# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.9873 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.011 0.002 0.047 0.045 0.044 0.124 0.005 0.001 0.037 0.644 2 D 0.070 0.019 0.002 0.040 0.042 0.073 0.133 0.008 0.001 0.033 0.578 3 L 0.080 0.019 0.002 0.024 0.036 0.037 0.089 0.008 0.001 0.022 0.682 4 N 0.215 0.016 0.003 0.036 0.047 0.064 0.108 0.008 0.001 0.042 0.461 5 R 0.080 0.010 0.002 0.024 0.029 0.055 0.107 0.003 0.001 0.036 0.654 6 M 0.043 0.007 0.003 0.030 0.038 0.041 0.178 0.002 0.001 0.047 0.609 7 G 0.063 0.010 0.003 0.031 0.058 0.089 0.134 0.003 0.001 0.047 0.562 8 K 0.052 0.005 0.001 0.021 0.046 0.069 0.144 0.002 0.001 0.060 0.599 9 D 0.011 0.004 0.001 0.052 0.145 0.213 0.109 0.001 0.001 0.041 0.424 10 E 0.002 0.002 0.001 0.061 0.175 0.406 0.057 0.001 0.001 0.022 0.275 11 Y 0.001 0.001 0.001 0.046 0.252 0.614 0.013 0.001 0.001 0.015 0.057 12 Y 0.001 0.001 0.001 0.032 0.353 0.543 0.008 0.001 0.001 0.016 0.047 13 V 0.001 0.001 0.001 0.065 0.453 0.428 0.006 0.001 0.001 0.011 0.036 14 Q 0.001 0.001 0.001 0.052 0.402 0.458 0.016 0.001 0.001 0.018 0.054 15 I 0.003 0.001 0.001 0.027 0.285 0.519 0.043 0.001 0.001 0.033 0.088 16 T 0.162 0.007 0.001 0.023 0.136 0.300 0.046 0.001 0.001 0.054 0.271 17 V 0.197 0.010 0.001 0.012 0.048 0.064 0.068 0.001 0.001 0.027 0.573 18 D 0.010 0.007 0.001 0.004 0.014 0.037 0.092 0.001 0.001 0.012 0.824 19 G 0.010 0.015 0.001 0.006 0.038 0.088 0.118 0.001 0.001 0.038 0.688 20 K 0.022 0.012 0.001 0.019 0.182 0.312 0.067 0.002 0.001 0.077 0.305 21 E 0.012 0.023 0.001 0.015 0.197 0.217 0.063 0.001 0.001 0.036 0.436 22 V 0.029 0.068 0.001 0.023 0.216 0.234 0.057 0.002 0.001 0.030 0.340 23 H 0.064 0.094 0.001 0.028 0.133 0.292 0.056 0.002 0.001 0.046 0.284 24 S 0.055 0.055 0.002 0.021 0.146 0.276 0.057 0.002 0.001 0.069 0.318 25 K 0.087 0.030 0.006 0.012 0.087 0.174 0.132 0.004 0.002 0.081 0.385 26 A 0.337 0.017 0.006 0.010 0.033 0.061 0.077 0.006 0.002 0.057 0.395 27 D 0.303 0.007 0.001 0.009 0.019 0.025 0.074 0.003 0.001 0.021 0.537 28 N 0.024 0.005 0.001 0.006 0.017 0.033 0.103 0.001 0.001 0.011 0.800 29 G 0.013 0.005 0.001 0.012 0.061 0.118 0.132 0.001 0.001 0.024 0.633 30 Q 0.017 0.004 0.001 0.030 0.158 0.295 0.096 0.001 0.001 0.040 0.358 31 K 0.013 0.003 0.001 0.015 0.187 0.229 0.072 0.001 0.001 0.020 0.458 32 Y 0.033 0.004 0.001 0.022 0.176 0.255 0.080 0.001 0.001 0.038 0.391 33 K 0.016 0.004 0.001 0.042 0.201 0.376 0.062 0.001 0.001 0.027 0.270 34 D 0.004 0.003 0.001 0.027 0.166 0.431 0.047 0.001 0.001 0.026 0.296 35 Y 0.004 0.004 0.001 0.032 0.288 0.451 0.042 0.001 0.001 0.022 0.158 36 E 0.003 0.002 0.001 0.059 0.244 0.466 0.046 0.001 0.001 0.035 0.145 37 Y 0.002 0.002 0.001 0.073 0.267 0.463 0.037 0.001 0.001 0.023 0.132 38 K 0.010 0.012 0.001 0.100 0.244 0.362 0.048 0.001 0.001 0.024 0.198 39 L 0.023 0.022 0.001 0.076 0.255 0.370 0.034 0.003 0.001 0.029 0.188 40 T 0.025 0.040 0.001 0.123 0.170 0.280 0.049 0.001 0.001 0.030 0.281 41 G 0.007 0.015 0.001 0.086 0.161 0.410 0.063 0.001 0.001 0.062 0.193 42 F 0.022 0.009 0.008 0.036 0.123 0.203 0.176 0.003 0.001 0.118 0.301 43 D 0.820 0.009 0.004 0.010 0.022 0.040 0.010 0.003 0.002 0.020 0.059 44 K 0.345 0.001 0.001 0.004 0.013 0.011 0.057 0.001 0.001 0.012 0.555 45 D 0.003 0.001 0.001 0.004 0.011 0.028 0.077 0.001 0.001 0.009 0.868 46 G 0.004 0.001 0.001 0.006 0.031 0.058 0.229 0.001 0.001 0.025 0.646 47 K 0.011 0.001 0.001 0.012 0.192 0.552 0.035 0.001 0.001 0.015 0.182 48 E 0.009 0.001 0.001 0.005 0.113 0.217 0.044 0.001 0.001 0.014 0.598 49 K 0.002 0.002 0.001 0.036 0.490 0.288 0.015 0.001 0.001 0.009 0.157 50 E 0.001 0.001 0.001 0.015 0.157 0.556 0.056 0.001 0.001 0.046 0.168 51 L 0.001 0.004 0.001 0.039 0.301 0.529 0.019 0.001 0.001 0.032 0.075 52 E 0.002 0.007 0.001 0.026 0.369 0.490 0.016 0.001 0.001 0.014 0.076 53 F 0.013 0.051 0.001 0.028 0.250 0.508 0.020 0.001 0.001 0.032 0.098 54 T 0.054 0.114 0.001 0.061 0.106 0.206 0.064 0.002 0.001 0.076 0.314 55 A 0.071 0.385 0.004 0.024 0.044 0.073 0.074 0.004 0.001 0.053 0.266 56 Q 0.152 0.237 0.003 0.009 0.021 0.029 0.050 0.008 0.001 0.049 0.441 57 K 0.084 0.298 0.005 0.010 0.023 0.031 0.055 0.006 0.002 0.060 0.426 58 N 0.043 0.205 0.012 0.008 0.022 0.035 0.105 0.005 0.004 0.074 0.486 59 L 0.102 0.236 0.019 0.007 0.018 0.025 0.071 0.014 0.006 0.105 0.396 60 R 0.270 0.242 0.019 0.010 0.020 0.018 0.069 0.012 0.007 0.086 0.248 61 K 0.058 0.149 0.006 0.014 0.029 0.045 0.114 0.004 0.002 0.088 0.491 62 E 0.021 0.105 0.006 0.030 0.057 0.087 0.104 0.004 0.001 0.122 0.463 63 A 0.020 0.078 0.007 0.070 0.153 0.313 0.085 0.004 0.001 0.075 0.194 64 F 0.009 0.020 0.002 0.066 0.211 0.380 0.042 0.003 0.001 0.047 0.221 65 L 0.004 0.007 0.001 0.090 0.308 0.424 0.025 0.001 0.001 0.034 0.106 66 R 0.003 0.004 0.001 0.128 0.319 0.356 0.031 0.001 0.001 0.047 0.111 67 V 0.002 0.004 0.001 0.153 0.357 0.321 0.029 0.001 0.001 0.031 0.103 68 Y 0.015 0.005 0.001 0.090 0.192 0.366 0.066 0.002 0.001 0.045 0.218 69 H 0.084 0.009 0.003 0.059 0.137 0.210 0.065 0.003 0.001 0.055 0.373 70 S 0.160 0.007 0.002 0.032 0.050 0.074 0.081 0.003 0.001 0.033 0.556 71 D 0.152 0.008 0.001 0.010 0.015 0.033 0.088 0.003 0.001 0.018 0.673 72 K 0.054 0.002 0.001 0.007 0.012 0.026 0.120 0.001 0.001 0.031 0.746 73 K 0.007 0.004 0.001 0.020 0.040 0.041 0.127 0.001 0.001 0.022 0.739 74 G 0.010 0.009 0.001 0.023 0.068 0.164 0.110 0.001 0.001 0.021 0.594 75 V 0.023 0.027 0.001 0.025 0.142 0.152 0.101 0.002 0.001 0.031 0.496 76 S 0.039 0.122 0.001 0.049 0.167 0.170 0.067 0.002 0.001 0.032 0.350 77 A 0.054 0.431 0.001 0.016 0.048 0.115 0.036 0.004 0.001 0.031 0.265 78 W 0.062 0.473 0.002 0.019 0.070 0.079 0.030 0.005 0.001 0.049 0.210 79 E 0.024 0.504 0.002 0.028 0.066 0.117 0.031 0.002 0.001 0.041 0.183 80 E 0.018 0.244 0.005 0.027 0.069 0.128 0.070 0.004 0.001 0.133 0.299 81 V 0.052 0.177 0.036 0.023 0.100 0.078 0.090 0.014 0.010 0.130 0.292 82 K 0.411 0.351 0.009 0.006 0.012 0.015 0.017 0.019 0.006 0.019 0.136 83 K 0.517 0.094 0.002 0.005 0.008 0.008 0.022 0.016 0.002 0.020 0.306 84 D 0.027 0.084 0.001 0.007 0.006 0.010 0.079 0.003 0.001 0.023 0.760 85 E 0.015 0.328 0.005 0.008 0.005 0.007 0.075 0.005 0.002 0.027 0.524 86 L 0.058 0.578 0.006 0.003 0.006 0.006 0.045 0.027 0.004 0.034 0.235 87 P 0.034 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.005 0.026 88 A 0.033 0.891 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.021 0.039 89 K 0.007 0.936 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.015 0.028 90 V 0.075 0.764 0.023 0.003 0.002 0.003 0.009 0.009 0.008 0.058 0.045 91 K 0.230 0.189 0.143 0.011 0.015 0.017 0.032 0.028 0.039 0.111 0.185 92 E 0.506 0.043 0.012 0.006 0.006 0.015 0.064 0.013 0.010 0.040 0.285 93 K 0.132 0.004 0.002 0.007 0.007 0.009 0.043 0.004 0.001 0.024 0.767 94 L 0.023 0.001 0.001 0.014 0.006 0.007 0.131 0.001 0.001 0.015 0.801 95 G 0.013 0.001 0.001 0.010 0.005 0.018 0.080 0.001 0.001 0.012 0.858 96 V 0.005 0.001 0.001 0.007 0.011 0.006 0.140 0.001 0.001 0.012 0.816 97 K 0.030 0.008 0.001 0.082 0.028 0.049 0.158 0.002 0.001 0.051 0.592