# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.5286 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.065 0.012 0.008 0.002 0.004 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.145 0.013 0.127 0.604 2 D 0.007 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.061 0.003 0.044 0.863 3 L 0.022 0.006 0.005 0.002 0.004 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.003 0.182 0.004 0.063 0.684 4 N 0.048 0.023 0.002 0.002 0.002 0.004 0.005 0.005 0.012 0.015 0.027 0.008 0.028 0.020 0.011 0.012 0.252 0.009 0.185 0.334 5 R 0.035 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.006 0.003 0.004 0.006 0.004 0.002 0.056 0.006 0.059 0.797 6 M 0.057 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.006 0.009 0.003 0.006 0.003 0.002 0.002 0.090 0.011 0.285 0.473 7 G 0.257 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.038 0.201 0.321 8 K 0.161 0.026 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.024 0.120 0.569 9 D 0.044 0.007 0.009 0.002 0.005 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.012 0.181 0.597 10 E 0.057 0.003 0.003 0.002 0.002 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.213 0.010 0.098 0.599 11 Y 0.029 0.002 0.003 0.003 0.015 0.008 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.646 0.007 0.071 0.191 12 Y 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.799 0.001 0.033 0.122 13 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.013 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.009 0.874 0.001 0.016 0.054 14 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.070 0.074 0.028 0.710 0.001 0.025 0.059 15 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.078 0.081 0.083 0.016 0.590 0.001 0.017 0.122 16 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.133 0.010 0.002 0.014 0.005 0.008 0.003 0.633 0.001 0.018 0.165 17 V 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.419 0.033 0.023 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.165 0.001 0.119 0.221 18 D 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.002 0.134 0.745 19 G 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.051 0.096 0.707 20 K 0.443 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.028 0.198 0.281 21 E 0.006 0.002 0.002 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.003 0.116 0.764 22 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.628 0.199 0.026 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.061 0.002 0.012 0.050 23 H 0.008 0.004 0.001 0.001 0.047 0.156 0.154 0.023 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.016 0.021 0.016 0.100 0.002 0.036 0.409 24 S 0.015 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.018 0.013 0.002 0.002 0.016 0.009 0.057 0.126 0.069 0.042 0.163 0.003 0.058 0.397 25 K 0.018 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 0.050 0.008 0.103 0.054 0.019 0.008 0.160 0.003 0.035 0.515 26 A 0.028 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.128 0.076 0.012 0.027 0.012 0.005 0.004 0.117 0.005 0.120 0.405 27 D 0.027 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.012 0.016 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.117 0.010 0.149 0.524 28 N 0.057 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.029 0.169 0.643 29 G 0.279 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.140 0.155 0.361 30 Q 0.199 0.013 0.035 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.034 0.350 0.337 31 K 0.018 0.012 0.007 0.009 0.031 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.010 0.153 0.662 32 Y 0.020 0.014 0.005 0.005 0.131 0.240 0.062 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.008 0.070 0.304 33 K 0.023 0.015 0.002 0.001 0.013 0.044 0.082 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.391 0.005 0.086 0.320 34 D 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.184 0.004 0.059 0.716 35 Y 0.038 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.693 0.008 0.043 0.200 36 E 0.021 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.595 0.004 0.090 0.275 37 Y 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.869 0.002 0.016 0.098 38 K 0.004 0.002 0.001 0.001 0.008 0.007 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.768 0.002 0.046 0.147 39 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.030 0.017 0.830 0.001 0.013 0.089 40 T 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.043 0.033 0.017 0.542 0.002 0.075 0.260 41 G 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.142 0.340 0.353 0.039 0.044 0.004 0.015 0.042 42 F 0.021 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 0.004 0.059 0.020 0.003 0.003 0.570 0.004 0.049 0.218 43 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.631 0.305 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.009 0.009 44 K 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.002 0.076 0.851 45 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.030 46 G 0.205 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.776 0.013 0.003 47 K 0.302 0.111 0.084 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.046 0.314 0.114 48 E 0.001 0.001 0.219 0.023 0.091 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.003 0.047 0.568 49 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.808 0.034 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.001 0.011 0.008 50 E 0.005 0.001 0.003 0.003 0.026 0.018 0.358 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.097 0.001 0.027 0.449 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.001 0.007 0.029 52 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.005 0.014 0.007 0.539 0.001 0.079 0.337 53 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.903 0.001 0.008 0.079 54 T 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.012 0.002 0.013 0.006 0.005 0.004 0.637 0.002 0.139 0.160 55 A 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.441 0.003 0.081 0.437 56 Q 0.027 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.229 0.008 0.261 0.447 57 K 0.179 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.023 0.178 0.511 58 N 0.071 0.040 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.017 0.166 0.669 59 L 0.348 0.085 0.020 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.060 0.032 0.137 0.303 60 R 0.109 0.177 0.007 0.001 0.004 0.006 0.002 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.015 0.225 0.383 61 K 0.064 0.099 0.007 0.001 0.005 0.002 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.009 0.054 0.689 62 E 0.052 0.208 0.003 0.001 0.001 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.020 0.233 0.356 63 A 0.508 0.055 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.068 0.097 0.139 64 F 0.122 0.078 0.106 0.005 0.003 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.350 0.009 0.095 0.220 65 L 0.006 0.012 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.890 0.002 0.018 0.055 66 R 0.007 0.010 0.001 0.001 0.007 0.013 0.023 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.020 0.015 0.775 0.003 0.022 0.073 67 V 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.057 0.281 0.230 0.039 0.287 0.002 0.007 0.076 68 Y 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.124 0.163 0.061 0.016 0.574 0.002 0.008 0.035 69 H 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.160 0.058 0.150 0.021 0.162 0.097 0.022 0.013 0.211 0.004 0.036 0.054 70 S 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.021 0.203 0.012 0.017 0.008 0.002 0.002 0.260 0.005 0.067 0.304 71 D 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.040 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.008 0.094 0.784 72 K 0.099 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.037 0.225 0.590 73 K 0.048 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.029 0.339 0.552 74 G 0.146 0.009 0.005 0.006 0.124 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.148 0.097 0.373 75 V 0.123 0.009 0.068 0.009 0.093 0.079 0.020 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.058 0.009 0.225 0.290 76 S 0.003 0.007 0.001 0.004 0.023 0.038 0.023 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.338 0.003 0.113 0.436 77 A 0.007 0.006 0.001 0.001 0.020 0.074 0.051 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.208 0.003 0.085 0.526 78 W 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.429 0.002 0.105 0.432 79 E 0.019 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.472 0.005 0.261 0.223 80 E 0.111 0.046 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.003 0.002 0.103 0.021 0.183 0.512 81 V 0.088 0.148 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.474 0.010 0.025 0.231 82 K 0.016 0.137 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.206 0.006 0.047 0.560 83 K 0.020 0.075 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.008 0.040 0.704 84 D 0.019 0.071 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.010 0.113 0.742 85 E 0.441 0.051 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.065 0.111 0.310 86 L 0.401 0.191 0.090 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.012 0.066 0.211 87 P 0.002 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.969 88 A 0.020 0.073 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.003 0.044 0.825 89 K 0.041 0.216 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.044 0.690 90 V 0.081 0.626 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.034 0.250 91 K 0.029 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.039 92 E 0.061 0.881 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.045 93 K 0.110 0.794 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.002 0.052 94 L 0.197 0.663 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.071 0.003 0.053 95 G 0.226 0.263 0.054 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.120 0.031 0.279 96 V 0.098 0.059 0.415 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.022 0.063 0.302 97 K 0.035 0.037 0.008 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.009 0.059 0.741