# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.5286 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.191 0.100 0.112 0.129 0.133 0.115 0.077 0.058 0.037 0.026 0.013 0.005 0.002 0.001 2 D 0.257 0.168 0.129 0.130 0.112 0.073 0.049 0.034 0.023 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 3 L 0.093 0.072 0.088 0.122 0.148 0.147 0.120 0.087 0.056 0.037 0.018 0.007 0.003 0.001 4 N 0.153 0.122 0.128 0.147 0.145 0.107 0.077 0.055 0.032 0.018 0.012 0.004 0.002 0.001 5 R 0.207 0.137 0.154 0.143 0.122 0.092 0.057 0.036 0.024 0.012 0.009 0.003 0.001 0.001 6 M 0.086 0.054 0.072 0.128 0.176 0.146 0.108 0.096 0.070 0.034 0.015 0.008 0.004 0.001 7 G 0.062 0.077 0.089 0.171 0.150 0.152 0.121 0.077 0.049 0.027 0.015 0.006 0.003 0.001 8 K 0.183 0.198 0.169 0.145 0.111 0.078 0.053 0.028 0.019 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 9 D 0.118 0.152 0.179 0.159 0.144 0.098 0.064 0.027 0.022 0.014 0.017 0.003 0.002 0.001 10 E 0.069 0.086 0.102 0.128 0.157 0.138 0.115 0.059 0.069 0.036 0.027 0.008 0.003 0.003 11 Y 0.006 0.006 0.012 0.027 0.055 0.088 0.113 0.182 0.160 0.144 0.120 0.046 0.029 0.013 12 Y 0.005 0.007 0.011 0.026 0.048 0.063 0.094 0.173 0.151 0.128 0.112 0.102 0.053 0.027 13 V 0.005 0.002 0.003 0.006 0.008 0.017 0.033 0.094 0.128 0.212 0.205 0.171 0.089 0.027 14 Q 0.007 0.012 0.020 0.041 0.064 0.069 0.114 0.187 0.174 0.123 0.092 0.057 0.024 0.015 15 I 0.007 0.005 0.008 0.016 0.029 0.071 0.084 0.119 0.133 0.191 0.181 0.096 0.042 0.017 16 T 0.046 0.069 0.118 0.137 0.177 0.142 0.121 0.073 0.064 0.027 0.014 0.007 0.002 0.002 17 V 0.098 0.084 0.096 0.164 0.200 0.117 0.080 0.061 0.045 0.035 0.014 0.004 0.002 0.001 18 D 0.203 0.224 0.197 0.152 0.101 0.055 0.033 0.015 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 19 G 0.347 0.184 0.139 0.115 0.085 0.057 0.032 0.020 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 20 K 0.514 0.221 0.133 0.065 0.038 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 E 0.413 0.176 0.143 0.096 0.082 0.044 0.023 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 22 V 0.135 0.087 0.108 0.147 0.204 0.127 0.087 0.067 0.023 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 23 H 0.203 0.125 0.130 0.169 0.157 0.087 0.051 0.043 0.017 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 24 S 0.479 0.171 0.121 0.102 0.065 0.032 0.014 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 25 K 0.362 0.169 0.156 0.139 0.090 0.044 0.020 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 26 A 0.323 0.139 0.122 0.148 0.114 0.079 0.038 0.019 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 27 D 0.496 0.232 0.115 0.086 0.041 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 N 0.660 0.185 0.087 0.038 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 G 0.544 0.209 0.126 0.063 0.035 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 Q 0.555 0.192 0.117 0.061 0.039 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.393 0.195 0.144 0.102 0.086 0.041 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 Y 0.117 0.077 0.107 0.141 0.190 0.141 0.105 0.067 0.028 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 33 K 0.177 0.126 0.127 0.158 0.150 0.104 0.063 0.045 0.020 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 34 D 0.135 0.109 0.130 0.140 0.149 0.104 0.082 0.057 0.043 0.029 0.012 0.007 0.002 0.001 35 Y 0.019 0.015 0.028 0.063 0.106 0.150 0.128 0.136 0.107 0.139 0.061 0.030 0.014 0.005 36 E 0.029 0.046 0.057 0.115 0.132 0.127 0.122 0.109 0.097 0.069 0.049 0.031 0.010 0.008 37 Y 0.009 0.006 0.009 0.021 0.029 0.065 0.090 0.119 0.160 0.196 0.148 0.094 0.036 0.017 38 K 0.008 0.016 0.024 0.050 0.083 0.085 0.112 0.192 0.162 0.105 0.082 0.045 0.022 0.014 39 L 0.005 0.003 0.006 0.009 0.014 0.037 0.056 0.124 0.117 0.180 0.200 0.129 0.089 0.032 40 T 0.021 0.027 0.049 0.078 0.121 0.122 0.136 0.154 0.108 0.081 0.049 0.030 0.012 0.012 41 G 0.020 0.016 0.023 0.048 0.079 0.107 0.103 0.130 0.136 0.132 0.117 0.058 0.021 0.011 42 F 0.025 0.043 0.061 0.166 0.157 0.192 0.148 0.089 0.066 0.027 0.016 0.006 0.002 0.001 43 D 0.221 0.224 0.132 0.163 0.103 0.068 0.035 0.018 0.024 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 44 K 0.441 0.291 0.145 0.077 0.027 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 D 0.660 0.253 0.069 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 G 0.447 0.235 0.194 0.058 0.042 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 K 0.624 0.203 0.103 0.034 0.022 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 E 0.441 0.231 0.123 0.089 0.079 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 K 0.275 0.130 0.103 0.143 0.124 0.094 0.056 0.047 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 50 E 0.092 0.078 0.099 0.175 0.267 0.113 0.061 0.047 0.038 0.021 0.004 0.003 0.001 0.001 51 L 0.034 0.015 0.024 0.072 0.094 0.170 0.146 0.171 0.088 0.115 0.040 0.021 0.009 0.002 52 E 0.162 0.153 0.189 0.172 0.150 0.078 0.045 0.018 0.017 0.006 0.005 0.003 0.001 0.001 53 F 0.107 0.040 0.059 0.122 0.135 0.158 0.116 0.090 0.062 0.066 0.031 0.010 0.003 0.001 54 T 0.183 0.169 0.145 0.162 0.148 0.083 0.050 0.029 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 55 A 0.091 0.065 0.074 0.149 0.157 0.174 0.107 0.072 0.059 0.033 0.015 0.003 0.001 0.001 56 Q 0.288 0.227 0.183 0.142 0.088 0.036 0.019 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 57 K 0.623 0.193 0.101 0.042 0.020 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 N 0.296 0.222 0.194 0.131 0.109 0.028 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.087 0.065 0.103 0.188 0.202 0.164 0.098 0.064 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 60 R 0.282 0.239 0.166 0.144 0.097 0.038 0.017 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 K 0.275 0.220 0.152 0.163 0.091 0.048 0.025 0.012 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 62 E 0.207 0.261 0.180 0.128 0.100 0.061 0.032 0.012 0.011 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 63 A 0.019 0.026 0.055 0.102 0.160 0.193 0.131 0.104 0.083 0.054 0.052 0.011 0.007 0.004 64 F 0.007 0.009 0.014 0.039 0.086 0.104 0.138 0.160 0.158 0.112 0.078 0.064 0.021 0.012 65 L 0.002 0.002 0.002 0.006 0.008 0.021 0.043 0.155 0.154 0.194 0.204 0.119 0.076 0.014 66 R 0.004 0.007 0.013 0.026 0.046 0.055 0.085 0.204 0.169 0.154 0.098 0.081 0.034 0.024 67 V 0.004 0.002 0.004 0.006 0.014 0.029 0.035 0.097 0.130 0.240 0.195 0.156 0.065 0.024 68 Y 0.011 0.022 0.048 0.110 0.155 0.134 0.147 0.112 0.124 0.073 0.030 0.021 0.006 0.007 69 H 0.025 0.028 0.034 0.089 0.120 0.165 0.114 0.105 0.151 0.097 0.053 0.014 0.004 0.003 70 S 0.196 0.253 0.199 0.157 0.090 0.046 0.026 0.015 0.012 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 71 D 0.515 0.285 0.100 0.049 0.023 0.013 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.320 0.271 0.208 0.093 0.067 0.023 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 K 0.531 0.205 0.132 0.060 0.034 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 G 0.333 0.181 0.159 0.097 0.116 0.061 0.030 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 75 V 0.077 0.049 0.061 0.128 0.216 0.159 0.122 0.099 0.042 0.030 0.011 0.004 0.002 0.001 76 S 0.224 0.187 0.135 0.168 0.113 0.071 0.046 0.028 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 77 A 0.217 0.122 0.133 0.121 0.120 0.106 0.067 0.040 0.040 0.015 0.013 0.005 0.001 0.001 78 W 0.060 0.051 0.084 0.141 0.180 0.155 0.112 0.091 0.062 0.036 0.019 0.006 0.002 0.001 79 E 0.394 0.221 0.151 0.101 0.053 0.039 0.021 0.011 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 80 E 0.269 0.180 0.178 0.133 0.128 0.059 0.024 0.013 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 81 V 0.138 0.069 0.084 0.203 0.207 0.126 0.082 0.054 0.022 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 82 K 0.410 0.312 0.171 0.075 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 K 0.654 0.199 0.074 0.040 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 D 0.666 0.260 0.050 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 E 0.761 0.191 0.041 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 L 0.187 0.150 0.233 0.141 0.175 0.080 0.024 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 P 0.217 0.140 0.186 0.177 0.156 0.072 0.034 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 88 A 0.844 0.137 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 K 0.279 0.339 0.221 0.095 0.043 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 V 0.013 0.011 0.031 0.070 0.199 0.299 0.203 0.110 0.054 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 91 K 0.139 0.219 0.238 0.245 0.110 0.028 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.895 0.093 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 K 0.054 0.107 0.150 0.235 0.307 0.095 0.033 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 L 0.032 0.026 0.074 0.137 0.213 0.203 0.194 0.091 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 95 G 0.594 0.191 0.119 0.048 0.029 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 V 0.622 0.130 0.092 0.078 0.039 0.019 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 K 0.410 0.207 0.141 0.100 0.083 0.034 0.013 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001