# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.8115 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.023 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.055 0.155 0.627 2 D 0.163 0.063 0.005 0.001 0.003 0.005 0.006 0.003 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.094 0.107 0.423 3 L 0.051 0.031 0.009 0.002 0.012 0.017 0.012 0.005 0.003 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.063 0.080 0.112 0.591 4 N 0.053 0.020 0.014 0.002 0.039 0.015 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.160 0.044 0.095 0.532 5 R 0.204 0.018 0.014 0.002 0.035 0.010 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.086 0.056 0.069 0.484 6 M 0.211 0.012 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.050 0.091 0.576 7 G 0.099 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.062 0.083 0.691 8 K 0.081 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.065 0.089 0.653 9 D 0.022 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.034 0.015 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.171 0.064 0.110 0.520 10 E 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.020 0.019 0.004 0.009 0.004 0.002 0.003 0.211 0.048 0.095 0.534 11 Y 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.011 0.024 0.007 0.045 0.035 0.019 0.009 0.489 0.073 0.054 0.202 12 Y 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.002 0.007 0.004 0.048 0.056 0.057 0.023 0.305 0.137 0.041 0.294 13 V 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.006 0.020 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.028 0.011 0.709 0.058 0.019 0.108 14 Q 0.012 0.005 0.004 0.002 0.041 0.056 0.044 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.007 0.476 0.058 0.027 0.234 15 I 0.007 0.004 0.014 0.001 0.101 0.017 0.010 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.564 0.058 0.031 0.179 16 T 0.160 0.005 0.003 0.001 0.009 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.280 0.055 0.051 0.428 17 V 0.178 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.039 0.067 0.590 18 D 0.035 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.033 0.075 0.696 19 G 0.015 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.030 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.213 0.051 0.074 0.576 20 K 0.014 0.005 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.004 0.170 0.119 0.059 0.005 0.007 0.002 0.001 0.003 0.211 0.088 0.048 0.252 21 E 0.013 0.007 0.004 0.002 0.005 0.005 0.010 0.007 0.015 0.018 0.024 0.003 0.031 0.012 0.007 0.007 0.281 0.072 0.083 0.396 22 V 0.042 0.009 0.004 0.002 0.012 0.012 0.015 0.015 0.002 0.002 0.006 0.003 0.069 0.056 0.029 0.009 0.208 0.042 0.077 0.386 23 H 0.045 0.010 0.006 0.004 0.038 0.075 0.084 0.034 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.014 0.025 0.012 0.119 0.059 0.076 0.389 24 S 0.070 0.010 0.007 0.003 0.080 0.070 0.036 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.095 0.076 0.086 0.439 25 K 0.106 0.012 0.017 0.002 0.087 0.018 0.007 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.070 0.082 0.532 26 A 0.312 0.005 0.003 0.001 0.009 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.026 0.062 0.548 27 D 0.211 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.029 0.051 0.679 28 N 0.073 0.006 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.009 0.007 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 0.031 0.078 0.755 29 G 0.062 0.007 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.029 0.032 0.010 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.027 0.044 0.077 0.689 30 Q 0.040 0.006 0.004 0.001 0.006 0.002 0.001 0.003 0.047 0.091 0.056 0.008 0.018 0.007 0.004 0.003 0.037 0.073 0.086 0.509 31 K 0.085 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.012 0.004 0.028 0.012 0.006 0.004 0.074 0.047 0.106 0.592 32 Y 0.076 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.008 0.006 0.047 0.045 0.021 0.006 0.053 0.067 0.099 0.550 33 K 0.024 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.005 0.011 0.017 0.024 0.009 0.296 0.065 0.099 0.430 34 D 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.003 0.004 0.005 0.008 0.007 0.323 0.078 0.067 0.474 35 Y 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.764 0.053 0.030 0.127 36 E 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.007 0.004 0.006 0.006 0.572 0.090 0.040 0.256 37 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.872 0.022 0.019 0.071 38 K 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.644 0.050 0.039 0.231 39 L 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.794 0.039 0.036 0.110 40 T 0.031 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.351 0.053 0.091 0.425 41 G 0.002 0.002 0.001 0.001 0.072 0.724 0.081 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.017 0.011 0.036 42 F 0.005 0.010 0.053 0.004 0.259 0.017 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.080 0.087 0.354 43 D 0.856 0.003 0.004 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.023 0.012 0.076 44 K 0.422 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.051 0.505 45 D 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.059 0.909 46 G 0.036 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.014 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.054 0.105 0.653 47 K 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.419 0.041 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.043 0.041 0.219 48 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.025 0.053 0.004 0.032 0.005 0.001 0.002 0.104 0.036 0.073 0.618 49 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.004 0.150 0.186 0.036 0.005 0.436 0.050 0.023 0.093 50 E 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.038 0.087 0.188 0.034 0.245 0.086 0.032 0.277 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.004 0.895 0.015 0.012 0.054 52 E 0.006 0.003 0.001 0.001 0.007 0.007 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.638 0.064 0.021 0.228 53 F 0.004 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.740 0.027 0.046 0.169 54 T 0.105 0.044 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.243 0.115 0.067 0.413 55 A 0.145 0.098 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.076 0.116 0.467 56 Q 0.191 0.168 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.072 0.067 0.450 57 K 0.128 0.168 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.046 0.084 0.469 58 N 0.054 0.105 0.010 0.001 0.004 0.003 0.001 0.002 0.010 0.008 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.072 0.114 0.083 0.521 59 L 0.104 0.102 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.066 0.069 0.096 0.537 60 R 0.377 0.149 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.027 0.102 0.049 0.281 61 K 0.117 0.173 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.122 0.097 0.453 62 E 0.018 0.064 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.176 0.104 0.126 0.505 63 A 0.011 0.053 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.533 0.077 0.067 0.243 64 F 0.007 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.518 0.098 0.052 0.273 65 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.870 0.033 0.010 0.071 66 R 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.003 0.788 0.066 0.010 0.089 67 V 0.001 0.002 0.005 0.001 0.051 0.044 0.050 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.649 0.048 0.018 0.114 68 Y 0.005 0.002 0.007 0.003 0.119 0.081 0.124 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.532 0.026 0.012 0.074 69 H 0.158 0.003 0.009 0.002 0.303 0.109 0.019 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.039 0.029 0.190 70 S 0.107 0.002 0.006 0.001 0.033 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.070 0.063 0.661 71 D 0.294 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.018 0.040 0.618 72 K 0.081 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.028 0.047 0.777 73 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.033 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.020 0.073 0.718 74 G 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.198 0.202 0.093 0.006 0.019 0.004 0.001 0.002 0.092 0.028 0.041 0.303 75 V 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.037 0.059 0.091 0.007 0.138 0.042 0.016 0.008 0.120 0.026 0.071 0.370 76 S 0.013 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.007 0.004 0.139 0.145 0.074 0.021 0.191 0.032 0.057 0.288 77 A 0.073 0.214 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.026 0.079 0.081 0.020 0.134 0.108 0.045 0.204 78 W 0.093 0.297 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.008 0.143 0.098 0.065 0.277 79 E 0.059 0.275 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.315 0.066 0.045 0.223 80 E 0.028 0.135 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.268 0.035 0.071 0.446 81 V 0.124 0.141 0.034 0.001 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.241 0.075 0.067 0.299 82 K 0.309 0.201 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.099 0.045 0.251 83 K 0.296 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.061 0.047 0.508 84 D 0.021 0.052 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.050 0.095 0.682 85 E 0.009 0.118 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.011 0.089 0.736 86 L 0.047 0.370 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.052 0.092 0.401 87 P 0.015 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.019 88 A 0.011 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.006 0.026 89 K 0.015 0.917 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 0.005 0.028 90 V 0.186 0.778 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.005 0.014 91 K 0.085 0.136 0.101 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.271 0.067 0.305 92 E 0.771 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.016 0.014 0.163 93 K 0.035 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.024 0.110 0.799 94 L 0.017 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.044 0.144 0.732 95 G 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.010 0.125 0.823 96 V 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.009 0.149 0.790 97 K 0.112 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.032 0.144 0.615