# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.8115 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.177 0.351 0.166 0.131 0.082 0.025 0.020 0.006 0.036 0.006 0.001 2 D 0.104 0.144 0.296 0.094 0.091 0.128 0.081 0.004 0.046 0.010 0.002 3 L 0.428 0.191 0.142 0.168 0.021 0.020 0.007 0.001 0.016 0.001 0.003 4 N 0.379 0.146 0.130 0.186 0.063 0.027 0.031 0.009 0.020 0.009 0.001 5 R 0.237 0.203 0.171 0.137 0.103 0.040 0.041 0.009 0.049 0.009 0.001 6 M 0.217 0.222 0.259 0.203 0.028 0.020 0.023 0.003 0.021 0.003 0.001 7 G 0.068 0.045 0.120 0.060 0.092 0.022 0.081 0.256 0.013 0.242 0.001 8 K 0.186 0.125 0.310 0.144 0.090 0.034 0.048 0.016 0.019 0.026 0.002 9 D 0.157 0.158 0.252 0.223 0.064 0.045 0.049 0.013 0.025 0.012 0.001 10 E 0.150 0.329 0.201 0.164 0.074 0.022 0.026 0.007 0.021 0.005 0.002 11 Y 0.045 0.530 0.179 0.060 0.119 0.021 0.019 0.004 0.020 0.002 0.001 12 Y 0.025 0.583 0.246 0.027 0.063 0.033 0.007 0.001 0.013 0.001 0.002 13 V 0.015 0.739 0.158 0.009 0.042 0.020 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 14 Q 0.007 0.687 0.216 0.004 0.036 0.032 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 15 I 0.009 0.658 0.236 0.005 0.024 0.051 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 16 T 0.018 0.630 0.219 0.011 0.055 0.041 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 17 V 0.066 0.604 0.130 0.037 0.082 0.028 0.010 0.001 0.037 0.003 0.002 18 D 0.055 0.128 0.218 0.192 0.104 0.030 0.233 0.007 0.019 0.013 0.001 19 G 0.013 0.023 0.031 0.029 0.114 0.007 0.102 0.525 0.005 0.150 0.001 20 K 0.048 0.491 0.351 0.027 0.052 0.012 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 21 E 0.030 0.458 0.411 0.013 0.024 0.045 0.002 0.001 0.014 0.001 0.002 22 V 0.041 0.600 0.256 0.018 0.036 0.029 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 23 H 0.052 0.538 0.202 0.025 0.110 0.029 0.005 0.001 0.036 0.001 0.001 24 S 0.077 0.429 0.220 0.050 0.126 0.043 0.011 0.001 0.040 0.002 0.002 25 K 0.109 0.395 0.235 0.073 0.086 0.047 0.011 0.002 0.036 0.004 0.001 26 A 0.264 0.207 0.312 0.088 0.046 0.038 0.014 0.002 0.021 0.006 0.002 27 D 0.437 0.103 0.120 0.186 0.030 0.034 0.045 0.005 0.026 0.010 0.002 28 N 0.111 0.029 0.116 0.454 0.022 0.014 0.209 0.022 0.008 0.014 0.001 29 G 0.024 0.009 0.033 0.025 0.021 0.005 0.115 0.658 0.003 0.106 0.001 30 Q 0.097 0.266 0.509 0.053 0.030 0.016 0.008 0.002 0.014 0.003 0.001 31 K 0.114 0.229 0.445 0.070 0.034 0.052 0.016 0.003 0.029 0.006 0.002 32 Y 0.121 0.311 0.274 0.129 0.074 0.039 0.019 0.003 0.023 0.004 0.003 33 K 0.145 0.339 0.226 0.104 0.091 0.027 0.021 0.005 0.037 0.004 0.002 34 D 0.066 0.383 0.266 0.088 0.102 0.041 0.022 0.004 0.025 0.002 0.002 35 Y 0.024 0.661 0.176 0.028 0.065 0.018 0.005 0.002 0.020 0.001 0.001 36 E 0.025 0.716 0.177 0.012 0.039 0.020 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 37 Y 0.016 0.727 0.112 0.015 0.087 0.025 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 38 K 0.015 0.726 0.149 0.007 0.046 0.030 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 39 L 0.029 0.400 0.414 0.017 0.038 0.072 0.004 0.001 0.023 0.001 0.004 40 T 0.038 0.567 0.254 0.027 0.042 0.029 0.012 0.001 0.028 0.001 0.001 41 G 0.030 0.282 0.144 0.030 0.407 0.030 0.018 0.022 0.015 0.021 0.001 42 F 0.040 0.616 0.172 0.038 0.062 0.050 0.003 0.001 0.015 0.002 0.001 43 D 0.038 0.128 0.674 0.010 0.023 0.075 0.010 0.001 0.035 0.005 0.001 44 K 0.946 0.005 0.018 0.016 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 45 D 0.081 0.005 0.031 0.769 0.003 0.005 0.101 0.002 0.002 0.001 0.001 46 G 0.002 0.001 0.007 0.003 0.003 0.001 0.129 0.819 0.001 0.035 0.001 47 K 0.021 0.256 0.671 0.015 0.013 0.009 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 48 E 0.039 0.198 0.645 0.027 0.023 0.036 0.007 0.001 0.015 0.002 0.006 49 K 0.039 0.582 0.253 0.020 0.068 0.010 0.002 0.001 0.022 0.001 0.002 50 E 0.013 0.553 0.339 0.007 0.032 0.043 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 51 L 0.003 0.827 0.126 0.002 0.017 0.014 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 52 E 0.003 0.797 0.134 0.002 0.030 0.021 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 53 F 0.011 0.633 0.163 0.008 0.121 0.040 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 54 T 0.042 0.625 0.140 0.018 0.112 0.023 0.006 0.001 0.031 0.002 0.001 55 A 0.242 0.175 0.215 0.058 0.227 0.033 0.012 0.003 0.020 0.012 0.001 56 Q 0.413 0.136 0.154 0.159 0.054 0.035 0.018 0.003 0.023 0.004 0.002 57 K 0.510 0.057 0.170 0.146 0.027 0.016 0.053 0.006 0.009 0.006 0.001 58 N 0.425 0.052 0.135 0.143 0.043 0.032 0.091 0.046 0.009 0.022 0.001 59 L 0.416 0.109 0.201 0.207 0.019 0.023 0.008 0.002 0.012 0.002 0.001 60 R 0.315 0.163 0.350 0.039 0.022 0.031 0.017 0.001 0.055 0.005 0.001 61 K 0.822 0.011 0.101 0.040 0.004 0.006 0.007 0.001 0.003 0.001 0.003 62 E 0.496 0.039 0.079 0.243 0.039 0.016 0.039 0.032 0.008 0.008 0.001 63 A 0.315 0.175 0.203 0.199 0.031 0.019 0.038 0.004 0.013 0.001 0.001 64 F 0.213 0.453 0.129 0.095 0.047 0.017 0.026 0.001 0.017 0.001 0.001 65 L 0.051 0.721 0.139 0.021 0.040 0.014 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 66 R 0.016 0.609 0.263 0.006 0.033 0.052 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 67 V 0.013 0.696 0.222 0.004 0.016 0.031 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 68 Y 0.014 0.701 0.186 0.005 0.039 0.032 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 69 H 0.048 0.580 0.203 0.021 0.072 0.040 0.005 0.001 0.030 0.001 0.001 70 S 0.180 0.228 0.197 0.109 0.144 0.033 0.048 0.006 0.039 0.016 0.001 71 D 0.150 0.060 0.111 0.193 0.152 0.041 0.135 0.057 0.020 0.079 0.001 72 K 0.255 0.176 0.179 0.248 0.034 0.022 0.043 0.008 0.024 0.008 0.003 73 K 0.144 0.108 0.270 0.273 0.032 0.014 0.124 0.010 0.014 0.009 0.002 74 G 0.032 0.034 0.080 0.030 0.124 0.017 0.121 0.420 0.007 0.134 0.001 75 V 0.076 0.500 0.324 0.036 0.027 0.021 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 76 S 0.074 0.511 0.281 0.029 0.052 0.029 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 77 A 0.066 0.371 0.291 0.035 0.135 0.048 0.013 0.001 0.036 0.002 0.001 78 W 0.364 0.267 0.168 0.062 0.099 0.015 0.005 0.001 0.015 0.001 0.003 79 E 0.467 0.266 0.130 0.029 0.071 0.009 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 80 E 0.266 0.232 0.338 0.054 0.027 0.064 0.005 0.001 0.011 0.001 0.002 81 V 0.200 0.423 0.248 0.034 0.030 0.032 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 82 K 0.128 0.106 0.634 0.011 0.019 0.054 0.004 0.001 0.040 0.002 0.002 83 K 0.939 0.003 0.038 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 84 D 0.803 0.007 0.021 0.131 0.007 0.008 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 85 E 0.180 0.024 0.056 0.689 0.005 0.015 0.022 0.001 0.006 0.001 0.001 86 L 0.068 0.186 0.552 0.017 0.015 0.031 0.028 0.001 0.097 0.004 0.001 87 P 0.334 0.005 0.593 0.004 0.002 0.038 0.001 0.001 0.005 0.003 0.016 88 A 0.989 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 K 0.968 0.001 0.003 0.023 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 V 0.901 0.011 0.005 0.078 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 91 K 0.974 0.006 0.008 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 92 E 0.946 0.008 0.004 0.036 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 K 0.818 0.025 0.021 0.106 0.009 0.003 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 94 L 0.302 0.109 0.210 0.321 0.010 0.010 0.022 0.001 0.015 0.001 0.001 95 G 0.124 0.098 0.192 0.070 0.080 0.042 0.255 0.093 0.014 0.031 0.001 96 V 0.067 0.487 0.349 0.028 0.025 0.023 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 97 K 0.120 0.207 0.530 0.036 0.030 0.047 0.004 0.001 0.023 0.001 0.002