# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.9873 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.233 0.097 0.051 0.100 0.090 0.081 0.109 0.083 0.071 0.051 0.035 2 D 0.176 0.130 0.060 0.146 0.118 0.087 0.102 0.070 0.055 0.034 0.021 3 L 0.059 0.054 0.031 0.085 0.091 0.088 0.141 0.136 0.135 0.103 0.076 4 N 0.083 0.068 0.042 0.117 0.127 0.110 0.140 0.114 0.092 0.063 0.044 5 R 0.159 0.126 0.089 0.177 0.137 0.093 0.092 0.055 0.037 0.022 0.013 6 M 0.050 0.033 0.027 0.071 0.087 0.092 0.165 0.151 0.133 0.111 0.080 7 G 0.085 0.111 0.043 0.102 0.090 0.085 0.129 0.097 0.107 0.095 0.056 8 K 0.208 0.245 0.077 0.189 0.112 0.059 0.048 0.025 0.018 0.012 0.006 9 D 0.309 0.159 0.060 0.151 0.102 0.075 0.067 0.035 0.022 0.013 0.007 10 E 0.226 0.155 0.067 0.198 0.134 0.081 0.062 0.036 0.021 0.013 0.007 11 Y 0.011 0.019 0.016 0.036 0.050 0.120 0.213 0.160 0.176 0.138 0.060 12 Y 0.012 0.023 0.030 0.096 0.121 0.165 0.181 0.116 0.119 0.085 0.053 13 V 0.008 0.006 0.018 0.016 0.022 0.047 0.118 0.139 0.222 0.235 0.169 14 Q 0.018 0.054 0.073 0.271 0.235 0.128 0.109 0.055 0.032 0.016 0.009 15 I 0.002 0.001 0.003 0.003 0.007 0.012 0.051 0.114 0.200 0.263 0.344 16 T 0.042 0.188 0.139 0.303 0.182 0.075 0.035 0.016 0.010 0.006 0.003 17 V 0.152 0.100 0.064 0.114 0.108 0.125 0.156 0.082 0.053 0.031 0.016 18 D 0.463 0.310 0.038 0.101 0.040 0.019 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 19 G 0.276 0.138 0.026 0.073 0.065 0.073 0.126 0.077 0.071 0.047 0.027 20 K 0.461 0.191 0.072 0.141 0.070 0.030 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 21 E 0.153 0.150 0.111 0.185 0.123 0.115 0.085 0.039 0.022 0.012 0.005 22 V 0.030 0.044 0.033 0.075 0.087 0.141 0.195 0.148 0.117 0.084 0.046 23 H 0.049 0.061 0.056 0.151 0.146 0.136 0.170 0.112 0.063 0.040 0.015 24 S 0.116 0.111 0.184 0.206 0.125 0.099 0.079 0.040 0.022 0.014 0.005 25 K 0.113 0.144 0.129 0.226 0.143 0.091 0.078 0.039 0.020 0.011 0.005 26 A 0.113 0.061 0.040 0.073 0.081 0.099 0.168 0.135 0.103 0.081 0.046 27 D 0.213 0.258 0.101 0.150 0.099 0.066 0.052 0.028 0.016 0.010 0.005 28 N 0.275 0.259 0.094 0.152 0.084 0.049 0.043 0.023 0.011 0.006 0.003 29 G 0.512 0.115 0.036 0.084 0.066 0.052 0.061 0.035 0.020 0.012 0.007 30 Q 0.383 0.214 0.086 0.144 0.073 0.039 0.030 0.016 0.008 0.005 0.002 31 K 0.061 0.104 0.066 0.190 0.157 0.153 0.129 0.071 0.037 0.022 0.009 32 Y 0.026 0.025 0.023 0.048 0.066 0.121 0.197 0.160 0.141 0.126 0.066 33 K 0.078 0.126 0.146 0.234 0.161 0.107 0.081 0.038 0.018 0.009 0.003 34 D 0.085 0.117 0.140 0.205 0.144 0.105 0.094 0.053 0.028 0.021 0.009 35 Y 0.015 0.014 0.015 0.031 0.049 0.115 0.231 0.156 0.174 0.133 0.068 36 E 0.251 0.208 0.111 0.230 0.106 0.042 0.027 0.013 0.006 0.003 0.002 37 Y 0.008 0.007 0.019 0.020 0.033 0.077 0.155 0.155 0.210 0.196 0.119 38 K 0.042 0.130 0.100 0.289 0.203 0.091 0.068 0.038 0.023 0.011 0.006 39 L 0.003 0.003 0.007 0.009 0.016 0.042 0.122 0.160 0.226 0.248 0.166 40 T 0.038 0.135 0.164 0.318 0.199 0.083 0.036 0.015 0.007 0.003 0.002 41 G 0.031 0.012 0.024 0.031 0.048 0.050 0.132 0.194 0.174 0.171 0.133 42 F 0.020 0.024 0.021 0.080 0.102 0.142 0.220 0.158 0.113 0.082 0.038 43 D 0.060 0.202 0.102 0.123 0.091 0.108 0.162 0.056 0.052 0.032 0.012 44 K 0.335 0.263 0.118 0.163 0.073 0.026 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 45 D 0.789 0.157 0.015 0.025 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 46 G 0.543 0.125 0.023 0.065 0.051 0.033 0.046 0.039 0.033 0.025 0.017 47 K 0.154 0.249 0.074 0.193 0.134 0.092 0.059 0.027 0.011 0.006 0.002 48 E 0.044 0.102 0.215 0.235 0.151 0.127 0.062 0.032 0.017 0.011 0.004 49 K 0.020 0.029 0.069 0.082 0.095 0.227 0.274 0.120 0.052 0.025 0.007 50 E 0.046 0.120 0.169 0.346 0.155 0.069 0.050 0.026 0.011 0.005 0.002 51 L 0.002 0.002 0.007 0.005 0.011 0.037 0.127 0.156 0.226 0.262 0.164 52 E 0.043 0.172 0.255 0.335 0.138 0.034 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 53 F 0.030 0.009 0.048 0.038 0.066 0.104 0.263 0.212 0.113 0.077 0.041 54 T 0.088 0.257 0.214 0.246 0.118 0.043 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 55 A 0.014 0.022 0.018 0.024 0.043 0.062 0.218 0.216 0.167 0.128 0.088 56 Q 0.196 0.231 0.135 0.201 0.125 0.062 0.030 0.011 0.005 0.003 0.001 57 K 0.544 0.142 0.151 0.103 0.033 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 58 N 0.427 0.149 0.094 0.191 0.084 0.027 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 59 L 0.002 0.001 0.003 0.003 0.006 0.012 0.055 0.097 0.214 0.246 0.361 60 R 0.009 0.163 0.281 0.270 0.174 0.062 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 61 K 0.020 0.082 0.410 0.237 0.130 0.071 0.031 0.011 0.004 0.002 0.001 62 E 0.507 0.092 0.121 0.134 0.069 0.034 0.024 0.012 0.004 0.002 0.001 63 A 0.019 0.025 0.037 0.083 0.084 0.146 0.281 0.155 0.102 0.053 0.015 64 F 0.003 0.007 0.036 0.050 0.076 0.119 0.168 0.143 0.169 0.147 0.081 65 L 0.001 0.003 0.034 0.016 0.024 0.066 0.164 0.134 0.222 0.232 0.105 66 R 0.003 0.025 0.148 0.200 0.190 0.179 0.141 0.054 0.034 0.017 0.009 67 V 0.002 0.001 0.007 0.004 0.009 0.016 0.062 0.138 0.199 0.267 0.294 68 Y 0.011 0.021 0.041 0.123 0.153 0.182 0.211 0.125 0.073 0.043 0.017 69 H 0.018 0.022 0.036 0.036 0.043 0.070 0.188 0.150 0.184 0.155 0.098 70 S 0.131 0.268 0.109 0.211 0.128 0.067 0.045 0.019 0.011 0.007 0.004 71 D 0.465 0.292 0.052 0.085 0.040 0.023 0.023 0.010 0.006 0.003 0.002 72 K 0.587 0.133 0.032 0.089 0.059 0.037 0.030 0.017 0.008 0.005 0.003 73 K 0.268 0.234 0.076 0.144 0.092 0.075 0.055 0.030 0.015 0.008 0.004 74 G 0.108 0.164 0.061 0.183 0.143 0.123 0.113 0.056 0.028 0.014 0.008 75 V 0.025 0.012 0.017 0.022 0.033 0.056 0.146 0.152 0.198 0.180 0.159 76 S 0.116 0.162 0.178 0.266 0.152 0.064 0.033 0.016 0.007 0.004 0.002 77 A 0.028 0.190 0.151 0.206 0.137 0.104 0.095 0.048 0.023 0.014 0.006 78 W 0.045 0.022 0.021 0.075 0.147 0.177 0.228 0.146 0.077 0.038 0.025 79 E 0.725 0.090 0.088 0.057 0.020 0.008 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 80 E 0.018 0.040 0.155 0.296 0.204 0.126 0.110 0.031 0.012 0.005 0.002 81 V 0.002 0.001 0.004 0.002 0.006 0.011 0.061 0.093 0.198 0.293 0.328 82 K 0.006 0.211 0.386 0.258 0.099 0.028 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 83 K 0.018 0.082 0.384 0.219 0.144 0.085 0.041 0.017 0.006 0.003 0.001 84 D 0.753 0.068 0.062 0.056 0.026 0.015 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 85 E 0.348 0.229 0.111 0.176 0.074 0.030 0.021 0.008 0.002 0.001 0.001 86 L 0.005 0.025 0.022 0.011 0.021 0.044 0.117 0.131 0.187 0.242 0.194 87 P 0.058 0.108 0.098 0.198 0.233 0.147 0.113 0.029 0.010 0.003 0.001 88 A 0.779 0.042 0.156 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 K 0.048 0.070 0.109 0.353 0.238 0.098 0.063 0.016 0.004 0.001 0.001 90 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.032 0.105 0.227 0.290 0.332 91 K 0.003 0.008 0.127 0.167 0.285 0.229 0.122 0.039 0.012 0.006 0.002 92 E 0.001 0.008 0.926 0.051 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 K 0.003 0.008 0.049 0.069 0.109 0.243 0.314 0.127 0.047 0.023 0.008 94 L 0.006 0.003 0.007 0.005 0.008 0.019 0.102 0.158 0.267 0.253 0.170 95 G 0.067 0.124 0.509 0.201 0.068 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 96 V 0.068 0.064 0.378 0.138 0.117 0.082 0.089 0.034 0.016 0.009 0.005 97 K 0.370 0.249 0.102 0.108 0.064 0.040 0.037 0.017 0.007 0.003 0.002