# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.9873 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.018 0.086 0.050 0.159 0.003 0.057 0.013 0.001 0.001 0.004 0.004 0.010 0.012 0.095 0.076 0.085 0.053 0.097 0.156 0.004 2 D 0.015 0.017 0.152 0.115 0.095 0.004 0.027 0.016 0.001 0.001 0.006 0.005 0.010 0.011 0.084 0.046 0.038 0.035 0.143 0.174 0.004 3 L 0.013 0.012 0.029 0.035 0.302 0.002 0.038 0.012 0.001 0.001 0.005 0.006 0.012 0.014 0.079 0.086 0.169 0.047 0.057 0.075 0.005 4 N 0.016 0.020 0.154 0.154 0.045 0.005 0.077 0.026 0.002 0.001 0.006 0.005 0.010 0.008 0.102 0.023 0.037 0.031 0.125 0.151 0.002 5 R 0.011 0.011 0.034 0.056 0.258 0.005 0.030 0.011 0.003 0.001 0.003 0.003 0.006 0.004 0.026 0.052 0.252 0.070 0.074 0.088 0.002 6 M 0.012 0.016 0.066 0.078 0.146 0.005 0.173 0.022 0.003 0.002 0.002 0.002 0.005 0.003 0.054 0.026 0.120 0.046 0.084 0.132 0.001 7 G 0.013 0.018 0.082 0.087 0.209 0.001 0.103 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.036 0.025 0.088 0.080 0.081 0.160 0.001 8 K 0.022 0.023 0.120 0.102 0.239 0.002 0.057 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.036 0.023 0.119 0.037 0.056 0.150 0.001 9 D 0.046 0.069 0.122 0.184 0.257 0.002 0.063 0.003 0.002 0.002 0.003 0.002 0.007 0.003 0.022 0.016 0.042 0.037 0.044 0.071 0.004 10 E 0.149 0.188 0.109 0.079 0.313 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.011 0.003 0.019 0.028 0.013 0.014 0.017 0.018 0.007 11 Y 0.235 0.308 0.145 0.138 0.059 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 0.025 0.006 0.023 0.007 0.003 0.003 0.003 0.004 0.017 12 Y 0.307 0.479 0.010 0.013 0.078 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.014 0.033 0.006 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 13 V 0.406 0.458 0.036 0.032 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.011 0.022 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 14 Q 0.440 0.429 0.007 0.012 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.011 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 15 I 0.441 0.390 0.027 0.056 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.016 0.027 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 16 T 0.325 0.311 0.047 0.133 0.128 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.016 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 17 V 0.137 0.066 0.092 0.281 0.275 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.007 0.006 0.012 0.001 0.014 0.008 0.031 0.003 0.019 0.037 0.001 18 D 0.018 0.021 0.023 0.074 0.252 0.002 0.309 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.010 0.005 0.152 0.040 0.022 0.060 0.001 19 G 0.003 0.004 0.006 0.005 0.158 0.001 0.618 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.009 0.158 0.012 0.010 0.001 20 K 0.009 0.007 0.512 0.212 0.020 0.002 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.002 0.008 0.065 0.066 0.047 0.001 21 E 0.010 0.012 0.014 0.015 0.822 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.014 0.007 0.018 0.045 0.030 0.001 22 V 0.015 0.017 0.299 0.411 0.031 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.109 0.004 0.006 0.003 0.046 0.041 0.001 23 H 0.019 0.025 0.023 0.072 0.580 0.002 0.009 0.007 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.001 0.017 0.047 0.089 0.012 0.028 0.054 0.002 24 S 0.016 0.023 0.106 0.246 0.149 0.021 0.141 0.039 0.002 0.001 0.005 0.004 0.009 0.002 0.035 0.010 0.056 0.037 0.037 0.059 0.002 25 K 0.010 0.015 0.042 0.074 0.326 0.005 0.111 0.053 0.002 0.002 0.002 0.002 0.005 0.001 0.013 0.013 0.060 0.091 0.079 0.094 0.001 26 A 0.011 0.011 0.157 0.169 0.118 0.003 0.030 0.027 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.004 0.090 0.029 0.150 0.168 0.001 27 D 0.006 0.005 0.058 0.088 0.218 0.006 0.045 0.025 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.264 0.025 0.068 0.165 0.001 28 N 0.004 0.006 0.026 0.056 0.159 0.004 0.331 0.029 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.172 0.049 0.035 0.114 0.001 29 G 0.003 0.007 0.023 0.029 0.209 0.004 0.379 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.048 0.177 0.043 0.046 0.001 30 Q 0.013 0.013 0.307 0.250 0.076 0.007 0.025 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.004 0.035 0.039 0.100 0.097 0.001 31 K 0.019 0.033 0.047 0.060 0.652 0.001 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.008 0.040 0.022 0.033 0.049 0.002 32 Y 0.051 0.065 0.206 0.299 0.135 0.002 0.017 0.010 0.001 0.001 0.006 0.003 0.009 0.001 0.043 0.008 0.015 0.011 0.061 0.053 0.003 33 K 0.068 0.083 0.151 0.235 0.198 0.002 0.011 0.009 0.002 0.001 0.005 0.005 0.009 0.002 0.023 0.008 0.097 0.010 0.022 0.054 0.004 34 D 0.079 0.128 0.039 0.084 0.446 0.004 0.065 0.013 0.002 0.002 0.008 0.006 0.015 0.002 0.009 0.013 0.026 0.020 0.016 0.018 0.006 35 Y 0.134 0.183 0.154 0.209 0.143 0.001 0.025 0.010 0.001 0.001 0.005 0.007 0.016 0.002 0.025 0.007 0.019 0.015 0.018 0.019 0.006 36 E 0.193 0.286 0.068 0.057 0.290 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 0.007 0.005 0.016 0.002 0.013 0.009 0.012 0.006 0.006 0.007 0.008 37 Y 0.247 0.312 0.107 0.140 0.100 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.010 0.010 0.023 0.004 0.011 0.005 0.002 0.003 0.005 0.005 0.007 38 K 0.241 0.323 0.033 0.047 0.242 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.031 0.006 0.020 0.013 0.003 0.002 0.002 0.002 0.011 39 L 0.280 0.266 0.093 0.190 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.020 0.033 0.007 0.024 0.006 0.001 0.001 0.005 0.006 0.011 40 T 0.242 0.326 0.019 0.024 0.291 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.022 0.006 0.011 0.014 0.004 0.002 0.002 0.003 0.012 41 G 0.250 0.247 0.134 0.192 0.049 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.019 0.016 0.037 0.004 0.019 0.005 0.002 0.001 0.003 0.003 0.011 42 F 0.196 0.247 0.032 0.039 0.371 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.007 0.010 0.021 0.003 0.014 0.013 0.006 0.006 0.004 0.007 0.010 43 D 0.088 0.105 0.213 0.433 0.064 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.001 0.014 0.002 0.002 0.003 0.036 0.021 0.001 44 K 0.036 0.015 0.055 0.119 0.308 0.001 0.003 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.005 0.333 0.003 0.017 0.080 0.001 45 D 0.009 0.018 0.016 0.065 0.089 0.003 0.658 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.062 0.026 0.012 0.029 0.001 46 G 0.005 0.007 0.006 0.004 0.352 0.001 0.415 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.007 0.162 0.011 0.012 0.001 47 K 0.015 0.015 0.624 0.259 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.004 0.017 0.021 0.010 0.001 48 E 0.036 0.053 0.004 0.003 0.870 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 0.005 0.003 0.003 49 K 0.065 0.060 0.421 0.403 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 E 0.057 0.132 0.001 0.009 0.716 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.013 0.002 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 51 L 0.185 0.223 0.151 0.272 0.022 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.019 0.017 0.037 0.003 0.049 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 52 E 0.144 0.168 0.039 0.071 0.431 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.013 0.012 0.040 0.005 0.010 0.025 0.005 0.008 0.007 0.007 0.010 53 F 0.202 0.159 0.122 0.137 0.204 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.014 0.015 0.024 0.002 0.038 0.009 0.007 0.007 0.021 0.020 0.008 54 T 0.078 0.077 0.147 0.182 0.194 0.001 0.009 0.021 0.001 0.001 0.008 0.010 0.024 0.007 0.069 0.019 0.033 0.014 0.042 0.057 0.004 55 A 0.036 0.039 0.049 0.095 0.300 0.003 0.029 0.031 0.002 0.001 0.004 0.005 0.009 0.002 0.032 0.025 0.156 0.019 0.042 0.118 0.002 56 Q 0.012 0.017 0.035 0.050 0.106 0.006 0.196 0.126 0.003 0.001 0.002 0.003 0.005 0.003 0.057 0.013 0.208 0.051 0.038 0.068 0.001 57 K 0.011 0.014 0.053 0.075 0.055 0.023 0.159 0.196 0.004 0.002 0.002 0.001 0.005 0.001 0.013 0.005 0.232 0.049 0.037 0.063 0.001 58 N 0.009 0.013 0.024 0.027 0.147 0.017 0.196 0.226 0.006 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.008 0.009 0.147 0.065 0.046 0.050 0.001 59 L 0.014 0.019 0.063 0.068 0.125 0.004 0.086 0.142 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 0.009 0.147 0.062 0.073 0.153 0.001 60 R 0.010 0.013 0.040 0.039 0.191 0.002 0.033 0.142 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.010 0.145 0.033 0.063 0.252 0.001 61 K 0.009 0.014 0.028 0.047 0.101 0.007 0.093 0.148 0.008 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.006 0.395 0.030 0.022 0.067 0.001 62 E 0.022 0.042 0.028 0.033 0.096 0.014 0.271 0.270 0.012 0.006 0.002 0.001 0.003 0.002 0.009 0.007 0.104 0.036 0.018 0.023 0.001 63 A 0.079 0.115 0.077 0.093 0.135 0.010 0.089 0.137 0.007 0.004 0.004 0.004 0.014 0.008 0.022 0.019 0.083 0.045 0.022 0.028 0.006 64 F 0.115 0.389 0.024 0.021 0.231 0.001 0.021 0.056 0.001 0.001 0.004 0.006 0.017 0.018 0.015 0.034 0.010 0.008 0.005 0.011 0.013 65 L 0.322 0.436 0.037 0.035 0.030 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 0.012 0.010 0.034 0.016 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.016 66 R 0.313 0.489 0.018 0.018 0.033 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.021 0.015 0.034 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 67 V 0.345 0.411 0.011 0.017 0.026 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.026 0.026 0.072 0.021 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 68 Y 0.299 0.386 0.028 0.047 0.050 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.037 0.029 0.057 0.019 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 69 H 0.283 0.234 0.037 0.104 0.146 0.001 0.004 0.006 0.003 0.001 0.022 0.025 0.050 0.012 0.018 0.018 0.006 0.003 0.009 0.008 0.011 70 S 0.106 0.102 0.098 0.149 0.204 0.002 0.029 0.008 0.007 0.003 0.008 0.009 0.016 0.007 0.062 0.016 0.083 0.025 0.020 0.041 0.003 71 D 0.021 0.025 0.038 0.075 0.212 0.005 0.148 0.009 0.006 0.004 0.002 0.002 0.006 0.002 0.025 0.025 0.104 0.086 0.063 0.141 0.002 72 K 0.009 0.011 0.050 0.054 0.121 0.003 0.079 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 0.013 0.178 0.127 0.135 0.163 0.001 73 K 0.011 0.013 0.087 0.061 0.115 0.010 0.167 0.011 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.033 0.031 0.186 0.055 0.071 0.134 0.002 74 G 0.028 0.038 0.106 0.071 0.204 0.008 0.142 0.011 0.001 0.001 0.006 0.003 0.009 0.004 0.049 0.025 0.043 0.114 0.063 0.067 0.007 75 V 0.046 0.053 0.166 0.176 0.172 0.001 0.014 0.007 0.001 0.001 0.009 0.008 0.014 0.006 0.036 0.033 0.016 0.030 0.124 0.078 0.008 76 S 0.062 0.055 0.162 0.103 0.266 0.001 0.008 0.005 0.001 0.001 0.008 0.007 0.021 0.006 0.068 0.030 0.051 0.015 0.046 0.079 0.006 77 A 0.031 0.044 0.077 0.202 0.148 0.001 0.011 0.011 0.002 0.001 0.007 0.007 0.009 0.003 0.027 0.024 0.020 0.019 0.139 0.213 0.003 78 W 0.012 0.019 0.010 0.016 0.399 0.001 0.028 0.017 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.062 0.072 0.290 0.027 0.014 0.019 0.002 79 E 0.022 0.034 0.219 0.274 0.014 0.047 0.169 0.091 0.001 0.001 0.006 0.002 0.012 0.001 0.030 0.003 0.020 0.017 0.017 0.018 0.002 80 E 0.024 0.027 0.008 0.016 0.637 0.008 0.042 0.044 0.002 0.001 0.003 0.002 0.009 0.001 0.003 0.032 0.024 0.064 0.035 0.014 0.003 81 V 0.022 0.026 0.199 0.189 0.073 0.001 0.018 0.039 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.133 0.014 0.031 0.017 0.086 0.138 0.001 82 K 0.005 0.007 0.020 0.038 0.197 0.002 0.013 0.040 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.015 0.115 0.017 0.089 0.424 0.001 83 K 0.001 0.001 0.011 0.023 0.050 0.011 0.113 0.064 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 0.565 0.035 0.035 0.061 0.001 84 D 0.001 0.001 0.004 0.006 0.010 0.009 0.673 0.079 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.128 0.035 0.021 0.029 0.001 85 E 0.001 0.001 0.005 0.004 0.027 0.004 0.320 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.087 0.305 0.134 0.075 0.001 86 L 0.001 0.001 0.011 0.006 0.020 0.001 0.015 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.011 0.086 0.060 0.167 0.597 0.001 87 P 0.001 0.001 0.007 0.005 0.055 0.001 0.016 0.075 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 0.173 0.025 0.142 0.480 0.001 88 A 0.001 0.001 0.006 0.005 0.004 0.011 0.036 0.270 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.600 0.008 0.014 0.026 0.001 89 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.074 0.861 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.004 0.003 0.007 0.001 90 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.046 0.876 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.044 0.007 0.004 0.004 0.001 91 K 0.001 0.002 0.003 0.002 0.005 0.002 0.041 0.882 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.043 0.004 0.001 0.005 0.001 92 E 0.002 0.003 0.003 0.006 0.005 0.034 0.082 0.814 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 0.004 0.004 0.001 93 K 0.002 0.001 0.003 0.009 0.024 0.018 0.145 0.129 0.204 0.148 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.247 0.043 0.013 0.005 0.001 94 L 0.001 0.002 0.006 0.007 0.015 0.006 0.638 0.053 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.084 0.034 0.035 0.098 0.001 95 G 0.001 0.001 0.007 0.005 0.023 0.005 0.086 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.065 0.606 0.089 0.086 0.001 96 V 0.001 0.001 0.016 0.010 0.067 0.004 0.040 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.049 0.108 0.064 0.263 0.336 0.001 97 K 0.002 0.002 0.059 0.025 0.056 0.002 0.036 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.113 0.029 0.100 0.071 0.283 0.198 0.001