# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.8115 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.106 0.269 0.096 0.025 0.259 0.023 0.026 0.078 0.038 0.046 0.034 2 D 0.194 0.121 0.054 0.019 0.284 0.018 0.031 0.096 0.046 0.065 0.072 3 L 0.159 0.105 0.037 0.014 0.192 0.020 0.038 0.156 0.112 0.100 0.067 4 N 0.079 0.177 0.096 0.042 0.177 0.041 0.068 0.138 0.065 0.068 0.049 5 R 0.168 0.094 0.054 0.022 0.182 0.019 0.040 0.126 0.068 0.142 0.085 6 M 0.074 0.203 0.104 0.055 0.129 0.049 0.066 0.114 0.057 0.103 0.047 7 G 0.069 0.106 0.125 0.168 0.087 0.068 0.053 0.094 0.056 0.122 0.053 8 K 0.073 0.104 0.101 0.070 0.106 0.041 0.045 0.154 0.128 0.139 0.039 9 D 0.080 0.127 0.084 0.031 0.142 0.025 0.051 0.162 0.133 0.124 0.040 10 E 0.114 0.127 0.053 0.023 0.177 0.026 0.054 0.126 0.101 0.138 0.059 11 Y 0.112 0.289 0.075 0.014 0.321 0.014 0.021 0.055 0.026 0.043 0.031 12 Y 0.293 0.099 0.018 0.005 0.431 0.008 0.015 0.041 0.022 0.028 0.039 13 V 0.214 0.165 0.025 0.004 0.502 0.007 0.012 0.022 0.012 0.011 0.025 14 Q 0.220 0.130 0.013 0.002 0.588 0.003 0.005 0.012 0.004 0.006 0.017 15 I 0.255 0.135 0.013 0.002 0.518 0.003 0.006 0.013 0.006 0.013 0.036 16 T 0.254 0.157 0.080 0.015 0.319 0.013 0.016 0.026 0.013 0.028 0.081 17 V 0.073 0.132 0.085 0.144 0.110 0.134 0.082 0.101 0.051 0.048 0.041 18 D 0.063 0.238 0.124 0.138 0.117 0.053 0.077 0.041 0.029 0.088 0.033 19 G 0.044 0.077 0.073 0.107 0.057 0.036 0.019 0.039 0.067 0.364 0.116 20 K 0.095 0.378 0.087 0.013 0.310 0.009 0.014 0.023 0.020 0.028 0.022 21 E 0.289 0.126 0.019 0.005 0.456 0.005 0.009 0.022 0.015 0.019 0.033 22 V 0.255 0.119 0.034 0.010 0.398 0.014 0.018 0.034 0.020 0.032 0.066 23 H 0.223 0.144 0.048 0.018 0.321 0.025 0.022 0.043 0.021 0.052 0.082 24 S 0.140 0.244 0.108 0.023 0.266 0.014 0.018 0.052 0.020 0.055 0.059 25 K 0.138 0.172 0.086 0.022 0.225 0.017 0.029 0.106 0.055 0.086 0.064 26 A 0.075 0.133 0.169 0.045 0.101 0.032 0.050 0.198 0.086 0.068 0.043 27 D 0.037 0.069 0.083 0.147 0.043 0.125 0.100 0.225 0.071 0.072 0.028 28 N 0.018 0.249 0.130 0.188 0.037 0.089 0.112 0.061 0.036 0.062 0.018 29 G 0.037 0.026 0.039 0.109 0.031 0.024 0.010 0.026 0.043 0.442 0.213 30 Q 0.105 0.314 0.105 0.021 0.236 0.019 0.027 0.057 0.039 0.044 0.033 31 K 0.173 0.170 0.078 0.034 0.236 0.025 0.043 0.057 0.039 0.073 0.072 32 Y 0.291 0.089 0.042 0.030 0.266 0.028 0.025 0.057 0.039 0.063 0.070 33 K 0.086 0.192 0.104 0.061 0.190 0.096 0.076 0.085 0.039 0.043 0.029 34 D 0.244 0.116 0.046 0.021 0.305 0.012 0.014 0.023 0.014 0.108 0.098 35 Y 0.203 0.148 0.016 0.002 0.591 0.003 0.005 0.007 0.005 0.006 0.015 36 E 0.250 0.088 0.009 0.003 0.590 0.008 0.009 0.007 0.003 0.007 0.027 37 Y 0.261 0.131 0.012 0.002 0.562 0.003 0.003 0.003 0.002 0.003 0.017 38 K 0.362 0.046 0.004 0.001 0.543 0.003 0.005 0.004 0.002 0.005 0.024 39 L 0.212 0.204 0.039 0.008 0.422 0.008 0.007 0.014 0.008 0.012 0.065 40 T 0.198 0.135 0.034 0.018 0.288 0.038 0.040 0.044 0.025 0.057 0.123 41 G 0.124 0.246 0.087 0.016 0.291 0.012 0.015 0.055 0.022 0.081 0.050 42 F 0.094 0.262 0.058 0.019 0.264 0.022 0.033 0.082 0.031 0.105 0.030 43 D 0.079 0.199 0.468 0.011 0.159 0.003 0.006 0.037 0.021 0.005 0.010 44 K 0.008 0.007 0.010 0.011 0.005 0.046 0.073 0.572 0.237 0.025 0.007 45 D 0.003 0.665 0.135 0.049 0.013 0.030 0.082 0.011 0.005 0.006 0.001 46 G 0.014 0.004 0.005 0.023 0.005 0.006 0.002 0.004 0.011 0.609 0.317 47 K 0.026 0.598 0.112 0.005 0.202 0.003 0.005 0.010 0.008 0.020 0.012 48 E 0.445 0.054 0.004 0.002 0.467 0.003 0.006 0.002 0.001 0.004 0.012 49 K 0.084 0.428 0.068 0.009 0.361 0.013 0.016 0.003 0.003 0.003 0.012 50 E 0.312 0.022 0.001 0.001 0.660 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 51 L 0.235 0.041 0.002 0.001 0.716 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 52 E 0.329 0.041 0.003 0.001 0.544 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.074 53 F 0.268 0.142 0.022 0.011 0.375 0.016 0.008 0.008 0.006 0.028 0.116 54 T 0.127 0.229 0.105 0.043 0.253 0.028 0.032 0.034 0.017 0.058 0.074 55 A 0.089 0.222 0.107 0.027 0.148 0.023 0.037 0.135 0.092 0.078 0.041 56 Q 0.047 0.086 0.048 0.042 0.077 0.041 0.046 0.302 0.172 0.103 0.035 57 K 0.021 0.151 0.061 0.022 0.054 0.030 0.053 0.370 0.182 0.043 0.013 58 N 0.038 0.053 0.029 0.009 0.048 0.010 0.036 0.392 0.210 0.134 0.041 59 L 0.109 0.105 0.022 0.002 0.113 0.006 0.035 0.362 0.092 0.125 0.030 60 R 0.059 0.180 0.116 0.057 0.094 0.056 0.045 0.248 0.065 0.046 0.035 61 K 0.031 0.139 0.060 0.023 0.054 0.029 0.088 0.383 0.151 0.030 0.012 62 E 0.023 0.019 0.022 0.039 0.024 0.025 0.038 0.276 0.180 0.287 0.067 63 A 0.088 0.235 0.061 0.006 0.186 0.010 0.045 0.133 0.083 0.102 0.050 64 F 0.251 0.160 0.013 0.006 0.333 0.011 0.041 0.058 0.021 0.038 0.070 65 L 0.298 0.087 0.008 0.002 0.553 0.006 0.013 0.010 0.007 0.003 0.014 66 R 0.228 0.064 0.005 0.001 0.660 0.005 0.006 0.008 0.002 0.003 0.017 67 V 0.359 0.059 0.005 0.001 0.521 0.002 0.004 0.007 0.002 0.005 0.037 68 Y 0.228 0.131 0.036 0.011 0.426 0.015 0.018 0.015 0.005 0.019 0.098 69 H 0.211 0.137 0.057 0.046 0.265 0.034 0.021 0.063 0.023 0.057 0.084 70 S 0.046 0.167 0.099 0.133 0.105 0.087 0.131 0.106 0.047 0.054 0.025 71 D 0.088 0.048 0.145 0.105 0.079 0.036 0.035 0.102 0.071 0.216 0.075 72 K 0.072 0.131 0.094 0.061 0.121 0.066 0.042 0.177 0.104 0.085 0.046 73 K 0.021 0.322 0.097 0.121 0.044 0.108 0.165 0.047 0.026 0.032 0.019 74 G 0.047 0.051 0.051 0.087 0.045 0.024 0.011 0.015 0.022 0.405 0.241 75 V 0.225 0.183 0.038 0.005 0.485 0.004 0.005 0.013 0.008 0.014 0.019 76 S 0.151 0.282 0.090 0.029 0.323 0.027 0.024 0.018 0.009 0.020 0.028 77 A 0.085 0.452 0.122 0.009 0.272 0.004 0.006 0.009 0.006 0.011 0.022 78 W 0.235 0.074 0.011 0.004 0.297 0.011 0.026 0.106 0.146 0.037 0.054 79 E 0.056 0.330 0.075 0.013 0.226 0.030 0.049 0.106 0.057 0.038 0.021 80 E 0.258 0.109 0.008 0.001 0.568 0.001 0.005 0.019 0.005 0.013 0.013 81 V 0.171 0.264 0.030 0.001 0.477 0.003 0.004 0.014 0.006 0.010 0.018 82 K 0.076 0.396 0.156 0.020 0.192 0.023 0.013 0.044 0.026 0.012 0.043 83 K 0.024 0.075 0.012 0.006 0.033 0.016 0.066 0.346 0.369 0.036 0.017 84 D 0.008 0.027 0.020 0.024 0.015 0.031 0.094 0.215 0.263 0.272 0.031 85 E 0.062 0.198 0.096 0.007 0.159 0.008 0.035 0.130 0.050 0.206 0.048 86 L 0.032 0.543 0.166 0.009 0.088 0.010 0.011 0.033 0.016 0.063 0.029 87 P 0.021 0.488 0.309 0.012 0.070 0.003 0.004 0.058 0.021 0.005 0.009 88 A 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.735 0.240 0.003 0.001 89 K 0.002 0.012 0.003 0.001 0.003 0.001 0.013 0.791 0.089 0.083 0.003 90 V 0.005 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.613 0.341 0.021 0.004 91 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.714 0.255 0.009 0.001 92 E 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.052 0.710 0.217 0.011 0.001 93 K 0.011 0.013 0.010 0.001 0.012 0.004 0.248 0.438 0.151 0.105 0.007 94 L 0.023 0.642 0.115 0.005 0.082 0.009 0.022 0.044 0.020 0.025 0.012 95 G 0.081 0.032 0.022 0.025 0.057 0.017 0.029 0.046 0.036 0.353 0.302 96 V 0.146 0.272 0.102 0.008 0.297 0.007 0.018 0.036 0.025 0.054 0.035 97 K 0.070 0.306 0.128 0.038 0.231 0.029 0.050 0.055 0.035 0.028 0.030