# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.9873 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.090 0.026 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.009 0.085 0.646 2 D 0.025 0.021 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.152 0.007 0.164 0.606 3 L 0.052 0.018 0.005 0.002 0.005 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.004 0.002 0.140 0.011 0.106 0.637 4 N 0.062 0.047 0.005 0.003 0.003 0.003 0.005 0.004 0.005 0.006 0.012 0.003 0.008 0.008 0.007 0.005 0.142 0.018 0.247 0.406 5 R 0.059 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.005 0.001 0.003 0.004 0.004 0.002 0.064 0.011 0.103 0.709 6 M 0.047 0.034 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.009 0.007 0.013 0.002 0.008 0.002 0.002 0.001 0.103 0.011 0.304 0.444 7 G 0.126 0.025 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.017 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.127 0.036 0.249 0.381 8 K 0.167 0.041 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.012 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.031 0.144 0.450 9 D 0.084 0.018 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.015 0.179 0.611 10 E 0.080 0.008 0.004 0.002 0.004 0.004 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.011 0.146 0.668 11 Y 0.070 0.005 0.009 0.003 0.008 0.010 0.021 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.416 0.008 0.128 0.310 12 Y 0.008 0.002 0.003 0.002 0.012 0.007 0.021 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.522 0.002 0.083 0.325 13 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.847 0.001 0.020 0.090 14 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.134 0.165 0.018 0.543 0.001 0.024 0.080 15 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.002 0.347 0.081 0.042 0.025 0.365 0.001 0.011 0.093 16 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.240 0.016 0.003 0.007 0.002 0.002 0.002 0.561 0.001 0.019 0.140 17 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.543 0.011 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.001 0.085 0.267 18 D 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.002 0.202 0.703 19 G 0.092 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.132 0.184 0.150 0.431 20 K 0.606 0.002 0.035 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.018 0.164 0.143 21 E 0.003 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.049 0.902 22 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.469 0.396 0.039 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.002 0.035 0.001 0.011 0.024 23 H 0.013 0.012 0.002 0.002 0.014 0.086 0.088 0.032 0.001 0.001 0.005 0.004 0.013 0.037 0.052 0.023 0.083 0.006 0.043 0.484 24 S 0.013 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.007 0.006 0.008 0.012 0.011 0.050 0.189 0.069 0.025 0.297 0.004 0.044 0.205 25 K 0.022 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.011 0.136 0.004 0.138 0.032 0.012 0.006 0.077 0.008 0.079 0.431 26 A 0.046 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.260 0.016 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.169 0.020 0.101 0.320 27 D 0.041 0.026 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.187 0.021 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.030 0.274 0.353 28 N 0.037 0.026 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.027 0.185 0.689 29 G 0.100 0.041 0.045 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.152 0.168 0.441 30 Q 0.424 0.009 0.136 0.018 0.009 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.026 0.166 0.186 31 K 0.012 0.015 0.003 0.003 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.002 0.101 0.805 32 Y 0.016 0.008 0.005 0.004 0.222 0.201 0.090 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.119 0.005 0.074 0.227 33 K 0.029 0.017 0.001 0.001 0.004 0.038 0.018 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.279 0.007 0.123 0.461 34 D 0.036 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.278 0.005 0.098 0.539 35 Y 0.062 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.573 0.006 0.066 0.269 36 E 0.025 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.528 0.003 0.122 0.304 37 Y 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.848 0.001 0.026 0.112 38 K 0.006 0.006 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.747 0.003 0.047 0.175 39 L 0.005 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.740 0.002 0.027 0.201 40 T 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.071 0.099 0.012 0.501 0.002 0.056 0.235 41 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.596 0.210 0.008 0.026 0.001 0.004 0.024 42 F 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.218 0.004 0.244 0.026 0.016 0.005 0.166 0.003 0.037 0.230 43 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.905 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.003 0.010 44 K 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.517 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.111 0.318 45 D 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.060 0.536 0.346 46 G 0.470 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.420 0.020 0.066 47 K 0.157 0.008 0.061 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.004 0.580 0.124 48 E 0.002 0.002 0.002 0.004 0.359 0.025 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.001 0.081 0.466 49 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.771 0.048 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.001 0.003 0.010 50 E 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.267 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.146 0.002 0.045 0.477 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.941 0.001 0.011 0.026 52 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.019 0.043 0.008 0.607 0.001 0.064 0.230 53 F 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.010 0.010 0.005 0.753 0.001 0.024 0.178 54 T 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.018 0.003 0.008 0.006 0.003 0.003 0.542 0.001 0.127 0.265 55 A 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.170 0.003 0.099 0.694 56 Q 0.014 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.015 0.217 0.675 57 K 0.128 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.028 0.202 0.605 58 N 0.101 0.052 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.014 0.170 0.638 59 L 0.232 0.089 0.021 0.004 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.056 0.029 0.122 0.419 60 R 0.075 0.165 0.010 0.005 0.008 0.013 0.002 0.002 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.016 0.220 0.413 61 K 0.094 0.087 0.005 0.002 0.002 0.002 0.006 0.001 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.021 0.089 0.554 62 E 0.098 0.128 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.022 0.055 0.578 63 A 0.298 0.032 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.256 0.046 0.092 0.260 64 F 0.115 0.052 0.044 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.347 0.014 0.092 0.324 65 L 0.004 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.001 0.013 0.036 66 R 0.005 0.008 0.001 0.001 0.015 0.008 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.004 0.767 0.002 0.025 0.139 67 V 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.269 0.149 0.022 0.440 0.001 0.012 0.057 68 Y 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.003 0.200 0.093 0.048 0.013 0.523 0.001 0.024 0.060 69 H 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.191 0.082 0.010 0.023 0.007 0.003 0.005 0.455 0.002 0.024 0.142 70 S 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.229 0.040 0.057 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.193 0.002 0.159 0.304 71 D 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.015 0.250 0.663 72 K 0.133 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.215 0.188 0.416 73 K 0.156 0.014 0.050 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.029 0.338 0.387 74 G 0.036 0.034 0.016 0.009 0.054 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.006 0.299 0.461 75 V 0.048 0.018 0.019 0.009 0.306 0.148 0.017 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.101 0.005 0.087 0.223 76 S 0.012 0.013 0.002 0.002 0.007 0.049 0.037 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.339 0.003 0.107 0.412 77 A 0.015 0.010 0.001 0.001 0.002 0.004 0.034 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.216 0.005 0.112 0.590 78 W 0.034 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.321 0.006 0.063 0.549 79 E 0.039 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.309 0.004 0.257 0.361 80 E 0.083 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.001 0.074 0.006 0.047 0.738 81 V 0.076 0.094 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.003 0.001 0.001 0.630 0.004 0.031 0.133 82 K 0.017 0.193 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.006 0.083 0.580 83 K 0.028 0.068 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.440 0.006 0.020 0.417 84 D 0.021 0.149 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.009 0.299 0.466 85 E 0.717 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.071 0.028 0.157 86 L 0.282 0.117 0.119 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.005 0.117 0.328 87 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 88 A 0.011 0.020 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.003 0.028 0.902 89 K 0.027 0.132 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.065 0.772 90 V 0.128 0.549 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.014 0.032 0.265 91 K 0.018 0.900 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.067 92 E 0.022 0.914 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.054 93 K 0.039 0.906 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.041 94 L 0.070 0.849 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.055 0.001 0.019 95 G 0.273 0.418 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.154 0.005 0.111 96 V 0.118 0.079 0.620 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 0.009 0.137 97 K 0.020 0.073 0.018 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.005 0.090 0.669