# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.8115 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.258 0.090 0.046 0.101 0.100 0.087 0.113 0.083 0.060 0.039 0.023 2 D 0.277 0.190 0.069 0.156 0.094 0.060 0.065 0.040 0.026 0.015 0.007 3 L 0.033 0.033 0.023 0.073 0.087 0.109 0.164 0.144 0.153 0.109 0.073 4 N 0.101 0.073 0.057 0.121 0.127 0.108 0.141 0.109 0.079 0.052 0.032 5 R 0.066 0.097 0.104 0.221 0.168 0.118 0.103 0.058 0.036 0.021 0.010 6 M 0.019 0.016 0.015 0.029 0.040 0.067 0.127 0.127 0.195 0.198 0.165 7 G 0.114 0.142 0.045 0.141 0.120 0.091 0.123 0.079 0.068 0.051 0.026 8 K 0.259 0.232 0.089 0.187 0.093 0.049 0.040 0.023 0.015 0.009 0.005 9 D 0.337 0.158 0.054 0.141 0.094 0.068 0.067 0.038 0.022 0.014 0.007 10 E 0.149 0.112 0.050 0.150 0.122 0.113 0.117 0.081 0.053 0.035 0.018 11 Y 0.034 0.042 0.030 0.074 0.084 0.156 0.190 0.135 0.122 0.089 0.043 12 Y 0.026 0.038 0.037 0.091 0.100 0.146 0.180 0.115 0.126 0.089 0.052 13 V 0.024 0.018 0.025 0.044 0.058 0.080 0.158 0.143 0.181 0.156 0.113 14 Q 0.059 0.082 0.099 0.220 0.185 0.105 0.100 0.064 0.044 0.028 0.015 15 I 0.021 0.026 0.026 0.059 0.081 0.111 0.197 0.170 0.140 0.109 0.059 16 T 0.072 0.142 0.085 0.189 0.144 0.109 0.107 0.067 0.044 0.029 0.014 17 V 0.197 0.118 0.077 0.135 0.105 0.102 0.125 0.067 0.040 0.023 0.011 18 D 0.315 0.289 0.091 0.164 0.066 0.030 0.023 0.012 0.006 0.003 0.002 19 G 0.116 0.069 0.031 0.065 0.071 0.091 0.164 0.119 0.124 0.094 0.056 20 K 0.251 0.181 0.106 0.194 0.114 0.060 0.046 0.025 0.012 0.007 0.003 21 E 0.096 0.119 0.152 0.184 0.125 0.126 0.098 0.049 0.028 0.017 0.006 22 V 0.047 0.067 0.063 0.117 0.116 0.145 0.177 0.119 0.077 0.050 0.023 23 H 0.062 0.059 0.052 0.113 0.107 0.128 0.193 0.128 0.082 0.056 0.019 24 S 0.134 0.150 0.189 0.198 0.110 0.082 0.068 0.035 0.018 0.011 0.004 25 K 0.166 0.189 0.136 0.205 0.118 0.068 0.060 0.032 0.014 0.008 0.003 26 A 0.201 0.094 0.043 0.086 0.081 0.093 0.145 0.105 0.072 0.053 0.027 27 D 0.284 0.281 0.089 0.139 0.081 0.046 0.038 0.022 0.011 0.007 0.003 28 N 0.261 0.215 0.084 0.160 0.100 0.065 0.057 0.032 0.014 0.008 0.004 29 G 0.443 0.151 0.047 0.102 0.075 0.053 0.058 0.035 0.019 0.012 0.006 30 Q 0.254 0.140 0.071 0.138 0.106 0.088 0.094 0.055 0.030 0.017 0.008 31 K 0.101 0.159 0.090 0.224 0.151 0.106 0.087 0.046 0.021 0.012 0.004 32 Y 0.026 0.027 0.023 0.045 0.059 0.114 0.178 0.139 0.159 0.150 0.082 33 K 0.097 0.164 0.113 0.229 0.164 0.091 0.076 0.039 0.016 0.008 0.003 34 D 0.118 0.136 0.128 0.212 0.139 0.092 0.077 0.049 0.025 0.018 0.007 35 Y 0.019 0.019 0.019 0.040 0.060 0.151 0.260 0.156 0.137 0.098 0.042 36 E 0.164 0.200 0.123 0.264 0.126 0.054 0.037 0.018 0.008 0.004 0.002 37 Y 0.007 0.006 0.013 0.015 0.026 0.072 0.143 0.146 0.216 0.217 0.139 38 K 0.045 0.152 0.123 0.309 0.193 0.070 0.052 0.029 0.016 0.007 0.004 39 L 0.004 0.003 0.007 0.010 0.017 0.042 0.124 0.159 0.220 0.239 0.175 40 T 0.049 0.168 0.194 0.326 0.173 0.053 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 41 G 0.039 0.015 0.025 0.037 0.061 0.061 0.142 0.190 0.159 0.151 0.120 42 F 0.026 0.033 0.025 0.087 0.113 0.145 0.201 0.145 0.108 0.080 0.037 43 D 0.056 0.201 0.092 0.125 0.094 0.109 0.167 0.062 0.052 0.030 0.012 44 K 0.391 0.225 0.121 0.152 0.066 0.022 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 45 D 0.793 0.146 0.016 0.027 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 46 G 0.398 0.130 0.026 0.074 0.062 0.043 0.065 0.059 0.059 0.048 0.036 47 K 0.131 0.212 0.067 0.184 0.153 0.107 0.081 0.039 0.015 0.008 0.003 48 E 0.057 0.127 0.258 0.231 0.128 0.098 0.048 0.027 0.013 0.009 0.003 49 K 0.027 0.041 0.080 0.098 0.105 0.210 0.252 0.117 0.045 0.020 0.006 50 E 0.073 0.130 0.137 0.312 0.152 0.072 0.063 0.037 0.015 0.007 0.003 51 L 0.005 0.003 0.008 0.008 0.015 0.044 0.132 0.152 0.221 0.250 0.162 52 E 0.036 0.166 0.277 0.323 0.141 0.032 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 53 F 0.028 0.009 0.039 0.034 0.065 0.099 0.258 0.213 0.121 0.085 0.048 54 T 0.099 0.292 0.231 0.229 0.097 0.028 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 55 A 0.021 0.025 0.020 0.033 0.057 0.072 0.232 0.211 0.151 0.110 0.068 56 Q 0.212 0.235 0.154 0.192 0.106 0.051 0.029 0.012 0.005 0.003 0.001 57 K 0.357 0.155 0.213 0.154 0.059 0.027 0.023 0.008 0.002 0.001 0.001 58 N 0.372 0.152 0.130 0.198 0.088 0.029 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 59 L 0.002 0.002 0.004 0.004 0.010 0.017 0.070 0.103 0.220 0.249 0.319 60 R 0.010 0.140 0.282 0.251 0.183 0.068 0.037 0.018 0.006 0.004 0.001 61 K 0.019 0.081 0.431 0.229 0.120 0.064 0.035 0.014 0.005 0.002 0.001 62 E 0.441 0.100 0.159 0.140 0.071 0.036 0.031 0.016 0.004 0.002 0.001 63 A 0.022 0.027 0.042 0.082 0.080 0.139 0.274 0.161 0.102 0.053 0.016 64 F 0.005 0.010 0.043 0.064 0.094 0.132 0.169 0.141 0.148 0.125 0.069 65 L 0.002 0.005 0.041 0.021 0.031 0.074 0.166 0.135 0.209 0.217 0.100 66 R 0.004 0.027 0.143 0.192 0.200 0.172 0.139 0.060 0.035 0.018 0.009 67 V 0.002 0.001 0.007 0.005 0.012 0.019 0.064 0.125 0.198 0.272 0.294 68 Y 0.011 0.020 0.042 0.118 0.170 0.183 0.208 0.121 0.070 0.040 0.015 69 H 0.012 0.016 0.024 0.025 0.033 0.065 0.173 0.138 0.206 0.186 0.122 70 S 0.114 0.262 0.118 0.232 0.135 0.057 0.043 0.019 0.011 0.006 0.004 71 D 0.515 0.227 0.050 0.079 0.040 0.026 0.033 0.016 0.008 0.005 0.002 72 K 0.501 0.168 0.046 0.115 0.065 0.040 0.032 0.018 0.008 0.005 0.003 73 K 0.239 0.215 0.072 0.138 0.097 0.090 0.070 0.042 0.020 0.011 0.005 74 G 0.179 0.192 0.061 0.176 0.133 0.094 0.085 0.044 0.020 0.010 0.006 75 V 0.032 0.017 0.020 0.028 0.040 0.059 0.138 0.140 0.190 0.178 0.158 76 S 0.110 0.148 0.146 0.253 0.169 0.078 0.051 0.026 0.012 0.006 0.002 77 A 0.038 0.199 0.158 0.226 0.133 0.086 0.079 0.044 0.021 0.012 0.005 78 W 0.038 0.021 0.022 0.068 0.121 0.162 0.226 0.162 0.096 0.052 0.033 79 E 0.576 0.110 0.107 0.097 0.045 0.022 0.026 0.012 0.004 0.001 0.001 80 E 0.021 0.043 0.160 0.257 0.197 0.123 0.122 0.046 0.019 0.008 0.003 81 V 0.005 0.002 0.008 0.006 0.012 0.025 0.091 0.101 0.210 0.297 0.244 82 K 0.015 0.280 0.300 0.251 0.097 0.030 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 83 K 0.032 0.116 0.319 0.228 0.134 0.081 0.051 0.025 0.008 0.004 0.001 84 D 0.756 0.078 0.062 0.052 0.022 0.012 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 85 E 0.318 0.231 0.113 0.172 0.080 0.038 0.030 0.013 0.004 0.001 0.001 86 L 0.008 0.035 0.023 0.018 0.034 0.066 0.143 0.142 0.182 0.201 0.147 87 P 0.097 0.125 0.109 0.178 0.193 0.126 0.118 0.035 0.013 0.005 0.001 88 A 0.665 0.068 0.223 0.035 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 K 0.077 0.091 0.143 0.333 0.205 0.072 0.057 0.017 0.004 0.001 0.001 90 V 0.002 0.003 0.005 0.006 0.012 0.017 0.072 0.158 0.237 0.280 0.208 91 K 0.006 0.016 0.188 0.197 0.248 0.173 0.105 0.044 0.013 0.008 0.002 92 E 0.002 0.016 0.878 0.078 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 93 K 0.005 0.015 0.072 0.094 0.137 0.182 0.265 0.145 0.050 0.025 0.010 94 L 0.014 0.007 0.010 0.008 0.012 0.031 0.126 0.151 0.255 0.248 0.140 95 G 0.125 0.170 0.380 0.234 0.068 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 96 V 0.107 0.049 0.160 0.076 0.097 0.080 0.165 0.109 0.070 0.052 0.036 97 K 0.177 0.215 0.093 0.152 0.121 0.080 0.085 0.041 0.021 0.010 0.005