# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.5286 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.258 0.102 0.041 0.096 0.092 0.095 0.108 0.076 0.062 0.044 0.027 2 D 0.243 0.214 0.070 0.170 0.119 0.064 0.052 0.029 0.021 0.013 0.007 3 L 0.101 0.055 0.032 0.099 0.084 0.090 0.150 0.142 0.114 0.078 0.054 4 N 0.084 0.067 0.036 0.115 0.113 0.125 0.156 0.102 0.103 0.065 0.036 5 R 0.102 0.155 0.070 0.187 0.135 0.113 0.104 0.049 0.046 0.026 0.013 6 M 0.070 0.047 0.031 0.080 0.074 0.100 0.166 0.115 0.128 0.104 0.084 7 G 0.100 0.087 0.033 0.118 0.112 0.101 0.141 0.100 0.087 0.064 0.057 8 K 0.196 0.376 0.059 0.147 0.100 0.040 0.035 0.019 0.014 0.009 0.006 9 D 0.365 0.147 0.035 0.137 0.109 0.073 0.065 0.033 0.020 0.011 0.007 10 E 0.350 0.161 0.051 0.172 0.116 0.066 0.039 0.018 0.014 0.009 0.004 11 Y 0.010 0.023 0.016 0.094 0.105 0.175 0.225 0.161 0.101 0.058 0.032 12 Y 0.006 0.023 0.032 0.089 0.100 0.109 0.167 0.150 0.139 0.118 0.068 13 V 0.001 0.004 0.012 0.017 0.027 0.043 0.111 0.228 0.202 0.213 0.141 14 Q 0.012 0.065 0.162 0.270 0.202 0.095 0.082 0.038 0.032 0.032 0.009 15 I 0.001 0.002 0.005 0.008 0.011 0.028 0.089 0.178 0.217 0.245 0.216 16 T 0.068 0.179 0.078 0.282 0.209 0.065 0.060 0.025 0.017 0.014 0.004 17 V 0.243 0.161 0.065 0.113 0.104 0.074 0.094 0.055 0.042 0.031 0.018 18 D 0.290 0.491 0.043 0.103 0.049 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 19 G 0.114 0.083 0.021 0.078 0.087 0.116 0.208 0.127 0.091 0.048 0.028 20 K 0.358 0.274 0.097 0.149 0.070 0.022 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 21 E 0.205 0.185 0.138 0.203 0.102 0.073 0.058 0.021 0.009 0.004 0.001 22 V 0.025 0.045 0.046 0.085 0.094 0.137 0.225 0.140 0.102 0.066 0.034 23 H 0.060 0.062 0.090 0.188 0.145 0.165 0.169 0.066 0.033 0.017 0.007 24 S 0.160 0.089 0.355 0.181 0.089 0.053 0.039 0.016 0.010 0.006 0.002 25 K 0.048 0.080 0.112 0.158 0.171 0.152 0.162 0.055 0.034 0.020 0.008 26 A 0.047 0.037 0.042 0.073 0.083 0.115 0.222 0.144 0.112 0.076 0.050 27 D 0.189 0.205 0.206 0.146 0.097 0.056 0.047 0.025 0.015 0.010 0.004 28 N 0.212 0.383 0.143 0.116 0.067 0.032 0.028 0.011 0.005 0.003 0.001 29 G 0.471 0.103 0.032 0.079 0.078 0.071 0.082 0.046 0.021 0.011 0.006 30 Q 0.579 0.162 0.073 0.087 0.043 0.023 0.016 0.008 0.005 0.003 0.001 31 K 0.068 0.115 0.089 0.214 0.152 0.130 0.131 0.051 0.029 0.015 0.007 32 Y 0.028 0.025 0.029 0.047 0.064 0.108 0.187 0.164 0.156 0.110 0.081 33 K 0.101 0.135 0.164 0.237 0.129 0.125 0.067 0.021 0.012 0.007 0.002 34 D 0.088 0.118 0.197 0.243 0.138 0.104 0.060 0.022 0.016 0.009 0.004 35 Y 0.012 0.008 0.011 0.021 0.037 0.083 0.180 0.231 0.178 0.135 0.105 36 E 0.067 0.122 0.166 0.290 0.184 0.082 0.044 0.018 0.012 0.010 0.003 37 Y 0.002 0.005 0.023 0.018 0.021 0.044 0.094 0.181 0.210 0.220 0.181 38 K 0.024 0.103 0.126 0.281 0.221 0.092 0.078 0.029 0.024 0.019 0.005 39 L 0.006 0.009 0.015 0.026 0.037 0.066 0.140 0.175 0.209 0.196 0.121 40 T 0.098 0.124 0.146 0.341 0.178 0.058 0.031 0.011 0.007 0.005 0.001 41 G 0.006 0.011 0.018 0.028 0.025 0.049 0.140 0.138 0.226 0.227 0.133 42 F 0.009 0.037 0.030 0.086 0.098 0.091 0.197 0.155 0.140 0.099 0.058 43 D 0.025 0.104 0.109 0.177 0.150 0.132 0.156 0.065 0.045 0.029 0.010 44 K 0.317 0.222 0.152 0.143 0.082 0.037 0.026 0.011 0.005 0.003 0.001 45 D 0.613 0.229 0.036 0.064 0.030 0.011 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 46 G 0.280 0.164 0.035 0.091 0.071 0.080 0.110 0.067 0.048 0.034 0.018 47 K 0.138 0.412 0.121 0.164 0.081 0.038 0.031 0.010 0.004 0.002 0.001 48 E 0.281 0.162 0.183 0.181 0.077 0.061 0.035 0.014 0.005 0.002 0.001 49 K 0.180 0.071 0.139 0.133 0.113 0.180 0.120 0.036 0.015 0.009 0.004 50 E 0.064 0.172 0.174 0.323 0.137 0.076 0.038 0.009 0.005 0.003 0.001 51 L 0.001 0.001 0.008 0.007 0.016 0.042 0.120 0.281 0.218 0.156 0.150 52 E 0.049 0.128 0.480 0.232 0.089 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 53 F 0.013 0.024 0.145 0.100 0.122 0.174 0.208 0.072 0.068 0.048 0.026 54 T 0.238 0.255 0.196 0.177 0.081 0.021 0.015 0.006 0.005 0.004 0.001 55 A 0.016 0.042 0.031 0.055 0.061 0.144 0.281 0.149 0.119 0.066 0.036 56 Q 0.094 0.312 0.174 0.240 0.104 0.035 0.022 0.010 0.005 0.003 0.001 57 K 0.391 0.138 0.109 0.105 0.081 0.072 0.073 0.020 0.008 0.003 0.001 58 N 0.470 0.193 0.126 0.147 0.044 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 59 L 0.003 0.003 0.007 0.017 0.017 0.071 0.210 0.145 0.214 0.157 0.155 60 R 0.027 0.141 0.195 0.252 0.206 0.068 0.059 0.025 0.015 0.008 0.003 61 K 0.066 0.155 0.312 0.177 0.121 0.088 0.055 0.015 0.007 0.003 0.001 62 E 0.218 0.077 0.237 0.223 0.113 0.075 0.034 0.010 0.007 0.004 0.002 63 A 0.005 0.010 0.021 0.055 0.087 0.181 0.316 0.180 0.088 0.039 0.018 64 F 0.003 0.016 0.074 0.095 0.128 0.097 0.155 0.152 0.127 0.103 0.050 65 L 0.001 0.002 0.031 0.017 0.023 0.051 0.140 0.173 0.215 0.211 0.136 66 R 0.002 0.014 0.156 0.257 0.310 0.082 0.091 0.039 0.029 0.015 0.005 67 V 0.001 0.003 0.009 0.007 0.009 0.030 0.109 0.141 0.267 0.239 0.186 68 Y 0.015 0.031 0.050 0.145 0.147 0.126 0.203 0.096 0.091 0.064 0.031 69 H 0.012 0.018 0.026 0.043 0.044 0.078 0.171 0.181 0.186 0.133 0.110 70 S 0.106 0.259 0.084 0.221 0.171 0.059 0.045 0.024 0.014 0.012 0.005 71 D 0.390 0.277 0.050 0.104 0.064 0.036 0.037 0.021 0.011 0.007 0.003 72 K 0.373 0.216 0.031 0.161 0.099 0.052 0.033 0.016 0.010 0.006 0.003 73 K 0.316 0.184 0.051 0.113 0.090 0.068 0.082 0.042 0.028 0.017 0.009 74 G 0.156 0.261 0.051 0.199 0.165 0.071 0.056 0.022 0.011 0.005 0.002 75 V 0.010 0.007 0.010 0.020 0.018 0.037 0.100 0.115 0.220 0.230 0.233 76 S 0.142 0.192 0.113 0.248 0.154 0.062 0.044 0.020 0.012 0.009 0.003 77 A 0.105 0.457 0.112 0.134 0.067 0.041 0.041 0.016 0.013 0.010 0.004 78 W 0.035 0.036 0.012 0.098 0.124 0.252 0.227 0.115 0.061 0.025 0.016 79 E 0.627 0.105 0.107 0.072 0.031 0.021 0.019 0.007 0.005 0.004 0.001 80 E 0.052 0.107 0.115 0.398 0.227 0.057 0.030 0.009 0.003 0.001 0.001 81 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.012 0.046 0.102 0.226 0.273 0.331 82 K 0.020 0.350 0.212 0.271 0.104 0.023 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 83 K 0.037 0.194 0.235 0.231 0.194 0.063 0.034 0.008 0.002 0.001 0.001 84 D 0.920 0.022 0.032 0.014 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 85 E 0.121 0.162 0.083 0.310 0.213 0.064 0.038 0.007 0.002 0.001 0.001 86 L 0.001 0.008 0.014 0.012 0.009 0.020 0.081 0.132 0.278 0.226 0.220 87 P 0.006 0.089 0.106 0.216 0.286 0.164 0.106 0.020 0.005 0.002 0.001 88 A 0.595 0.061 0.316 0.022 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 K 0.134 0.073 0.130 0.310 0.164 0.132 0.045 0.007 0.003 0.002 0.001 90 V 0.001 0.002 0.005 0.006 0.005 0.018 0.091 0.104 0.238 0.258 0.273 91 K 0.001 0.007 0.081 0.145 0.308 0.224 0.153 0.049 0.019 0.009 0.003 92 E 0.009 0.013 0.921 0.038 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 K 0.006 0.033 0.146 0.153 0.176 0.194 0.219 0.039 0.021 0.010 0.003 94 L 0.004 0.003 0.007 0.006 0.008 0.030 0.142 0.213 0.243 0.182 0.162 95 G 0.224 0.183 0.357 0.158 0.050 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 96 V 0.066 0.094 0.289 0.178 0.115 0.115 0.076 0.030 0.020 0.011 0.005 97 K 0.495 0.178 0.071 0.095 0.064 0.031 0.031 0.013 0.011 0.007 0.003