# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.5286 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.052 0.057 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.087 0.044 0.118 0.606 2 D 0.071 0.067 0.004 0.001 0.002 0.003 0.005 0.002 0.004 0.006 0.006 0.002 0.006 0.004 0.003 0.003 0.152 0.068 0.107 0.484 3 L 0.045 0.023 0.004 0.001 0.003 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.003 0.003 0.003 0.070 0.052 0.107 0.662 4 N 0.206 0.025 0.006 0.001 0.011 0.010 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.003 0.110 0.114 0.092 0.393 5 R 0.115 0.011 0.004 0.001 0.014 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.056 0.106 0.597 6 M 0.060 0.005 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.055 0.113 0.660 7 G 0.082 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.053 0.107 0.641 8 K 0.040 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.045 0.137 0.680 9 D 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.281 0.040 0.131 0.529 10 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.554 0.050 0.055 0.318 11 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 0.002 0.004 0.002 0.005 0.003 0.778 0.063 0.019 0.110 12 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.009 0.008 0.009 0.827 0.037 0.012 0.085 13 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.007 0.926 0.015 0.004 0.029 14 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.149 0.057 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.626 0.031 0.009 0.071 15 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.355 0.029 0.022 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.424 0.037 0.017 0.099 16 T 0.132 0.002 0.001 0.001 0.012 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.368 0.126 0.048 0.305 17 V 0.253 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.088 0.068 0.525 18 D 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.006 0.073 0.876 19 G 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.037 0.091 0.778 20 K 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.400 0.283 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.032 0.031 0.148 21 E 0.015 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.039 0.044 0.005 0.031 0.004 0.003 0.002 0.108 0.060 0.075 0.580 22 V 0.022 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.014 0.007 0.254 0.309 0.052 0.008 0.052 0.026 0.028 0.201 23 H 0.048 0.031 0.002 0.001 0.002 0.008 0.023 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.062 0.112 0.030 0.104 0.049 0.070 0.433 24 S 0.054 0.040 0.004 0.002 0.023 0.183 0.044 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.011 0.093 0.114 0.065 0.333 25 K 0.027 0.014 0.022 0.002 0.166 0.026 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.102 0.080 0.465 26 A 0.240 0.010 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.053 0.065 0.555 27 D 0.242 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.044 0.051 0.637 28 N 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.008 0.058 0.902 29 G 0.020 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.028 0.078 0.830 30 Q 0.020 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.102 0.235 0.054 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.047 0.064 0.391 31 K 0.017 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.012 0.003 0.006 0.003 0.002 0.001 0.090 0.030 0.083 0.731 32 Y 0.067 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.046 0.075 0.016 0.005 0.072 0.059 0.081 0.557 33 K 0.042 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.027 0.044 0.018 0.255 0.058 0.089 0.445 34 D 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.256 0.043 0.099 0.563 35 Y 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.761 0.027 0.035 0.157 36 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.690 0.065 0.039 0.190 37 Y 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.775 0.069 0.023 0.113 38 K 0.013 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.005 0.005 0.583 0.115 0.035 0.208 39 L 0.012 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.670 0.081 0.033 0.165 40 T 0.015 0.006 0.001 0.001 0.002 0.016 0.030 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.465 0.039 0.051 0.363 41 G 0.003 0.003 0.001 0.001 0.080 0.593 0.118 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.034 0.018 0.070 42 F 0.003 0.002 0.015 0.001 0.130 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.041 0.081 0.591 43 D 0.827 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.111 0.004 0.047 44 K 0.193 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.037 0.045 0.713 45 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.036 0.950 46 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.013 0.076 0.813 47 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.862 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.005 0.004 0.033 48 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.157 0.003 0.028 0.008 0.003 0.002 0.041 0.007 0.038 0.702 49 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.042 0.695 0.035 0.006 0.191 0.003 0.002 0.021 50 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.020 0.386 0.086 0.205 0.023 0.020 0.247 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.049 0.022 0.868 0.010 0.004 0.037 52 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.012 0.067 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.676 0.028 0.017 0.152 53 F 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 0.005 0.018 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.779 0.018 0.023 0.135 54 T 0.124 0.015 0.002 0.001 0.018 0.011 0.020 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.324 0.173 0.044 0.259 55 A 0.069 0.041 0.002 0.001 0.004 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.058 0.096 0.583 56 Q 0.068 0.109 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.030 0.088 0.672 57 K 0.150 0.249 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.112 0.058 0.358 58 N 0.064 0.278 0.017 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.100 0.070 0.404 59 L 0.192 0.180 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.014 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.035 0.056 0.075 0.416 60 R 0.273 0.182 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.007 0.002 0.001 0.018 0.109 0.055 0.323 61 K 0.190 0.133 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.088 0.050 0.091 0.430 62 E 0.010 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.156 0.053 0.123 0.596 63 A 0.007 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.652 0.083 0.048 0.173 64 F 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.579 0.124 0.042 0.221 65 L 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.005 0.778 0.063 0.016 0.115 66 R 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.007 0.800 0.064 0.009 0.075 67 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.143 0.120 0.105 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.471 0.052 0.014 0.070 68 Y 0.008 0.002 0.002 0.001 0.071 0.022 0.025 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.631 0.047 0.028 0.150 69 H 0.366 0.019 0.003 0.001 0.007 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.166 0.201 0.043 0.183 70 S 0.060 0.008 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.057 0.095 0.698 71 D 0.056 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.040 0.091 0.777 72 K 0.066 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.056 0.111 0.589 73 K 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.073 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.178 0.028 0.106 0.494 74 G 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.024 0.123 0.005 0.062 0.008 0.006 0.002 0.150 0.040 0.070 0.485 75 V 0.016 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.023 0.006 0.052 0.227 0.020 0.003 0.132 0.028 0.059 0.408 76 S 0.011 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.014 0.024 0.005 0.212 0.030 0.121 0.551 77 A 0.069 0.129 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.026 0.005 0.324 0.082 0.052 0.301 78 W 0.118 0.080 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.106 0.069 0.097 0.519 79 E 0.017 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.614 0.026 0.040 0.242 80 E 0.029 0.044 0.004 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.226 0.044 0.079 0.563 81 V 0.023 0.018 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.398 0.052 0.098 0.398 82 K 0.396 0.083 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.120 0.049 0.306 83 K 0.523 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.020 0.042 0.366 84 D 0.007 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.013 0.072 0.855 85 E 0.006 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.017 0.124 0.782 86 L 0.022 0.220 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.103 0.144 0.450 87 P 0.060 0.876 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.006 0.035 88 A 0.078 0.852 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.004 0.036 89 K 0.019 0.927 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.003 0.034 90 V 0.109 0.753 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.018 0.085 91 K 0.075 0.235 0.094 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.339 0.038 0.210 92 E 0.705 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.024 0.221 93 K 0.062 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.015 0.042 0.851 94 L 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.030 0.143 0.766 95 G 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.012 0.094 0.853 96 V 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.011 0.098 0.857 97 K 0.053 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.032 0.103 0.686