# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.5286 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.026 0.006 0.059 0.028 0.043 0.066 0.004 0.769 2 D 0.012 0.007 0.042 0.034 0.049 0.055 0.003 0.797 3 L 0.022 0.007 0.040 0.023 0.058 0.054 0.004 0.793 4 N 0.058 0.021 0.050 0.057 0.096 0.211 0.010 0.498 5 R 0.096 0.023 0.046 0.039 0.055 0.126 0.012 0.603 6 M 0.115 0.039 0.032 0.045 0.068 0.267 0.013 0.420 7 G 0.235 0.027 0.039 0.051 0.089 0.203 0.032 0.324 8 K 0.100 0.031 0.045 0.072 0.089 0.118 0.022 0.522 9 D 0.027 0.011 0.030 0.061 0.075 0.074 0.023 0.700 10 E 0.107 0.005 0.039 0.091 0.127 0.135 0.027 0.469 11 Y 0.073 0.002 0.070 0.252 0.290 0.075 0.010 0.227 12 Y 0.013 0.001 0.057 0.297 0.470 0.032 0.002 0.129 13 V 0.002 0.001 0.039 0.445 0.397 0.009 0.001 0.107 14 Q 0.001 0.001 0.038 0.391 0.457 0.006 0.001 0.107 15 I 0.001 0.001 0.030 0.324 0.430 0.012 0.001 0.203 16 T 0.001 0.001 0.028 0.303 0.573 0.014 0.001 0.081 17 V 0.004 0.001 0.019 0.114 0.309 0.063 0.001 0.489 18 D 0.012 0.001 0.012 0.048 0.093 0.177 0.005 0.651 19 G 0.133 0.004 0.014 0.053 0.044 0.124 0.047 0.581 20 K 0.351 0.003 0.019 0.037 0.060 0.327 0.008 0.195 21 E 0.007 0.002 0.005 0.048 0.052 0.059 0.002 0.824 22 V 0.023 0.011 0.018 0.208 0.514 0.069 0.002 0.155 23 H 0.017 0.013 0.016 0.211 0.277 0.059 0.003 0.404 24 S 0.014 0.022 0.011 0.202 0.327 0.052 0.003 0.368 25 K 0.047 0.032 0.013 0.136 0.251 0.068 0.006 0.448 26 A 0.069 0.052 0.018 0.135 0.203 0.146 0.013 0.364 27 D 0.065 0.047 0.018 0.081 0.110 0.174 0.022 0.482 28 N 0.075 0.045 0.014 0.038 0.045 0.119 0.029 0.636 29 G 0.227 0.038 0.022 0.030 0.030 0.117 0.078 0.457 30 Q 0.367 0.012 0.027 0.030 0.039 0.306 0.027 0.193 31 K 0.035 0.009 0.014 0.040 0.054 0.098 0.006 0.744 32 Y 0.060 0.010 0.027 0.129 0.399 0.122 0.005 0.247 33 K 0.030 0.007 0.019 0.152 0.190 0.087 0.006 0.509 34 D 0.017 0.008 0.015 0.123 0.169 0.059 0.006 0.603 35 Y 0.079 0.009 0.031 0.215 0.385 0.083 0.008 0.191 36 E 0.048 0.006 0.021 0.205 0.331 0.113 0.004 0.272 37 Y 0.011 0.005 0.037 0.366 0.394 0.032 0.003 0.151 38 K 0.015 0.005 0.029 0.270 0.497 0.038 0.003 0.144 39 L 0.006 0.004 0.031 0.350 0.441 0.020 0.002 0.146 40 T 0.005 0.003 0.023 0.343 0.415 0.038 0.002 0.172 41 G 0.013 0.003 0.021 0.292 0.464 0.040 0.002 0.165 42 F 0.030 0.005 0.022 0.295 0.489 0.051 0.002 0.105 43 D 0.009 0.007 0.013 0.359 0.459 0.026 0.003 0.124 44 K 0.029 0.010 0.019 0.096 0.201 0.085 0.011 0.550 45 D 0.025 0.004 0.002 0.016 0.023 0.659 0.028 0.244 46 G 0.440 0.012 0.005 0.041 0.011 0.038 0.239 0.214 47 K 0.307 0.001 0.013 0.011 0.039 0.583 0.005 0.040 48 E 0.003 0.001 0.003 0.047 0.039 0.044 0.001 0.864 49 K 0.006 0.001 0.014 0.377 0.580 0.013 0.001 0.009 50 E 0.009 0.001 0.010 0.160 0.370 0.017 0.001 0.432 51 L 0.002 0.001 0.043 0.399 0.538 0.005 0.001 0.012 52 E 0.002 0.001 0.015 0.331 0.536 0.011 0.001 0.103 53 F 0.002 0.002 0.048 0.253 0.601 0.011 0.001 0.082 54 T 0.009 0.006 0.051 0.222 0.429 0.057 0.002 0.223 55 A 0.023 0.011 0.041 0.125 0.270 0.065 0.006 0.460 56 Q 0.035 0.012 0.023 0.033 0.133 0.325 0.008 0.431 57 K 0.141 0.029 0.010 0.021 0.030 0.244 0.021 0.503 58 N 0.141 0.110 0.009 0.015 0.014 0.106 0.016 0.589 59 L 0.302 0.094 0.020 0.028 0.053 0.130 0.026 0.345 60 R 0.127 0.138 0.032 0.072 0.114 0.206 0.021 0.289 61 K 0.039 0.095 0.017 0.031 0.088 0.085 0.015 0.629 62 E 0.045 0.255 0.019 0.053 0.049 0.105 0.027 0.447 63 A 0.365 0.126 0.023 0.050 0.052 0.123 0.065 0.196 64 F 0.314 0.069 0.054 0.123 0.172 0.137 0.030 0.101 65 L 0.057 0.030 0.059 0.347 0.418 0.038 0.005 0.046 66 R 0.009 0.007 0.025 0.423 0.471 0.012 0.001 0.052 67 V 0.002 0.005 0.021 0.370 0.498 0.010 0.001 0.093 68 Y 0.002 0.006 0.031 0.411 0.514 0.008 0.001 0.027 69 H 0.006 0.009 0.034 0.400 0.450 0.015 0.002 0.083 70 S 0.010 0.011 0.031 0.224 0.456 0.053 0.007 0.208 71 D 0.044 0.008 0.021 0.051 0.117 0.099 0.030 0.628 72 K 0.171 0.008 0.019 0.027 0.033 0.267 0.040 0.436 73 K 0.117 0.007 0.028 0.055 0.043 0.231 0.029 0.491 74 G 0.049 0.005 0.027 0.061 0.076 0.086 0.010 0.686 75 V 0.070 0.005 0.088 0.139 0.270 0.077 0.006 0.345 76 S 0.017 0.003 0.049 0.271 0.263 0.061 0.003 0.333 77 A 0.003 0.001 0.010 0.059 0.118 0.024 0.001 0.784 78 W 0.005 0.002 0.021 0.078 0.221 0.038 0.001 0.633 79 E 0.017 0.006 0.031 0.261 0.286 0.148 0.004 0.246 80 E 0.017 0.005 0.009 0.026 0.056 0.037 0.001 0.848 81 V 0.042 0.065 0.089 0.209 0.287 0.058 0.004 0.246 82 K 0.028 0.156 0.039 0.155 0.180 0.056 0.004 0.383 83 K 0.024 0.129 0.026 0.035 0.165 0.034 0.007 0.579 84 D 0.077 0.202 0.012 0.019 0.040 0.092 0.020 0.538 85 E 0.444 0.079 0.004 0.007 0.005 0.101 0.103 0.258 86 L 0.492 0.144 0.015 0.010 0.008 0.069 0.024 0.239 87 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 88 A 0.002 0.020 0.003 0.002 0.012 0.072 0.001 0.888 89 K 0.032 0.077 0.001 0.001 0.001 0.085 0.003 0.800 90 V 0.021 0.807 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.155 91 K 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 92 E 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 93 K 0.028 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 94 L 0.022 0.960 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.006 95 G 0.241 0.498 0.043 0.015 0.011 0.011 0.098 0.083 96 V 0.115 0.296 0.229 0.026 0.022 0.027 0.031 0.252 97 K 0.046 0.217 0.104 0.041 0.048 0.063 0.020 0.459