# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.9873 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.025 0.616 0.011 0.018 0.012 0.003 0.003 0.061 0.122 0.024 0.046 0.049 2 D 0.007 0.018 0.620 0.009 0.027 0.017 0.005 0.003 0.046 0.098 0.026 0.056 0.067 3 L 0.014 0.038 0.378 0.023 0.128 0.030 0.009 0.011 0.093 0.073 0.062 0.021 0.120 4 N 0.008 0.017 0.450 0.030 0.077 0.021 0.006 0.005 0.052 0.121 0.067 0.111 0.036 5 R 0.007 0.027 0.370 0.011 0.107 0.023 0.005 0.005 0.058 0.122 0.125 0.021 0.118 6 M 0.007 0.036 0.434 0.013 0.033 0.011 0.004 0.004 0.037 0.154 0.144 0.054 0.067 7 G 0.009 0.014 0.434 0.014 0.011 0.003 0.001 0.001 0.025 0.245 0.109 0.084 0.049 8 K 0.012 0.009 0.357 0.013 0.010 0.001 0.001 0.001 0.010 0.274 0.181 0.045 0.088 9 D 0.037 0.008 0.297 0.047 0.010 0.001 0.001 0.001 0.012 0.198 0.143 0.103 0.143 10 E 0.166 0.004 0.123 0.041 0.006 0.001 0.004 0.001 0.009 0.042 0.043 0.197 0.364 11 Y 0.566 0.001 0.018 0.013 0.001 0.001 0.019 0.002 0.010 0.002 0.003 0.120 0.244 12 Y 0.847 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.060 0.071 13 V 0.879 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.058 14 Q 0.791 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.070 15 I 0.576 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.333 16 T 0.316 0.001 0.033 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.005 0.003 0.287 0.335 17 V 0.120 0.005 0.044 0.021 0.006 0.002 0.002 0.001 0.002 0.085 0.239 0.220 0.253 18 D 0.011 0.002 0.024 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.788 0.052 0.036 19 G 0.016 0.009 0.130 0.013 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.275 0.434 0.032 0.074 20 K 0.024 0.014 0.216 0.007 0.006 0.004 0.001 0.001 0.003 0.059 0.015 0.535 0.116 21 E 0.044 0.015 0.061 0.004 0.002 0.006 0.003 0.001 0.004 0.007 0.004 0.032 0.818 22 V 0.084 0.009 0.069 0.049 0.003 0.011 0.004 0.001 0.005 0.007 0.006 0.661 0.093 23 H 0.095 0.008 0.100 0.020 0.005 0.012 0.007 0.001 0.006 0.017 0.009 0.124 0.597 24 S 0.069 0.008 0.148 0.017 0.009 0.014 0.005 0.001 0.005 0.020 0.016 0.299 0.389 25 K 0.038 0.019 0.175 0.020 0.029 0.034 0.003 0.001 0.007 0.037 0.067 0.159 0.412 26 A 0.022 0.030 0.283 0.018 0.039 0.027 0.001 0.001 0.005 0.082 0.170 0.121 0.201 27 D 0.006 0.013 0.143 0.009 0.039 0.026 0.001 0.001 0.002 0.168 0.502 0.058 0.034 28 N 0.001 0.002 0.016 0.002 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.064 0.895 0.004 0.004 29 G 0.002 0.014 0.131 0.003 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.239 0.569 0.010 0.015 30 Q 0.008 0.038 0.462 0.007 0.009 0.013 0.001 0.001 0.004 0.120 0.023 0.229 0.086 31 K 0.024 0.048 0.172 0.008 0.006 0.014 0.004 0.001 0.011 0.027 0.020 0.054 0.613 32 Y 0.059 0.014 0.212 0.095 0.008 0.014 0.004 0.001 0.011 0.026 0.025 0.384 0.146 33 K 0.097 0.007 0.160 0.055 0.015 0.010 0.007 0.001 0.011 0.055 0.042 0.231 0.308 34 D 0.133 0.005 0.112 0.055 0.012 0.009 0.012 0.001 0.013 0.035 0.060 0.122 0.430 35 Y 0.237 0.005 0.068 0.043 0.011 0.007 0.018 0.002 0.013 0.022 0.027 0.347 0.200 36 E 0.494 0.003 0.023 0.020 0.003 0.003 0.023 0.005 0.012 0.007 0.006 0.112 0.287 37 Y 0.621 0.001 0.010 0.006 0.001 0.001 0.015 0.004 0.008 0.002 0.002 0.218 0.111 38 K 0.658 0.002 0.026 0.031 0.001 0.002 0.019 0.005 0.019 0.004 0.003 0.061 0.170 39 L 0.292 0.002 0.063 0.042 0.002 0.003 0.021 0.002 0.017 0.012 0.008 0.386 0.148 40 T 0.250 0.003 0.042 0.021 0.003 0.004 0.022 0.001 0.012 0.010 0.009 0.062 0.562 41 G 0.287 0.007 0.024 0.011 0.004 0.005 0.014 0.001 0.008 0.007 0.004 0.533 0.095 42 F 0.414 0.013 0.026 0.005 0.002 0.003 0.004 0.001 0.007 0.008 0.003 0.059 0.456 43 D 0.026 0.005 0.432 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.009 0.208 0.281 44 K 0.001 0.001 0.009 0.007 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.022 0.941 0.002 0.008 45 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.949 0.004 0.001 46 G 0.006 0.022 0.136 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.543 0.210 0.013 0.058 47 K 0.011 0.014 0.248 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.046 0.007 0.597 0.063 48 E 0.037 0.006 0.032 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 0.005 0.011 0.888 49 K 0.062 0.001 0.018 0.071 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.813 0.024 50 E 0.254 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 0.022 0.001 0.003 0.001 0.001 0.034 0.669 51 L 0.538 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.042 0.001 0.004 0.001 0.001 0.298 0.098 52 E 0.562 0.002 0.010 0.015 0.001 0.003 0.041 0.003 0.011 0.002 0.002 0.175 0.174 53 F 0.520 0.003 0.015 0.011 0.002 0.005 0.025 0.002 0.008 0.005 0.003 0.164 0.236 54 T 0.242 0.007 0.104 0.031 0.005 0.019 0.018 0.003 0.026 0.024 0.021 0.210 0.289 55 A 0.077 0.015 0.197 0.030 0.036 0.064 0.008 0.001 0.030 0.091 0.105 0.132 0.215 56 Q 0.018 0.013 0.303 0.020 0.061 0.078 0.002 0.001 0.010 0.164 0.183 0.056 0.092 57 K 0.007 0.011 0.215 0.008 0.120 0.094 0.001 0.001 0.007 0.220 0.217 0.046 0.054 58 N 0.004 0.021 0.250 0.005 0.107 0.131 0.001 0.001 0.005 0.115 0.254 0.017 0.090 59 L 0.003 0.043 0.395 0.006 0.083 0.188 0.001 0.001 0.007 0.118 0.074 0.029 0.052 60 R 0.003 0.006 0.652 0.005 0.044 0.109 0.001 0.001 0.003 0.072 0.022 0.037 0.047 61 K 0.004 0.005 0.080 0.013 0.187 0.304 0.001 0.001 0.002 0.050 0.291 0.010 0.054 62 E 0.024 0.003 0.102 0.031 0.074 0.123 0.001 0.001 0.002 0.064 0.471 0.053 0.053 63 A 0.110 0.006 0.153 0.023 0.063 0.161 0.002 0.001 0.005 0.065 0.101 0.113 0.197 64 F 0.362 0.005 0.037 0.010 0.006 0.032 0.008 0.002 0.010 0.006 0.023 0.084 0.416 65 L 0.656 0.001 0.008 0.009 0.001 0.008 0.010 0.001 0.003 0.001 0.003 0.163 0.136 66 R 0.745 0.001 0.002 0.008 0.001 0.006 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.160 0.058 67 V 0.804 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.144 68 Y 0.650 0.001 0.002 0.011 0.001 0.002 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.218 0.105 69 H 0.452 0.002 0.008 0.008 0.001 0.002 0.006 0.001 0.002 0.003 0.003 0.131 0.381 70 S 0.113 0.003 0.110 0.027 0.004 0.004 0.003 0.001 0.004 0.028 0.068 0.287 0.351 71 D 0.010 0.002 0.060 0.030 0.011 0.005 0.001 0.001 0.002 0.089 0.716 0.028 0.044 72 K 0.006 0.009 0.090 0.006 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 0.359 0.414 0.069 0.018 73 K 0.006 0.015 0.333 0.007 0.016 0.007 0.001 0.001 0.002 0.319 0.184 0.024 0.087 74 G 0.020 0.061 0.369 0.022 0.017 0.013 0.003 0.001 0.012 0.163 0.085 0.153 0.083 75 V 0.085 0.032 0.339 0.013 0.006 0.014 0.006 0.002 0.033 0.060 0.015 0.109 0.286 76 S 0.138 0.028 0.239 0.033 0.006 0.016 0.011 0.003 0.027 0.043 0.016 0.165 0.277 77 A 0.080 0.008 0.243 0.048 0.014 0.029 0.013 0.002 0.048 0.034 0.022 0.233 0.224 78 W 0.026 0.004 0.178 0.068 0.069 0.105 0.012 0.001 0.024 0.029 0.141 0.020 0.322 79 E 0.045 0.006 0.114 0.029 0.100 0.157 0.014 0.002 0.038 0.045 0.044 0.336 0.070 80 E 0.076 0.014 0.083 0.004 0.020 0.114 0.010 0.002 0.039 0.028 0.013 0.042 0.554 81 V 0.048 0.055 0.290 0.015 0.007 0.100 0.009 0.002 0.043 0.064 0.015 0.206 0.147 82 K 0.004 0.002 0.814 0.003 0.005 0.033 0.001 0.001 0.010 0.029 0.004 0.048 0.047 83 K 0.001 0.002 0.065 0.004 0.330 0.385 0.001 0.001 0.002 0.016 0.162 0.002 0.032 84 D 0.001 0.001 0.039 0.004 0.348 0.374 0.001 0.001 0.002 0.019 0.203 0.006 0.004 85 E 0.001 0.006 0.106 0.001 0.315 0.389 0.001 0.001 0.003 0.065 0.090 0.005 0.019 86 L 0.001 0.025 0.624 0.001 0.017 0.134 0.001 0.001 0.005 0.150 0.020 0.010 0.015 87 P 0.001 0.002 0.707 0.001 0.005 0.246 0.001 0.001 0.001 0.024 0.007 0.002 0.005 88 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.027 0.952 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 89 K 0.001 0.001 0.008 0.001 0.032 0.936 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.001 0.001 90 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.073 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 91 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.041 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 92 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.865 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 93 K 0.001 0.001 0.007 0.001 0.055 0.850 0.001 0.001 0.001 0.005 0.077 0.001 0.002 94 L 0.002 0.006 0.077 0.002 0.031 0.583 0.001 0.001 0.003 0.042 0.239 0.005 0.010 95 G 0.001 0.007 0.289 0.002 0.011 0.139 0.001 0.001 0.010 0.125 0.378 0.027 0.009 96 V 0.002 0.022 0.675 0.001 0.011 0.042 0.001 0.001 0.024 0.111 0.070 0.007 0.033 97 K 0.001 0.005 0.873 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.006 0.074 0.007 0.014 0.007