# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.5286 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.188 0.410 0.165 0.090 0.081 0.021 0.020 0.006 0.015 0.004 0.001 2 D 0.111 0.229 0.213 0.126 0.067 0.131 0.068 0.008 0.043 0.003 0.002 3 L 0.176 0.367 0.255 0.111 0.030 0.032 0.008 0.002 0.017 0.002 0.001 4 N 0.119 0.184 0.367 0.076 0.058 0.065 0.040 0.003 0.080 0.007 0.002 5 R 0.440 0.086 0.281 0.075 0.028 0.045 0.016 0.006 0.015 0.005 0.003 6 M 0.295 0.181 0.225 0.209 0.030 0.021 0.017 0.001 0.017 0.003 0.001 7 G 0.108 0.046 0.098 0.057 0.193 0.015 0.075 0.177 0.009 0.222 0.001 8 K 0.133 0.198 0.311 0.116 0.126 0.019 0.052 0.009 0.017 0.018 0.002 9 D 0.062 0.252 0.261 0.165 0.100 0.030 0.080 0.022 0.016 0.010 0.001 10 E 0.016 0.560 0.287 0.046 0.048 0.013 0.009 0.002 0.016 0.001 0.001 11 Y 0.002 0.901 0.044 0.004 0.042 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 12 Y 0.001 0.883 0.067 0.001 0.036 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 13 V 0.001 0.903 0.062 0.001 0.021 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 14 Q 0.003 0.704 0.205 0.002 0.026 0.027 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 15 I 0.004 0.751 0.174 0.002 0.027 0.024 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 16 T 0.031 0.311 0.498 0.012 0.047 0.057 0.003 0.001 0.036 0.003 0.001 17 V 0.196 0.411 0.170 0.045 0.121 0.021 0.006 0.003 0.018 0.006 0.001 18 D 0.085 0.056 0.210 0.418 0.029 0.035 0.130 0.006 0.025 0.003 0.003 19 G 0.020 0.006 0.024 0.013 0.059 0.004 0.083 0.613 0.003 0.175 0.001 20 K 0.187 0.224 0.453 0.055 0.041 0.017 0.006 0.001 0.012 0.002 0.001 21 E 0.143 0.226 0.468 0.056 0.031 0.045 0.006 0.002 0.018 0.001 0.003 22 V 0.147 0.499 0.216 0.042 0.053 0.022 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 23 H 0.213 0.253 0.312 0.064 0.044 0.051 0.009 0.002 0.049 0.001 0.002 24 S 0.356 0.227 0.208 0.093 0.058 0.026 0.009 0.003 0.018 0.002 0.001 25 K 0.292 0.263 0.192 0.107 0.049 0.053 0.017 0.006 0.017 0.003 0.001 26 A 0.334 0.213 0.304 0.073 0.022 0.021 0.007 0.002 0.018 0.004 0.001 27 D 0.413 0.106 0.100 0.228 0.033 0.029 0.052 0.011 0.021 0.007 0.001 28 N 0.047 0.019 0.058 0.518 0.018 0.013 0.288 0.024 0.010 0.006 0.001 29 G 0.007 0.001 0.005 0.005 0.012 0.001 0.071 0.787 0.001 0.110 0.001 30 Q 0.140 0.181 0.416 0.137 0.045 0.029 0.021 0.005 0.018 0.007 0.001 31 K 0.102 0.445 0.278 0.061 0.046 0.039 0.009 0.002 0.014 0.003 0.001 32 Y 0.098 0.403 0.291 0.057 0.062 0.051 0.010 0.002 0.023 0.002 0.001 33 K 0.173 0.373 0.184 0.099 0.106 0.021 0.016 0.004 0.018 0.006 0.001 34 D 0.075 0.231 0.150 0.178 0.119 0.058 0.120 0.022 0.041 0.005 0.002 35 Y 0.031 0.621 0.166 0.046 0.073 0.022 0.019 0.004 0.017 0.002 0.001 36 E 0.040 0.605 0.253 0.019 0.034 0.027 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 37 Y 0.010 0.787 0.104 0.008 0.064 0.014 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 38 K 0.012 0.637 0.202 0.010 0.061 0.037 0.004 0.001 0.037 0.001 0.001 39 L 0.023 0.514 0.344 0.013 0.049 0.030 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 40 T 0.057 0.380 0.403 0.038 0.049 0.038 0.007 0.001 0.025 0.001 0.001 41 G 0.055 0.242 0.133 0.021 0.432 0.022 0.014 0.024 0.021 0.036 0.001 42 F 0.052 0.650 0.157 0.036 0.064 0.028 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 43 D 0.042 0.163 0.465 0.028 0.058 0.100 0.021 0.003 0.101 0.018 0.002 44 K 0.856 0.019 0.051 0.044 0.007 0.006 0.004 0.004 0.002 0.004 0.003 45 D 0.020 0.008 0.017 0.761 0.004 0.004 0.176 0.004 0.006 0.001 0.001 46 G 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.001 0.050 0.861 0.001 0.074 0.001 47 K 0.080 0.233 0.529 0.086 0.029 0.014 0.016 0.002 0.007 0.003 0.001 48 E 0.022 0.445 0.413 0.049 0.033 0.021 0.003 0.001 0.012 0.001 0.002 49 K 0.005 0.797 0.077 0.008 0.099 0.005 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 50 E 0.003 0.774 0.139 0.005 0.046 0.016 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 51 L 0.001 0.917 0.052 0.001 0.018 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 52 E 0.004 0.809 0.096 0.001 0.044 0.025 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 53 F 0.025 0.649 0.162 0.009 0.076 0.055 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 54 T 0.094 0.383 0.213 0.052 0.097 0.092 0.009 0.002 0.054 0.003 0.001 55 A 0.375 0.189 0.152 0.086 0.114 0.038 0.013 0.004 0.015 0.013 0.001 56 Q 0.393 0.085 0.162 0.176 0.051 0.047 0.045 0.007 0.020 0.011 0.002 57 K 0.585 0.083 0.121 0.101 0.028 0.019 0.038 0.006 0.014 0.003 0.002 58 N 0.394 0.062 0.140 0.174 0.021 0.059 0.097 0.017 0.032 0.002 0.002 59 L 0.220 0.126 0.380 0.190 0.012 0.040 0.012 0.001 0.017 0.001 0.001 60 R 0.339 0.188 0.331 0.046 0.033 0.031 0.007 0.001 0.019 0.003 0.002 61 K 0.602 0.062 0.184 0.091 0.025 0.014 0.008 0.001 0.006 0.003 0.003 62 E 0.161 0.110 0.114 0.268 0.124 0.026 0.125 0.043 0.018 0.011 0.001 63 A 0.071 0.580 0.162 0.076 0.067 0.013 0.015 0.002 0.013 0.001 0.001 64 F 0.025 0.725 0.181 0.013 0.029 0.013 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 65 L 0.008 0.806 0.124 0.006 0.033 0.013 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 66 R 0.008 0.792 0.118 0.004 0.037 0.020 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 67 V 0.007 0.768 0.146 0.003 0.039 0.017 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 68 Y 0.027 0.575 0.241 0.010 0.044 0.073 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 69 H 0.106 0.457 0.221 0.040 0.079 0.055 0.005 0.001 0.033 0.002 0.001 70 S 0.273 0.184 0.151 0.169 0.116 0.036 0.028 0.011 0.018 0.013 0.001 71 D 0.095 0.074 0.097 0.283 0.060 0.050 0.256 0.039 0.023 0.024 0.001 72 K 0.213 0.228 0.194 0.211 0.036 0.027 0.050 0.010 0.023 0.007 0.001 73 K 0.165 0.135 0.246 0.299 0.048 0.016 0.068 0.004 0.013 0.003 0.002 74 G 0.016 0.018 0.062 0.022 0.082 0.017 0.159 0.517 0.007 0.099 0.001 75 V 0.029 0.499 0.392 0.022 0.017 0.021 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 76 S 0.050 0.437 0.346 0.040 0.069 0.037 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 77 A 0.067 0.352 0.282 0.026 0.190 0.032 0.006 0.001 0.034 0.010 0.001 78 W 0.701 0.038 0.172 0.030 0.018 0.023 0.004 0.002 0.005 0.002 0.007 79 E 0.718 0.091 0.079 0.055 0.023 0.012 0.009 0.003 0.006 0.001 0.002 80 E 0.592 0.154 0.125 0.065 0.014 0.025 0.011 0.001 0.012 0.001 0.001 81 V 0.422 0.242 0.222 0.044 0.009 0.036 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 82 K 0.427 0.121 0.261 0.041 0.016 0.087 0.006 0.001 0.039 0.001 0.001 83 K 0.919 0.012 0.031 0.026 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 84 D 0.871 0.008 0.018 0.073 0.006 0.005 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 85 E 0.684 0.025 0.046 0.194 0.010 0.014 0.016 0.005 0.004 0.001 0.001 86 L 0.116 0.097 0.276 0.006 0.007 0.055 0.002 0.001 0.441 0.001 0.001 87 P 0.485 0.002 0.494 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 88 A 0.985 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 K 0.981 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 V 0.976 0.005 0.006 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 91 K 0.994 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.983 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 K 0.938 0.003 0.004 0.050 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 L 0.383 0.016 0.090 0.461 0.001 0.006 0.032 0.001 0.010 0.001 0.001 95 G 0.076 0.004 0.024 0.045 0.020 0.007 0.444 0.341 0.002 0.037 0.001 96 V 0.103 0.275 0.477 0.102 0.016 0.012 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 97 K 0.247 0.111 0.391 0.092 0.034 0.073 0.020 0.005 0.021 0.004 0.003