# TARGET T0467 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.9873 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.130 0.092 0.097 0.118 0.122 0.130 0.090 0.082 0.057 0.038 0.022 0.013 0.007 0.002 2 D 0.199 0.142 0.149 0.144 0.118 0.084 0.064 0.043 0.027 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 3 L 0.080 0.064 0.079 0.116 0.133 0.133 0.111 0.104 0.077 0.050 0.028 0.017 0.008 0.003 4 N 0.139 0.107 0.108 0.134 0.138 0.112 0.098 0.069 0.044 0.026 0.017 0.005 0.002 0.002 5 R 0.160 0.115 0.132 0.145 0.141 0.103 0.072 0.057 0.035 0.021 0.012 0.005 0.002 0.001 6 M 0.064 0.062 0.064 0.111 0.165 0.143 0.132 0.119 0.066 0.036 0.022 0.009 0.005 0.002 7 G 0.077 0.106 0.113 0.179 0.175 0.133 0.081 0.062 0.040 0.019 0.008 0.005 0.002 0.001 8 K 0.189 0.205 0.135 0.149 0.100 0.091 0.063 0.028 0.021 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 9 D 0.108 0.140 0.140 0.166 0.131 0.129 0.081 0.044 0.030 0.015 0.010 0.003 0.001 0.001 10 E 0.029 0.061 0.096 0.121 0.170 0.174 0.116 0.083 0.085 0.033 0.018 0.007 0.003 0.003 11 Y 0.004 0.005 0.009 0.019 0.044 0.077 0.120 0.160 0.184 0.178 0.097 0.063 0.031 0.011 12 Y 0.004 0.005 0.008 0.017 0.042 0.054 0.102 0.142 0.149 0.142 0.170 0.077 0.047 0.042 13 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.009 0.016 0.038 0.113 0.196 0.223 0.247 0.117 0.032 14 Q 0.004 0.008 0.010 0.022 0.034 0.055 0.086 0.139 0.148 0.143 0.137 0.096 0.055 0.063 15 I 0.002 0.003 0.004 0.008 0.016 0.034 0.061 0.106 0.166 0.193 0.189 0.127 0.065 0.026 16 T 0.013 0.040 0.049 0.112 0.134 0.143 0.156 0.161 0.083 0.049 0.039 0.009 0.006 0.008 17 V 0.033 0.063 0.087 0.155 0.155 0.165 0.103 0.099 0.064 0.032 0.022 0.013 0.004 0.003 18 D 0.221 0.176 0.270 0.097 0.070 0.051 0.048 0.019 0.031 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 19 G 0.183 0.184 0.176 0.161 0.105 0.085 0.052 0.024 0.017 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 20 K 0.269 0.195 0.189 0.120 0.080 0.056 0.050 0.019 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 21 E 0.181 0.172 0.157 0.166 0.128 0.083 0.053 0.032 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 22 V 0.149 0.130 0.132 0.163 0.141 0.110 0.075 0.051 0.028 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 23 H 0.167 0.146 0.151 0.180 0.135 0.091 0.054 0.039 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 24 S 0.363 0.194 0.133 0.124 0.072 0.051 0.030 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 25 K 0.317 0.187 0.144 0.148 0.093 0.053 0.030 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 26 A 0.410 0.161 0.127 0.115 0.087 0.042 0.035 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 27 D 0.624 0.159 0.093 0.052 0.034 0.015 0.015 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 28 N 0.682 0.162 0.062 0.035 0.023 0.015 0.015 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 29 G 0.570 0.165 0.092 0.060 0.046 0.026 0.029 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 30 Q 0.577 0.153 0.089 0.061 0.048 0.030 0.028 0.005 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.346 0.152 0.126 0.115 0.108 0.074 0.041 0.015 0.010 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 32 Y 0.144 0.090 0.093 0.141 0.184 0.131 0.094 0.049 0.036 0.024 0.008 0.005 0.002 0.001 33 K 0.175 0.115 0.148 0.150 0.137 0.095 0.063 0.040 0.036 0.022 0.011 0.006 0.001 0.001 34 D 0.232 0.178 0.120 0.122 0.107 0.096 0.055 0.031 0.028 0.014 0.011 0.003 0.002 0.001 35 Y 0.035 0.038 0.052 0.097 0.122 0.156 0.115 0.122 0.091 0.071 0.035 0.043 0.019 0.004 36 E 0.081 0.089 0.081 0.124 0.163 0.136 0.118 0.081 0.061 0.036 0.016 0.007 0.003 0.003 37 Y 0.024 0.018 0.028 0.042 0.063 0.101 0.112 0.133 0.142 0.125 0.100 0.072 0.030 0.009 38 K 0.063 0.070 0.081 0.103 0.147 0.129 0.125 0.091 0.073 0.050 0.045 0.012 0.005 0.006 39 L 0.024 0.022 0.035 0.050 0.070 0.094 0.098 0.116 0.149 0.132 0.091 0.073 0.037 0.012 40 T 0.060 0.077 0.088 0.111 0.133 0.131 0.117 0.110 0.082 0.044 0.031 0.009 0.004 0.003 41 G 0.069 0.062 0.071 0.114 0.124 0.133 0.121 0.098 0.093 0.054 0.030 0.019 0.007 0.004 42 F 0.084 0.087 0.091 0.156 0.189 0.130 0.119 0.074 0.040 0.016 0.011 0.003 0.001 0.001 43 D 0.232 0.181 0.182 0.151 0.105 0.067 0.040 0.019 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 44 K 0.564 0.175 0.103 0.066 0.048 0.020 0.016 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 D 0.722 0.175 0.058 0.018 0.010 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 G 0.679 0.132 0.059 0.051 0.037 0.015 0.022 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 47 K 0.645 0.132 0.123 0.040 0.025 0.016 0.014 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 E 0.608 0.126 0.133 0.049 0.040 0.017 0.017 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 49 K 0.237 0.146 0.173 0.140 0.119 0.084 0.051 0.020 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 50 E 0.177 0.165 0.146 0.155 0.146 0.105 0.049 0.021 0.021 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 51 L 0.024 0.020 0.031 0.082 0.119 0.167 0.145 0.156 0.116 0.067 0.027 0.033 0.013 0.001 52 E 0.149 0.141 0.168 0.143 0.124 0.116 0.066 0.037 0.037 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 53 F 0.093 0.053 0.067 0.129 0.164 0.144 0.114 0.100 0.058 0.038 0.021 0.013 0.006 0.001 54 T 0.169 0.169 0.193 0.165 0.126 0.077 0.046 0.024 0.021 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 55 A 0.072 0.061 0.079 0.159 0.213 0.173 0.103 0.069 0.046 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 56 Q 0.240 0.204 0.279 0.101 0.068 0.044 0.031 0.009 0.019 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 57 K 0.483 0.219 0.122 0.081 0.043 0.033 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 N 0.270 0.277 0.203 0.113 0.055 0.053 0.017 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.057 0.072 0.077 0.195 0.283 0.169 0.076 0.050 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 60 R 0.223 0.282 0.218 0.132 0.062 0.050 0.017 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 K 0.282 0.177 0.157 0.158 0.101 0.076 0.030 0.008 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.161 0.142 0.375 0.107 0.078 0.052 0.042 0.010 0.024 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 63 A 0.056 0.080 0.127 0.150 0.183 0.158 0.091 0.062 0.052 0.024 0.009 0.004 0.002 0.001 64 F 0.013 0.018 0.017 0.060 0.111 0.147 0.192 0.179 0.113 0.078 0.034 0.022 0.013 0.005 65 L 0.004 0.003 0.006 0.011 0.027 0.047 0.089 0.122 0.148 0.175 0.181 0.124 0.047 0.015 66 R 0.015 0.018 0.022 0.045 0.066 0.085 0.112 0.177 0.146 0.116 0.096 0.054 0.023 0.024 67 V 0.007 0.006 0.007 0.014 0.020 0.038 0.069 0.102 0.146 0.205 0.198 0.110 0.061 0.017 68 Y 0.013 0.027 0.033 0.086 0.127 0.165 0.170 0.180 0.087 0.049 0.034 0.013 0.008 0.008 69 H 0.019 0.042 0.047 0.112 0.164 0.173 0.131 0.133 0.082 0.048 0.025 0.014 0.005 0.004 70 S 0.166 0.203 0.183 0.167 0.101 0.089 0.043 0.023 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 71 D 0.376 0.166 0.252 0.093 0.044 0.032 0.020 0.005 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.403 0.134 0.304 0.070 0.039 0.017 0.019 0.004 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 73 K 0.348 0.209 0.188 0.112 0.064 0.035 0.027 0.008 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 74 G 0.148 0.136 0.107 0.175 0.166 0.120 0.072 0.042 0.019 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 75 V 0.096 0.063 0.061 0.117 0.169 0.142 0.127 0.110 0.055 0.033 0.014 0.008 0.004 0.001 76 S 0.239 0.131 0.149 0.132 0.114 0.084 0.051 0.047 0.028 0.012 0.009 0.003 0.001 0.001 77 A 0.149 0.098 0.097 0.144 0.162 0.114 0.095 0.058 0.042 0.025 0.011 0.004 0.001 0.001 78 W 0.072 0.068 0.074 0.138 0.162 0.154 0.117 0.092 0.065 0.029 0.018 0.007 0.003 0.002 79 E 0.299 0.148 0.155 0.117 0.099 0.075 0.048 0.024 0.020 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 80 E 0.136 0.152 0.156 0.180 0.139 0.112 0.058 0.031 0.025 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 81 V 0.093 0.088 0.067 0.170 0.229 0.157 0.087 0.062 0.029 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 82 K 0.364 0.286 0.166 0.081 0.041 0.040 0.012 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 K 0.360 0.160 0.176 0.123 0.080 0.054 0.033 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 84 D 0.650 0.132 0.130 0.042 0.023 0.010 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 E 0.625 0.186 0.142 0.026 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 L 0.124 0.096 0.109 0.188 0.199 0.150 0.081 0.028 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 87 P 0.067 0.104 0.182 0.221 0.228 0.101 0.056 0.017 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 88 A 0.693 0.180 0.090 0.021 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 K 0.130 0.227 0.282 0.201 0.094 0.046 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 V 0.009 0.010 0.016 0.061 0.153 0.164 0.286 0.183 0.091 0.013 0.010 0.002 0.002 0.001 91 K 0.092 0.229 0.284 0.195 0.112 0.056 0.016 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.727 0.211 0.027 0.015 0.006 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 K 0.038 0.079 0.126 0.264 0.236 0.168 0.063 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 94 L 0.048 0.043 0.071 0.145 0.273 0.196 0.106 0.081 0.026 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 95 G 0.652 0.198 0.100 0.024 0.010 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 V 0.417 0.129 0.140 0.122 0.093 0.052 0.028 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 97 K 0.379 0.150 0.201 0.100 0.076 0.040 0.033 0.007 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001