# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.5286 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.115 0.155 0.079 0.035 0.219 0.038 0.037 0.113 0.071 0.085 0.052 2 D 0.156 0.151 0.065 0.023 0.277 0.024 0.040 0.109 0.052 0.059 0.044 3 L 0.141 0.150 0.047 0.022 0.206 0.028 0.044 0.106 0.087 0.109 0.060 4 N 0.113 0.213 0.138 0.026 0.281 0.022 0.027 0.066 0.039 0.042 0.032 5 R 0.118 0.109 0.048 0.018 0.141 0.029 0.078 0.202 0.130 0.078 0.050 6 M 0.115 0.127 0.074 0.062 0.134 0.057 0.094 0.094 0.069 0.124 0.051 7 G 0.095 0.144 0.115 0.174 0.117 0.079 0.049 0.046 0.039 0.095 0.047 8 K 0.111 0.103 0.123 0.129 0.129 0.054 0.036 0.053 0.073 0.125 0.066 9 D 0.106 0.166 0.087 0.031 0.193 0.043 0.072 0.072 0.082 0.099 0.049 10 E 0.231 0.164 0.021 0.008 0.364 0.014 0.044 0.020 0.021 0.058 0.055 11 Y 0.222 0.079 0.005 0.003 0.637 0.008 0.016 0.004 0.003 0.006 0.018 12 Y 0.321 0.036 0.002 0.002 0.611 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.015 13 V 0.204 0.069 0.006 0.001 0.708 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 14 Q 0.237 0.067 0.004 0.001 0.654 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 15 I 0.285 0.158 0.012 0.004 0.383 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 0.142 16 T 0.182 0.214 0.181 0.047 0.238 0.027 0.033 0.010 0.005 0.013 0.051 17 V 0.062 0.069 0.092 0.172 0.081 0.125 0.110 0.109 0.105 0.033 0.041 18 D 0.014 0.168 0.093 0.405 0.028 0.122 0.083 0.027 0.025 0.028 0.007 19 G 0.026 0.015 0.034 0.103 0.021 0.016 0.007 0.012 0.021 0.545 0.200 20 K 0.035 0.521 0.160 0.007 0.209 0.004 0.009 0.017 0.015 0.012 0.011 21 E 0.254 0.180 0.034 0.007 0.383 0.012 0.014 0.024 0.019 0.017 0.057 22 V 0.212 0.207 0.053 0.032 0.267 0.022 0.032 0.051 0.032 0.025 0.068 23 H 0.193 0.182 0.074 0.018 0.307 0.020 0.021 0.060 0.027 0.033 0.064 24 S 0.101 0.286 0.141 0.018 0.275 0.015 0.018 0.058 0.031 0.027 0.029 25 K 0.159 0.167 0.058 0.017 0.274 0.021 0.040 0.093 0.046 0.070 0.055 26 A 0.079 0.158 0.146 0.041 0.110 0.031 0.073 0.192 0.081 0.054 0.035 27 D 0.036 0.040 0.074 0.116 0.040 0.105 0.122 0.242 0.094 0.085 0.047 28 N 0.018 0.244 0.138 0.195 0.047 0.072 0.078 0.077 0.053 0.064 0.015 29 G 0.024 0.018 0.025 0.082 0.018 0.023 0.011 0.026 0.032 0.583 0.159 30 Q 0.050 0.359 0.197 0.019 0.212 0.010 0.015 0.040 0.034 0.042 0.021 31 K 0.241 0.179 0.043 0.015 0.253 0.025 0.043 0.056 0.040 0.042 0.061 32 Y 0.282 0.102 0.061 0.076 0.206 0.038 0.020 0.030 0.037 0.054 0.094 33 K 0.073 0.184 0.122 0.069 0.155 0.119 0.091 0.077 0.050 0.034 0.027 34 D 0.333 0.092 0.031 0.014 0.251 0.012 0.020 0.017 0.021 0.114 0.095 35 Y 0.191 0.148 0.019 0.005 0.553 0.011 0.017 0.008 0.007 0.014 0.027 36 E 0.331 0.071 0.005 0.003 0.516 0.009 0.023 0.005 0.003 0.005 0.029 37 Y 0.226 0.080 0.008 0.001 0.668 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 38 K 0.253 0.069 0.004 0.002 0.639 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.023 39 L 0.493 0.051 0.006 0.003 0.372 0.003 0.001 0.002 0.001 0.004 0.065 40 T 0.161 0.133 0.056 0.052 0.300 0.073 0.049 0.020 0.016 0.053 0.085 41 G 0.202 0.160 0.092 0.022 0.302 0.008 0.015 0.047 0.042 0.063 0.047 42 F 0.069 0.279 0.033 0.026 0.336 0.043 0.031 0.055 0.034 0.066 0.027 43 D 0.060 0.211 0.537 0.026 0.084 0.007 0.009 0.028 0.019 0.008 0.011 44 K 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.079 0.595 0.293 0.007 0.004 45 D 0.005 0.661 0.151 0.054 0.017 0.019 0.057 0.010 0.006 0.018 0.001 46 G 0.011 0.003 0.007 0.053 0.004 0.010 0.002 0.004 0.008 0.458 0.439 47 K 0.019 0.573 0.169 0.010 0.147 0.005 0.029 0.012 0.012 0.016 0.008 48 E 0.507 0.051 0.004 0.002 0.387 0.003 0.004 0.002 0.003 0.003 0.033 49 K 0.116 0.163 0.016 0.013 0.631 0.017 0.025 0.004 0.002 0.003 0.011 50 E 0.372 0.029 0.002 0.001 0.580 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 51 L 0.228 0.094 0.010 0.001 0.646 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 52 E 0.291 0.078 0.005 0.002 0.564 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.048 53 F 0.263 0.152 0.025 0.009 0.413 0.006 0.004 0.005 0.004 0.015 0.103 54 T 0.151 0.200 0.093 0.051 0.257 0.050 0.058 0.029 0.013 0.051 0.048 55 A 0.087 0.163 0.093 0.036 0.148 0.021 0.029 0.168 0.139 0.068 0.047 56 Q 0.050 0.081 0.054 0.042 0.071 0.043 0.033 0.300 0.214 0.080 0.031 57 K 0.017 0.111 0.066 0.027 0.049 0.033 0.069 0.352 0.196 0.066 0.015 58 N 0.060 0.050 0.022 0.009 0.074 0.011 0.049 0.345 0.119 0.210 0.051 59 L 0.077 0.163 0.051 0.011 0.125 0.011 0.025 0.244 0.160 0.102 0.031 60 R 0.096 0.171 0.215 0.025 0.146 0.029 0.023 0.182 0.058 0.029 0.026 61 K 0.013 0.063 0.022 0.008 0.027 0.023 0.103 0.503 0.221 0.012 0.004 62 E 0.060 0.029 0.018 0.013 0.043 0.020 0.055 0.186 0.090 0.411 0.074 63 A 0.109 0.166 0.024 0.005 0.313 0.011 0.049 0.161 0.057 0.068 0.037 64 F 0.369 0.052 0.003 0.002 0.432 0.006 0.024 0.047 0.019 0.011 0.036 65 L 0.175 0.106 0.010 0.003 0.642 0.010 0.017 0.016 0.006 0.005 0.011 66 R 0.259 0.038 0.002 0.001 0.669 0.001 0.004 0.003 0.001 0.002 0.019 67 V 0.321 0.093 0.012 0.003 0.481 0.002 0.002 0.004 0.002 0.008 0.072 68 Y 0.251 0.144 0.037 0.014 0.398 0.015 0.028 0.011 0.004 0.021 0.077 69 H 0.132 0.218 0.101 0.076 0.216 0.033 0.027 0.032 0.036 0.058 0.071 70 S 0.027 0.105 0.110 0.257 0.041 0.146 0.106 0.074 0.066 0.051 0.016 71 D 0.047 0.069 0.102 0.079 0.056 0.038 0.083 0.102 0.082 0.268 0.074 72 K 0.080 0.165 0.087 0.040 0.140 0.027 0.035 0.084 0.093 0.146 0.102 73 K 0.025 0.278 0.229 0.110 0.056 0.068 0.044 0.045 0.058 0.060 0.027 74 G 0.098 0.128 0.070 0.066 0.159 0.023 0.037 0.046 0.055 0.203 0.117 75 V 0.289 0.144 0.031 0.016 0.267 0.009 0.011 0.034 0.031 0.046 0.122 76 S 0.053 0.260 0.206 0.042 0.153 0.093 0.056 0.044 0.025 0.042 0.025 77 A 0.155 0.367 0.138 0.008 0.244 0.003 0.005 0.020 0.014 0.018 0.028 78 W 0.097 0.061 0.011 0.005 0.106 0.010 0.012 0.250 0.350 0.056 0.043 79 E 0.020 0.057 0.022 0.009 0.077 0.036 0.117 0.420 0.207 0.027 0.007 80 E 0.104 0.050 0.014 0.006 0.144 0.007 0.031 0.267 0.149 0.182 0.046 81 V 0.085 0.249 0.100 0.011 0.212 0.012 0.024 0.113 0.080 0.088 0.028 82 K 0.085 0.374 0.184 0.004 0.211 0.004 0.007 0.076 0.024 0.012 0.019 83 K 0.011 0.072 0.011 0.002 0.028 0.008 0.035 0.371 0.438 0.020 0.005 84 D 0.008 0.017 0.009 0.005 0.015 0.019 0.127 0.459 0.236 0.096 0.009 85 E 0.020 0.034 0.014 0.004 0.039 0.004 0.028 0.329 0.142 0.360 0.028 86 L 0.032 0.373 0.131 0.005 0.069 0.003 0.009 0.213 0.050 0.089 0.026 87 P 0.017 0.087 0.034 0.001 0.044 0.002 0.003 0.667 0.131 0.010 0.004 88 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.821 0.171 0.001 0.001 89 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.916 0.060 0.016 0.001 90 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.898 0.073 0.015 0.002 91 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.904 0.082 0.004 0.001 92 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.877 0.096 0.005 0.001 93 K 0.008 0.004 0.003 0.001 0.007 0.006 0.085 0.755 0.081 0.041 0.009 94 L 0.018 0.582 0.089 0.013 0.069 0.012 0.051 0.104 0.027 0.026 0.011 95 G 0.041 0.015 0.018 0.035 0.022 0.020 0.023 0.116 0.040 0.370 0.299 96 V 0.040 0.421 0.157 0.016 0.171 0.007 0.018 0.069 0.041 0.043 0.017 97 K 0.131 0.211 0.108 0.026 0.221 0.048 0.039 0.072 0.036 0.041 0.067