# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.9873 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.088 0.071 0.184 0.311 0.020 0.071 0.020 0.031 0.010 0.006 0.043 0.044 0.062 0.006 0.017 0.018 2 D 0.024 0.096 0.144 0.181 0.042 0.194 0.025 0.024 0.026 0.021 0.039 0.043 0.091 0.011 0.010 0.028 3 L 0.043 0.146 0.076 0.376 0.025 0.033 0.014 0.042 0.020 0.004 0.107 0.023 0.048 0.008 0.012 0.023 4 N 0.036 0.055 0.204 0.235 0.025 0.157 0.019 0.032 0.023 0.022 0.020 0.094 0.041 0.005 0.017 0.015 5 R 0.042 0.040 0.103 0.129 0.211 0.066 0.102 0.015 0.014 0.008 0.134 0.015 0.044 0.043 0.006 0.028 6 M 0.035 0.130 0.088 0.339 0.015 0.025 0.010 0.156 0.010 0.003 0.032 0.064 0.017 0.002 0.064 0.010 7 G 0.027 0.048 0.230 0.183 0.027 0.060 0.032 0.013 0.105 0.112 0.013 0.019 0.031 0.004 0.006 0.090 8 K 0.241 0.082 0.127 0.227 0.013 0.096 0.008 0.043 0.016 0.004 0.070 0.014 0.033 0.002 0.007 0.016 9 D 0.023 0.281 0.132 0.363 0.001 0.058 0.002 0.021 0.034 0.005 0.024 0.033 0.009 0.001 0.004 0.009 10 E 0.026 0.268 0.189 0.485 0.001 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 11 Y 0.024 0.016 0.371 0.575 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 Y 0.002 0.014 0.317 0.663 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 V 0.001 0.003 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 Q 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 I 0.001 0.002 0.003 0.957 0.006 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 T 0.001 0.030 0.001 0.306 0.120 0.533 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 V 0.001 0.038 0.001 0.076 0.709 0.029 0.004 0.021 0.001 0.001 0.115 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 18 D 0.001 0.063 0.005 0.049 0.005 0.028 0.001 0.700 0.005 0.005 0.009 0.042 0.001 0.001 0.086 0.001 19 G 0.007 0.028 0.039 0.042 0.002 0.021 0.003 0.004 0.440 0.133 0.036 0.013 0.009 0.001 0.002 0.221 20 K 0.857 0.020 0.030 0.031 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.024 0.007 0.001 0.002 0.003 21 E 0.013 0.030 0.700 0.107 0.002 0.083 0.002 0.001 0.002 0.001 0.013 0.020 0.013 0.001 0.001 0.011 22 V 0.009 0.084 0.128 0.652 0.004 0.064 0.003 0.002 0.001 0.001 0.009 0.012 0.024 0.001 0.001 0.005 23 H 0.004 0.048 0.052 0.692 0.005 0.108 0.004 0.004 0.003 0.001 0.015 0.014 0.045 0.001 0.001 0.004 24 S 0.009 0.061 0.074 0.550 0.006 0.116 0.003 0.008 0.004 0.001 0.053 0.025 0.081 0.001 0.002 0.005 25 K 0.010 0.061 0.099 0.430 0.056 0.147 0.008 0.011 0.006 0.002 0.051 0.053 0.054 0.005 0.002 0.007 26 A 0.009 0.029 0.033 0.062 0.349 0.202 0.050 0.021 0.002 0.002 0.092 0.049 0.052 0.033 0.011 0.005 27 D 0.001 0.022 0.006 0.005 0.321 0.010 0.193 0.038 0.003 0.002 0.054 0.016 0.010 0.303 0.011 0.005 28 N 0.002 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.294 0.003 0.002 0.004 0.005 0.006 0.001 0.667 0.003 29 G 0.010 0.006 0.022 0.004 0.001 0.002 0.004 0.001 0.357 0.096 0.008 0.007 0.011 0.003 0.003 0.465 30 Q 0.946 0.004 0.024 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.004 0.003 31 K 0.024 0.018 0.746 0.042 0.004 0.101 0.007 0.002 0.003 0.004 0.005 0.006 0.011 0.002 0.002 0.024 32 Y 0.029 0.192 0.122 0.215 0.032 0.296 0.020 0.010 0.003 0.002 0.028 0.014 0.023 0.003 0.003 0.008 33 K 0.009 0.229 0.039 0.460 0.013 0.097 0.008 0.040 0.010 0.004 0.040 0.021 0.021 0.001 0.004 0.004 34 D 0.015 0.177 0.155 0.548 0.002 0.015 0.002 0.007 0.040 0.002 0.009 0.011 0.005 0.001 0.001 0.009 35 Y 0.048 0.015 0.230 0.672 0.001 0.015 0.001 0.002 0.005 0.001 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 36 E 0.004 0.021 0.195 0.776 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 Y 0.002 0.002 0.013 0.958 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 K 0.001 0.040 0.025 0.916 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 L 0.001 0.003 0.004 0.702 0.135 0.150 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 T 0.001 0.235 0.028 0.694 0.003 0.008 0.001 0.023 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 41 G 0.001 0.010 0.010 0.939 0.007 0.009 0.001 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 42 F 0.022 0.075 0.310 0.564 0.010 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 45 D 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.281 0.001 0.001 0.663 0.001 46 G 0.001 0.001 0.052 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.931 47 K 0.978 0.004 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 48 E 0.010 0.006 0.754 0.018 0.001 0.202 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 49 K 0.006 0.389 0.080 0.511 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 E 0.001 0.008 0.008 0.980 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.001 0.002 0.271 0.718 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 E 0.001 0.006 0.011 0.965 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 F 0.001 0.006 0.002 0.922 0.023 0.040 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 T 0.001 0.077 0.012 0.473 0.091 0.279 0.001 0.032 0.002 0.002 0.019 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 55 A 0.004 0.051 0.007 0.351 0.087 0.169 0.003 0.055 0.012 0.010 0.211 0.026 0.009 0.002 0.003 0.001 56 Q 0.009 0.130 0.028 0.067 0.066 0.184 0.024 0.029 0.022 0.015 0.125 0.240 0.023 0.020 0.010 0.007 57 K 0.028 0.039 0.026 0.084 0.003 0.037 0.006 0.053 0.013 0.008 0.340 0.130 0.128 0.003 0.077 0.024 58 N 0.023 0.072 0.170 0.089 0.003 0.023 0.005 0.002 0.047 0.005 0.019 0.144 0.079 0.002 0.006 0.311 59 L 0.141 0.050 0.426 0.150 0.004 0.012 0.016 0.002 0.002 0.001 0.015 0.022 0.106 0.002 0.006 0.045 60 R 0.004 0.009 0.149 0.015 0.049 0.557 0.059 0.004 0.001 0.002 0.014 0.014 0.096 0.021 0.001 0.006 61 K 0.004 0.018 0.008 0.050 0.002 0.014 0.002 0.068 0.001 0.001 0.745 0.008 0.055 0.003 0.020 0.002 62 E 0.002 0.102 0.010 0.031 0.001 0.006 0.001 0.001 0.060 0.002 0.009 0.721 0.018 0.001 0.005 0.031 63 A 0.184 0.031 0.317 0.184 0.001 0.011 0.005 0.001 0.003 0.001 0.003 0.012 0.176 0.001 0.012 0.060 64 F 0.013 0.020 0.799 0.095 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.016 65 L 0.007 0.067 0.221 0.692 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 66 R 0.001 0.004 0.052 0.936 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.001 0.004 0.030 0.946 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 68 Y 0.001 0.024 0.011 0.928 0.009 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 H 0.001 0.022 0.004 0.509 0.145 0.294 0.002 0.007 0.001 0.001 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 70 S 0.003 0.090 0.009 0.132 0.096 0.263 0.004 0.150 0.004 0.003 0.214 0.020 0.006 0.002 0.003 0.001 71 D 0.007 0.122 0.010 0.061 0.040 0.093 0.008 0.100 0.043 0.017 0.277 0.162 0.016 0.008 0.028 0.009 72 K 0.016 0.038 0.024 0.007 0.090 0.015 0.228 0.010 0.022 0.010 0.059 0.085 0.019 0.333 0.023 0.020 73 K 0.029 0.025 0.098 0.014 0.001 0.004 0.003 0.149 0.003 0.001 0.007 0.013 0.017 0.001 0.613 0.023 74 G 0.015 0.009 0.129 0.033 0.001 0.006 0.001 0.001 0.077 0.025 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.692 75 V 0.746 0.014 0.112 0.058 0.002 0.038 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.010 0.001 0.001 0.005 76 S 0.002 0.207 0.489 0.248 0.001 0.030 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.005 0.006 0.001 0.001 0.002 77 A 0.003 0.005 0.007 0.135 0.006 0.789 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.010 0.017 0.001 0.001 0.001 78 W 0.002 0.020 0.015 0.066 0.002 0.039 0.001 0.003 0.001 0.001 0.757 0.056 0.035 0.001 0.001 0.001 79 E 0.002 0.070 0.010 0.201 0.001 0.005 0.001 0.002 0.002 0.001 0.015 0.641 0.041 0.001 0.005 0.004 80 E 0.005 0.020 0.226 0.338 0.001 0.018 0.006 0.001 0.003 0.001 0.003 0.015 0.184 0.001 0.004 0.175 81 V 0.007 0.019 0.602 0.286 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.057 0.001 0.001 0.013 82 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 83 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 84 D 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.002 0.001 0.007 0.001 85 E 0.001 0.001 0.057 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.143 0.001 0.002 0.786 86 L 0.093 0.001 0.302 0.002 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.556 0.001 0.004 0.021 87 P 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.397 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.012 0.554 0.001 0.001 0.001 88 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.795 0.012 0.190 0.001 0.001 0.001 89 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.727 0.268 0.001 0.001 0.001 90 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 91 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 92 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.002 0.002 93 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.903 0.001 0.012 94 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.001 0.928 0.004 95 G 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.013 0.003 0.001 0.948 96 V 0.888 0.005 0.006 0.006 0.005 0.007 0.015 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.031 0.013 0.009 0.005 97 K 0.008 0.194 0.364 0.045 0.008 0.088 0.019 0.070 0.008 0.007 0.023 0.036 0.062 0.007 0.039 0.024