# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.8115 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.078 0.029 0.227 0.407 0.007 0.050 0.031 0.023 0.010 0.007 0.019 0.018 0.051 0.002 0.025 0.016 2 D 0.012 0.060 0.082 0.081 0.036 0.573 0.014 0.015 0.011 0.010 0.018 0.023 0.042 0.006 0.002 0.015 3 L 0.027 0.048 0.015 0.127 0.025 0.027 0.010 0.026 0.005 0.003 0.627 0.018 0.020 0.009 0.007 0.004 4 N 0.010 0.114 0.072 0.128 0.008 0.039 0.005 0.042 0.028 0.008 0.016 0.446 0.036 0.003 0.035 0.010 5 R 0.043 0.026 0.118 0.144 0.093 0.051 0.111 0.010 0.027 0.014 0.063 0.017 0.121 0.032 0.008 0.122 6 M 0.100 0.074 0.272 0.122 0.044 0.035 0.075 0.088 0.007 0.004 0.031 0.022 0.048 0.011 0.041 0.026 7 G 0.012 0.038 0.112 0.064 0.056 0.354 0.047 0.061 0.034 0.056 0.034 0.028 0.042 0.012 0.023 0.028 8 K 0.068 0.169 0.059 0.109 0.013 0.071 0.006 0.082 0.050 0.019 0.196 0.041 0.038 0.003 0.027 0.049 9 D 0.108 0.136 0.090 0.157 0.005 0.073 0.009 0.007 0.078 0.015 0.053 0.179 0.034 0.003 0.006 0.047 10 E 0.112 0.170 0.407 0.157 0.003 0.031 0.011 0.005 0.004 0.001 0.024 0.023 0.026 0.002 0.006 0.017 11 Y 0.021 0.146 0.347 0.384 0.001 0.047 0.005 0.004 0.004 0.001 0.004 0.008 0.011 0.001 0.004 0.013 12 Y 0.017 0.044 0.241 0.653 0.001 0.019 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.008 13 V 0.009 0.010 0.140 0.831 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 Q 0.001 0.006 0.069 0.915 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 I 0.001 0.008 0.018 0.899 0.011 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 T 0.001 0.048 0.006 0.274 0.131 0.505 0.002 0.012 0.001 0.001 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 17 V 0.002 0.109 0.005 0.159 0.390 0.047 0.040 0.049 0.003 0.004 0.167 0.012 0.001 0.012 0.001 0.001 18 D 0.005 0.141 0.013 0.089 0.003 0.095 0.003 0.449 0.035 0.007 0.009 0.047 0.003 0.001 0.098 0.003 19 G 0.020 0.048 0.046 0.069 0.001 0.013 0.002 0.002 0.427 0.056 0.038 0.007 0.008 0.001 0.005 0.256 20 K 0.746 0.019 0.089 0.113 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 0.003 0.001 0.001 0.003 21 E 0.009 0.011 0.668 0.228 0.003 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.002 22 V 0.003 0.029 0.051 0.831 0.009 0.061 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 23 H 0.002 0.047 0.018 0.762 0.013 0.121 0.002 0.009 0.002 0.001 0.008 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 24 S 0.005 0.090 0.028 0.614 0.016 0.139 0.004 0.020 0.010 0.003 0.032 0.015 0.018 0.001 0.002 0.004 25 K 0.009 0.078 0.046 0.355 0.042 0.204 0.015 0.020 0.016 0.007 0.115 0.040 0.035 0.007 0.003 0.009 26 A 0.020 0.135 0.047 0.099 0.093 0.140 0.037 0.041 0.012 0.005 0.169 0.098 0.063 0.014 0.015 0.012 27 D 0.006 0.030 0.023 0.024 0.234 0.036 0.190 0.041 0.006 0.007 0.084 0.049 0.035 0.211 0.016 0.007 28 N 0.010 0.032 0.023 0.018 0.005 0.013 0.009 0.352 0.017 0.006 0.028 0.025 0.028 0.006 0.414 0.015 29 G 0.027 0.017 0.032 0.021 0.005 0.014 0.013 0.008 0.370 0.099 0.018 0.029 0.045 0.007 0.015 0.282 30 Q 0.726 0.016 0.083 0.036 0.002 0.012 0.006 0.007 0.006 0.002 0.020 0.023 0.036 0.002 0.008 0.014 31 K 0.043 0.122 0.391 0.104 0.012 0.131 0.020 0.016 0.015 0.006 0.019 0.033 0.049 0.005 0.006 0.029 32 Y 0.043 0.069 0.175 0.318 0.041 0.146 0.029 0.018 0.012 0.005 0.048 0.021 0.047 0.007 0.010 0.012 33 K 0.030 0.191 0.099 0.364 0.007 0.083 0.010 0.048 0.014 0.007 0.040 0.050 0.028 0.002 0.010 0.016 34 D 0.031 0.202 0.124 0.524 0.003 0.013 0.009 0.003 0.032 0.003 0.005 0.007 0.006 0.001 0.002 0.035 35 Y 0.046 0.012 0.296 0.590 0.001 0.031 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 36 E 0.007 0.073 0.261 0.646 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 37 Y 0.004 0.002 0.014 0.966 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 K 0.001 0.030 0.035 0.912 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 L 0.001 0.003 0.003 0.726 0.110 0.143 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 T 0.001 0.108 0.013 0.643 0.014 0.074 0.001 0.096 0.003 0.001 0.020 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 41 G 0.002 0.069 0.005 0.761 0.007 0.053 0.002 0.004 0.042 0.013 0.016 0.010 0.005 0.001 0.001 0.010 42 F 0.043 0.099 0.179 0.569 0.007 0.016 0.005 0.010 0.005 0.003 0.014 0.025 0.013 0.001 0.003 0.008 43 D 0.001 0.003 0.005 0.005 0.019 0.942 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 44 K 0.001 0.005 0.001 0.001 0.089 0.001 0.016 0.002 0.001 0.001 0.820 0.001 0.001 0.062 0.001 0.001 45 D 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.190 0.003 0.001 0.001 0.078 0.001 0.001 0.704 0.001 46 G 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.187 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.777 47 K 0.977 0.001 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 48 E 0.029 0.070 0.768 0.075 0.001 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 49 K 0.002 0.197 0.053 0.736 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 E 0.002 0.003 0.051 0.940 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.001 0.002 0.091 0.875 0.014 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 E 0.001 0.016 0.003 0.973 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 F 0.001 0.005 0.003 0.765 0.041 0.169 0.001 0.007 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 T 0.002 0.174 0.012 0.430 0.057 0.234 0.002 0.038 0.006 0.002 0.027 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 55 A 0.004 0.054 0.004 0.305 0.025 0.221 0.002 0.048 0.019 0.017 0.252 0.038 0.007 0.001 0.002 0.001 56 Q 0.010 0.215 0.037 0.139 0.046 0.062 0.012 0.016 0.036 0.014 0.067 0.312 0.019 0.005 0.002 0.009 57 K 0.059 0.037 0.070 0.240 0.006 0.083 0.012 0.059 0.013 0.007 0.139 0.095 0.138 0.002 0.029 0.012 58 N 0.020 0.139 0.200 0.136 0.021 0.060 0.029 0.008 0.035 0.009 0.043 0.092 0.106 0.013 0.004 0.084 59 L 0.117 0.039 0.083 0.282 0.012 0.057 0.016 0.023 0.007 0.003 0.071 0.060 0.196 0.002 0.015 0.015 60 R 0.005 0.033 0.069 0.037 0.166 0.285 0.082 0.011 0.005 0.009 0.027 0.061 0.097 0.100 0.002 0.013 61 K 0.020 0.042 0.017 0.058 0.006 0.027 0.003 0.235 0.005 0.002 0.307 0.033 0.069 0.003 0.168 0.004 62 E 0.007 0.140 0.059 0.100 0.002 0.014 0.006 0.003 0.213 0.025 0.008 0.126 0.041 0.005 0.005 0.247 63 A 0.509 0.031 0.195 0.170 0.001 0.010 0.004 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 0.034 0.001 0.007 0.028 64 F 0.007 0.067 0.761 0.141 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 65 L 0.007 0.021 0.113 0.854 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 R 0.001 0.003 0.118 0.874 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.015 0.964 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 Y 0.001 0.022 0.004 0.884 0.039 0.045 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 H 0.001 0.051 0.002 0.358 0.332 0.213 0.004 0.021 0.002 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 S 0.003 0.102 0.006 0.113 0.104 0.168 0.005 0.378 0.011 0.007 0.081 0.011 0.002 0.001 0.007 0.001 71 D 0.007 0.179 0.008 0.051 0.035 0.082 0.008 0.067 0.220 0.089 0.147 0.065 0.004 0.002 0.007 0.029 72 K 0.158 0.084 0.059 0.051 0.113 0.029 0.099 0.029 0.040 0.033 0.076 0.098 0.009 0.084 0.019 0.020 73 K 0.048 0.091 0.281 0.052 0.001 0.014 0.003 0.171 0.024 0.003 0.009 0.017 0.008 0.001 0.261 0.018 74 G 0.037 0.022 0.327 0.151 0.001 0.006 0.004 0.001 0.071 0.017 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.356 75 V 0.464 0.003 0.132 0.105 0.005 0.270 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 76 S 0.001 0.838 0.040 0.093 0.001 0.015 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 A 0.009 0.018 0.006 0.585 0.001 0.317 0.001 0.001 0.007 0.003 0.008 0.038 0.004 0.001 0.001 0.002 78 W 0.020 0.068 0.377 0.138 0.014 0.092 0.003 0.004 0.001 0.001 0.216 0.040 0.021 0.001 0.002 0.002 79 E 0.004 0.081 0.022 0.676 0.002 0.025 0.001 0.009 0.003 0.001 0.025 0.134 0.013 0.001 0.002 0.002 80 E 0.011 0.063 0.162 0.620 0.002 0.038 0.006 0.001 0.006 0.001 0.003 0.010 0.037 0.001 0.001 0.040 81 V 0.013 0.026 0.336 0.507 0.004 0.046 0.006 0.003 0.001 0.001 0.009 0.003 0.040 0.001 0.001 0.005 82 K 0.001 0.008 0.004 0.019 0.003 0.940 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.007 0.013 0.001 0.001 0.001 83 K 0.001 0.005 0.001 0.003 0.002 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.006 0.016 0.001 0.001 0.001 84 D 0.001 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.925 0.024 0.001 0.003 0.001 85 E 0.004 0.013 0.028 0.011 0.001 0.006 0.005 0.001 0.003 0.001 0.004 0.023 0.688 0.001 0.002 0.212 86 L 0.008 0.001 0.238 0.005 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.720 0.001 0.001 0.004 87 P 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.291 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.673 0.001 0.001 0.001 88 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.692 0.014 0.289 0.001 0.001 0.001 89 K 0.001 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.296 0.686 0.001 0.001 0.006 90 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 91 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.005 0.001 0.001 92 E 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.002 0.004 0.004 93 K 0.001 0.003 0.008 0.003 0.003 0.002 0.070 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.144 0.682 0.006 0.071 94 L 0.017 0.002 0.074 0.005 0.001 0.002 0.017 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.088 0.004 0.773 0.008 95 G 0.009 0.027 0.147 0.038 0.007 0.014 0.030 0.003 0.019 0.026 0.005 0.005 0.088 0.022 0.007 0.553 96 V 0.595 0.015 0.047 0.152 0.015 0.028 0.023 0.015 0.003 0.002 0.018 0.008 0.046 0.019 0.009 0.008 97 K 0.006 0.115 0.297 0.149 0.032 0.167 0.028 0.044 0.011 0.006 0.035 0.020 0.051 0.008 0.017 0.014