# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.8115 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.108 0.054 0.074 0.099 0.151 0.142 0.121 0.102 0.066 0.034 0.023 0.017 0.007 0.002 2 D 0.249 0.145 0.131 0.141 0.121 0.072 0.066 0.032 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 3 L 0.074 0.038 0.060 0.100 0.132 0.145 0.124 0.124 0.089 0.054 0.032 0.016 0.008 0.003 4 N 0.126 0.092 0.091 0.113 0.126 0.131 0.109 0.079 0.055 0.037 0.024 0.011 0.004 0.002 5 R 0.142 0.128 0.137 0.144 0.127 0.098 0.072 0.057 0.041 0.026 0.015 0.006 0.004 0.002 6 M 0.041 0.032 0.052 0.082 0.149 0.155 0.123 0.125 0.106 0.059 0.038 0.025 0.010 0.003 7 G 0.120 0.112 0.138 0.149 0.139 0.120 0.107 0.053 0.029 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 8 K 0.219 0.171 0.133 0.138 0.103 0.073 0.069 0.038 0.028 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 9 D 0.213 0.186 0.141 0.134 0.114 0.079 0.058 0.032 0.025 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 10 E 0.090 0.090 0.110 0.138 0.158 0.140 0.108 0.070 0.050 0.022 0.013 0.007 0.005 0.002 11 Y 0.027 0.026 0.044 0.076 0.114 0.137 0.151 0.150 0.117 0.078 0.045 0.022 0.011 0.004 12 Y 0.032 0.028 0.040 0.068 0.104 0.112 0.117 0.140 0.119 0.100 0.070 0.041 0.018 0.010 13 V 0.021 0.018 0.023 0.027 0.046 0.064 0.080 0.113 0.136 0.161 0.145 0.096 0.051 0.020 14 Q 0.044 0.044 0.060 0.093 0.115 0.110 0.108 0.124 0.116 0.079 0.055 0.029 0.016 0.007 15 I 0.031 0.028 0.039 0.063 0.093 0.109 0.117 0.128 0.122 0.115 0.079 0.045 0.021 0.012 16 T 0.069 0.077 0.087 0.117 0.131 0.135 0.125 0.097 0.069 0.045 0.026 0.012 0.005 0.004 17 V 0.098 0.091 0.112 0.128 0.140 0.122 0.097 0.076 0.059 0.038 0.022 0.011 0.005 0.002 18 D 0.190 0.200 0.142 0.138 0.112 0.074 0.060 0.034 0.030 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 19 G 0.091 0.071 0.109 0.129 0.157 0.154 0.121 0.082 0.043 0.023 0.010 0.005 0.003 0.001 20 K 0.219 0.165 0.139 0.142 0.117 0.080 0.062 0.036 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 21 E 0.278 0.166 0.133 0.127 0.108 0.070 0.044 0.033 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 22 V 0.125 0.094 0.118 0.158 0.154 0.138 0.097 0.059 0.031 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 23 H 0.133 0.108 0.144 0.151 0.143 0.122 0.092 0.057 0.025 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 24 S 0.362 0.206 0.129 0.107 0.083 0.048 0.030 0.017 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 25 K 0.317 0.187 0.134 0.128 0.100 0.063 0.036 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 26 A 0.350 0.163 0.135 0.128 0.093 0.061 0.042 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 27 D 0.562 0.186 0.100 0.069 0.043 0.019 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 N 0.603 0.169 0.088 0.066 0.039 0.018 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 G 0.558 0.178 0.101 0.076 0.042 0.022 0.015 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 Q 0.496 0.185 0.128 0.082 0.052 0.028 0.018 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.304 0.193 0.163 0.131 0.102 0.054 0.031 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 Y 0.125 0.098 0.134 0.158 0.181 0.138 0.084 0.045 0.024 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 33 K 0.249 0.163 0.146 0.130 0.116 0.083 0.057 0.027 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 34 D 0.187 0.183 0.139 0.135 0.125 0.083 0.064 0.039 0.025 0.010 0.005 0.002 0.002 0.001 35 Y 0.037 0.033 0.057 0.087 0.154 0.169 0.142 0.131 0.080 0.048 0.029 0.020 0.008 0.002 36 E 0.090 0.092 0.102 0.150 0.173 0.121 0.103 0.076 0.046 0.024 0.014 0.006 0.003 0.001 37 Y 0.036 0.020 0.028 0.050 0.084 0.106 0.116 0.150 0.144 0.108 0.080 0.050 0.022 0.007 38 K 0.060 0.057 0.071 0.126 0.157 0.131 0.134 0.111 0.068 0.039 0.026 0.012 0.005 0.003 39 L 0.029 0.020 0.031 0.041 0.065 0.087 0.116 0.146 0.130 0.148 0.099 0.057 0.024 0.008 40 T 0.086 0.089 0.103 0.151 0.152 0.121 0.094 0.090 0.056 0.032 0.016 0.006 0.003 0.001 41 G 0.063 0.047 0.069 0.104 0.128 0.150 0.125 0.120 0.078 0.062 0.032 0.014 0.006 0.002 42 F 0.055 0.065 0.098 0.163 0.174 0.177 0.133 0.083 0.028 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 43 D 0.223 0.165 0.162 0.154 0.114 0.075 0.061 0.024 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 44 K 0.618 0.159 0.084 0.065 0.039 0.017 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 D 0.759 0.136 0.050 0.032 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 G 0.530 0.157 0.132 0.098 0.045 0.021 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 K 0.509 0.158 0.140 0.103 0.047 0.024 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 E 0.613 0.194 0.088 0.047 0.029 0.013 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 K 0.275 0.186 0.165 0.132 0.096 0.072 0.043 0.016 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 50 E 0.126 0.164 0.175 0.142 0.168 0.094 0.072 0.035 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 51 L 0.041 0.027 0.046 0.068 0.151 0.156 0.171 0.149 0.085 0.054 0.027 0.016 0.008 0.001 52 E 0.223 0.136 0.143 0.159 0.139 0.075 0.064 0.032 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 53 F 0.126 0.045 0.068 0.132 0.186 0.137 0.095 0.085 0.061 0.034 0.018 0.009 0.003 0.001 54 T 0.238 0.175 0.147 0.160 0.109 0.071 0.058 0.020 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 55 A 0.103 0.062 0.113 0.164 0.174 0.162 0.110 0.059 0.030 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 56 Q 0.391 0.228 0.137 0.099 0.066 0.032 0.029 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 57 K 0.564 0.204 0.112 0.062 0.033 0.015 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 N 0.369 0.261 0.150 0.095 0.068 0.029 0.018 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.056 0.047 0.124 0.212 0.241 0.163 0.095 0.039 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 60 R 0.291 0.194 0.181 0.154 0.096 0.042 0.031 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 K 0.485 0.228 0.129 0.070 0.043 0.023 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.186 0.347 0.168 0.117 0.069 0.048 0.039 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.036 0.053 0.081 0.106 0.176 0.160 0.137 0.115 0.077 0.028 0.013 0.009 0.007 0.001 64 F 0.016 0.017 0.027 0.074 0.176 0.150 0.162 0.157 0.095 0.055 0.034 0.022 0.012 0.004 65 L 0.006 0.006 0.007 0.009 0.017 0.030 0.056 0.102 0.145 0.226 0.187 0.110 0.078 0.020 66 R 0.021 0.022 0.036 0.087 0.117 0.101 0.119 0.183 0.138 0.078 0.050 0.028 0.014 0.006 67 V 0.008 0.006 0.008 0.013 0.023 0.035 0.051 0.082 0.155 0.216 0.209 0.123 0.049 0.024 68 Y 0.016 0.023 0.043 0.107 0.149 0.178 0.160 0.155 0.078 0.043 0.026 0.013 0.004 0.003 69 H 0.015 0.024 0.045 0.088 0.130 0.158 0.167 0.133 0.097 0.080 0.037 0.016 0.007 0.004 70 S 0.164 0.190 0.175 0.168 0.122 0.074 0.054 0.023 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 71 D 0.435 0.240 0.135 0.079 0.052 0.026 0.018 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.286 0.220 0.158 0.130 0.090 0.053 0.033 0.014 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 73 K 0.397 0.219 0.140 0.095 0.069 0.037 0.023 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 74 G 0.220 0.182 0.157 0.132 0.123 0.080 0.056 0.026 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 75 V 0.064 0.046 0.073 0.102 0.183 0.163 0.141 0.108 0.058 0.033 0.016 0.008 0.004 0.001 76 S 0.210 0.153 0.141 0.147 0.129 0.083 0.055 0.036 0.024 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 77 A 0.217 0.109 0.099 0.137 0.136 0.099 0.075 0.057 0.037 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 78 W 0.075 0.065 0.095 0.144 0.163 0.153 0.111 0.086 0.049 0.034 0.015 0.007 0.003 0.001 79 E 0.282 0.162 0.141 0.150 0.105 0.072 0.037 0.023 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 80 E 0.336 0.193 0.120 0.121 0.082 0.059 0.045 0.020 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 81 V 0.149 0.060 0.090 0.156 0.169 0.159 0.129 0.053 0.021 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 82 K 0.589 0.142 0.101 0.087 0.042 0.017 0.017 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 K 0.477 0.108 0.112 0.141 0.085 0.039 0.022 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 84 D 0.667 0.111 0.082 0.089 0.027 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 E 0.766 0.148 0.059 0.015 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 L 0.080 0.084 0.174 0.256 0.190 0.135 0.044 0.022 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 87 P 0.069 0.069 0.147 0.196 0.255 0.142 0.080 0.025 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 88 A 0.803 0.134 0.041 0.012 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 K 0.234 0.421 0.187 0.080 0.046 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 V 0.017 0.013 0.033 0.078 0.220 0.239 0.183 0.152 0.048 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 91 K 0.119 0.186 0.236 0.263 0.129 0.045 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.899 0.073 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 K 0.116 0.194 0.213 0.193 0.138 0.078 0.046 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 94 L 0.080 0.043 0.079 0.123 0.205 0.190 0.143 0.081 0.037 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 95 G 0.424 0.273 0.135 0.067 0.049 0.021 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 V 0.174 0.048 0.079 0.157 0.211 0.134 0.067 0.059 0.039 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 97 K 0.263 0.163 0.145 0.160 0.111 0.069 0.051 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001