# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.8115 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.035 0.003 0.045 0.066 0.088 0.165 0.003 0.001 0.050 0.529 2 D 0.144 0.180 0.003 0.048 0.040 0.090 0.081 0.014 0.001 0.075 0.324 3 L 0.094 0.071 0.006 0.032 0.038 0.060 0.107 0.015 0.004 0.078 0.495 4 N 0.094 0.066 0.008 0.042 0.068 0.113 0.097 0.006 0.002 0.075 0.428 5 R 0.129 0.037 0.006 0.054 0.050 0.109 0.075 0.007 0.002 0.071 0.461 6 M 0.077 0.013 0.006 0.034 0.045 0.059 0.148 0.003 0.002 0.066 0.548 7 G 0.078 0.013 0.007 0.026 0.059 0.089 0.115 0.004 0.002 0.046 0.563 8 K 0.146 0.014 0.002 0.012 0.033 0.047 0.102 0.004 0.001 0.032 0.608 9 D 0.046 0.013 0.002 0.018 0.069 0.091 0.130 0.002 0.001 0.036 0.593 10 E 0.011 0.008 0.001 0.017 0.075 0.130 0.097 0.001 0.001 0.040 0.618 11 Y 0.013 0.007 0.001 0.055 0.271 0.328 0.059 0.001 0.001 0.033 0.233 12 Y 0.006 0.002 0.001 0.033 0.206 0.356 0.055 0.001 0.001 0.049 0.291 13 V 0.002 0.001 0.001 0.022 0.329 0.459 0.033 0.001 0.001 0.013 0.142 14 Q 0.003 0.001 0.001 0.032 0.275 0.465 0.026 0.001 0.001 0.018 0.179 15 I 0.005 0.001 0.001 0.029 0.296 0.334 0.049 0.001 0.001 0.025 0.259 16 T 0.119 0.003 0.002 0.043 0.205 0.185 0.052 0.002 0.001 0.049 0.340 17 V 0.076 0.004 0.001 0.028 0.085 0.078 0.072 0.001 0.001 0.021 0.634 18 D 0.011 0.003 0.001 0.014 0.061 0.073 0.074 0.001 0.001 0.016 0.748 19 G 0.014 0.004 0.001 0.020 0.155 0.143 0.072 0.001 0.001 0.022 0.567 20 K 0.010 0.003 0.001 0.022 0.265 0.249 0.060 0.001 0.001 0.053 0.336 21 E 0.007 0.003 0.001 0.027 0.245 0.319 0.050 0.001 0.001 0.042 0.305 22 V 0.014 0.005 0.001 0.021 0.225 0.302 0.043 0.001 0.001 0.030 0.358 23 H 0.018 0.003 0.001 0.017 0.198 0.280 0.053 0.001 0.001 0.033 0.397 24 S 0.027 0.003 0.002 0.028 0.158 0.196 0.067 0.001 0.001 0.071 0.447 25 K 0.081 0.005 0.004 0.034 0.092 0.095 0.078 0.003 0.001 0.050 0.557 26 A 0.160 0.005 0.002 0.013 0.052 0.046 0.078 0.003 0.001 0.030 0.610 27 D 0.207 0.007 0.002 0.010 0.027 0.029 0.063 0.003 0.001 0.028 0.623 28 N 0.032 0.006 0.001 0.010 0.026 0.033 0.078 0.001 0.001 0.019 0.794 29 G 0.047 0.006 0.002 0.008 0.049 0.046 0.076 0.001 0.001 0.028 0.736 30 Q 0.029 0.004 0.001 0.011 0.182 0.155 0.097 0.001 0.001 0.038 0.483 31 K 0.029 0.010 0.001 0.016 0.094 0.168 0.080 0.001 0.001 0.035 0.566 32 Y 0.033 0.006 0.001 0.014 0.115 0.182 0.090 0.001 0.001 0.034 0.523 33 K 0.009 0.006 0.001 0.031 0.203 0.336 0.067 0.001 0.001 0.026 0.320 34 D 0.011 0.007 0.001 0.030 0.146 0.339 0.057 0.001 0.001 0.036 0.372 35 Y 0.010 0.006 0.001 0.074 0.339 0.327 0.045 0.001 0.001 0.019 0.180 36 E 0.007 0.002 0.001 0.073 0.205 0.383 0.048 0.001 0.001 0.057 0.222 37 Y 0.001 0.001 0.001 0.114 0.372 0.380 0.026 0.001 0.001 0.024 0.082 38 K 0.026 0.007 0.002 0.099 0.286 0.260 0.037 0.002 0.001 0.026 0.256 39 L 0.009 0.002 0.001 0.024 0.393 0.300 0.049 0.001 0.001 0.021 0.202 40 T 0.021 0.008 0.001 0.034 0.116 0.287 0.054 0.001 0.001 0.027 0.450 41 G 0.002 0.001 0.001 0.010 0.191 0.456 0.070 0.001 0.001 0.019 0.250 42 F 0.005 0.001 0.001 0.013 0.139 0.312 0.068 0.001 0.001 0.022 0.439 43 D 0.803 0.001 0.001 0.003 0.027 0.012 0.011 0.001 0.001 0.015 0.125 44 K 0.230 0.001 0.001 0.003 0.011 0.008 0.046 0.002 0.001 0.029 0.669 45 D 0.012 0.001 0.001 0.003 0.013 0.012 0.042 0.001 0.001 0.013 0.902 46 G 0.039 0.001 0.002 0.004 0.074 0.041 0.048 0.001 0.001 0.031 0.759 47 K 0.005 0.001 0.001 0.008 0.343 0.243 0.075 0.001 0.001 0.031 0.293 48 E 0.007 0.001 0.001 0.008 0.084 0.154 0.049 0.001 0.001 0.044 0.653 49 K 0.001 0.001 0.001 0.016 0.455 0.365 0.029 0.001 0.001 0.010 0.124 50 E 0.001 0.001 0.001 0.042 0.170 0.484 0.034 0.001 0.001 0.026 0.242 51 L 0.001 0.001 0.001 0.030 0.527 0.310 0.024 0.001 0.001 0.006 0.102 52 E 0.004 0.005 0.001 0.281 0.189 0.261 0.026 0.001 0.001 0.033 0.202 53 F 0.005 0.005 0.001 0.140 0.198 0.175 0.069 0.001 0.001 0.046 0.361 54 T 0.037 0.017 0.002 0.211 0.099 0.124 0.072 0.003 0.001 0.113 0.322 55 A 0.048 0.091 0.002 0.091 0.053 0.053 0.084 0.006 0.001 0.044 0.527 56 Q 0.101 0.206 0.002 0.010 0.012 0.016 0.059 0.009 0.001 0.050 0.536 57 K 0.082 0.371 0.005 0.006 0.020 0.023 0.054 0.006 0.001 0.055 0.377 58 N 0.038 0.244 0.015 0.008 0.012 0.029 0.067 0.008 0.004 0.169 0.407 59 L 0.096 0.263 0.028 0.009 0.042 0.062 0.072 0.012 0.005 0.080 0.330 60 R 0.385 0.280 0.003 0.003 0.011 0.021 0.024 0.012 0.002 0.022 0.238 61 K 0.107 0.313 0.005 0.003 0.020 0.046 0.038 0.004 0.001 0.022 0.442 62 E 0.023 0.114 0.008 0.013 0.024 0.077 0.081 0.002 0.001 0.079 0.578 63 A 0.026 0.053 0.007 0.083 0.230 0.303 0.053 0.002 0.001 0.089 0.154 64 F 0.021 0.031 0.001 0.091 0.126 0.315 0.064 0.002 0.001 0.087 0.262 65 L 0.003 0.008 0.001 0.080 0.340 0.372 0.029 0.001 0.001 0.022 0.145 66 R 0.002 0.004 0.001 0.071 0.196 0.583 0.015 0.001 0.001 0.045 0.084 67 V 0.002 0.001 0.001 0.079 0.440 0.348 0.017 0.001 0.001 0.036 0.076 68 Y 0.014 0.002 0.002 0.041 0.441 0.347 0.015 0.001 0.001 0.040 0.095 69 H 0.174 0.002 0.002 0.045 0.208 0.170 0.049 0.002 0.001 0.059 0.289 70 S 0.135 0.002 0.003 0.020 0.043 0.037 0.054 0.002 0.001 0.044 0.661 71 D 0.062 0.004 0.001 0.009 0.029 0.022 0.056 0.002 0.001 0.013 0.802 72 K 0.041 0.003 0.001 0.004 0.041 0.020 0.054 0.001 0.001 0.031 0.804 73 K 0.004 0.003 0.001 0.015 0.252 0.120 0.075 0.001 0.001 0.036 0.493 74 G 0.019 0.012 0.001 0.015 0.120 0.265 0.055 0.002 0.001 0.071 0.440 75 V 0.005 0.002 0.001 0.007 0.243 0.232 0.076 0.001 0.001 0.027 0.407 76 S 0.005 0.007 0.001 0.014 0.206 0.280 0.034 0.001 0.001 0.036 0.416 77 A 0.038 0.041 0.001 0.032 0.165 0.211 0.056 0.005 0.001 0.053 0.399 78 W 0.175 0.069 0.003 0.023 0.040 0.038 0.079 0.010 0.001 0.073 0.488 79 E 0.013 0.031 0.001 0.012 0.093 0.142 0.095 0.001 0.001 0.020 0.594 80 E 0.015 0.027 0.002 0.038 0.015 0.053 0.076 0.001 0.001 0.098 0.673 81 V 0.013 0.021 0.013 0.038 0.055 0.038 0.163 0.004 0.003 0.053 0.599 82 K 0.734 0.084 0.002 0.007 0.003 0.005 0.015 0.045 0.002 0.013 0.090 83 K 0.763 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 0.009 0.002 0.023 0.164 84 D 0.007 0.033 0.001 0.006 0.002 0.004 0.079 0.001 0.001 0.010 0.858 85 E 0.008 0.109 0.001 0.008 0.003 0.009 0.067 0.002 0.001 0.034 0.759 86 L 0.032 0.314 0.003 0.013 0.007 0.005 0.120 0.022 0.002 0.143 0.340 87 P 0.064 0.829 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.001 0.018 0.064 88 A 0.036 0.866 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.017 0.065 89 K 0.034 0.784 0.010 0.001 0.001 0.002 0.013 0.012 0.007 0.025 0.112 90 V 0.239 0.436 0.043 0.003 0.003 0.006 0.025 0.028 0.022 0.052 0.142 91 K 0.362 0.082 0.058 0.003 0.003 0.005 0.028 0.038 0.057 0.052 0.314 92 E 0.383 0.021 0.012 0.003 0.008 0.009 0.059 0.008 0.007 0.023 0.468 93 K 0.030 0.003 0.003 0.003 0.002 0.004 0.053 0.001 0.002 0.011 0.887 94 L 0.015 0.002 0.001 0.010 0.011 0.013 0.113 0.001 0.001 0.012 0.823 95 G 0.008 0.002 0.001 0.023 0.013 0.022 0.100 0.001 0.001 0.012 0.819 96 V 0.005 0.001 0.001 0.012 0.018 0.019 0.112 0.001 0.001 0.010 0.822 97 K 0.042 0.005 0.001 0.082 0.041 0.052 0.102 0.001 0.001 0.030 0.644