# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.9873 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.524 0.211 0.139 0.081 0.031 0.012 0.001 2 D 0.510 0.223 0.154 0.071 0.029 0.011 0.002 3 L 0.261 0.197 0.175 0.190 0.117 0.054 0.006 4 N 0.314 0.226 0.200 0.140 0.082 0.035 0.003 5 R 0.343 0.294 0.188 0.112 0.042 0.019 0.001 6 M 0.168 0.163 0.227 0.239 0.144 0.055 0.003 7 G 0.164 0.235 0.257 0.210 0.094 0.038 0.003 8 K 0.355 0.350 0.175 0.076 0.033 0.009 0.002 9 D 0.380 0.415 0.117 0.068 0.015 0.004 0.001 10 E 0.134 0.284 0.320 0.167 0.069 0.025 0.002 11 Y 0.003 0.017 0.073 0.263 0.461 0.176 0.008 12 Y 0.002 0.008 0.052 0.128 0.414 0.335 0.061 13 V 0.002 0.018 0.048 0.066 0.176 0.596 0.094 14 Q 0.006 0.078 0.229 0.434 0.193 0.053 0.006 15 I 0.003 0.008 0.021 0.091 0.439 0.404 0.034 16 T 0.049 0.181 0.336 0.273 0.130 0.029 0.002 17 V 0.315 0.358 0.176 0.121 0.024 0.007 0.001 18 D 0.633 0.197 0.141 0.020 0.007 0.001 0.001 19 G 0.455 0.317 0.141 0.073 0.012 0.002 0.001 20 K 0.713 0.208 0.064 0.012 0.003 0.001 0.001 21 E 0.561 0.299 0.095 0.035 0.008 0.001 0.001 22 V 0.308 0.231 0.204 0.171 0.073 0.013 0.001 23 H 0.316 0.289 0.204 0.135 0.048 0.008 0.001 24 S 0.483 0.295 0.134 0.066 0.018 0.003 0.001 25 K 0.466 0.279 0.160 0.067 0.024 0.004 0.001 26 A 0.317 0.233 0.211 0.170 0.060 0.009 0.001 27 D 0.610 0.246 0.103 0.034 0.006 0.001 0.001 28 N 0.718 0.200 0.065 0.013 0.004 0.001 0.001 29 G 0.619 0.288 0.064 0.025 0.004 0.001 0.001 30 Q 0.722 0.191 0.064 0.019 0.004 0.001 0.001 31 K 0.347 0.363 0.157 0.097 0.031 0.004 0.001 32 Y 0.137 0.217 0.250 0.255 0.118 0.023 0.001 33 K 0.222 0.325 0.236 0.138 0.067 0.011 0.001 34 D 0.207 0.452 0.146 0.141 0.041 0.012 0.001 35 Y 0.023 0.059 0.130 0.271 0.376 0.135 0.007 36 E 0.061 0.195 0.328 0.258 0.106 0.046 0.006 37 Y 0.013 0.039 0.089 0.228 0.381 0.220 0.032 38 K 0.032 0.128 0.251 0.270 0.194 0.105 0.019 39 L 0.014 0.033 0.070 0.174 0.341 0.332 0.036 40 T 0.065 0.242 0.350 0.219 0.085 0.035 0.004 41 G 0.036 0.107 0.187 0.244 0.267 0.151 0.009 42 F 0.036 0.087 0.208 0.346 0.253 0.069 0.002 43 D 0.255 0.423 0.218 0.085 0.016 0.002 0.001 44 K 0.715 0.222 0.054 0.008 0.001 0.001 0.001 45 D 0.755 0.208 0.033 0.003 0.001 0.001 0.001 46 G 0.529 0.372 0.062 0.034 0.002 0.001 0.001 47 K 0.681 0.240 0.070 0.008 0.002 0.001 0.001 48 E 0.352 0.509 0.081 0.054 0.004 0.001 0.001 49 K 0.259 0.334 0.234 0.121 0.050 0.002 0.001 50 E 0.234 0.535 0.135 0.082 0.013 0.001 0.001 51 L 0.022 0.051 0.189 0.373 0.323 0.043 0.001 52 E 0.186 0.418 0.277 0.100 0.017 0.003 0.001 53 F 0.064 0.155 0.258 0.327 0.171 0.025 0.001 54 T 0.411 0.370 0.173 0.038 0.008 0.002 0.001 55 A 0.131 0.162 0.256 0.301 0.130 0.019 0.001 56 Q 0.605 0.270 0.105 0.018 0.002 0.001 0.001 57 K 0.721 0.216 0.052 0.009 0.001 0.001 0.001 58 N 0.465 0.400 0.109 0.022 0.004 0.001 0.001 59 L 0.024 0.055 0.169 0.467 0.252 0.033 0.001 60 R 0.236 0.425 0.240 0.079 0.017 0.002 0.001 61 K 0.382 0.429 0.119 0.055 0.014 0.001 0.001 62 E 0.352 0.376 0.167 0.081 0.021 0.004 0.001 63 A 0.051 0.158 0.343 0.252 0.156 0.040 0.001 64 F 0.007 0.036 0.140 0.297 0.369 0.137 0.014 65 L 0.002 0.011 0.030 0.069 0.227 0.573 0.088 66 R 0.016 0.083 0.200 0.278 0.226 0.167 0.031 67 V 0.006 0.019 0.037 0.088 0.230 0.509 0.112 68 Y 0.014 0.048 0.142 0.284 0.329 0.168 0.016 69 H 0.057 0.119 0.203 0.314 0.221 0.080 0.007 70 S 0.395 0.266 0.225 0.086 0.023 0.005 0.001 71 D 0.781 0.154 0.055 0.008 0.002 0.001 0.001 72 K 0.701 0.204 0.073 0.019 0.003 0.001 0.001 73 K 0.717 0.197 0.067 0.015 0.004 0.001 0.001 74 G 0.222 0.321 0.237 0.148 0.059 0.012 0.001 75 V 0.092 0.109 0.199 0.273 0.248 0.077 0.002 76 S 0.281 0.356 0.190 0.129 0.038 0.006 0.001 77 A 0.224 0.376 0.217 0.122 0.050 0.010 0.001 78 W 0.061 0.086 0.191 0.310 0.279 0.070 0.002 79 E 0.241 0.406 0.203 0.121 0.023 0.005 0.001 80 E 0.207 0.553 0.166 0.056 0.016 0.002 0.001 81 V 0.036 0.055 0.171 0.442 0.269 0.027 0.001 82 K 0.346 0.465 0.128 0.055 0.005 0.001 0.001 83 K 0.675 0.232 0.075 0.015 0.003 0.001 0.001 84 D 0.754 0.185 0.051 0.009 0.001 0.001 0.001 85 E 0.592 0.314 0.081 0.011 0.002 0.001 0.001 86 L 0.070 0.159 0.335 0.334 0.095 0.007 0.001 87 P 0.381 0.376 0.184 0.051 0.007 0.001 0.001 88 A 0.635 0.295 0.053 0.014 0.002 0.001 0.001 89 K 0.412 0.388 0.151 0.039 0.009 0.001 0.001 90 V 0.026 0.056 0.168 0.355 0.345 0.050 0.001 91 K 0.179 0.372 0.297 0.131 0.019 0.002 0.001 92 E 0.527 0.378 0.072 0.019 0.004 0.001 0.001 93 K 0.335 0.427 0.167 0.055 0.014 0.001 0.001 94 L 0.062 0.079 0.208 0.402 0.228 0.020 0.001 95 G 0.620 0.285 0.077 0.016 0.001 0.001 0.001 96 V 0.744 0.183 0.061 0.010 0.002 0.001 0.001 97 K 0.791 0.169 0.034 0.006 0.001 0.001 0.001