# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.9873 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.023 0.062 0.076 0.100 0.074 0.009 0.594 2 D 0.043 0.014 0.034 0.078 0.106 0.155 0.007 0.563 3 L 0.050 0.021 0.054 0.093 0.147 0.107 0.007 0.521 4 N 0.058 0.029 0.044 0.136 0.163 0.228 0.011 0.332 5 R 0.049 0.017 0.018 0.037 0.042 0.082 0.006 0.748 6 M 0.056 0.044 0.040 0.071 0.122 0.200 0.015 0.452 7 G 0.189 0.028 0.028 0.077 0.111 0.142 0.021 0.404 8 K 0.077 0.017 0.032 0.051 0.067 0.077 0.011 0.668 9 D 0.026 0.005 0.024 0.057 0.084 0.054 0.006 0.745 10 E 0.097 0.004 0.064 0.075 0.121 0.109 0.013 0.517 11 Y 0.046 0.003 0.095 0.294 0.321 0.033 0.004 0.204 12 Y 0.010 0.001 0.123 0.274 0.436 0.035 0.002 0.119 13 V 0.004 0.001 0.088 0.454 0.373 0.010 0.001 0.069 14 Q 0.001 0.001 0.087 0.248 0.457 0.008 0.001 0.199 15 I 0.001 0.001 0.039 0.264 0.468 0.011 0.001 0.218 16 T 0.001 0.001 0.027 0.262 0.509 0.026 0.001 0.174 17 V 0.008 0.001 0.025 0.154 0.328 0.073 0.002 0.409 18 D 0.011 0.001 0.014 0.040 0.085 0.143 0.005 0.702 19 G 0.059 0.001 0.006 0.014 0.030 0.101 0.022 0.767 20 K 0.180 0.003 0.010 0.043 0.038 0.434 0.019 0.272 21 E 0.027 0.004 0.008 0.031 0.059 0.126 0.003 0.742 22 V 0.014 0.006 0.011 0.177 0.500 0.047 0.001 0.242 23 H 0.016 0.013 0.014 0.154 0.399 0.044 0.001 0.358 24 S 0.023 0.020 0.010 0.139 0.271 0.057 0.003 0.477 25 K 0.066 0.026 0.012 0.101 0.237 0.056 0.009 0.493 26 A 0.099 0.042 0.018 0.112 0.169 0.116 0.020 0.425 27 D 0.082 0.046 0.018 0.081 0.083 0.256 0.028 0.406 28 N 0.056 0.018 0.012 0.013 0.020 0.121 0.021 0.738 29 G 0.143 0.020 0.027 0.026 0.035 0.219 0.056 0.474 30 Q 0.259 0.012 0.023 0.051 0.034 0.354 0.022 0.245 31 K 0.034 0.013 0.020 0.057 0.074 0.125 0.004 0.674 32 Y 0.018 0.013 0.028 0.156 0.357 0.057 0.003 0.368 33 K 0.031 0.015 0.035 0.226 0.341 0.068 0.002 0.283 34 D 0.027 0.015 0.025 0.097 0.182 0.069 0.005 0.580 35 Y 0.050 0.018 0.035 0.305 0.395 0.028 0.007 0.164 36 E 0.048 0.026 0.055 0.240 0.280 0.151 0.009 0.191 37 Y 0.016 0.006 0.040 0.460 0.395 0.010 0.002 0.071 38 K 0.007 0.008 0.070 0.246 0.508 0.046 0.002 0.112 39 L 0.005 0.002 0.021 0.367 0.506 0.014 0.001 0.085 40 T 0.004 0.004 0.028 0.202 0.447 0.032 0.002 0.282 41 G 0.010 0.002 0.013 0.290 0.496 0.013 0.002 0.174 42 F 0.036 0.007 0.043 0.214 0.355 0.118 0.005 0.222 43 D 0.006 0.005 0.010 0.568 0.323 0.019 0.002 0.068 44 K 0.010 0.008 0.024 0.077 0.147 0.132 0.005 0.596 45 D 0.005 0.002 0.003 0.013 0.011 0.889 0.005 0.070 46 G 0.575 0.002 0.002 0.004 0.005 0.018 0.334 0.059 47 K 0.130 0.006 0.011 0.044 0.015 0.726 0.008 0.060 48 E 0.002 0.001 0.005 0.016 0.038 0.035 0.001 0.902 49 K 0.003 0.001 0.003 0.319 0.655 0.006 0.001 0.013 50 E 0.006 0.001 0.018 0.165 0.362 0.021 0.001 0.428 51 L 0.003 0.001 0.023 0.388 0.530 0.006 0.001 0.049 52 E 0.003 0.002 0.059 0.231 0.598 0.012 0.001 0.095 53 F 0.004 0.002 0.048 0.261 0.414 0.011 0.001 0.260 54 T 0.005 0.005 0.071 0.228 0.438 0.084 0.001 0.168 55 A 0.023 0.008 0.051 0.076 0.158 0.126 0.003 0.554 56 Q 0.036 0.024 0.031 0.036 0.109 0.253 0.010 0.500 57 K 0.102 0.036 0.009 0.014 0.025 0.305 0.012 0.497 58 N 0.119 0.110 0.011 0.010 0.019 0.134 0.021 0.577 59 L 0.165 0.232 0.022 0.012 0.030 0.072 0.026 0.441 60 R 0.087 0.311 0.028 0.027 0.050 0.120 0.012 0.366 61 K 0.070 0.347 0.017 0.023 0.039 0.059 0.010 0.435 62 E 0.081 0.450 0.032 0.016 0.031 0.033 0.032 0.325 63 A 0.319 0.308 0.063 0.033 0.031 0.027 0.043 0.177 64 F 0.051 0.332 0.163 0.092 0.107 0.036 0.020 0.198 65 L 0.028 0.082 0.091 0.349 0.353 0.024 0.006 0.066 66 R 0.022 0.057 0.106 0.324 0.325 0.017 0.005 0.145 67 V 0.009 0.023 0.070 0.428 0.358 0.011 0.002 0.099 68 Y 0.004 0.019 0.043 0.309 0.505 0.013 0.002 0.105 69 H 0.007 0.014 0.021 0.295 0.536 0.011 0.002 0.114 70 S 0.013 0.014 0.023 0.227 0.382 0.050 0.006 0.284 71 D 0.035 0.008 0.020 0.064 0.109 0.083 0.015 0.666 72 K 0.104 0.006 0.022 0.038 0.047 0.221 0.043 0.519 73 K 0.155 0.007 0.023 0.028 0.031 0.312 0.035 0.409 74 G 0.070 0.007 0.042 0.037 0.067 0.128 0.010 0.639 75 V 0.038 0.006 0.095 0.149 0.225 0.076 0.003 0.407 76 S 0.014 0.005 0.082 0.245 0.329 0.070 0.001 0.254 77 A 0.010 0.005 0.047 0.128 0.287 0.054 0.001 0.468 78 W 0.006 0.007 0.027 0.092 0.250 0.034 0.002 0.582 79 E 0.025 0.015 0.022 0.227 0.245 0.274 0.004 0.188 80 E 0.050 0.023 0.011 0.077 0.139 0.061 0.004 0.635 81 V 0.027 0.083 0.030 0.226 0.494 0.019 0.003 0.118 82 K 0.018 0.137 0.031 0.206 0.410 0.024 0.003 0.171 83 K 0.049 0.148 0.012 0.055 0.142 0.018 0.008 0.568 84 D 0.094 0.251 0.018 0.052 0.100 0.073 0.034 0.379 85 E 0.418 0.076 0.009 0.012 0.025 0.057 0.084 0.318 86 L 0.214 0.127 0.061 0.023 0.028 0.101 0.023 0.422 87 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 88 A 0.011 0.016 0.005 0.007 0.016 0.062 0.001 0.883 89 K 0.051 0.119 0.017 0.004 0.009 0.159 0.003 0.638 90 V 0.130 0.408 0.012 0.010 0.019 0.051 0.004 0.366 91 K 0.019 0.885 0.023 0.004 0.011 0.007 0.001 0.050 92 E 0.040 0.829 0.007 0.004 0.009 0.014 0.007 0.092 93 K 0.062 0.877 0.004 0.002 0.003 0.005 0.011 0.038 94 L 0.052 0.858 0.017 0.003 0.004 0.004 0.024 0.038 95 G 0.128 0.436 0.047 0.013 0.015 0.036 0.070 0.255 96 V 0.135 0.249 0.126 0.033 0.025 0.024 0.025 0.383 97 K 0.052 0.138 0.085 0.037 0.035 0.054 0.018 0.580