# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.5286 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.016 0.094 0.077 0.091 0.006 0.055 0.051 0.005 0.001 0.006 0.005 0.010 0.011 0.087 0.029 0.124 0.055 0.101 0.155 0.003 2 D 0.010 0.012 0.066 0.058 0.121 0.015 0.069 0.068 0.006 0.001 0.004 0.004 0.006 0.010 0.042 0.037 0.123 0.056 0.125 0.161 0.004 3 L 0.011 0.012 0.037 0.051 0.149 0.008 0.109 0.034 0.005 0.002 0.003 0.003 0.009 0.009 0.051 0.044 0.211 0.070 0.092 0.088 0.002 4 N 0.010 0.009 0.103 0.076 0.067 0.008 0.086 0.044 0.005 0.002 0.004 0.004 0.006 0.009 0.050 0.020 0.084 0.050 0.172 0.189 0.003 5 R 0.006 0.006 0.040 0.042 0.131 0.008 0.048 0.029 0.004 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.027 0.036 0.329 0.070 0.077 0.133 0.001 6 M 0.005 0.009 0.040 0.048 0.108 0.018 0.254 0.036 0.005 0.005 0.002 0.002 0.004 0.005 0.045 0.027 0.153 0.076 0.059 0.098 0.001 7 G 0.009 0.012 0.094 0.087 0.120 0.005 0.111 0.016 0.004 0.004 0.002 0.002 0.003 0.003 0.036 0.024 0.091 0.083 0.113 0.179 0.001 8 K 0.012 0.015 0.109 0.082 0.236 0.004 0.053 0.008 0.003 0.003 0.003 0.002 0.004 0.002 0.027 0.028 0.127 0.067 0.077 0.137 0.002 9 D 0.026 0.041 0.113 0.179 0.224 0.003 0.071 0.003 0.002 0.003 0.003 0.004 0.008 0.003 0.039 0.023 0.060 0.032 0.049 0.110 0.003 10 E 0.055 0.089 0.065 0.078 0.494 0.001 0.032 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.011 0.004 0.026 0.027 0.023 0.017 0.023 0.038 0.004 11 Y 0.154 0.304 0.111 0.174 0.108 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.039 0.008 0.028 0.009 0.003 0.006 0.009 0.009 0.010 12 Y 0.259 0.367 0.025 0.042 0.185 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.015 0.038 0.005 0.006 0.009 0.001 0.001 0.004 0.002 0.020 13 V 0.385 0.354 0.059 0.043 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.013 0.052 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 14 Q 0.352 0.351 0.032 0.055 0.090 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.013 0.033 0.003 0.007 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.039 15 I 0.343 0.344 0.039 0.056 0.123 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.034 0.002 0.015 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.014 16 T 0.233 0.284 0.086 0.184 0.142 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.013 0.001 0.019 0.003 0.003 0.002 0.006 0.010 0.005 17 V 0.136 0.095 0.073 0.135 0.404 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.024 0.008 0.048 0.009 0.013 0.031 0.002 18 D 0.037 0.033 0.073 0.161 0.258 0.002 0.092 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.035 0.006 0.126 0.010 0.025 0.129 0.001 19 G 0.016 0.025 0.026 0.033 0.397 0.002 0.239 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.010 0.024 0.152 0.021 0.039 0.001 20 K 0.028 0.038 0.313 0.380 0.045 0.001 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 0.004 0.022 0.014 0.039 0.069 0.001 21 E 0.026 0.035 0.008 0.015 0.830 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.001 0.003 0.009 0.008 0.010 0.021 0.010 0.002 22 V 0.055 0.072 0.352 0.311 0.047 0.001 0.006 0.019 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.001 0.068 0.003 0.009 0.004 0.017 0.019 0.002 23 H 0.044 0.069 0.013 0.048 0.723 0.001 0.007 0.019 0.001 0.001 0.005 0.003 0.008 0.001 0.005 0.008 0.011 0.009 0.013 0.010 0.004 24 S 0.079 0.095 0.247 0.277 0.120 0.002 0.009 0.034 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.001 0.053 0.003 0.014 0.006 0.021 0.023 0.004 25 K 0.057 0.040 0.019 0.048 0.687 0.001 0.014 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.005 0.059 0.009 0.013 0.010 0.002 26 A 0.072 0.043 0.202 0.207 0.180 0.003 0.053 0.041 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.052 0.003 0.040 0.018 0.034 0.040 0.001 27 D 0.016 0.013 0.064 0.091 0.199 0.003 0.055 0.027 0.036 0.017 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.011 0.256 0.054 0.053 0.083 0.001 28 N 0.003 0.004 0.015 0.034 0.117 0.003 0.423 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.014 0.154 0.021 0.038 0.150 0.001 29 G 0.003 0.005 0.030 0.018 0.127 0.002 0.325 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.023 0.374 0.031 0.040 0.001 30 Q 0.016 0.021 0.363 0.130 0.135 0.001 0.012 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.023 0.028 0.046 0.042 0.065 0.098 0.002 31 K 0.025 0.041 0.072 0.065 0.600 0.001 0.009 0.006 0.001 0.001 0.003 0.003 0.010 0.002 0.026 0.012 0.033 0.015 0.039 0.032 0.004 32 Y 0.047 0.077 0.163 0.156 0.274 0.001 0.020 0.008 0.001 0.001 0.010 0.007 0.011 0.003 0.083 0.021 0.027 0.017 0.029 0.039 0.005 33 K 0.073 0.119 0.109 0.252 0.253 0.001 0.014 0.006 0.001 0.001 0.007 0.004 0.020 0.003 0.039 0.008 0.035 0.011 0.011 0.031 0.003 34 D 0.112 0.163 0.062 0.107 0.367 0.001 0.024 0.006 0.001 0.001 0.015 0.011 0.021 0.005 0.020 0.020 0.012 0.012 0.018 0.015 0.007 35 Y 0.210 0.271 0.121 0.162 0.131 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.005 0.005 0.018 0.002 0.022 0.004 0.010 0.004 0.009 0.009 0.006 36 E 0.278 0.296 0.036 0.053 0.261 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.007 0.005 0.016 0.002 0.008 0.004 0.005 0.003 0.005 0.004 0.008 37 Y 0.260 0.366 0.093 0.130 0.068 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.006 0.007 0.023 0.002 0.014 0.002 0.002 0.002 0.006 0.004 0.009 38 K 0.273 0.373 0.029 0.059 0.176 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 0.009 0.027 0.003 0.010 0.005 0.003 0.002 0.003 0.002 0.012 39 L 0.226 0.330 0.090 0.212 0.038 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.009 0.012 0.025 0.004 0.019 0.002 0.003 0.001 0.006 0.005 0.013 40 T 0.134 0.242 0.026 0.033 0.475 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.007 0.006 0.016 0.004 0.010 0.010 0.005 0.005 0.003 0.008 0.006 41 G 0.176 0.203 0.193 0.284 0.058 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.002 0.019 0.002 0.004 0.004 0.007 0.008 0.009 42 F 0.100 0.088 0.015 0.024 0.679 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.009 0.002 0.008 0.009 0.013 0.011 0.012 0.006 0.007 43 D 0.050 0.026 0.295 0.338 0.041 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.001 0.046 0.001 0.004 0.003 0.100 0.070 0.004 44 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.208 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.776 0.001 0.001 0.001 0.001 45 D 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.001 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.011 0.001 46 G 0.003 0.009 0.018 0.016 0.065 0.001 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.794 0.007 0.010 0.001 47 K 0.040 0.062 0.463 0.230 0.115 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.011 0.009 0.012 0.004 0.015 0.025 0.002 48 E 0.044 0.078 0.012 0.015 0.814 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.005 0.002 0.003 49 K 0.109 0.195 0.186 0.314 0.059 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.012 0.001 0.099 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 50 E 0.151 0.225 0.006 0.025 0.482 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.008 0.030 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 51 L 0.284 0.325 0.124 0.099 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.016 0.045 0.005 0.051 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 52 E 0.295 0.369 0.018 0.045 0.194 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 0.006 0.020 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.020 53 F 0.361 0.263 0.075 0.106 0.092 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.007 0.023 0.002 0.035 0.003 0.003 0.002 0.005 0.004 0.009 54 T 0.178 0.164 0.066 0.114 0.237 0.001 0.014 0.017 0.001 0.001 0.012 0.011 0.032 0.008 0.034 0.017 0.027 0.010 0.026 0.019 0.012 55 A 0.118 0.088 0.109 0.154 0.215 0.002 0.029 0.023 0.002 0.001 0.005 0.006 0.013 0.005 0.048 0.014 0.069 0.017 0.036 0.043 0.004 56 Q 0.021 0.040 0.047 0.074 0.148 0.007 0.170 0.062 0.006 0.005 0.002 0.003 0.007 0.005 0.059 0.023 0.130 0.074 0.048 0.067 0.002 57 K 0.011 0.012 0.089 0.078 0.072 0.015 0.116 0.099 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.045 0.010 0.239 0.040 0.052 0.106 0.001 58 N 0.004 0.007 0.018 0.022 0.143 0.016 0.241 0.133 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.021 0.121 0.125 0.049 0.068 0.001 59 L 0.008 0.008 0.102 0.089 0.066 0.005 0.082 0.076 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.044 0.013 0.151 0.063 0.099 0.182 0.001 60 R 0.008 0.010 0.059 0.064 0.180 0.006 0.047 0.063 0.008 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.014 0.084 0.057 0.122 0.257 0.001 61 K 0.006 0.005 0.074 0.052 0.085 0.003 0.050 0.027 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.007 0.529 0.044 0.033 0.057 0.001 62 E 0.015 0.033 0.059 0.072 0.191 0.010 0.337 0.046 0.005 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.006 0.106 0.030 0.022 0.045 0.001 63 A 0.055 0.153 0.082 0.166 0.194 0.005 0.130 0.029 0.002 0.003 0.001 0.002 0.006 0.002 0.011 0.010 0.046 0.043 0.019 0.040 0.001 64 F 0.170 0.362 0.043 0.101 0.204 0.001 0.014 0.013 0.001 0.001 0.005 0.004 0.020 0.003 0.009 0.007 0.012 0.009 0.009 0.009 0.004 65 L 0.374 0.428 0.027 0.032 0.082 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.005 0.007 0.019 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 66 R 0.443 0.396 0.037 0.038 0.029 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 0.005 0.022 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 67 V 0.434 0.399 0.019 0.020 0.048 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 0.009 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 68 Y 0.344 0.490 0.036 0.048 0.027 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.005 0.018 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 69 H 0.385 0.358 0.022 0.099 0.087 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.014 0.001 0.005 0.001 0.004 0.001 0.002 0.002 0.008 70 S 0.246 0.202 0.074 0.076 0.257 0.001 0.020 0.007 0.002 0.001 0.004 0.005 0.013 0.002 0.019 0.004 0.032 0.004 0.010 0.016 0.006 71 D 0.066 0.063 0.101 0.098 0.219 0.004 0.132 0.014 0.004 0.003 0.003 0.002 0.007 0.003 0.042 0.012 0.079 0.057 0.024 0.060 0.004 72 K 0.025 0.016 0.072 0.068 0.246 0.003 0.104 0.009 0.010 0.005 0.003 0.003 0.004 0.003 0.030 0.026 0.094 0.054 0.091 0.134 0.002 73 K 0.009 0.010 0.105 0.081 0.134 0.009 0.118 0.013 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.035 0.018 0.147 0.052 0.063 0.192 0.001 74 G 0.011 0.018 0.042 0.049 0.344 0.008 0.136 0.013 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.003 0.019 0.034 0.039 0.153 0.060 0.056 0.004 75 V 0.029 0.034 0.192 0.183 0.173 0.001 0.012 0.007 0.001 0.001 0.005 0.005 0.013 0.002 0.065 0.022 0.027 0.021 0.135 0.071 0.003 76 S 0.031 0.035 0.102 0.148 0.268 0.001 0.010 0.011 0.001 0.001 0.006 0.005 0.014 0.003 0.082 0.020 0.041 0.029 0.058 0.130 0.003 77 A 0.009 0.012 0.046 0.131 0.195 0.001 0.007 0.011 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.001 0.032 0.033 0.024 0.009 0.124 0.351 0.003 78 W 0.008 0.006 0.026 0.015 0.378 0.001 0.020 0.021 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.035 0.009 0.417 0.026 0.012 0.019 0.001 79 E 0.015 0.025 0.165 0.145 0.035 0.023 0.206 0.236 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.041 0.005 0.031 0.010 0.021 0.034 0.001 80 E 0.020 0.021 0.015 0.035 0.449 0.003 0.057 0.138 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.012 0.023 0.056 0.047 0.087 0.023 0.002 81 V 0.015 0.020 0.142 0.102 0.090 0.002 0.025 0.111 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.217 0.012 0.063 0.027 0.048 0.114 0.001 82 K 0.004 0.007 0.017 0.072 0.194 0.002 0.021 0.094 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.018 0.029 0.029 0.195 0.300 0.001 83 K 0.001 0.001 0.011 0.010 0.037 0.001 0.012 0.037 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.003 0.800 0.018 0.026 0.016 0.001 84 D 0.001 0.001 0.003 0.005 0.009 0.057 0.517 0.205 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.146 0.007 0.006 0.031 0.001 85 E 0.001 0.001 0.003 0.005 0.009 0.004 0.534 0.073 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.085 0.161 0.078 0.038 0.001 86 L 0.001 0.001 0.008 0.016 0.009 0.001 0.014 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.089 0.050 0.399 0.369 0.001 87 P 0.001 0.001 0.005 0.006 0.015 0.002 0.025 0.135 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.011 0.208 0.033 0.146 0.391 0.001 88 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.163 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.807 0.004 0.007 0.007 0.001 89 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.039 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.008 0.001 90 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.879 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.004 0.001 0.002 0.001 91 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.963 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.112 0.848 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 93 K 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.006 0.198 0.213 0.140 0.134 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.252 0.030 0.005 0.004 0.001 94 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.005 0.411 0.052 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.055 0.027 0.118 0.294 0.001 95 G 0.001 0.001 0.007 0.003 0.010 0.004 0.140 0.024 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.062 0.630 0.060 0.039 0.001 96 V 0.001 0.001 0.032 0.012 0.035 0.003 0.031 0.020 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.115 0.124 0.049 0.248 0.292 0.001 97 K 0.001 0.002 0.043 0.031 0.048 0.008 0.053 0.037 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.131 0.014 0.115 0.064 0.218 0.216 0.002