# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.8115 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.083 0.023 0.062 0.047 0.065 0.068 0.009 0.643 2 D 0.033 0.016 0.054 0.073 0.100 0.171 0.006 0.547 3 L 0.043 0.022 0.054 0.043 0.097 0.076 0.007 0.659 4 N 0.033 0.028 0.093 0.096 0.133 0.312 0.010 0.296 5 R 0.156 0.024 0.049 0.049 0.059 0.148 0.030 0.485 6 M 0.110 0.087 0.124 0.081 0.116 0.110 0.015 0.357 7 G 0.037 0.040 0.102 0.107 0.145 0.195 0.011 0.363 8 K 0.048 0.025 0.040 0.071 0.090 0.100 0.016 0.610 9 D 0.040 0.015 0.023 0.044 0.059 0.188 0.016 0.614 10 E 0.173 0.015 0.047 0.074 0.103 0.132 0.037 0.420 11 Y 0.169 0.017 0.095 0.156 0.165 0.155 0.019 0.223 12 Y 0.024 0.006 0.072 0.201 0.238 0.085 0.005 0.370 13 V 0.003 0.001 0.053 0.357 0.484 0.013 0.001 0.087 14 Q 0.003 0.002 0.045 0.362 0.444 0.017 0.001 0.126 15 I 0.004 0.002 0.047 0.335 0.445 0.018 0.001 0.148 16 T 0.003 0.002 0.051 0.333 0.483 0.021 0.001 0.107 17 V 0.005 0.005 0.039 0.241 0.344 0.035 0.003 0.327 18 D 0.009 0.005 0.023 0.104 0.196 0.254 0.011 0.398 19 G 0.195 0.005 0.033 0.077 0.178 0.109 0.063 0.339 20 K 0.099 0.015 0.046 0.141 0.161 0.281 0.015 0.242 21 E 0.016 0.008 0.028 0.146 0.175 0.147 0.005 0.475 22 V 0.012 0.008 0.024 0.165 0.540 0.033 0.002 0.216 23 H 0.012 0.010 0.029 0.212 0.442 0.041 0.003 0.251 24 S 0.012 0.013 0.018 0.259 0.317 0.052 0.004 0.326 25 K 0.022 0.013 0.018 0.128 0.214 0.043 0.006 0.555 26 A 0.026 0.017 0.028 0.123 0.200 0.167 0.010 0.429 27 D 0.047 0.020 0.022 0.067 0.092 0.224 0.020 0.510 28 N 0.070 0.027 0.014 0.024 0.050 0.181 0.027 0.607 29 G 0.207 0.019 0.022 0.027 0.044 0.242 0.067 0.372 30 Q 0.328 0.012 0.040 0.049 0.040 0.248 0.036 0.247 31 K 0.023 0.006 0.026 0.058 0.059 0.119 0.006 0.702 32 Y 0.012 0.003 0.051 0.171 0.407 0.064 0.003 0.290 33 K 0.016 0.005 0.060 0.154 0.207 0.121 0.004 0.433 34 D 0.027 0.006 0.061 0.142 0.214 0.073 0.006 0.471 35 Y 0.046 0.009 0.095 0.210 0.288 0.065 0.007 0.281 36 E 0.019 0.006 0.119 0.237 0.328 0.058 0.005 0.229 37 Y 0.009 0.004 0.106 0.333 0.368 0.031 0.003 0.147 38 K 0.008 0.005 0.076 0.224 0.439 0.037 0.003 0.208 39 L 0.009 0.006 0.063 0.244 0.440 0.036 0.003 0.199 40 T 0.011 0.008 0.048 0.188 0.284 0.047 0.005 0.409 41 G 0.035 0.007 0.026 0.228 0.360 0.040 0.007 0.297 42 F 0.035 0.008 0.068 0.239 0.328 0.054 0.005 0.262 43 D 0.010 0.013 0.028 0.342 0.312 0.139 0.003 0.154 44 K 0.003 0.006 0.006 0.013 0.031 0.017 0.002 0.922 45 D 0.005 0.002 0.004 0.004 0.008 0.872 0.016 0.089 46 G 0.770 0.001 0.002 0.001 0.002 0.008 0.198 0.019 47 K 0.300 0.014 0.037 0.043 0.020 0.434 0.016 0.137 48 E 0.001 0.001 0.008 0.031 0.020 0.076 0.001 0.862 49 K 0.002 0.001 0.018 0.191 0.706 0.020 0.001 0.061 50 E 0.009 0.001 0.020 0.145 0.271 0.036 0.001 0.518 51 L 0.002 0.001 0.031 0.370 0.536 0.005 0.001 0.055 52 E 0.003 0.001 0.063 0.359 0.403 0.017 0.001 0.155 53 F 0.003 0.001 0.068 0.342 0.403 0.014 0.001 0.167 54 T 0.002 0.002 0.051 0.280 0.458 0.055 0.001 0.151 55 A 0.009 0.006 0.040 0.083 0.271 0.076 0.004 0.511 56 Q 0.015 0.011 0.034 0.048 0.140 0.311 0.011 0.430 57 K 0.135 0.017 0.027 0.032 0.066 0.214 0.026 0.481 58 N 0.059 0.070 0.010 0.018 0.028 0.202 0.011 0.602 59 L 0.076 0.105 0.032 0.041 0.105 0.159 0.011 0.472 60 R 0.063 0.203 0.023 0.075 0.100 0.205 0.008 0.324 61 K 0.037 0.121 0.008 0.032 0.046 0.047 0.010 0.698 62 E 0.081 0.328 0.022 0.046 0.118 0.058 0.016 0.330 63 A 0.352 0.148 0.036 0.080 0.105 0.038 0.056 0.185 64 F 0.082 0.077 0.116 0.208 0.231 0.052 0.022 0.212 65 L 0.009 0.011 0.090 0.444 0.353 0.016 0.004 0.074 66 R 0.006 0.007 0.060 0.405 0.433 0.010 0.003 0.077 67 V 0.007 0.010 0.076 0.355 0.396 0.012 0.002 0.142 68 Y 0.003 0.003 0.063 0.317 0.560 0.005 0.001 0.049 69 H 0.005 0.006 0.024 0.369 0.419 0.020 0.003 0.153 70 S 0.012 0.007 0.024 0.250 0.354 0.056 0.005 0.291 71 D 0.009 0.004 0.010 0.040 0.079 0.071 0.007 0.781 72 K 0.090 0.008 0.016 0.029 0.072 0.320 0.035 0.430 73 K 0.371 0.009 0.020 0.026 0.036 0.165 0.039 0.333 74 G 0.104 0.010 0.038 0.052 0.068 0.184 0.015 0.528 75 V 0.037 0.004 0.070 0.177 0.249 0.122 0.005 0.337 76 S 0.008 0.003 0.056 0.209 0.286 0.068 0.002 0.368 77 A 0.008 0.005 0.041 0.135 0.307 0.100 0.003 0.401 78 W 0.021 0.009 0.065 0.112 0.277 0.078 0.006 0.431 79 E 0.022 0.013 0.070 0.192 0.197 0.197 0.009 0.299 80 E 0.060 0.026 0.023 0.099 0.100 0.065 0.018 0.609 81 V 0.091 0.083 0.063 0.120 0.290 0.051 0.008 0.294 82 K 0.018 0.048 0.023 0.092 0.106 0.115 0.006 0.592 83 K 0.014 0.029 0.012 0.023 0.088 0.032 0.004 0.799 84 D 0.012 0.027 0.005 0.012 0.017 0.230 0.006 0.692 85 E 0.335 0.034 0.005 0.004 0.008 0.139 0.062 0.413 86 L 0.312 0.209 0.016 0.005 0.008 0.245 0.007 0.198 87 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.993 88 A 0.003 0.069 0.003 0.002 0.015 0.040 0.001 0.867 89 K 0.041 0.438 0.003 0.002 0.005 0.084 0.003 0.425 90 V 0.018 0.867 0.002 0.002 0.004 0.040 0.002 0.065 91 K 0.014 0.959 0.003 0.001 0.002 0.006 0.001 0.014 92 E 0.027 0.949 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.012 93 K 0.041 0.918 0.003 0.001 0.002 0.001 0.015 0.020 94 L 0.075 0.860 0.007 0.003 0.003 0.002 0.029 0.021 95 G 0.174 0.293 0.159 0.035 0.019 0.037 0.077 0.206 96 V 0.050 0.093 0.329 0.062 0.043 0.066 0.022 0.335 97 K 0.048 0.053 0.127 0.053 0.063 0.083 0.012 0.561