# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.8115 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.020 0.020 0.030 0.048 0.060 0.145 0.044 0.633 2 D 0.129 0.091 0.037 0.068 0.080 0.103 0.105 0.387 3 L 0.081 0.028 0.048 0.040 0.075 0.101 0.089 0.539 4 N 0.070 0.013 0.058 0.068 0.109 0.107 0.053 0.521 5 R 0.041 0.005 0.052 0.067 0.129 0.101 0.046 0.558 6 M 0.032 0.007 0.033 0.031 0.037 0.137 0.047 0.676 7 G 0.112 0.021 0.029 0.040 0.058 0.135 0.077 0.528 8 K 0.075 0.041 0.012 0.019 0.030 0.124 0.065 0.634 9 D 0.030 0.027 0.028 0.071 0.171 0.121 0.098 0.453 10 E 0.015 0.025 0.035 0.141 0.287 0.073 0.051 0.373 11 Y 0.006 0.017 0.031 0.265 0.464 0.034 0.032 0.151 12 Y 0.005 0.005 0.028 0.279 0.411 0.024 0.117 0.131 13 V 0.003 0.003 0.023 0.375 0.469 0.016 0.028 0.082 14 Q 0.004 0.003 0.041 0.377 0.406 0.022 0.025 0.122 15 I 0.005 0.001 0.037 0.390 0.354 0.023 0.029 0.161 16 T 0.075 0.003 0.033 0.169 0.249 0.054 0.056 0.360 17 V 0.118 0.005 0.018 0.102 0.083 0.078 0.039 0.557 18 D 0.023 0.006 0.014 0.046 0.138 0.077 0.032 0.664 19 G 0.032 0.007 0.016 0.074 0.182 0.083 0.035 0.572 20 K 0.005 0.003 0.022 0.301 0.429 0.031 0.027 0.183 21 E 0.008 0.005 0.022 0.288 0.301 0.037 0.048 0.291 22 V 0.012 0.004 0.016 0.304 0.409 0.034 0.024 0.199 23 H 0.016 0.004 0.018 0.251 0.329 0.042 0.030 0.310 24 S 0.019 0.004 0.017 0.191 0.323 0.050 0.040 0.355 25 K 0.049 0.006 0.017 0.128 0.141 0.063 0.082 0.514 26 A 0.159 0.005 0.010 0.043 0.041 0.072 0.048 0.622 27 D 0.152 0.006 0.005 0.021 0.021 0.066 0.051 0.678 28 N 0.027 0.004 0.004 0.014 0.031 0.080 0.022 0.817 29 G 0.058 0.004 0.007 0.039 0.053 0.087 0.034 0.718 30 Q 0.015 0.003 0.016 0.202 0.153 0.069 0.034 0.509 31 K 0.020 0.005 0.022 0.111 0.156 0.072 0.037 0.577 32 Y 0.050 0.007 0.020 0.099 0.142 0.098 0.036 0.548 33 K 0.008 0.003 0.040 0.198 0.485 0.037 0.028 0.200 34 D 0.011 0.006 0.029 0.138 0.295 0.050 0.034 0.438 35 Y 0.005 0.003 0.040 0.386 0.414 0.026 0.019 0.107 36 E 0.014 0.005 0.061 0.183 0.218 0.056 0.126 0.337 37 Y 0.003 0.003 0.027 0.324 0.545 0.015 0.015 0.068 38 K 0.011 0.012 0.026 0.236 0.333 0.051 0.049 0.283 39 L 0.015 0.008 0.015 0.320 0.498 0.025 0.021 0.099 40 T 0.012 0.022 0.028 0.229 0.307 0.049 0.059 0.295 41 G 0.006 0.010 0.032 0.255 0.360 0.075 0.039 0.222 42 F 0.005 0.006 0.083 0.116 0.219 0.064 0.051 0.455 43 D 0.863 0.012 0.001 0.005 0.003 0.006 0.072 0.038 44 K 0.290 0.019 0.003 0.007 0.008 0.046 0.043 0.583 45 D 0.007 0.003 0.002 0.004 0.008 0.087 0.009 0.881 46 G 0.029 0.006 0.009 0.012 0.034 0.103 0.054 0.752 47 K 0.011 0.004 0.019 0.386 0.216 0.068 0.050 0.248 48 E 0.012 0.004 0.031 0.062 0.136 0.049 0.036 0.670 49 K 0.008 0.005 0.063 0.367 0.243 0.055 0.035 0.223 50 E 0.004 0.003 0.199 0.092 0.342 0.040 0.063 0.258 51 L 0.003 0.003 0.074 0.451 0.248 0.037 0.021 0.163 52 E 0.005 0.008 0.314 0.243 0.235 0.031 0.035 0.129 53 F 0.018 0.014 0.149 0.136 0.209 0.062 0.049 0.363 54 T 0.094 0.042 0.135 0.073 0.086 0.075 0.175 0.320 55 A 0.055 0.090 0.053 0.034 0.059 0.082 0.066 0.561 56 Q 0.107 0.309 0.019 0.013 0.019 0.055 0.101 0.377 57 K 0.053 0.364 0.017 0.017 0.021 0.075 0.062 0.391 58 N 0.045 0.383 0.025 0.021 0.030 0.069 0.071 0.356 59 L 0.127 0.391 0.013 0.024 0.034 0.059 0.052 0.299 60 R 0.152 0.406 0.011 0.012 0.015 0.057 0.084 0.262 61 K 0.051 0.341 0.009 0.012 0.035 0.080 0.068 0.404 62 E 0.041 0.244 0.020 0.023 0.058 0.113 0.068 0.433 63 A 0.012 0.103 0.048 0.162 0.334 0.064 0.115 0.162 64 F 0.008 0.070 0.051 0.092 0.392 0.041 0.106 0.239 65 L 0.005 0.035 0.031 0.300 0.506 0.014 0.033 0.076 66 R 0.003 0.007 0.057 0.336 0.412 0.016 0.087 0.082 67 V 0.003 0.002 0.047 0.413 0.369 0.020 0.055 0.091 68 Y 0.010 0.002 0.052 0.324 0.412 0.025 0.034 0.142 69 H 0.127 0.003 0.030 0.145 0.173 0.051 0.071 0.400 70 S 0.117 0.002 0.013 0.035 0.036 0.069 0.065 0.662 71 D 0.047 0.002 0.009 0.020 0.034 0.064 0.026 0.798 72 K 0.078 0.003 0.005 0.022 0.026 0.084 0.040 0.743 73 K 0.016 0.005 0.018 0.080 0.116 0.083 0.023 0.659 74 G 0.006 0.008 0.026 0.120 0.262 0.048 0.029 0.501 75 V 0.011 0.013 0.024 0.218 0.113 0.075 0.040 0.505 76 S 0.015 0.046 0.074 0.237 0.165 0.059 0.046 0.358 77 A 0.050 0.211 0.019 0.057 0.160 0.048 0.077 0.378 78 W 0.210 0.157 0.017 0.046 0.062 0.053 0.104 0.352 79 E 0.026 0.212 0.029 0.137 0.111 0.051 0.056 0.378 80 E 0.019 0.238 0.035 0.023 0.048 0.071 0.080 0.485 81 V 0.052 0.161 0.070 0.053 0.031 0.089 0.119 0.424 82 K 0.463 0.179 0.011 0.007 0.009 0.024 0.078 0.229 83 K 0.430 0.083 0.002 0.002 0.002 0.025 0.064 0.391 84 D 0.006 0.039 0.003 0.002 0.001 0.078 0.013 0.857 85 E 0.004 0.386 0.003 0.001 0.002 0.044 0.008 0.553 86 L 0.024 0.765 0.003 0.002 0.002 0.017 0.038 0.149 87 P 0.034 0.915 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.025 88 A 0.030 0.930 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.024 89 K 0.014 0.923 0.008 0.001 0.001 0.005 0.027 0.023 90 V 0.059 0.844 0.012 0.001 0.002 0.012 0.028 0.042 91 K 0.354 0.174 0.076 0.004 0.005 0.027 0.190 0.169 92 E 0.569 0.043 0.011 0.005 0.006 0.044 0.026 0.296 93 K 0.037 0.005 0.003 0.001 0.002 0.064 0.014 0.875 94 L 0.007 0.003 0.006 0.002 0.002 0.148 0.010 0.821 95 G 0.014 0.004 0.020 0.007 0.018 0.098 0.030 0.810 96 V 0.020 0.002 0.026 0.015 0.011 0.103 0.036 0.786 97 K 0.028 0.004 0.198 0.015 0.027 0.109 0.062 0.557