# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.5286 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.060 0.033 0.002 0.045 0.035 0.046 0.127 0.005 0.001 0.077 0.569 2 D 0.053 0.051 0.003 0.051 0.039 0.067 0.125 0.005 0.001 0.058 0.548 3 L 0.039 0.052 0.003 0.042 0.034 0.048 0.122 0.006 0.001 0.042 0.610 4 N 0.153 0.063 0.012 0.041 0.051 0.063 0.094 0.017 0.007 0.079 0.420 5 R 0.244 0.022 0.004 0.022 0.038 0.052 0.090 0.008 0.003 0.061 0.457 6 M 0.109 0.010 0.004 0.032 0.028 0.051 0.106 0.003 0.002 0.044 0.611 7 G 0.069 0.007 0.002 0.031 0.037 0.067 0.123 0.003 0.001 0.030 0.630 8 K 0.034 0.004 0.001 0.018 0.023 0.056 0.159 0.002 0.001 0.028 0.674 9 D 0.008 0.003 0.001 0.030 0.145 0.275 0.112 0.002 0.001 0.022 0.403 10 E 0.003 0.002 0.001 0.049 0.122 0.445 0.056 0.001 0.001 0.031 0.291 11 Y 0.001 0.001 0.001 0.033 0.282 0.573 0.014 0.001 0.001 0.018 0.078 12 Y 0.002 0.001 0.001 0.039 0.322 0.466 0.013 0.001 0.001 0.035 0.122 13 V 0.001 0.001 0.001 0.030 0.484 0.428 0.005 0.001 0.001 0.013 0.039 14 Q 0.001 0.001 0.001 0.032 0.380 0.460 0.011 0.001 0.001 0.025 0.089 15 I 0.002 0.001 0.001 0.035 0.428 0.377 0.019 0.001 0.001 0.020 0.118 16 T 0.134 0.007 0.001 0.032 0.211 0.209 0.044 0.005 0.001 0.067 0.290 17 V 0.242 0.008 0.001 0.012 0.046 0.056 0.074 0.005 0.001 0.045 0.510 18 D 0.014 0.009 0.001 0.006 0.017 0.029 0.082 0.001 0.001 0.014 0.825 19 G 0.021 0.027 0.001 0.014 0.054 0.118 0.089 0.003 0.001 0.032 0.641 20 K 0.018 0.028 0.002 0.015 0.226 0.224 0.072 0.003 0.001 0.073 0.339 21 E 0.030 0.036 0.003 0.017 0.172 0.207 0.058 0.004 0.001 0.055 0.418 22 V 0.094 0.038 0.002 0.018 0.138 0.204 0.061 0.006 0.001 0.053 0.385 23 H 0.046 0.033 0.002 0.022 0.108 0.223 0.083 0.006 0.001 0.055 0.420 24 S 0.023 0.016 0.002 0.028 0.101 0.235 0.076 0.002 0.002 0.064 0.450 25 K 0.062 0.012 0.009 0.016 0.092 0.135 0.081 0.004 0.007 0.123 0.459 26 A 0.166 0.006 0.001 0.014 0.038 0.037 0.079 0.004 0.001 0.046 0.607 27 D 0.362 0.004 0.001 0.005 0.011 0.012 0.054 0.003 0.001 0.026 0.521 28 N 0.007 0.002 0.001 0.004 0.004 0.010 0.071 0.001 0.001 0.006 0.895 29 G 0.014 0.008 0.001 0.008 0.032 0.070 0.098 0.001 0.001 0.023 0.745 30 Q 0.013 0.006 0.001 0.015 0.342 0.216 0.064 0.001 0.001 0.030 0.313 31 K 0.011 0.006 0.001 0.020 0.161 0.225 0.058 0.001 0.001 0.023 0.494 32 Y 0.024 0.004 0.001 0.016 0.181 0.224 0.059 0.002 0.001 0.028 0.461 33 K 0.006 0.003 0.001 0.015 0.301 0.417 0.037 0.001 0.001 0.016 0.203 34 D 0.005 0.002 0.001 0.019 0.159 0.443 0.041 0.001 0.001 0.029 0.301 35 Y 0.001 0.001 0.001 0.014 0.427 0.462 0.011 0.001 0.001 0.012 0.072 36 E 0.001 0.001 0.001 0.021 0.387 0.456 0.010 0.001 0.001 0.024 0.100 37 Y 0.001 0.001 0.001 0.011 0.621 0.309 0.005 0.001 0.001 0.009 0.044 38 K 0.007 0.002 0.001 0.035 0.361 0.418 0.015 0.001 0.001 0.034 0.125 39 L 0.012 0.002 0.001 0.021 0.337 0.426 0.024 0.003 0.001 0.032 0.143 40 T 0.012 0.001 0.001 0.032 0.268 0.444 0.031 0.001 0.001 0.041 0.171 41 G 0.003 0.001 0.001 0.018 0.241 0.407 0.055 0.001 0.001 0.047 0.226 42 F 0.003 0.002 0.001 0.035 0.176 0.226 0.086 0.001 0.001 0.037 0.432 43 D 0.730 0.005 0.001 0.005 0.033 0.030 0.023 0.007 0.001 0.051 0.114 44 K 0.329 0.003 0.001 0.003 0.006 0.010 0.057 0.003 0.001 0.035 0.552 45 D 0.005 0.002 0.001 0.002 0.004 0.016 0.061 0.001 0.001 0.004 0.906 46 G 0.009 0.003 0.001 0.010 0.071 0.132 0.098 0.001 0.001 0.018 0.659 47 K 0.003 0.002 0.001 0.011 0.362 0.396 0.038 0.001 0.001 0.018 0.168 48 E 0.002 0.002 0.001 0.013 0.220 0.383 0.027 0.001 0.001 0.024 0.327 49 K 0.001 0.001 0.001 0.014 0.457 0.397 0.012 0.001 0.001 0.015 0.103 50 E 0.003 0.002 0.001 0.036 0.282 0.449 0.017 0.001 0.001 0.044 0.165 51 L 0.002 0.002 0.001 0.036 0.493 0.307 0.014 0.001 0.001 0.023 0.122 52 E 0.005 0.007 0.001 0.038 0.415 0.345 0.015 0.001 0.001 0.035 0.138 53 F 0.011 0.017 0.001 0.051 0.363 0.261 0.032 0.002 0.001 0.026 0.235 54 T 0.045 0.049 0.005 0.063 0.194 0.156 0.062 0.004 0.002 0.104 0.317 55 A 0.073 0.160 0.004 0.020 0.056 0.045 0.087 0.010 0.002 0.056 0.487 56 Q 0.173 0.421 0.002 0.007 0.010 0.012 0.044 0.025 0.001 0.026 0.279 57 K 0.084 0.274 0.004 0.014 0.027 0.032 0.059 0.005 0.001 0.087 0.412 58 N 0.060 0.303 0.011 0.015 0.021 0.032 0.067 0.006 0.003 0.076 0.407 59 L 0.188 0.179 0.011 0.017 0.048 0.050 0.056 0.018 0.004 0.040 0.390 60 R 0.330 0.126 0.011 0.010 0.028 0.025 0.050 0.009 0.003 0.034 0.374 61 K 0.089 0.064 0.004 0.012 0.033 0.072 0.091 0.004 0.001 0.024 0.606 62 E 0.024 0.032 0.004 0.021 0.043 0.161 0.139 0.003 0.001 0.029 0.544 63 A 0.005 0.014 0.001 0.028 0.163 0.594 0.032 0.002 0.001 0.022 0.139 64 F 0.007 0.011 0.001 0.020 0.196 0.309 0.038 0.002 0.001 0.051 0.365 65 L 0.002 0.004 0.001 0.028 0.409 0.413 0.012 0.001 0.001 0.023 0.107 66 R 0.005 0.004 0.001 0.031 0.347 0.373 0.017 0.001 0.001 0.052 0.170 67 V 0.001 0.001 0.002 0.029 0.414 0.399 0.014 0.001 0.001 0.039 0.099 68 Y 0.021 0.004 0.001 0.030 0.296 0.298 0.031 0.002 0.001 0.048 0.267 69 H 0.280 0.005 0.002 0.019 0.154 0.108 0.041 0.007 0.002 0.052 0.330 70 S 0.043 0.003 0.002 0.014 0.021 0.027 0.076 0.002 0.001 0.024 0.787 71 D 0.061 0.003 0.001 0.008 0.009 0.024 0.081 0.002 0.001 0.020 0.792 72 K 0.031 0.003 0.001 0.011 0.043 0.033 0.105 0.002 0.001 0.035 0.735 73 K 0.010 0.004 0.001 0.044 0.063 0.080 0.096 0.001 0.001 0.033 0.667 74 G 0.018 0.008 0.001 0.034 0.065 0.116 0.082 0.001 0.001 0.044 0.631 75 V 0.010 0.009 0.001 0.040 0.123 0.129 0.090 0.001 0.001 0.020 0.576 76 S 0.019 0.042 0.002 0.081 0.101 0.122 0.087 0.002 0.001 0.033 0.511 77 A 0.060 0.242 0.002 0.037 0.085 0.142 0.061 0.011 0.001 0.049 0.311 78 W 0.071 0.302 0.002 0.019 0.061 0.085 0.065 0.012 0.001 0.051 0.332 79 E 0.030 0.212 0.004 0.035 0.170 0.201 0.044 0.003 0.001 0.057 0.243 80 E 0.083 0.198 0.005 0.027 0.083 0.144 0.074 0.006 0.002 0.059 0.320 81 V 0.043 0.073 0.085 0.039 0.109 0.089 0.075 0.011 0.035 0.081 0.358 82 K 0.541 0.078 0.003 0.010 0.028 0.041 0.031 0.011 0.002 0.021 0.235 83 K 0.183 0.031 0.001 0.007 0.007 0.013 0.045 0.003 0.001 0.022 0.687 84 D 0.010 0.025 0.001 0.028 0.014 0.023 0.100 0.001 0.001 0.006 0.792 85 E 0.011 0.082 0.002 0.013 0.014 0.026 0.071 0.002 0.001 0.013 0.766 86 L 0.048 0.534 0.003 0.003 0.023 0.004 0.041 0.012 0.001 0.023 0.308 87 P 0.064 0.907 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.003 0.014 88 A 0.027 0.909 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 0.043 89 K 0.030 0.839 0.007 0.002 0.003 0.002 0.008 0.004 0.001 0.013 0.090 90 V 0.095 0.816 0.003 0.003 0.001 0.004 0.010 0.019 0.001 0.013 0.036 91 K 0.145 0.374 0.069 0.007 0.013 0.007 0.028 0.013 0.038 0.081 0.223 92 E 0.393 0.063 0.005 0.006 0.006 0.008 0.039 0.005 0.002 0.021 0.452 93 K 0.062 0.018 0.003 0.008 0.003 0.005 0.077 0.006 0.002 0.027 0.789 94 L 0.173 0.004 0.006 0.013 0.009 0.009 0.121 0.002 0.001 0.027 0.636 95 G 0.011 0.002 0.001 0.006 0.001 0.004 0.060 0.001 0.001 0.010 0.905 96 V 0.017 0.002 0.001 0.006 0.004 0.003 0.089 0.001 0.001 0.008 0.871 97 K 0.071 0.007 0.002 0.044 0.013 0.013 0.143 0.003 0.001 0.035 0.669