# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.8115 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.627 0.209 0.088 0.051 0.020 0.004 0.001 2 D 0.589 0.259 0.098 0.040 0.010 0.003 0.001 3 L 0.290 0.195 0.246 0.193 0.058 0.016 0.001 4 N 0.417 0.262 0.170 0.100 0.040 0.011 0.001 5 R 0.369 0.317 0.168 0.095 0.037 0.013 0.001 6 M 0.171 0.119 0.166 0.239 0.202 0.094 0.008 7 G 0.309 0.251 0.214 0.141 0.064 0.019 0.002 8 K 0.487 0.295 0.133 0.058 0.021 0.006 0.001 9 D 0.399 0.312 0.153 0.087 0.036 0.010 0.001 10 E 0.189 0.273 0.195 0.182 0.109 0.047 0.005 11 Y 0.044 0.098 0.154 0.249 0.272 0.163 0.020 12 Y 0.042 0.086 0.136 0.202 0.263 0.233 0.039 13 V 0.035 0.064 0.116 0.204 0.288 0.250 0.044 14 Q 0.056 0.127 0.212 0.247 0.217 0.124 0.018 15 I 0.057 0.118 0.186 0.259 0.252 0.118 0.010 16 T 0.211 0.280 0.233 0.167 0.082 0.025 0.002 17 V 0.362 0.303 0.165 0.111 0.047 0.011 0.001 18 D 0.465 0.313 0.132 0.062 0.022 0.006 0.001 19 G 0.219 0.168 0.228 0.240 0.117 0.027 0.001 20 K 0.500 0.323 0.118 0.042 0.015 0.003 0.001 21 E 0.353 0.311 0.177 0.111 0.040 0.008 0.001 22 V 0.196 0.236 0.242 0.197 0.106 0.022 0.001 23 H 0.192 0.229 0.262 0.206 0.091 0.020 0.001 24 S 0.429 0.290 0.177 0.074 0.025 0.004 0.001 25 K 0.479 0.278 0.152 0.072 0.017 0.002 0.001 26 A 0.532 0.242 0.135 0.067 0.020 0.003 0.001 27 D 0.703 0.210 0.061 0.021 0.004 0.001 0.001 28 N 0.798 0.169 0.024 0.007 0.002 0.001 0.001 29 G 0.677 0.224 0.069 0.024 0.005 0.001 0.001 30 Q 0.591 0.269 0.097 0.034 0.008 0.001 0.001 31 K 0.497 0.343 0.107 0.039 0.012 0.002 0.001 32 Y 0.120 0.159 0.300 0.286 0.109 0.026 0.001 33 K 0.264 0.331 0.232 0.118 0.044 0.010 0.001 34 D 0.200 0.359 0.259 0.124 0.045 0.012 0.001 35 Y 0.018 0.052 0.126 0.299 0.368 0.129 0.008 36 E 0.032 0.235 0.297 0.284 0.113 0.039 0.002 37 Y 0.012 0.036 0.087 0.226 0.367 0.250 0.022 38 K 0.027 0.169 0.245 0.328 0.170 0.057 0.003 39 L 0.012 0.039 0.084 0.224 0.370 0.261 0.011 40 T 0.058 0.255 0.396 0.205 0.068 0.018 0.001 41 G 0.057 0.134 0.231 0.299 0.200 0.076 0.003 42 F 0.046 0.090 0.258 0.345 0.209 0.051 0.002 43 D 0.265 0.276 0.259 0.152 0.043 0.005 0.001 44 K 0.783 0.205 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 45 D 0.816 0.175 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 46 G 0.516 0.256 0.150 0.063 0.014 0.001 0.001 47 K 0.512 0.326 0.124 0.033 0.005 0.001 0.001 48 E 0.502 0.308 0.133 0.045 0.011 0.001 0.001 49 K 0.307 0.371 0.182 0.102 0.033 0.004 0.001 50 E 0.145 0.321 0.307 0.168 0.050 0.009 0.001 51 L 0.043 0.073 0.188 0.337 0.298 0.060 0.001 52 E 0.212 0.450 0.238 0.074 0.023 0.003 0.001 53 F 0.057 0.124 0.265 0.352 0.176 0.026 0.001 54 T 0.410 0.404 0.139 0.037 0.008 0.001 0.001 55 A 0.245 0.235 0.240 0.220 0.052 0.007 0.001 56 Q 0.682 0.233 0.064 0.016 0.004 0.001 0.001 57 K 0.621 0.289 0.068 0.019 0.003 0.001 0.001 58 N 0.458 0.452 0.075 0.013 0.002 0.001 0.001 59 L 0.053 0.081 0.211 0.407 0.223 0.023 0.001 60 R 0.137 0.293 0.303 0.184 0.075 0.009 0.001 61 K 0.454 0.399 0.104 0.034 0.008 0.001 0.001 62 E 0.314 0.419 0.182 0.068 0.015 0.002 0.001 63 A 0.028 0.109 0.203 0.351 0.244 0.062 0.003 64 F 0.009 0.044 0.143 0.283 0.321 0.183 0.017 65 L 0.007 0.019 0.034 0.090 0.294 0.468 0.087 66 R 0.010 0.063 0.201 0.343 0.257 0.116 0.010 67 V 0.006 0.024 0.050 0.079 0.271 0.495 0.074 68 Y 0.010 0.071 0.274 0.339 0.204 0.093 0.008 69 H 0.044 0.105 0.249 0.345 0.207 0.049 0.002 70 S 0.349 0.353 0.180 0.084 0.030 0.005 0.001 71 D 0.746 0.221 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 72 K 0.500 0.334 0.113 0.043 0.009 0.001 0.001 73 K 0.459 0.362 0.126 0.046 0.006 0.001 0.001 74 G 0.098 0.265 0.325 0.218 0.076 0.016 0.001 75 V 0.073 0.090 0.171 0.263 0.297 0.100 0.005 76 S 0.079 0.278 0.322 0.230 0.074 0.016 0.001 77 A 0.111 0.274 0.201 0.221 0.146 0.045 0.002 78 W 0.024 0.077 0.232 0.366 0.223 0.076 0.002 79 E 0.198 0.383 0.178 0.130 0.089 0.020 0.001 80 E 0.119 0.383 0.304 0.132 0.052 0.010 0.001 81 V 0.037 0.064 0.206 0.426 0.228 0.039 0.001 82 K 0.485 0.363 0.108 0.031 0.012 0.001 0.001 83 K 0.666 0.258 0.055 0.017 0.003 0.001 0.001 84 D 0.733 0.232 0.029 0.005 0.001 0.001 0.001 85 E 0.505 0.418 0.061 0.015 0.001 0.001 0.001 86 L 0.101 0.121 0.299 0.309 0.153 0.016 0.001 87 P 0.312 0.293 0.236 0.122 0.034 0.003 0.001 88 A 0.761 0.217 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 89 K 0.439 0.365 0.134 0.054 0.008 0.001 0.001 90 V 0.094 0.105 0.234 0.282 0.229 0.055 0.002 91 K 0.247 0.288 0.287 0.141 0.032 0.004 0.001 92 E 0.677 0.286 0.026 0.007 0.003 0.001 0.001 93 K 0.133 0.213 0.251 0.276 0.100 0.027 0.001 94 L 0.167 0.114 0.211 0.263 0.189 0.054 0.002 95 G 0.587 0.315 0.074 0.018 0.005 0.001 0.001 96 V 0.492 0.201 0.140 0.109 0.045 0.011 0.001 97 K 0.565 0.234 0.108 0.059 0.025 0.008 0.001