# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.9873 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.090 0.022 0.005 0.049 0.043 0.059 0.107 0.002 0.001 0.004 0.618 2 D 0.038 0.011 0.002 0.038 0.034 0.051 0.067 0.001 0.001 0.002 0.757 3 L 0.047 0.023 0.004 0.061 0.040 0.084 0.087 0.002 0.001 0.004 0.648 4 N 0.063 0.033 0.004 0.070 0.088 0.147 0.216 0.003 0.001 0.016 0.361 5 R 0.095 0.018 0.005 0.035 0.033 0.056 0.077 0.002 0.001 0.010 0.670 6 M 0.057 0.033 0.016 0.065 0.058 0.113 0.202 0.003 0.001 0.013 0.441 7 G 0.112 0.022 0.015 0.049 0.074 0.110 0.195 0.003 0.001 0.022 0.398 8 K 0.094 0.016 0.010 0.050 0.089 0.106 0.089 0.002 0.001 0.009 0.534 9 D 0.024 0.003 0.003 0.045 0.070 0.074 0.083 0.001 0.001 0.004 0.694 10 E 0.052 0.001 0.003 0.043 0.086 0.122 0.145 0.001 0.001 0.006 0.541 11 Y 0.055 0.002 0.002 0.074 0.301 0.266 0.105 0.001 0.001 0.003 0.192 12 Y 0.003 0.001 0.001 0.038 0.297 0.442 0.046 0.001 0.001 0.001 0.172 13 V 0.001 0.001 0.001 0.038 0.448 0.459 0.008 0.001 0.001 0.001 0.045 14 Q 0.001 0.001 0.001 0.033 0.398 0.456 0.009 0.001 0.001 0.001 0.102 15 I 0.001 0.001 0.001 0.026 0.495 0.399 0.014 0.001 0.001 0.001 0.063 16 T 0.001 0.001 0.001 0.022 0.363 0.435 0.026 0.001 0.001 0.001 0.153 17 V 0.001 0.001 0.001 0.020 0.176 0.337 0.049 0.001 0.001 0.001 0.416 18 D 0.003 0.001 0.001 0.017 0.030 0.052 0.185 0.001 0.001 0.007 0.705 19 G 0.059 0.001 0.001 0.011 0.016 0.031 0.189 0.001 0.001 0.100 0.591 20 K 0.488 0.005 0.003 0.007 0.022 0.020 0.214 0.001 0.001 0.044 0.197 21 E 0.037 0.007 0.001 0.009 0.035 0.041 0.178 0.001 0.001 0.004 0.688 22 V 0.027 0.014 0.003 0.013 0.232 0.408 0.048 0.001 0.001 0.003 0.251 23 H 0.019 0.025 0.002 0.022 0.200 0.363 0.069 0.001 0.001 0.003 0.298 24 S 0.014 0.014 0.001 0.017 0.294 0.310 0.035 0.001 0.001 0.002 0.312 25 K 0.021 0.013 0.004 0.009 0.185 0.281 0.027 0.002 0.001 0.003 0.455 26 A 0.027 0.011 0.004 0.026 0.167 0.374 0.083 0.001 0.001 0.004 0.302 27 D 0.028 0.012 0.004 0.029 0.103 0.093 0.260 0.002 0.001 0.008 0.461 28 N 0.068 0.024 0.006 0.012 0.037 0.039 0.083 0.001 0.001 0.025 0.704 29 G 0.077 0.008 0.009 0.019 0.019 0.040 0.302 0.001 0.001 0.125 0.401 30 Q 0.616 0.006 0.012 0.007 0.019 0.014 0.212 0.001 0.001 0.030 0.083 31 K 0.042 0.014 0.004 0.023 0.079 0.096 0.115 0.001 0.001 0.003 0.625 32 Y 0.012 0.006 0.005 0.022 0.236 0.454 0.037 0.001 0.001 0.002 0.226 33 K 0.021 0.009 0.002 0.035 0.195 0.386 0.040 0.001 0.001 0.002 0.309 34 D 0.022 0.005 0.001 0.040 0.200 0.276 0.051 0.001 0.001 0.003 0.402 35 Y 0.070 0.009 0.005 0.036 0.342 0.390 0.028 0.001 0.001 0.004 0.117 36 E 0.018 0.005 0.002 0.056 0.217 0.346 0.112 0.001 0.001 0.003 0.242 37 Y 0.009 0.002 0.001 0.036 0.400 0.444 0.025 0.001 0.001 0.001 0.082 38 K 0.004 0.002 0.001 0.044 0.329 0.398 0.029 0.001 0.001 0.001 0.192 39 L 0.004 0.002 0.001 0.022 0.297 0.551 0.012 0.001 0.001 0.001 0.110 40 T 0.004 0.003 0.001 0.052 0.236 0.494 0.038 0.001 0.001 0.001 0.171 41 G 0.006 0.002 0.001 0.027 0.290 0.480 0.024 0.001 0.001 0.002 0.167 42 F 0.007 0.005 0.001 0.024 0.284 0.257 0.066 0.001 0.001 0.004 0.352 43 D 0.006 0.002 0.004 0.031 0.278 0.447 0.042 0.001 0.001 0.005 0.184 44 K 0.012 0.006 0.002 0.041 0.135 0.139 0.238 0.001 0.001 0.005 0.421 45 D 0.004 0.002 0.001 0.014 0.013 0.018 0.387 0.001 0.001 0.024 0.536 46 G 0.337 0.001 0.009 0.004 0.029 0.041 0.056 0.001 0.001 0.452 0.069 47 K 0.459 0.005 0.008 0.010 0.021 0.015 0.302 0.001 0.001 0.018 0.161 48 E 0.008 0.002 0.002 0.036 0.087 0.138 0.080 0.001 0.001 0.001 0.644 49 K 0.005 0.001 0.001 0.017 0.444 0.482 0.012 0.001 0.001 0.001 0.037 50 E 0.007 0.002 0.001 0.036 0.184 0.318 0.045 0.001 0.001 0.001 0.406 51 L 0.006 0.001 0.001 0.062 0.404 0.457 0.010 0.001 0.001 0.001 0.058 52 E 0.002 0.001 0.001 0.047 0.350 0.428 0.029 0.001 0.001 0.001 0.141 53 F 0.002 0.001 0.001 0.046 0.350 0.461 0.016 0.001 0.001 0.001 0.123 54 T 0.003 0.003 0.001 0.050 0.303 0.418 0.063 0.001 0.001 0.002 0.157 55 A 0.009 0.005 0.001 0.020 0.106 0.233 0.088 0.001 0.001 0.005 0.532 56 Q 0.017 0.010 0.002 0.025 0.035 0.122 0.331 0.001 0.001 0.013 0.445 57 K 0.165 0.016 0.002 0.013 0.026 0.056 0.210 0.001 0.001 0.023 0.489 58 N 0.130 0.052 0.004 0.007 0.009 0.013 0.173 0.002 0.001 0.008 0.603 59 L 0.232 0.159 0.020 0.014 0.028 0.053 0.105 0.005 0.001 0.008 0.377 60 R 0.055 0.204 0.010 0.013 0.038 0.057 0.161 0.005 0.001 0.005 0.452 61 K 0.072 0.206 0.008 0.009 0.037 0.059 0.057 0.004 0.001 0.004 0.543 62 E 0.106 0.224 0.012 0.015 0.043 0.086 0.063 0.005 0.001 0.007 0.441 63 A 0.247 0.228 0.016 0.018 0.071 0.065 0.104 0.006 0.001 0.004 0.241 64 F 0.075 0.259 0.014 0.031 0.103 0.138 0.057 0.005 0.001 0.002 0.317 65 L 0.018 0.097 0.010 0.046 0.339 0.388 0.017 0.003 0.001 0.001 0.080 66 R 0.009 0.079 0.004 0.043 0.321 0.390 0.019 0.002 0.001 0.001 0.133 67 V 0.008 0.041 0.003 0.037 0.374 0.413 0.010 0.002 0.001 0.001 0.112 68 Y 0.005 0.018 0.003 0.027 0.349 0.496 0.009 0.002 0.001 0.001 0.090 69 H 0.004 0.009 0.003 0.028 0.276 0.544 0.013 0.001 0.001 0.001 0.122 70 S 0.007 0.007 0.003 0.045 0.221 0.376 0.051 0.001 0.001 0.002 0.286 71 D 0.018 0.003 0.002 0.028 0.047 0.076 0.088 0.001 0.001 0.006 0.731 72 K 0.201 0.006 0.010 0.025 0.033 0.049 0.152 0.001 0.001 0.037 0.486 73 K 0.124 0.004 0.004 0.020 0.019 0.021 0.292 0.001 0.001 0.021 0.495 74 G 0.178 0.007 0.008 0.019 0.081 0.084 0.167 0.001 0.001 0.015 0.441 75 V 0.079 0.013 0.014 0.057 0.162 0.282 0.060 0.001 0.001 0.004 0.328 76 S 0.007 0.010 0.001 0.049 0.282 0.349 0.072 0.001 0.001 0.001 0.228 77 A 0.009 0.009 0.001 0.023 0.167 0.223 0.059 0.001 0.001 0.002 0.506 78 W 0.019 0.021 0.001 0.031 0.110 0.355 0.071 0.001 0.001 0.004 0.388 79 E 0.047 0.031 0.002 0.021 0.131 0.245 0.237 0.001 0.001 0.007 0.279 80 E 0.071 0.052 0.002 0.017 0.034 0.062 0.145 0.001 0.001 0.004 0.612 81 V 0.106 0.246 0.011 0.029 0.126 0.213 0.065 0.005 0.001 0.003 0.196 82 K 0.037 0.287 0.009 0.013 0.099 0.122 0.073 0.005 0.001 0.002 0.352 83 K 0.032 0.171 0.003 0.012 0.041 0.088 0.016 0.005 0.001 0.001 0.631 84 D 0.154 0.125 0.006 0.018 0.032 0.109 0.058 0.008 0.001 0.006 0.484 85 E 0.585 0.056 0.016 0.009 0.005 0.011 0.089 0.016 0.001 0.007 0.206 86 L 0.212 0.219 0.224 0.006 0.010 0.008 0.079 0.009 0.001 0.006 0.228 87 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 88 A 0.008 0.003 0.001 0.003 0.001 0.006 0.060 0.001 0.001 0.001 0.919 89 K 0.167 0.061 0.001 0.004 0.001 0.001 0.117 0.001 0.001 0.002 0.646 90 V 0.190 0.359 0.003 0.004 0.001 0.002 0.075 0.002 0.001 0.001 0.364 91 K 0.041 0.758 0.008 0.006 0.002 0.004 0.025 0.006 0.001 0.001 0.150 92 E 0.014 0.925 0.002 0.002 0.001 0.002 0.005 0.006 0.001 0.001 0.043 93 K 0.043 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.035 94 L 0.109 0.814 0.005 0.004 0.001 0.002 0.004 0.030 0.001 0.001 0.030 95 G 0.238 0.329 0.024 0.007 0.008 0.010 0.014 0.158 0.001 0.002 0.209 96 V 0.056 0.139 0.640 0.013 0.005 0.007 0.009 0.017 0.001 0.001 0.112 97 K 0.016 0.036 0.004 0.045 0.016 0.024 0.051 0.005 0.001 0.001 0.802