# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.5286 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.096 0.059 0.155 0.304 0.017 0.089 0.028 0.019 0.010 0.014 0.047 0.044 0.088 0.005 0.009 0.018 2 D 0.029 0.132 0.108 0.263 0.017 0.186 0.012 0.017 0.015 0.008 0.046 0.066 0.067 0.005 0.007 0.022 3 L 0.033 0.083 0.134 0.441 0.019 0.035 0.016 0.015 0.013 0.006 0.070 0.039 0.058 0.010 0.007 0.020 4 N 0.030 0.051 0.136 0.201 0.018 0.273 0.019 0.015 0.009 0.010 0.020 0.099 0.090 0.003 0.016 0.010 5 R 0.024 0.066 0.073 0.158 0.039 0.058 0.027 0.022 0.013 0.009 0.337 0.018 0.088 0.021 0.005 0.044 6 M 0.047 0.240 0.111 0.319 0.008 0.021 0.010 0.031 0.017 0.002 0.012 0.104 0.026 0.005 0.031 0.017 7 G 0.030 0.025 0.315 0.187 0.026 0.160 0.036 0.013 0.018 0.029 0.015 0.012 0.072 0.003 0.010 0.046 8 K 0.060 0.245 0.154 0.232 0.008 0.126 0.011 0.026 0.008 0.004 0.063 0.012 0.027 0.003 0.005 0.017 9 D 0.028 0.184 0.093 0.516 0.001 0.076 0.002 0.011 0.018 0.003 0.022 0.025 0.009 0.001 0.004 0.008 10 E 0.031 0.135 0.364 0.436 0.001 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.010 11 Y 0.013 0.007 0.270 0.702 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 Y 0.001 0.002 0.180 0.814 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 V 0.001 0.001 0.007 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 Q 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 I 0.001 0.002 0.002 0.963 0.007 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 T 0.001 0.016 0.001 0.177 0.058 0.739 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 V 0.001 0.075 0.001 0.058 0.538 0.033 0.007 0.012 0.001 0.002 0.262 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 18 D 0.001 0.177 0.008 0.065 0.003 0.030 0.001 0.477 0.012 0.002 0.010 0.097 0.002 0.001 0.113 0.001 19 G 0.006 0.023 0.045 0.049 0.002 0.022 0.004 0.006 0.355 0.181 0.035 0.010 0.020 0.001 0.004 0.238 20 K 0.695 0.042 0.053 0.086 0.001 0.014 0.003 0.003 0.004 0.002 0.031 0.045 0.014 0.001 0.002 0.005 21 E 0.026 0.038 0.429 0.194 0.008 0.160 0.008 0.006 0.003 0.003 0.021 0.050 0.041 0.003 0.003 0.007 22 V 0.007 0.096 0.137 0.503 0.009 0.093 0.004 0.009 0.003 0.001 0.047 0.021 0.059 0.001 0.004 0.007 23 H 0.007 0.073 0.089 0.620 0.008 0.056 0.005 0.007 0.007 0.003 0.023 0.028 0.061 0.003 0.002 0.008 24 S 0.016 0.036 0.115 0.500 0.011 0.113 0.007 0.012 0.005 0.003 0.033 0.025 0.108 0.002 0.005 0.007 25 K 0.011 0.059 0.087 0.284 0.053 0.151 0.021 0.011 0.007 0.005 0.095 0.041 0.137 0.012 0.004 0.023 26 A 0.015 0.047 0.055 0.108 0.221 0.124 0.036 0.033 0.004 0.004 0.088 0.078 0.140 0.025 0.012 0.009 27 D 0.001 0.008 0.007 0.006 0.285 0.011 0.152 0.014 0.001 0.002 0.026 0.009 0.015 0.450 0.007 0.004 28 N 0.001 0.007 0.003 0.003 0.001 0.003 0.002 0.248 0.003 0.002 0.007 0.005 0.009 0.001 0.702 0.004 29 G 0.011 0.010 0.009 0.005 0.001 0.002 0.002 0.001 0.332 0.076 0.007 0.006 0.013 0.001 0.004 0.520 30 Q 0.942 0.004 0.021 0.006 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.006 0.001 0.001 0.003 31 K 0.022 0.036 0.709 0.042 0.009 0.094 0.012 0.006 0.001 0.001 0.017 0.011 0.025 0.003 0.003 0.008 32 Y 0.013 0.192 0.147 0.294 0.027 0.175 0.015 0.021 0.009 0.003 0.030 0.025 0.031 0.003 0.006 0.009 33 K 0.016 0.143 0.119 0.483 0.005 0.061 0.006 0.030 0.015 0.005 0.048 0.027 0.028 0.001 0.004 0.009 34 D 0.033 0.124 0.226 0.528 0.001 0.013 0.001 0.005 0.018 0.002 0.004 0.013 0.012 0.001 0.002 0.017 35 Y 0.042 0.007 0.252 0.636 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.008 0.001 0.001 0.004 36 E 0.005 0.068 0.209 0.707 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 37 Y 0.001 0.001 0.011 0.977 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 K 0.001 0.018 0.061 0.903 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 L 0.001 0.004 0.005 0.937 0.014 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 T 0.001 0.035 0.025 0.890 0.008 0.025 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 G 0.002 0.030 0.007 0.880 0.008 0.044 0.001 0.002 0.007 0.004 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 42 F 0.005 0.079 0.030 0.848 0.004 0.018 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 43 D 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 44 K 0.001 0.009 0.001 0.001 0.027 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.938 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 45 D 0.001 0.014 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.064 0.002 0.001 0.001 0.210 0.001 0.001 0.698 0.001 46 G 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.011 0.002 0.001 0.009 0.001 0.002 0.914 47 K 0.900 0.025 0.020 0.019 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.009 0.007 0.001 0.001 0.008 48 E 0.047 0.040 0.678 0.085 0.001 0.107 0.005 0.003 0.002 0.001 0.003 0.005 0.016 0.001 0.002 0.005 49 K 0.006 0.199 0.220 0.543 0.001 0.011 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 50 E 0.002 0.004 0.069 0.919 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.003 0.002 0.226 0.763 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 E 0.001 0.003 0.015 0.963 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 F 0.001 0.006 0.003 0.894 0.020 0.069 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 T 0.001 0.080 0.004 0.434 0.101 0.332 0.001 0.012 0.003 0.005 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 55 A 0.004 0.066 0.006 0.198 0.052 0.294 0.003 0.083 0.007 0.007 0.229 0.032 0.014 0.002 0.002 0.001 56 Q 0.005 0.192 0.036 0.097 0.028 0.100 0.016 0.046 0.026 0.016 0.163 0.194 0.049 0.012 0.013 0.008 57 K 0.038 0.041 0.037 0.091 0.005 0.038 0.011 0.069 0.030 0.014 0.215 0.136 0.183 0.006 0.055 0.030 58 N 0.059 0.088 0.161 0.073 0.006 0.033 0.023 0.005 0.051 0.008 0.045 0.086 0.158 0.013 0.011 0.180 59 L 0.105 0.057 0.348 0.172 0.006 0.024 0.020 0.008 0.003 0.002 0.015 0.041 0.156 0.002 0.016 0.025 60 R 0.010 0.020 0.111 0.035 0.125 0.391 0.093 0.008 0.002 0.006 0.016 0.017 0.122 0.027 0.003 0.013 61 K 0.008 0.039 0.016 0.041 0.002 0.120 0.003 0.217 0.004 0.001 0.400 0.012 0.089 0.003 0.040 0.006 62 E 0.006 0.458 0.036 0.084 0.001 0.006 0.003 0.002 0.153 0.007 0.007 0.142 0.024 0.001 0.006 0.065 63 A 0.362 0.033 0.313 0.194 0.001 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.005 0.036 0.001 0.003 0.039 64 F 0.004 0.003 0.941 0.047 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 L 0.002 0.013 0.168 0.808 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 66 R 0.001 0.001 0.011 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.007 0.979 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 Y 0.001 0.012 0.003 0.936 0.016 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 H 0.001 0.027 0.003 0.451 0.164 0.334 0.003 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 S 0.001 0.191 0.010 0.164 0.085 0.222 0.004 0.148 0.006 0.008 0.142 0.011 0.003 0.001 0.002 0.001 71 D 0.009 0.138 0.012 0.063 0.034 0.134 0.004 0.100 0.078 0.050 0.225 0.118 0.015 0.002 0.009 0.010 72 K 0.030 0.047 0.030 0.013 0.170 0.017 0.190 0.009 0.021 0.008 0.095 0.056 0.013 0.282 0.007 0.012 73 K 0.011 0.026 0.046 0.012 0.001 0.003 0.004 0.182 0.003 0.001 0.005 0.015 0.007 0.001 0.680 0.004 74 G 0.010 0.012 0.052 0.020 0.001 0.004 0.002 0.001 0.242 0.046 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 0.597 75 V 0.882 0.004 0.039 0.036 0.001 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 0.001 0.001 0.002 76 S 0.005 0.265 0.512 0.188 0.001 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 77 A 0.002 0.009 0.017 0.403 0.002 0.533 0.001 0.004 0.002 0.003 0.010 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 78 W 0.005 0.050 0.114 0.186 0.002 0.071 0.001 0.006 0.001 0.001 0.528 0.009 0.025 0.001 0.001 0.001 79 E 0.007 0.070 0.037 0.497 0.002 0.014 0.002 0.005 0.003 0.001 0.044 0.276 0.037 0.001 0.002 0.003 80 E 0.015 0.027 0.209 0.545 0.006 0.022 0.008 0.001 0.005 0.001 0.004 0.008 0.089 0.004 0.003 0.051 81 V 0.007 0.046 0.306 0.600 0.002 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.008 82 K 0.001 0.002 0.004 0.016 0.005 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 83 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.045 0.001 0.002 0.001 0.001 0.937 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 84 D 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.946 0.009 0.001 0.001 0.001 85 E 0.009 0.012 0.048 0.010 0.001 0.003 0.004 0.001 0.005 0.001 0.006 0.066 0.603 0.002 0.013 0.218 86 L 0.010 0.003 0.486 0.009 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.445 0.001 0.002 0.015 87 P 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.492 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.008 0.476 0.001 0.001 0.001 88 A 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.750 0.023 0.216 0.001 0.001 0.001 89 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.709 0.287 0.001 0.001 0.001 90 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 91 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.989 0.001 0.001 0.001 92 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.008 0.001 0.004 93 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.180 0.772 0.004 0.012 94 L 0.001 0.002 0.029 0.001 0.001 0.001 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.381 0.003 0.536 0.015 95 G 0.003 0.004 0.038 0.005 0.001 0.002 0.015 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.213 0.012 0.003 0.692 96 V 0.508 0.012 0.039 0.017 0.017 0.027 0.081 0.003 0.001 0.001 0.022 0.008 0.171 0.068 0.009 0.017 97 K 0.006 0.185 0.224 0.021 0.016 0.055 0.060 0.053 0.002 0.002 0.099 0.028 0.095 0.042 0.093 0.017