# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.5286 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.021 0.732 0.005 0.006 0.011 0.001 0.001 0.034 0.083 0.010 0.067 0.024 2 D 0.002 0.026 0.711 0.004 0.007 0.012 0.001 0.001 0.046 0.082 0.026 0.027 0.056 3 L 0.004 0.044 0.579 0.008 0.035 0.034 0.002 0.002 0.039 0.117 0.056 0.016 0.064 4 N 0.003 0.014 0.632 0.017 0.033 0.030 0.001 0.001 0.037 0.122 0.028 0.052 0.029 5 R 0.007 0.020 0.291 0.006 0.117 0.089 0.003 0.003 0.034 0.119 0.135 0.031 0.146 6 M 0.011 0.031 0.329 0.013 0.106 0.053 0.003 0.004 0.026 0.078 0.197 0.054 0.094 7 G 0.015 0.014 0.348 0.021 0.045 0.019 0.003 0.002 0.015 0.201 0.108 0.108 0.101 8 K 0.016 0.010 0.371 0.026 0.021 0.010 0.002 0.001 0.010 0.183 0.125 0.059 0.166 9 D 0.057 0.008 0.228 0.058 0.018 0.006 0.003 0.001 0.006 0.127 0.128 0.178 0.182 10 E 0.237 0.004 0.100 0.051 0.006 0.002 0.012 0.002 0.011 0.032 0.022 0.153 0.368 11 Y 0.458 0.001 0.014 0.022 0.001 0.001 0.020 0.001 0.007 0.005 0.002 0.292 0.174 12 Y 0.692 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.019 0.001 0.003 0.001 0.001 0.080 0.188 13 V 0.767 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.139 0.068 14 Q 0.783 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.086 15 I 0.583 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.141 0.251 16 T 0.266 0.004 0.083 0.023 0.001 0.001 0.012 0.001 0.012 0.008 0.006 0.258 0.326 17 V 0.056 0.004 0.148 0.025 0.006 0.001 0.003 0.001 0.005 0.110 0.167 0.196 0.278 18 D 0.007 0.004 0.070 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.148 0.590 0.082 0.076 19 G 0.010 0.007 0.147 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.272 0.424 0.035 0.082 20 K 0.042 0.033 0.211 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 0.006 0.071 0.020 0.515 0.073 21 E 0.058 0.023 0.051 0.003 0.005 0.003 0.005 0.001 0.005 0.006 0.005 0.017 0.819 22 V 0.099 0.010 0.040 0.046 0.005 0.004 0.006 0.001 0.007 0.005 0.002 0.721 0.053 23 H 0.126 0.006 0.039 0.014 0.004 0.004 0.006 0.001 0.005 0.005 0.004 0.085 0.702 24 S 0.153 0.009 0.072 0.018 0.005 0.004 0.005 0.001 0.004 0.009 0.007 0.561 0.152 25 K 0.121 0.018 0.128 0.014 0.011 0.014 0.007 0.001 0.007 0.019 0.027 0.141 0.491 26 A 0.039 0.024 0.282 0.009 0.022 0.013 0.003 0.001 0.003 0.067 0.171 0.151 0.215 27 D 0.007 0.006 0.147 0.014 0.025 0.008 0.001 0.001 0.001 0.127 0.541 0.064 0.059 28 N 0.001 0.003 0.043 0.004 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.136 0.774 0.009 0.014 29 G 0.002 0.005 0.113 0.005 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.360 0.466 0.020 0.019 30 Q 0.022 0.033 0.437 0.006 0.007 0.006 0.002 0.001 0.003 0.138 0.045 0.177 0.124 31 K 0.050 0.048 0.198 0.005 0.005 0.007 0.006 0.001 0.006 0.031 0.017 0.104 0.523 32 Y 0.097 0.022 0.153 0.054 0.008 0.010 0.010 0.001 0.009 0.021 0.012 0.387 0.215 33 K 0.097 0.006 0.082 0.112 0.007 0.005 0.006 0.001 0.004 0.026 0.019 0.247 0.390 34 D 0.208 0.003 0.054 0.075 0.008 0.004 0.008 0.001 0.003 0.021 0.024 0.200 0.392 35 Y 0.314 0.002 0.028 0.039 0.005 0.003 0.010 0.001 0.003 0.013 0.010 0.273 0.302 36 E 0.414 0.001 0.013 0.013 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.002 0.003 0.182 0.355 37 Y 0.491 0.001 0.012 0.013 0.001 0.001 0.016 0.001 0.005 0.002 0.001 0.220 0.236 38 K 0.481 0.002 0.014 0.050 0.001 0.002 0.025 0.001 0.008 0.003 0.002 0.237 0.174 39 L 0.426 0.001 0.014 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.007 0.001 0.001 0.254 0.284 40 T 0.480 0.001 0.018 0.027 0.001 0.001 0.013 0.001 0.005 0.002 0.001 0.153 0.300 41 G 0.382 0.002 0.010 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.464 0.127 42 F 0.247 0.008 0.025 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.003 0.002 0.062 0.638 43 D 0.068 0.008 0.262 0.010 0.006 0.001 0.003 0.001 0.003 0.025 0.017 0.284 0.312 44 K 0.004 0.001 0.032 0.008 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.091 0.784 0.031 0.033 45 D 0.001 0.001 0.014 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.895 0.006 0.014 46 G 0.002 0.002 0.104 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.502 0.340 0.032 0.011 47 K 0.052 0.030 0.390 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.010 0.273 0.157 48 E 0.119 0.016 0.058 0.005 0.002 0.002 0.007 0.001 0.002 0.004 0.005 0.032 0.747 49 K 0.109 0.002 0.013 0.108 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.738 0.022 50 E 0.256 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.027 0.687 51 L 0.461 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.431 0.076 52 E 0.570 0.001 0.006 0.007 0.001 0.002 0.026 0.001 0.004 0.001 0.001 0.106 0.276 53 F 0.383 0.002 0.029 0.006 0.002 0.006 0.012 0.001 0.008 0.004 0.003 0.310 0.232 54 T 0.190 0.008 0.125 0.042 0.011 0.035 0.015 0.002 0.023 0.024 0.022 0.163 0.340 55 A 0.041 0.012 0.282 0.011 0.041 0.083 0.005 0.001 0.015 0.079 0.105 0.111 0.214 56 Q 0.012 0.009 0.283 0.018 0.100 0.124 0.002 0.001 0.006 0.111 0.201 0.045 0.090 57 K 0.007 0.008 0.170 0.005 0.143 0.176 0.001 0.001 0.002 0.163 0.250 0.045 0.028 58 N 0.002 0.020 0.164 0.002 0.099 0.249 0.001 0.001 0.002 0.078 0.348 0.005 0.029 59 L 0.003 0.040 0.353 0.002 0.060 0.163 0.001 0.001 0.003 0.186 0.129 0.033 0.027 60 R 0.002 0.013 0.699 0.004 0.022 0.061 0.001 0.001 0.002 0.090 0.039 0.014 0.053 61 K 0.004 0.009 0.141 0.019 0.150 0.231 0.001 0.001 0.001 0.090 0.308 0.020 0.027 62 E 0.011 0.005 0.117 0.033 0.128 0.118 0.001 0.001 0.003 0.102 0.411 0.021 0.049 63 A 0.112 0.004 0.175 0.028 0.047 0.053 0.004 0.001 0.009 0.082 0.042 0.176 0.267 64 F 0.386 0.002 0.035 0.012 0.003 0.012 0.024 0.003 0.018 0.008 0.006 0.088 0.405 65 L 0.693 0.001 0.008 0.020 0.001 0.006 0.029 0.004 0.007 0.002 0.002 0.170 0.058 66 R 0.779 0.001 0.005 0.016 0.001 0.005 0.020 0.002 0.004 0.001 0.001 0.066 0.100 67 V 0.793 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.024 0.001 0.005 0.001 0.001 0.075 0.093 68 Y 0.773 0.001 0.007 0.007 0.001 0.004 0.023 0.001 0.004 0.001 0.001 0.084 0.094 69 H 0.441 0.003 0.035 0.009 0.002 0.004 0.011 0.001 0.007 0.006 0.006 0.229 0.246 70 S 0.095 0.005 0.148 0.048 0.009 0.009 0.005 0.001 0.009 0.098 0.185 0.170 0.219 71 D 0.015 0.006 0.106 0.011 0.031 0.011 0.001 0.001 0.002 0.182 0.512 0.040 0.082 72 K 0.009 0.006 0.142 0.017 0.053 0.010 0.001 0.001 0.002 0.236 0.416 0.054 0.054 73 K 0.023 0.013 0.206 0.018 0.071 0.014 0.003 0.001 0.004 0.203 0.243 0.115 0.085 74 G 0.037 0.043 0.296 0.011 0.042 0.018 0.008 0.002 0.015 0.137 0.137 0.050 0.204 75 V 0.052 0.068 0.347 0.012 0.009 0.007 0.008 0.002 0.036 0.049 0.018 0.247 0.147 76 S 0.035 0.053 0.381 0.014 0.003 0.005 0.008 0.001 0.035 0.053 0.005 0.135 0.272 77 A 0.007 0.015 0.657 0.020 0.004 0.008 0.002 0.001 0.014 0.087 0.011 0.072 0.100 78 W 0.018 0.007 0.256 0.050 0.164 0.183 0.004 0.001 0.011 0.060 0.093 0.024 0.129 79 E 0.022 0.005 0.125 0.016 0.276 0.234 0.005 0.001 0.015 0.038 0.102 0.131 0.030 80 E 0.032 0.017 0.164 0.003 0.153 0.271 0.006 0.002 0.030 0.029 0.053 0.036 0.202 81 V 0.029 0.044 0.462 0.009 0.032 0.137 0.003 0.001 0.034 0.045 0.014 0.118 0.073 82 K 0.006 0.017 0.671 0.006 0.026 0.084 0.001 0.001 0.008 0.050 0.026 0.016 0.088 83 K 0.002 0.007 0.114 0.005 0.362 0.364 0.001 0.001 0.003 0.031 0.090 0.006 0.017 84 D 0.001 0.002 0.048 0.002 0.220 0.401 0.001 0.001 0.001 0.029 0.284 0.006 0.006 85 E 0.001 0.007 0.098 0.001 0.135 0.365 0.001 0.001 0.002 0.054 0.327 0.003 0.009 86 L 0.001 0.013 0.528 0.001 0.010 0.273 0.001 0.001 0.003 0.137 0.025 0.006 0.005 87 P 0.001 0.003 0.423 0.001 0.010 0.536 0.001 0.001 0.001 0.019 0.006 0.001 0.002 88 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 89 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 90 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 92 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 93 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 94 L 0.001 0.001 0.016 0.001 0.005 0.689 0.001 0.001 0.001 0.011 0.277 0.001 0.001 95 G 0.001 0.002 0.161 0.001 0.015 0.215 0.001 0.001 0.001 0.027 0.574 0.001 0.002 96 V 0.001 0.008 0.835 0.001 0.002 0.027 0.001 0.001 0.011 0.086 0.021 0.004 0.006 97 K 0.001 0.002 0.931 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 0.043 0.005 0.001 0.003