 0.030 0.032 0.051 0.077 0.093 0.010 0.072 0.411 0.003 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.018 0.007 0.087 0.026 0.030 0.037 0.002 64 F 0.050 0.099 0.058 0.122 0.171 0.005 0.086 0.212 0.005 0.004 0.004 0.003 0.010 0.008 0.019 0.022 0.047 0.026 0.024 0.021 0.006 65 L 0.177 0.292 0.050 0.071 0.109 0.004 0.042 0.121 0.003 0.002 0.006 0.005 0.014 0.006 0.026 0.009 0.019 0.009 0.014 0.011 0.011 66 R 0.223 0.264 0.067 0.170 0.106 0.002 0.010 0.058 0.003 0.002 0.006 0.004 0.017 0.007 0.016 0.007 0.005 0.005 0.004 0.004 0.021 67 V 0.168 0.304 0.036 0.094 0.232 0.002 0.014 0.022 0.003 0.003 0.010 0.008 0.022 0.014 0.015 0.020 0.008 0.005 0.004 0.002 0.015 68 Y 0.137 0.247 0.137 0.173 0.098 0.001 0.012 0.012 0.003 0.002 0.008 0.009 0.033 0.014 0.052 0.010 0.003 0.008 0.006 0.005 0.028 69 H 0.214 0.179 0.045 0.081 0.319 0.001 0.005 0.006 0.003 0.001 0.006 0.007 0.018 0.009 0.013 0.018 0.007 0.022 0.016 0.022 0.008 70 S 0.109 0.091 0.146 0.152 0.214 0.001 0.015 0.004 0.002 0.002 0.004 0.003 0.012 0.008 0.080 0.009 0.054 0.029 0.024 0.040 0.002 71 D 0.030 0.048 0.089 0.093 0.223 0.001 0.179 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.007 0.002 0.052 0.011 0.117 0.032 0.026 0.077 0.001 72 K 0.014 0.017 0.130 0.090 0.101 0.001 0.185 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.043 0.012 0.117 0.108 0.050 0.121 0.001 73 K 0.024 0.018 0.076 0.039 0.330 0.002 0.170 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.019 0.009 0.122 0.070 0.021 0.085 0.001 74 G 0.044 0.042 0.206 0.096 0.272 0.004 0.054 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.029 0.008 0.022 0.086 0.055 0.063 0.001 75 V 0.031 0.039 0.070 0.073 0.486 0.002 0.017 0.009 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.001 0.035 0.013 0.036 0.047 0.076 0.046 0.003 76 S 0.027 0.026 0.334 0.186 0.093 0.002 0.013 0.008 0.001 0.001 0.004 0.004 0.011 0.002 0.085 0.005 0.021 0.012 0.033 0.131 0.002 77 A 0.010 0.014 0.023 0.058 0.285 0.001 0.038 0.014 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.011 0.025 0.041 0.020 0.087 0.361 0.002 78 W 0.007 0.013 0.043 0.069 0.076 0.001 0.049 0.050 0.001 0.001 0.003 0.002 0.009 0.002 0.051 0.014 0.531 0.026 0.018 0.033 0.001 79 E 0.020 0.025 0.207 0.074 0.074 0.011 0.219 0.215 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.002 0.030 0.008 0.045 0.024 0.013 0.020 0.001 80 E 0.036 0.032 0.044 0.040 0.204 0.019 0.201 0.221 0.002 0.001 0.003 0.003 0.005 0.003 0.018 0.006 0.038 0.068 0.037 0.019 0.001 81 V 0.018 0.017 0.119 0.106 0.130 0.014 0.044 0.233 0.003 0.001 0.003 0.002 0.008 0.003 0.043 0.013 0.062 0.043 0.039 0.099 0.001 82 K 0.010 0.013 0.022 0.039 0.105 0.006 0.037 0.198 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.009 0.116 0.060 0.166 0.186 0.001 83 K 0.002 0.002 0.013 0.023 0.036 0.005 0.057 0.144 0.010 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.005 0.611 0.010 0.023 0.038 0.001 84 D 0.001 0.001 0.007 0.006 0.004 0.022 0.663 0.106 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.054 0.051 0.018 0.059 0.001 85 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.467 0.074 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.163 0.198 0.043 0.033 0.001 86 L 0.001 0.001 0.042 0.016 0.007 0.002 0.018 0.194 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.016 0.132 0.108 0.146 0.305 0.001 87 P 0.001 0.001 0.006 0.004 0.028 0.001 0.005 0.299 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.190 0.025 0.164 0.263 0.001 88 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.358 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.619 0.001 0.002 0.005 0.001 89 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 90 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.002 0.002 0.001 0.001 91 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.950 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.066 0.880 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.002 0.004 0.001 0.001 93 K 0.001 0.001 0.005 0.011 0.007 0.023 0.381 0.151 0.172 0.127 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.080 0.024 0.006 0.006 0.001 94 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.009 0.580 0.030 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.066 0.039 0.060 0.178 0.001 95 G 0.001 0.001 0.016 0.017 0.009 0.003 0.032 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.020 0.044 0.547 0.147 0.143 0.001 96 V 0.001 0.003 0.017 0.006 0.147 0.004 0.019 0.013 0.009 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.010 0.259 0.064 0.079 0.147 0.206 0.002 97 K 0.001 0.001 0.174 0.046 0.011 0.002 0.010 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.378 0.008 0.048 0.013 0.127 0.154 0.001