# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.9873 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.120 0.338 0.239 0.064 0.163 0.023 0.014 0.006 0.022 0.010 0.001 2 D 0.138 0.180 0.306 0.113 0.045 0.121 0.047 0.006 0.033 0.005 0.006 3 L 0.233 0.241 0.211 0.168 0.058 0.035 0.019 0.004 0.028 0.003 0.002 4 N 0.165 0.175 0.319 0.096 0.068 0.054 0.042 0.011 0.051 0.017 0.003 5 R 0.455 0.098 0.264 0.094 0.021 0.023 0.015 0.002 0.018 0.004 0.005 6 M 0.249 0.216 0.226 0.190 0.023 0.016 0.050 0.003 0.021 0.002 0.003 7 G 0.080 0.075 0.198 0.056 0.142 0.024 0.129 0.183 0.019 0.091 0.003 8 K 0.106 0.282 0.384 0.082 0.058 0.021 0.031 0.009 0.019 0.006 0.003 9 D 0.066 0.341 0.347 0.103 0.064 0.037 0.017 0.006 0.014 0.003 0.002 10 E 0.030 0.525 0.199 0.107 0.088 0.019 0.015 0.002 0.014 0.001 0.001 11 Y 0.004 0.681 0.129 0.013 0.155 0.005 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 12 Y 0.002 0.788 0.106 0.005 0.076 0.011 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 13 V 0.001 0.857 0.069 0.001 0.062 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 14 Q 0.001 0.820 0.103 0.001 0.038 0.023 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 15 I 0.003 0.765 0.153 0.002 0.020 0.040 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 16 T 0.025 0.577 0.253 0.018 0.041 0.056 0.007 0.001 0.019 0.002 0.002 17 V 0.053 0.562 0.178 0.026 0.101 0.013 0.005 0.001 0.053 0.006 0.001 18 D 0.048 0.158 0.355 0.156 0.022 0.033 0.182 0.002 0.032 0.003 0.010 19 G 0.002 0.001 0.007 0.002 0.037 0.001 0.044 0.724 0.001 0.181 0.001 20 K 0.112 0.236 0.541 0.039 0.031 0.018 0.007 0.003 0.007 0.004 0.002 21 E 0.073 0.358 0.382 0.069 0.031 0.067 0.004 0.001 0.013 0.001 0.002 22 V 0.097 0.539 0.210 0.048 0.046 0.034 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 23 H 0.219 0.321 0.237 0.075 0.059 0.048 0.009 0.002 0.027 0.002 0.002 24 S 0.261 0.320 0.200 0.051 0.091 0.030 0.010 0.002 0.029 0.003 0.002 25 K 0.299 0.209 0.240 0.099 0.039 0.062 0.014 0.002 0.031 0.002 0.003 26 A 0.367 0.213 0.230 0.082 0.056 0.011 0.010 0.003 0.021 0.005 0.002 27 D 0.384 0.106 0.124 0.232 0.023 0.029 0.048 0.012 0.025 0.012 0.004 28 N 0.040 0.021 0.039 0.548 0.022 0.007 0.288 0.022 0.007 0.005 0.001 29 G 0.002 0.001 0.005 0.002 0.015 0.001 0.057 0.764 0.001 0.153 0.001 30 Q 0.086 0.227 0.501 0.115 0.016 0.027 0.015 0.002 0.008 0.001 0.002 31 K 0.088 0.406 0.356 0.075 0.027 0.029 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 32 Y 0.066 0.527 0.220 0.054 0.072 0.033 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 33 K 0.066 0.537 0.241 0.029 0.090 0.016 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 34 D 0.060 0.314 0.192 0.092 0.202 0.056 0.046 0.009 0.021 0.005 0.003 35 Y 0.013 0.570 0.141 0.018 0.229 0.008 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 36 E 0.028 0.772 0.116 0.016 0.026 0.018 0.010 0.001 0.014 0.001 0.001 37 Y 0.004 0.692 0.150 0.006 0.118 0.016 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 38 K 0.017 0.746 0.142 0.007 0.025 0.043 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 39 L 0.015 0.569 0.308 0.007 0.022 0.058 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 40 T 0.086 0.548 0.186 0.052 0.061 0.031 0.011 0.001 0.020 0.002 0.002 41 G 0.016 0.276 0.127 0.020 0.493 0.019 0.014 0.005 0.022 0.005 0.001 42 F 0.023 0.652 0.146 0.027 0.078 0.046 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 43 D 0.042 0.166 0.483 0.020 0.075 0.112 0.021 0.004 0.059 0.012 0.006 44 K 0.903 0.031 0.028 0.024 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 45 D 0.003 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 46 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.160 0.818 0.001 0.018 0.001 47 K 0.018 0.171 0.711 0.031 0.010 0.023 0.030 0.002 0.004 0.001 0.001 48 E 0.029 0.362 0.499 0.054 0.005 0.047 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 49 K 0.055 0.575 0.186 0.077 0.077 0.020 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 50 E 0.008 0.789 0.061 0.009 0.109 0.011 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 51 L 0.002 0.843 0.084 0.002 0.050 0.013 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 52 E 0.019 0.686 0.184 0.007 0.040 0.044 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 53 F 0.023 0.666 0.132 0.012 0.115 0.025 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 54 T 0.085 0.418 0.198 0.072 0.078 0.088 0.019 0.001 0.037 0.002 0.002 55 A 0.330 0.201 0.177 0.060 0.141 0.020 0.013 0.007 0.032 0.018 0.001 56 Q 0.452 0.106 0.161 0.191 0.017 0.031 0.022 0.002 0.013 0.002 0.003 57 K 0.452 0.082 0.068 0.271 0.055 0.007 0.041 0.011 0.009 0.004 0.001 58 N 0.249 0.073 0.139 0.182 0.038 0.041 0.211 0.039 0.018 0.009 0.002 59 L 0.235 0.223 0.321 0.120 0.022 0.032 0.022 0.002 0.019 0.001 0.001 60 R 0.178 0.214 0.432 0.027 0.032 0.043 0.011 0.002 0.048 0.011 0.002 61 K 0.689 0.036 0.182 0.065 0.004 0.012 0.003 0.001 0.004 0.001 0.004 62 E 0.299 0.078 0.073 0.307 0.055 0.018 0.111 0.044 0.011 0.004 0.001 63 A 0.179 0.239 0.318 0.096 0.106 0.016 0.025 0.006 0.013 0.002 0.001 64 F 0.099 0.512 0.242 0.077 0.033 0.019 0.007 0.001 0.011 0.001 0.001 65 L 0.011 0.805 0.096 0.009 0.058 0.009 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 66 R 0.004 0.816 0.061 0.001 0.099 0.009 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 67 V 0.003 0.763 0.166 0.002 0.016 0.035 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 68 Y 0.031 0.628 0.175 0.019 0.043 0.077 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 69 H 0.034 0.613 0.154 0.024 0.110 0.018 0.006 0.001 0.039 0.002 0.001 70 S 0.168 0.271 0.275 0.064 0.074 0.067 0.033 0.004 0.030 0.009 0.005 71 D 0.203 0.118 0.149 0.265 0.081 0.036 0.086 0.026 0.020 0.015 0.003 72 K 0.276 0.221 0.195 0.149 0.030 0.029 0.049 0.010 0.034 0.007 0.002 73 K 0.130 0.171 0.215 0.290 0.016 0.009 0.149 0.003 0.013 0.002 0.002 74 G 0.009 0.016 0.035 0.012 0.097 0.010 0.213 0.531 0.002 0.075 0.001 75 V 0.013 0.466 0.448 0.018 0.017 0.031 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 76 S 0.033 0.462 0.345 0.070 0.029 0.046 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 77 A 0.028 0.534 0.152 0.027 0.146 0.045 0.013 0.001 0.051 0.002 0.001 78 W 0.122 0.320 0.415 0.027 0.054 0.052 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 79 E 0.278 0.337 0.113 0.216 0.025 0.018 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 80 E 0.029 0.669 0.091 0.026 0.148 0.008 0.008 0.001 0.023 0.001 0.001 81 V 0.028 0.732 0.147 0.010 0.034 0.032 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 82 K 0.031 0.221 0.535 0.009 0.034 0.087 0.005 0.001 0.074 0.002 0.001 83 K 0.794 0.018 0.137 0.031 0.003 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 84 D 0.581 0.069 0.064 0.209 0.016 0.015 0.033 0.005 0.005 0.001 0.001 85 E 0.337 0.090 0.113 0.378 0.026 0.018 0.025 0.003 0.008 0.001 0.001 86 L 0.052 0.260 0.405 0.007 0.035 0.016 0.003 0.001 0.220 0.002 0.001 87 P 0.148 0.001 0.805 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 88 A 0.976 0.001 0.010 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 K 0.956 0.005 0.009 0.023 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 90 V 0.977 0.002 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 K 0.992 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.988 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 K 0.945 0.003 0.006 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 L 0.547 0.018 0.052 0.353 0.002 0.003 0.017 0.001 0.007 0.001 0.001 95 G 0.106 0.010 0.048 0.037 0.032 0.016 0.405 0.278 0.004 0.062 0.001 96 V 0.131 0.240 0.440 0.122 0.015 0.036 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 97 K 0.183 0.216 0.369 0.119 0.018 0.062 0.010 0.003 0.016 0.002 0.002