# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.9873 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.111 0.215 0.060 0.017 0.272 0.028 0.043 0.080 0.062 0.062 0.052 2 D 0.191 0.161 0.046 0.011 0.359 0.012 0.023 0.056 0.034 0.048 0.059 3 L 0.131 0.111 0.031 0.019 0.211 0.026 0.047 0.108 0.126 0.135 0.055 4 N 0.128 0.189 0.121 0.028 0.315 0.015 0.018 0.053 0.043 0.042 0.048 5 R 0.112 0.076 0.029 0.017 0.146 0.023 0.051 0.210 0.192 0.102 0.043 6 M 0.061 0.138 0.085 0.058 0.107 0.051 0.095 0.116 0.094 0.155 0.040 7 G 0.075 0.111 0.118 0.175 0.090 0.046 0.038 0.064 0.058 0.157 0.068 8 K 0.083 0.167 0.148 0.094 0.138 0.044 0.059 0.077 0.072 0.075 0.042 9 D 0.126 0.103 0.052 0.040 0.165 0.053 0.083 0.075 0.091 0.144 0.067 10 E 0.235 0.136 0.023 0.013 0.401 0.020 0.030 0.017 0.018 0.055 0.052 11 Y 0.239 0.122 0.010 0.005 0.563 0.011 0.010 0.005 0.003 0.011 0.022 12 Y 0.268 0.058 0.004 0.001 0.648 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 13 V 0.280 0.070 0.005 0.001 0.623 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 14 Q 0.215 0.125 0.022 0.001 0.588 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 15 I 0.194 0.253 0.036 0.002 0.434 0.003 0.004 0.005 0.002 0.005 0.063 16 T 0.186 0.256 0.221 0.018 0.203 0.010 0.013 0.016 0.010 0.009 0.057 17 V 0.057 0.057 0.061 0.096 0.060 0.198 0.134 0.165 0.087 0.053 0.031 18 D 0.009 0.258 0.180 0.250 0.024 0.096 0.113 0.025 0.018 0.020 0.007 19 G 0.027 0.017 0.022 0.104 0.016 0.031 0.010 0.013 0.019 0.541 0.198 20 K 0.073 0.444 0.062 0.012 0.314 0.012 0.012 0.014 0.013 0.021 0.022 21 E 0.317 0.125 0.021 0.004 0.434 0.008 0.008 0.012 0.009 0.014 0.048 22 V 0.249 0.174 0.060 0.016 0.352 0.025 0.024 0.022 0.016 0.018 0.045 23 H 0.207 0.164 0.081 0.020 0.321 0.022 0.022 0.049 0.028 0.030 0.055 24 S 0.109 0.240 0.098 0.017 0.284 0.018 0.030 0.069 0.041 0.044 0.050 25 K 0.182 0.168 0.108 0.021 0.282 0.012 0.020 0.058 0.028 0.055 0.066 26 A 0.144 0.138 0.099 0.032 0.133 0.041 0.067 0.172 0.062 0.054 0.058 27 D 0.016 0.077 0.078 0.300 0.031 0.204 0.071 0.119 0.047 0.041 0.015 28 N 0.005 0.146 0.140 0.383 0.014 0.082 0.133 0.050 0.018 0.020 0.008 29 G 0.011 0.007 0.011 0.020 0.005 0.008 0.004 0.011 0.015 0.734 0.175 30 Q 0.065 0.496 0.054 0.005 0.312 0.005 0.007 0.013 0.010 0.016 0.018 31 K 0.326 0.121 0.023 0.005 0.387 0.010 0.015 0.022 0.016 0.023 0.053 32 Y 0.276 0.127 0.038 0.026 0.351 0.022 0.017 0.024 0.029 0.037 0.053 33 K 0.106 0.159 0.086 0.072 0.252 0.088 0.101 0.051 0.031 0.025 0.028 34 D 0.341 0.038 0.016 0.012 0.251 0.015 0.021 0.021 0.021 0.138 0.127 35 Y 0.116 0.218 0.008 0.003 0.615 0.005 0.006 0.005 0.004 0.006 0.014 36 E 0.314 0.062 0.010 0.002 0.544 0.005 0.008 0.006 0.003 0.007 0.041 37 Y 0.291 0.106 0.010 0.002 0.541 0.003 0.002 0.002 0.002 0.004 0.036 38 K 0.260 0.123 0.023 0.008 0.498 0.015 0.014 0.007 0.005 0.006 0.041 39 L 0.323 0.109 0.024 0.005 0.456 0.008 0.007 0.007 0.007 0.009 0.044 40 T 0.241 0.125 0.040 0.031 0.311 0.040 0.040 0.033 0.022 0.043 0.073 41 G 0.141 0.221 0.119 0.014 0.326 0.011 0.014 0.020 0.010 0.033 0.091 42 F 0.070 0.377 0.053 0.021 0.309 0.017 0.022 0.055 0.017 0.027 0.032 43 D 0.078 0.137 0.581 0.038 0.090 0.005 0.006 0.030 0.012 0.004 0.018 44 K 0.009 0.009 0.009 0.013 0.011 0.049 0.071 0.579 0.225 0.019 0.007 45 D 0.003 0.687 0.172 0.041 0.014 0.018 0.042 0.010 0.007 0.004 0.002 46 G 0.014 0.003 0.005 0.025 0.004 0.006 0.002 0.003 0.006 0.489 0.443 47 K 0.035 0.606 0.086 0.011 0.191 0.011 0.020 0.007 0.006 0.012 0.014 48 E 0.516 0.038 0.002 0.001 0.386 0.003 0.002 0.002 0.003 0.009 0.038 49 K 0.143 0.215 0.010 0.006 0.584 0.017 0.012 0.002 0.002 0.002 0.007 50 E 0.327 0.025 0.005 0.001 0.612 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 51 L 0.284 0.081 0.003 0.001 0.610 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 52 E 0.206 0.104 0.037 0.002 0.556 0.005 0.005 0.003 0.002 0.003 0.079 53 F 0.280 0.210 0.032 0.003 0.356 0.004 0.005 0.010 0.005 0.011 0.084 54 T 0.136 0.179 0.095 0.061 0.148 0.059 0.060 0.060 0.032 0.082 0.087 55 A 0.059 0.326 0.226 0.036 0.138 0.023 0.023 0.068 0.042 0.028 0.030 56 Q 0.072 0.080 0.031 0.025 0.082 0.031 0.043 0.328 0.215 0.064 0.029 57 K 0.022 0.094 0.052 0.031 0.050 0.049 0.094 0.319 0.208 0.063 0.017 58 N 0.080 0.072 0.031 0.016 0.096 0.015 0.054 0.243 0.093 0.244 0.056 59 L 0.088 0.248 0.055 0.022 0.188 0.014 0.032 0.186 0.056 0.076 0.034 60 R 0.099 0.211 0.197 0.045 0.147 0.017 0.016 0.152 0.056 0.026 0.035 61 K 0.013 0.043 0.021 0.012 0.025 0.025 0.104 0.591 0.144 0.016 0.007 62 E 0.045 0.042 0.026 0.018 0.036 0.030 0.056 0.277 0.126 0.287 0.058 63 A 0.075 0.296 0.017 0.008 0.300 0.012 0.032 0.138 0.045 0.047 0.029 64 F 0.355 0.061 0.009 0.005 0.406 0.007 0.013 0.068 0.017 0.023 0.037 65 L 0.237 0.112 0.012 0.008 0.540 0.011 0.012 0.033 0.012 0.006 0.018 66 R 0.332 0.061 0.017 0.006 0.472 0.010 0.021 0.029 0.009 0.008 0.036 67 V 0.270 0.107 0.008 0.001 0.559 0.001 0.005 0.015 0.005 0.005 0.024 68 Y 0.280 0.134 0.035 0.004 0.398 0.005 0.016 0.025 0.007 0.011 0.083 69 H 0.150 0.224 0.093 0.018 0.266 0.022 0.022 0.050 0.021 0.030 0.104 70 S 0.039 0.163 0.095 0.128 0.078 0.098 0.102 0.136 0.060 0.072 0.028 71 D 0.044 0.067 0.151 0.143 0.045 0.055 0.056 0.148 0.090 0.143 0.057 72 K 0.052 0.086 0.065 0.051 0.074 0.056 0.065 0.217 0.163 0.133 0.037 73 K 0.038 0.259 0.131 0.120 0.073 0.073 0.066 0.066 0.061 0.080 0.033 74 G 0.084 0.075 0.071 0.084 0.106 0.039 0.031 0.048 0.047 0.262 0.152 75 V 0.263 0.150 0.046 0.009 0.327 0.009 0.018 0.036 0.027 0.057 0.057 76 S 0.085 0.318 0.167 0.028 0.214 0.042 0.032 0.027 0.015 0.023 0.046 77 A 0.161 0.298 0.083 0.005 0.379 0.004 0.004 0.012 0.008 0.010 0.038 78 W 0.191 0.091 0.009 0.003 0.256 0.007 0.007 0.134 0.233 0.042 0.027 79 E 0.056 0.139 0.052 0.010 0.171 0.037 0.098 0.281 0.117 0.023 0.018 80 E 0.247 0.075 0.018 0.003 0.271 0.004 0.020 0.144 0.033 0.103 0.082 81 V 0.153 0.292 0.029 0.008 0.364 0.007 0.025 0.069 0.011 0.017 0.025 82 K 0.126 0.316 0.171 0.015 0.212 0.010 0.012 0.050 0.018 0.015 0.056 83 K 0.056 0.123 0.021 0.014 0.110 0.025 0.044 0.404 0.158 0.027 0.019 84 D 0.013 0.064 0.030 0.023 0.033 0.048 0.104 0.392 0.210 0.067 0.016 85 E 0.050 0.035 0.019 0.007 0.042 0.007 0.103 0.155 0.059 0.456 0.067 86 L 0.011 0.647 0.238 0.005 0.043 0.002 0.003 0.010 0.004 0.021 0.017 87 P 0.060 0.591 0.105 0.011 0.143 0.003 0.002 0.051 0.010 0.006 0.018 88 A 0.001 0.009 0.003 0.001 0.003 0.003 0.007 0.719 0.249 0.004 0.001 89 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.917 0.053 0.013 0.001 90 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.858 0.110 0.023 0.001 91 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.856 0.121 0.004 0.001 92 E 0.002 0.004 0.003 0.001 0.004 0.004 0.038 0.823 0.094 0.027 0.001 93 K 0.031 0.007 0.008 0.005 0.014 0.005 0.159 0.619 0.049 0.093 0.009 94 L 0.031 0.589 0.077 0.014 0.122 0.010 0.023 0.078 0.025 0.017 0.013 95 G 0.088 0.028 0.024 0.030 0.044 0.028 0.032 0.160 0.098 0.287 0.179 96 V 0.096 0.231 0.075 0.012 0.237 0.014 0.032 0.124 0.070 0.071 0.038 97 K 0.106 0.190 0.067 0.022 0.185 0.039 0.080 0.134 0.063 0.060 0.054