# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.8115 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.018 0.589 0.013 0.012 0.020 0.006 0.002 0.032 0.098 0.039 0.090 0.066 2 D 0.015 0.011 0.640 0.011 0.015 0.028 0.008 0.001 0.039 0.062 0.057 0.038 0.074 3 L 0.030 0.016 0.180 0.014 0.140 0.160 0.008 0.007 0.034 0.079 0.096 0.038 0.199 4 N 0.038 0.023 0.177 0.040 0.099 0.117 0.009 0.008 0.043 0.076 0.087 0.222 0.060 5 R 0.045 0.022 0.208 0.008 0.079 0.100 0.010 0.006 0.043 0.060 0.103 0.048 0.267 6 M 0.040 0.035 0.328 0.019 0.040 0.057 0.008 0.004 0.025 0.090 0.140 0.113 0.099 7 G 0.016 0.019 0.438 0.014 0.026 0.031 0.002 0.001 0.013 0.136 0.187 0.058 0.059 8 K 0.009 0.011 0.301 0.015 0.033 0.027 0.001 0.001 0.005 0.256 0.248 0.024 0.070 9 D 0.012 0.013 0.302 0.014 0.033 0.023 0.001 0.001 0.006 0.265 0.175 0.103 0.052 10 E 0.044 0.020 0.273 0.014 0.044 0.013 0.004 0.001 0.012 0.146 0.068 0.032 0.329 11 Y 0.073 0.014 0.213 0.050 0.013 0.006 0.008 0.001 0.015 0.100 0.033 0.403 0.069 12 Y 0.139 0.006 0.143 0.017 0.009 0.004 0.019 0.002 0.026 0.022 0.022 0.060 0.531 13 V 0.299 0.006 0.070 0.032 0.003 0.003 0.024 0.002 0.019 0.014 0.007 0.351 0.170 14 Q 0.337 0.006 0.028 0.018 0.002 0.002 0.014 0.002 0.014 0.008 0.003 0.177 0.390 15 I 0.259 0.006 0.029 0.007 0.002 0.002 0.013 0.003 0.013 0.007 0.004 0.319 0.336 16 T 0.199 0.014 0.071 0.023 0.008 0.004 0.012 0.003 0.022 0.019 0.020 0.113 0.492 17 V 0.109 0.006 0.141 0.061 0.009 0.004 0.008 0.001 0.011 0.081 0.081 0.321 0.166 18 D 0.045 0.003 0.103 0.062 0.008 0.003 0.007 0.001 0.009 0.092 0.505 0.071 0.092 19 G 0.093 0.008 0.156 0.042 0.008 0.004 0.009 0.001 0.011 0.136 0.321 0.075 0.137 20 K 0.161 0.014 0.139 0.025 0.004 0.003 0.008 0.001 0.009 0.055 0.012 0.413 0.156 21 E 0.249 0.009 0.022 0.005 0.002 0.001 0.010 0.001 0.006 0.006 0.002 0.119 0.567 22 V 0.332 0.005 0.018 0.018 0.002 0.002 0.020 0.002 0.009 0.003 0.002 0.343 0.244 23 H 0.319 0.004 0.022 0.023 0.002 0.002 0.010 0.001 0.005 0.004 0.002 0.212 0.393 24 S 0.181 0.012 0.128 0.018 0.006 0.007 0.007 0.001 0.010 0.025 0.013 0.258 0.335 25 K 0.043 0.021 0.256 0.011 0.025 0.017 0.002 0.001 0.009 0.084 0.083 0.135 0.311 26 A 0.013 0.017 0.254 0.009 0.068 0.028 0.001 0.001 0.005 0.132 0.331 0.049 0.093 27 D 0.004 0.011 0.224 0.007 0.058 0.018 0.001 0.001 0.002 0.176 0.451 0.022 0.026 28 N 0.004 0.007 0.092 0.010 0.029 0.015 0.001 0.001 0.001 0.150 0.656 0.017 0.018 29 G 0.010 0.024 0.205 0.007 0.021 0.020 0.001 0.001 0.002 0.196 0.415 0.039 0.058 30 Q 0.024 0.049 0.406 0.007 0.013 0.014 0.001 0.001 0.004 0.132 0.045 0.138 0.169 31 K 0.046 0.051 0.264 0.014 0.019 0.013 0.002 0.001 0.007 0.091 0.062 0.120 0.310 32 Y 0.050 0.019 0.336 0.038 0.019 0.010 0.004 0.001 0.013 0.084 0.062 0.120 0.245 33 K 0.075 0.009 0.256 0.100 0.011 0.006 0.009 0.001 0.012 0.089 0.090 0.200 0.143 34 D 0.141 0.009 0.125 0.035 0.009 0.003 0.011 0.001 0.022 0.051 0.034 0.103 0.454 35 Y 0.234 0.005 0.123 0.022 0.003 0.002 0.016 0.001 0.020 0.027 0.007 0.358 0.182 36 E 0.448 0.004 0.022 0.021 0.002 0.001 0.024 0.004 0.013 0.008 0.002 0.157 0.295 37 Y 0.439 0.002 0.009 0.006 0.001 0.001 0.045 0.005 0.009 0.002 0.001 0.296 0.183 38 K 0.552 0.003 0.010 0.027 0.001 0.001 0.038 0.004 0.009 0.002 0.001 0.072 0.280 39 L 0.263 0.002 0.029 0.031 0.003 0.002 0.007 0.001 0.006 0.005 0.002 0.519 0.131 40 T 0.154 0.002 0.059 0.024 0.011 0.005 0.009 0.001 0.020 0.015 0.023 0.103 0.575 41 G 0.194 0.010 0.044 0.014 0.020 0.006 0.008 0.001 0.015 0.033 0.046 0.393 0.216 42 F 0.120 0.121 0.092 0.018 0.017 0.006 0.003 0.001 0.010 0.061 0.027 0.195 0.330 43 D 0.015 0.026 0.374 0.002 0.011 0.003 0.001 0.001 0.003 0.090 0.018 0.228 0.230 44 K 0.003 0.004 0.021 0.030 0.050 0.018 0.001 0.001 0.001 0.026 0.778 0.010 0.061 45 D 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.961 0.006 0.001 46 G 0.005 0.010 0.215 0.009 0.023 0.004 0.001 0.001 0.002 0.197 0.475 0.011 0.048 47 K 0.008 0.032 0.391 0.007 0.004 0.004 0.001 0.001 0.004 0.090 0.033 0.357 0.069 48 E 0.036 0.033 0.025 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.003 0.006 0.002 0.008 0.875 49 K 0.024 0.002 0.031 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.001 0.832 0.016 50 E 0.116 0.001 0.026 0.006 0.002 0.001 0.006 0.001 0.004 0.004 0.001 0.022 0.812 51 L 0.229 0.002 0.035 0.011 0.001 0.001 0.028 0.001 0.011 0.007 0.001 0.602 0.074 52 E 0.386 0.004 0.022 0.014 0.001 0.001 0.042 0.003 0.013 0.004 0.001 0.117 0.393 53 F 0.235 0.005 0.046 0.005 0.001 0.001 0.019 0.003 0.013 0.008 0.001 0.350 0.313 54 T 0.038 0.011 0.421 0.014 0.006 0.004 0.019 0.002 0.059 0.024 0.014 0.118 0.270 55 A 0.026 0.012 0.206 0.026 0.091 0.043 0.005 0.002 0.033 0.077 0.119 0.116 0.245 56 Q 0.015 0.015 0.279 0.022 0.145 0.042 0.002 0.001 0.015 0.129 0.172 0.068 0.096 57 K 0.011 0.015 0.205 0.013 0.179 0.084 0.001 0.001 0.006 0.189 0.130 0.103 0.064 58 N 0.016 0.037 0.255 0.004 0.100 0.107 0.002 0.001 0.009 0.081 0.220 0.048 0.121 59 L 0.020 0.065 0.308 0.008 0.063 0.118 0.002 0.001 0.006 0.104 0.111 0.085 0.109 60 R 0.015 0.022 0.406 0.011 0.052 0.100 0.001 0.001 0.006 0.099 0.085 0.093 0.109 61 K 0.012 0.008 0.117 0.022 0.106 0.142 0.001 0.001 0.005 0.098 0.334 0.038 0.117 62 E 0.018 0.006 0.191 0.059 0.058 0.063 0.002 0.001 0.010 0.136 0.357 0.045 0.054 63 A 0.137 0.006 0.195 0.056 0.037 0.025 0.011 0.002 0.020 0.122 0.093 0.160 0.137 64 F 0.381 0.006 0.047 0.028 0.009 0.005 0.040 0.009 0.048 0.023 0.017 0.064 0.322 65 L 0.716 0.002 0.008 0.030 0.001 0.001 0.052 0.013 0.013 0.003 0.001 0.109 0.053 66 R 0.692 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 0.063 0.018 0.012 0.001 0.001 0.126 0.066 67 V 0.624 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.074 0.018 0.016 0.001 0.001 0.052 0.208 68 Y 0.625 0.003 0.008 0.026 0.001 0.001 0.031 0.010 0.022 0.002 0.001 0.163 0.106 69 H 0.237 0.008 0.079 0.013 0.003 0.003 0.015 0.004 0.029 0.022 0.014 0.232 0.342 70 S 0.027 0.020 0.222 0.024 0.011 0.006 0.005 0.002 0.025 0.176 0.231 0.072 0.180 71 D 0.003 0.008 0.145 0.026 0.033 0.008 0.001 0.001 0.005 0.221 0.497 0.027 0.025 72 K 0.003 0.009 0.082 0.017 0.117 0.020 0.001 0.001 0.002 0.152 0.546 0.024 0.026 73 K 0.007 0.015 0.089 0.015 0.076 0.011 0.001 0.001 0.003 0.163 0.579 0.014 0.026 74 G 0.019 0.025 0.258 0.016 0.020 0.010 0.005 0.001 0.013 0.236 0.239 0.112 0.047 75 V 0.027 0.050 0.486 0.004 0.004 0.009 0.006 0.001 0.018 0.056 0.014 0.046 0.280 76 S 0.036 0.083 0.304 0.015 0.003 0.010 0.006 0.001 0.013 0.069 0.005 0.292 0.164 77 A 0.025 0.016 0.406 0.023 0.025 0.063 0.005 0.001 0.016 0.029 0.016 0.102 0.274 78 W 0.009 0.003 0.058 0.010 0.237 0.527 0.001 0.001 0.004 0.014 0.022 0.013 0.101 79 E 0.006 0.002 0.020 0.020 0.362 0.504 0.001 0.001 0.007 0.014 0.020 0.032 0.011 80 E 0.019 0.006 0.044 0.002 0.220 0.494 0.003 0.001 0.025 0.011 0.045 0.030 0.099 81 V 0.023 0.035 0.101 0.004 0.039 0.506 0.007 0.005 0.030 0.033 0.046 0.060 0.113 82 K 0.005 0.022 0.423 0.006 0.026 0.314 0.001 0.001 0.016 0.055 0.034 0.073 0.025 83 K 0.001 0.003 0.061 0.001 0.151 0.628 0.001 0.001 0.001 0.014 0.125 0.001 0.015 84 D 0.001 0.001 0.029 0.002 0.143 0.476 0.001 0.001 0.001 0.030 0.314 0.004 0.001 85 E 0.001 0.008 0.139 0.001 0.141 0.254 0.001 0.001 0.002 0.147 0.299 0.002 0.006 86 L 0.001 0.007 0.546 0.001 0.008 0.087 0.001 0.001 0.001 0.308 0.037 0.004 0.001 87 P 0.001 0.003 0.464 0.001 0.018 0.409 0.001 0.001 0.001 0.088 0.015 0.001 0.002 88 A 0.001 0.001 0.009 0.001 0.045 0.937 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 89 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 90 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 92 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 93 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 94 L 0.001 0.001 0.028 0.001 0.016 0.665 0.001 0.001 0.002 0.029 0.256 0.002 0.001 95 G 0.001 0.001 0.115 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 0.003 0.080 0.770 0.002 0.002 96 V 0.001 0.014 0.902 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.006 0.055 0.007 0.003 0.007 97 K 0.001 0.008 0.904 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 0.049 0.002 0.013 0.004