# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.9873 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.017 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.242 0.048 0.127 0.532 2 D 0.083 0.064 0.005 0.001 0.005 0.010 0.007 0.003 0.004 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.118 0.083 0.127 0.477 3 L 0.036 0.027 0.004 0.001 0.002 0.003 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.068 0.102 0.639 4 N 0.238 0.033 0.009 0.002 0.009 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.059 0.131 0.078 0.416 5 R 0.105 0.011 0.013 0.002 0.039 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.078 0.106 0.570 6 M 0.043 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.033 0.110 0.716 7 G 0.119 0.003 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.090 0.116 0.551 8 K 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.067 0.144 0.642 9 D 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.298 0.042 0.108 0.529 10 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.459 0.046 0.097 0.363 11 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.866 0.028 0.014 0.077 12 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.011 0.004 0.004 0.004 0.799 0.031 0.020 0.120 13 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.004 0.900 0.013 0.007 0.055 14 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.125 0.080 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.005 0.619 0.049 0.015 0.076 15 I 0.002 0.001 0.002 0.001 0.285 0.054 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.422 0.048 0.024 0.142 16 T 0.160 0.002 0.005 0.001 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.243 0.154 0.045 0.348 17 V 0.308 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.066 0.057 0.507 18 D 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.017 0.104 0.841 19 G 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.026 0.128 0.706 20 K 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.272 0.306 0.042 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.046 0.054 0.197 21 E 0.011 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.048 0.150 0.009 0.035 0.009 0.004 0.002 0.115 0.062 0.080 0.433 22 V 0.015 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.008 0.003 0.272 0.306 0.060 0.007 0.056 0.035 0.033 0.188 23 H 0.013 0.012 0.002 0.001 0.003 0.015 0.046 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.141 0.225 0.016 0.061 0.048 0.059 0.314 24 S 0.044 0.031 0.005 0.002 0.012 0.040 0.022 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.008 0.142 0.095 0.088 0.483 25 K 0.114 0.018 0.017 0.002 0.087 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.134 0.086 0.452 26 A 0.140 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.036 0.083 0.674 27 D 0.223 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.048 0.054 0.644 28 N 0.020 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.025 0.104 0.823 29 G 0.024 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.047 0.105 0.729 30 Q 0.031 0.008 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.108 0.097 0.042 0.007 0.004 0.002 0.002 0.003 0.045 0.066 0.102 0.474 31 K 0.023 0.008 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.012 0.004 0.018 0.023 0.007 0.003 0.111 0.061 0.088 0.621 32 Y 0.056 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.067 0.087 0.031 0.006 0.079 0.053 0.105 0.497 33 K 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.030 0.037 0.008 0.288 0.052 0.093 0.462 34 D 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.339 0.064 0.095 0.473 35 Y 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.790 0.039 0.029 0.129 36 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.775 0.062 0.028 0.127 37 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.870 0.018 0.019 0.086 38 K 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.816 0.035 0.020 0.115 39 L 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.767 0.035 0.033 0.145 40 T 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.029 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.561 0.029 0.057 0.298 41 G 0.003 0.003 0.001 0.001 0.032 0.416 0.253 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.031 0.033 0.094 42 F 0.003 0.002 0.008 0.003 0.160 0.039 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.209 0.048 0.080 0.436 43 D 0.532 0.005 0.016 0.002 0.061 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.125 0.027 0.187 44 K 0.261 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.046 0.053 0.609 45 D 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.015 0.093 0.868 46 G 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.031 0.102 0.709 47 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.148 0.607 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.039 0.018 0.073 48 E 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.011 0.148 0.007 0.040 0.007 0.002 0.001 0.060 0.031 0.079 0.593 49 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.118 0.319 0.067 0.008 0.403 0.020 0.009 0.050 50 E 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.145 0.142 0.027 0.198 0.072 0.052 0.318 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.005 0.883 0.015 0.010 0.066 52 E 0.007 0.009 0.001 0.001 0.003 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.613 0.042 0.059 0.242 53 F 0.012 0.007 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.735 0.026 0.037 0.173 54 T 0.083 0.042 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.172 0.123 0.109 0.461 55 A 0.091 0.108 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.071 0.108 0.539 56 Q 0.209 0.067 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.055 0.066 0.563 57 K 0.065 0.078 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.043 0.123 0.592 58 N 0.047 0.054 0.008 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.010 0.014 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.052 0.044 0.128 0.616 59 L 0.064 0.016 0.055 0.003 0.027 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.002 0.005 0.003 0.003 0.002 0.065 0.070 0.113 0.558 60 R 0.445 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.008 0.006 0.003 0.039 0.067 0.061 0.337 61 K 0.039 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.082 0.019 0.136 0.711 62 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.248 0.014 0.207 0.522 63 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.843 0.027 0.030 0.083 64 F 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.722 0.045 0.036 0.168 65 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.953 0.007 0.004 0.029 66 R 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.905 0.035 0.006 0.032 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.058 0.079 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.711 0.035 0.016 0.071 68 Y 0.004 0.002 0.001 0.001 0.040 0.041 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.709 0.035 0.025 0.119 69 H 0.119 0.004 0.003 0.002 0.035 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.380 0.065 0.067 0.314 70 S 0.112 0.003 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.077 0.089 0.656 71 D 0.092 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.035 0.078 0.769 72 K 0.041 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.036 0.095 0.781 73 K 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.041 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.047 0.119 0.627 74 G 0.012 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.135 0.103 0.007 0.012 0.003 0.002 0.002 0.141 0.040 0.069 0.404 75 V 0.012 0.016 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.008 0.010 0.023 0.006 0.057 0.056 0.024 0.009 0.107 0.020 0.128 0.515 76 S 0.006 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.049 0.181 0.087 0.010 0.228 0.037 0.072 0.314 77 A 0.211 0.113 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.045 0.029 0.008 0.098 0.092 0.073 0.315 78 W 0.200 0.120 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.129 0.070 0.098 0.375 79 E 0.018 0.078 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.202 0.019 0.090 0.590 80 E 0.019 0.063 0.002 0.001 0.003 0.008 0.009 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.254 0.030 0.100 0.501 81 V 0.009 0.025 0.020 0.002 0.015 0.008 0.006 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.197 0.056 0.129 0.522 82 K 0.582 0.104 0.004 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.077 0.027 0.146 83 K 0.382 0.081 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.076 0.048 0.380 84 D 0.011 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.026 0.103 0.806 85 E 0.011 0.126 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.030 0.073 0.727 86 L 0.019 0.635 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.087 0.038 0.201 87 P 0.031 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.043 88 A 0.019 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.030 89 K 0.021 0.873 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.050 0.009 0.035 90 V 0.063 0.853 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.005 0.029 91 K 0.046 0.134 0.091 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.509 0.013 0.198 92 E 0.470 0.029 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.051 0.420 93 K 0.132 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.062 0.078 0.687 94 L 0.032 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.036 0.149 0.759 95 G 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.014 0.076 0.874 96 V 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 0.117 0.845 97 K 0.033 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.049 0.092 0.675