# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.5286 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.530 0.190 0.122 0.087 0.048 0.019 0.003 2 D 0.446 0.262 0.151 0.088 0.035 0.016 0.003 3 L 0.235 0.168 0.177 0.190 0.141 0.075 0.013 4 N 0.234 0.218 0.189 0.172 0.117 0.062 0.008 5 R 0.220 0.277 0.216 0.147 0.089 0.045 0.005 6 M 0.109 0.120 0.177 0.249 0.200 0.127 0.019 7 G 0.138 0.152 0.219 0.243 0.171 0.069 0.008 8 K 0.312 0.304 0.199 0.116 0.051 0.017 0.002 9 D 0.371 0.354 0.147 0.081 0.037 0.010 0.001 10 E 0.222 0.395 0.176 0.122 0.061 0.021 0.002 11 Y 0.008 0.041 0.099 0.266 0.361 0.207 0.017 12 Y 0.007 0.039 0.114 0.226 0.305 0.279 0.030 13 V 0.004 0.017 0.048 0.117 0.301 0.441 0.072 14 Q 0.010 0.068 0.208 0.318 0.261 0.123 0.012 15 I 0.007 0.032 0.086 0.209 0.394 0.256 0.015 16 T 0.074 0.275 0.334 0.215 0.085 0.016 0.001 17 V 0.259 0.331 0.211 0.143 0.049 0.007 0.001 18 D 0.524 0.314 0.112 0.039 0.010 0.001 0.001 19 G 0.468 0.255 0.153 0.096 0.025 0.003 0.001 20 K 0.665 0.270 0.050 0.012 0.003 0.001 0.001 21 E 0.505 0.347 0.101 0.039 0.008 0.001 0.001 22 V 0.224 0.220 0.254 0.195 0.092 0.015 0.001 23 H 0.274 0.258 0.261 0.149 0.048 0.009 0.001 24 S 0.404 0.273 0.205 0.084 0.029 0.005 0.001 25 K 0.263 0.263 0.253 0.160 0.050 0.010 0.001 26 A 0.245 0.217 0.231 0.186 0.096 0.023 0.001 27 D 0.551 0.270 0.121 0.045 0.011 0.002 0.001 28 N 0.770 0.176 0.038 0.012 0.003 0.001 0.001 29 G 0.645 0.203 0.096 0.043 0.011 0.002 0.001 30 Q 0.646 0.260 0.065 0.022 0.006 0.001 0.001 31 K 0.493 0.372 0.087 0.034 0.011 0.003 0.001 32 Y 0.090 0.151 0.289 0.315 0.121 0.032 0.001 33 K 0.226 0.309 0.275 0.134 0.045 0.011 0.001 34 D 0.194 0.369 0.276 0.108 0.041 0.010 0.001 35 Y 0.013 0.045 0.126 0.363 0.345 0.101 0.006 36 E 0.016 0.203 0.296 0.307 0.127 0.050 0.002 37 Y 0.003 0.017 0.041 0.164 0.346 0.384 0.044 38 K 0.005 0.065 0.195 0.425 0.225 0.081 0.004 39 L 0.003 0.014 0.027 0.100 0.319 0.503 0.034 40 T 0.013 0.131 0.359 0.313 0.143 0.039 0.001 41 G 0.011 0.047 0.114 0.247 0.313 0.252 0.015 42 F 0.019 0.069 0.269 0.349 0.229 0.062 0.002 43 D 0.166 0.258 0.276 0.210 0.079 0.011 0.001 44 K 0.714 0.269 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 45 D 0.786 0.201 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 46 G 0.459 0.261 0.189 0.074 0.016 0.001 0.001 47 K 0.522 0.318 0.125 0.031 0.004 0.001 0.001 48 E 0.523 0.307 0.123 0.037 0.009 0.001 0.001 49 K 0.362 0.387 0.157 0.072 0.020 0.002 0.001 50 E 0.201 0.369 0.273 0.119 0.033 0.005 0.001 51 L 0.050 0.077 0.217 0.362 0.253 0.040 0.001 52 E 0.333 0.440 0.175 0.039 0.011 0.001 0.001 53 F 0.104 0.178 0.300 0.292 0.112 0.013 0.001 54 T 0.496 0.382 0.095 0.021 0.005 0.001 0.001 55 A 0.199 0.208 0.268 0.253 0.063 0.009 0.001 56 Q 0.703 0.221 0.059 0.014 0.003 0.001 0.001 57 K 0.651 0.274 0.057 0.015 0.002 0.001 0.001 58 N 0.480 0.430 0.075 0.013 0.002 0.001 0.001 59 L 0.058 0.081 0.223 0.395 0.218 0.025 0.001 60 R 0.190 0.347 0.273 0.131 0.052 0.006 0.001 61 K 0.419 0.398 0.123 0.046 0.012 0.002 0.001 62 E 0.283 0.409 0.198 0.082 0.024 0.004 0.001 63 A 0.023 0.093 0.198 0.351 0.261 0.071 0.004 64 F 0.008 0.041 0.141 0.264 0.320 0.201 0.025 65 L 0.005 0.013 0.023 0.070 0.259 0.500 0.129 66 R 0.007 0.051 0.167 0.319 0.279 0.159 0.018 67 V 0.005 0.023 0.050 0.079 0.258 0.496 0.089 68 Y 0.008 0.066 0.247 0.341 0.218 0.108 0.011 69 H 0.032 0.086 0.231 0.328 0.254 0.067 0.003 70 S 0.319 0.369 0.187 0.088 0.031 0.005 0.001 71 D 0.754 0.217 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 72 K 0.409 0.341 0.160 0.073 0.015 0.002 0.001 73 K 0.394 0.385 0.147 0.062 0.011 0.002 0.001 74 G 0.060 0.205 0.301 0.286 0.116 0.031 0.001 75 V 0.061 0.085 0.171 0.265 0.299 0.113 0.006 76 S 0.063 0.241 0.333 0.251 0.088 0.022 0.001 77 A 0.098 0.242 0.193 0.229 0.181 0.053 0.003 78 W 0.029 0.097 0.247 0.363 0.199 0.063 0.002 79 E 0.250 0.401 0.159 0.104 0.069 0.016 0.001 80 E 0.146 0.402 0.289 0.112 0.042 0.008 0.001 81 V 0.042 0.068 0.222 0.418 0.215 0.034 0.001 82 K 0.533 0.352 0.085 0.021 0.008 0.001 0.001 83 K 0.669 0.253 0.057 0.018 0.003 0.001 0.001 84 D 0.739 0.230 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 85 E 0.495 0.429 0.061 0.014 0.001 0.001 0.001 86 L 0.089 0.109 0.309 0.312 0.164 0.016 0.001 87 P 0.313 0.313 0.231 0.109 0.031 0.003 0.001 88 A 0.737 0.243 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 89 K 0.312 0.353 0.212 0.106 0.015 0.002 0.001 90 V 0.081 0.098 0.215 0.255 0.275 0.074 0.003 91 K 0.192 0.282 0.316 0.167 0.039 0.004 0.001 92 E 0.602 0.355 0.033 0.008 0.003 0.001 0.001 93 K 0.098 0.234 0.294 0.271 0.086 0.016 0.001 94 L 0.107 0.091 0.235 0.333 0.197 0.036 0.001 95 G 0.652 0.278 0.057 0.010 0.002 0.001 0.001 96 V 0.705 0.188 0.070 0.030 0.006 0.001 0.001 97 K 0.781 0.179 0.029 0.008 0.002 0.001 0.001