# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.8115 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.042 0.020 0.026 0.004 0.007 0.008 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.133 0.011 0.092 0.639 2 D 0.018 0.017 0.003 0.001 0.020 0.032 0.012 0.003 0.002 0.002 0.003 0.002 0.005 0.006 0.017 0.007 0.162 0.009 0.111 0.568 3 L 0.030 0.015 0.007 0.001 0.009 0.011 0.009 0.005 0.003 0.001 0.003 0.002 0.009 0.014 0.008 0.007 0.150 0.012 0.086 0.617 4 N 0.037 0.016 0.004 0.002 0.001 0.003 0.004 0.004 0.004 0.007 0.016 0.009 0.059 0.075 0.041 0.008 0.165 0.011 0.210 0.324 5 R 0.080 0.017 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.015 0.014 0.008 0.027 0.025 0.012 0.003 0.096 0.018 0.121 0.544 6 M 0.076 0.052 0.004 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.056 0.057 0.048 0.010 0.038 0.019 0.005 0.002 0.082 0.016 0.104 0.420 7 G 0.054 0.031 0.007 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.038 0.035 0.007 0.005 0.004 0.004 0.002 0.001 0.111 0.025 0.151 0.514 8 K 0.065 0.043 0.008 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.040 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.030 0.162 0.587 9 D 0.095 0.021 0.014 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.040 0.130 0.650 10 E 0.082 0.023 0.014 0.006 0.006 0.007 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.033 0.169 0.568 11 Y 0.105 0.013 0.021 0.007 0.050 0.030 0.034 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.218 0.029 0.150 0.336 12 Y 0.022 0.007 0.007 0.001 0.021 0.041 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.005 0.054 0.688 13 V 0.014 0.004 0.003 0.001 0.031 0.051 0.044 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.032 0.012 0.511 0.004 0.038 0.212 14 Q 0.009 0.003 0.001 0.001 0.004 0.008 0.016 0.010 0.001 0.001 0.003 0.006 0.068 0.275 0.114 0.022 0.228 0.003 0.035 0.195 15 I 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.027 0.009 0.331 0.163 0.020 0.006 0.307 0.002 0.013 0.105 16 T 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.276 0.087 0.010 0.055 0.011 0.003 0.002 0.214 0.002 0.034 0.238 17 V 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.430 0.068 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.167 0.002 0.041 0.270 18 D 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.007 0.222 0.606 19 G 0.065 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.070 0.139 0.658 20 K 0.164 0.009 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.064 0.297 0.340 21 E 0.017 0.004 0.014 0.001 0.026 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.006 0.130 0.711 22 V 0.004 0.002 0.001 0.002 0.315 0.328 0.062 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.015 0.007 0.091 0.002 0.020 0.129 23 H 0.006 0.003 0.001 0.001 0.031 0.182 0.087 0.015 0.001 0.001 0.002 0.003 0.015 0.042 0.077 0.037 0.111 0.002 0.044 0.339 24 S 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.004 0.007 0.007 0.054 0.012 0.107 0.221 0.039 0.027 0.146 0.003 0.044 0.305 25 K 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.026 0.074 0.004 0.060 0.009 0.004 0.002 0.064 0.002 0.054 0.690 26 A 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.248 0.020 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.069 0.005 0.150 0.428 27 D 0.100 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.017 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.020 0.184 0.478 28 N 0.088 0.050 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.036 0.217 0.566 29 G 0.175 0.026 0.023 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.164 0.133 0.446 30 Q 0.161 0.017 0.057 0.008 0.007 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.031 0.039 0.230 0.428 31 K 0.019 0.007 0.009 0.003 0.079 0.086 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.005 0.081 0.622 32 Y 0.016 0.006 0.003 0.002 0.138 0.372 0.100 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.004 0.036 0.239 33 K 0.051 0.011 0.003 0.001 0.007 0.062 0.061 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.326 0.006 0.095 0.352 34 D 0.030 0.013 0.006 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.207 0.007 0.072 0.655 35 Y 0.047 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.753 0.009 0.038 0.131 36 E 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.641 0.003 0.088 0.233 37 Y 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.906 0.001 0.011 0.063 38 K 0.005 0.005 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.717 0.002 0.044 0.205 39 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.014 0.783 0.001 0.030 0.147 40 T 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.052 0.058 0.024 0.353 0.003 0.082 0.405 41 G 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.156 0.414 0.272 0.022 0.039 0.001 0.013 0.069 42 F 0.029 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.045 0.010 0.201 0.054 0.003 0.001 0.201 0.004 0.094 0.334 43 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.848 0.062 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.006 0.023 44 K 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.337 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.002 0.083 0.474 45 D 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.004 0.496 0.442 46 G 0.448 0.002 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.392 0.020 0.118 47 K 0.225 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.019 0.445 0.169 48 E 0.001 0.001 0.019 0.001 0.049 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.009 0.909 49 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.746 0.039 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.001 0.002 0.009 50 E 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 0.045 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.001 0.043 0.772 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.001 0.005 0.028 52 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.675 0.001 0.100 0.214 53 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.829 0.001 0.027 0.136 54 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.755 0.001 0.079 0.157 55 A 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.340 0.003 0.137 0.504 56 Q 0.040 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.228 0.006 0.262 0.449 57 K 0.049 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.007 0.115 0.764 58 N 0.102 0.045 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.012 0.209 0.603 59 L 0.259 0.104 0.028 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.065 0.017 0.160 0.351 60 R 0.108 0.318 0.005 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.009 0.115 0.347 61 K 0.029 0.120 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.007 0.017 0.788 62 E 0.153 0.130 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.024 0.103 0.480 63 A 0.438 0.056 0.028 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.187 0.027 0.046 0.211 64 F 0.133 0.102 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.409 0.008 0.062 0.269 65 L 0.016 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.872 0.003 0.015 0.065 66 R 0.010 0.017 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.004 0.002 0.825 0.002 0.026 0.087 67 V 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.087 0.130 0.136 0.025 0.514 0.002 0.011 0.070 68 Y 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.038 0.106 0.077 0.016 0.638 0.002 0.012 0.084 69 H 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.046 0.258 0.021 0.145 0.089 0.007 0.006 0.235 0.003 0.018 0.110 70 S 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.083 0.040 0.015 0.010 0.007 0.006 0.001 0.300 0.005 0.088 0.391 71 D 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.056 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.008 0.142 0.610 72 K 0.222 0.005 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.074 0.191 0.447 73 K 0.066 0.034 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.029 0.219 0.606 74 G 0.108 0.006 0.032 0.002 0.042 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.058 0.178 0.526 75 V 0.052 0.007 0.022 0.008 0.027 0.077 0.018 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.126 0.009 0.159 0.476 76 S 0.006 0.004 0.002 0.003 0.149 0.312 0.099 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.223 0.002 0.054 0.134 77 A 0.011 0.010 0.002 0.001 0.020 0.091 0.033 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.086 0.003 0.095 0.633 78 W 0.016 0.013 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.286 0.005 0.064 0.602 79 E 0.047 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.292 0.010 0.315 0.301 80 E 0.139 0.029 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.013 0.154 0.559 81 V 0.094 0.112 0.006 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.385 0.009 0.056 0.320 82 K 0.027 0.093 0.004 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.006 0.226 0.528 83 K 0.014 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.004 0.031 0.883 84 D 0.046 0.047 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.013 0.185 0.667 85 E 0.318 0.049 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.033 0.100 0.467 86 L 0.212 0.185 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.009 0.107 0.440 87 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 88 A 0.009 0.060 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 0.061 0.842 89 K 0.045 0.151 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.059 0.735 90 V 0.109 0.513 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.035 0.327 91 K 0.070 0.794 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.012 0.107 92 E 0.034 0.855 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.011 0.084 93 K 0.059 0.827 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.001 0.072 94 L 0.157 0.688 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.079 0.001 0.059 95 G 0.378 0.163 0.049 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.106 0.019 0.213 96 V 0.021 0.024 0.606 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.006 0.012 0.291 97 K 0.024 0.039 0.008 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.292 0.007 0.067 0.528