# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 71.0371 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.032 0.690 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.043 0.041 0.001 0.174 0.011 2 K 0.001 0.012 0.854 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.020 0.002 0.003 0.081 3 L 0.001 0.019 0.351 0.012 0.407 0.062 0.001 0.001 0.026 0.051 0.039 0.015 0.015 4 S 0.001 0.003 0.068 0.015 0.638 0.062 0.001 0.001 0.013 0.026 0.154 0.009 0.010 5 R 0.002 0.016 0.091 0.002 0.597 0.044 0.001 0.001 0.013 0.037 0.160 0.014 0.022 6 L 0.002 0.131 0.540 0.002 0.053 0.016 0.002 0.003 0.061 0.092 0.020 0.014 0.063 7 V 0.001 0.008 0.885 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.007 0.057 0.005 0.017 0.010 8 P 0.001 0.002 0.057 0.003 0.148 0.003 0.001 0.001 0.003 0.031 0.739 0.002 0.011 9 G 0.001 0.001 0.023 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.895 0.001 0.001 10 V 0.002 0.010 0.568 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.022 0.291 0.005 0.075 0.010 11 P 0.009 0.018 0.291 0.005 0.001 0.001 0.008 0.004 0.124 0.020 0.008 0.006 0.507 12 A 0.078 0.011 0.044 0.040 0.001 0.001 0.068 0.051 0.250 0.008 0.001 0.406 0.042 13 R 0.123 0.004 0.011 0.030 0.001 0.001 0.113 0.081 0.287 0.002 0.001 0.079 0.268 14 I 0.251 0.001 0.010 0.042 0.002 0.001 0.139 0.083 0.169 0.001 0.001 0.124 0.175 15 K 0.107 0.001 0.013 0.248 0.002 0.002 0.105 0.063 0.250 0.003 0.003 0.160 0.044 16 R 0.216 0.004 0.044 0.010 0.003 0.002 0.048 0.018 0.081 0.012 0.008 0.075 0.479 17 L 0.107 0.010 0.101 0.016 0.004 0.004 0.028 0.008 0.130 0.023 0.007 0.372 0.190 18 E 0.044 0.026 0.243 0.009 0.007 0.006 0.011 0.005 0.078 0.061 0.020 0.171 0.319 19 V 0.009 0.029 0.437 0.013 0.023 0.037 0.003 0.002 0.021 0.137 0.081 0.047 0.162 20 S 0.002 0.008 0.213 0.019 0.027 0.142 0.001 0.001 0.003 0.180 0.370 0.016 0.021 21 G 0.001 0.004 0.099 0.003 0.028 0.393 0.001 0.001 0.001 0.184 0.276 0.005 0.007 22 E 0.002 0.006 0.102 0.001 0.035 0.778 0.001 0.001 0.001 0.031 0.029 0.006 0.010 23 L 0.001 0.002 0.026 0.001 0.021 0.922 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.002 0.009 24 H 0.001 0.001 0.007 0.001 0.024 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 26 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 27 L 0.002 0.001 0.007 0.001 0.013 0.942 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.001 0.005 28 V 0.005 0.001 0.024 0.006 0.042 0.836 0.001 0.001 0.001 0.010 0.063 0.006 0.004 29 G 0.009 0.002 0.032 0.004 0.075 0.548 0.001 0.001 0.003 0.031 0.271 0.010 0.014 30 M 0.014 0.003 0.118 0.009 0.061 0.159 0.001 0.001 0.007 0.104 0.467 0.012 0.044 31 G 0.016 0.010 0.229 0.004 0.023 0.056 0.003 0.002 0.029 0.139 0.322 0.136 0.031 32 F 0.018 0.128 0.434 0.002 0.011 0.012 0.004 0.004 0.031 0.086 0.042 0.018 0.209 33 V 0.002 0.007 0.776 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.017 0.076 0.007 0.094 0.010 34 P 0.001 0.002 0.071 0.007 0.024 0.004 0.001 0.001 0.004 0.080 0.763 0.002 0.041 35 G 0.001 0.001 0.035 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.176 0.774 0.004 0.001 36 E 0.014 0.013 0.432 0.024 0.008 0.001 0.001 0.001 0.010 0.238 0.011 0.206 0.040 37 E 0.054 0.015 0.086 0.002 0.002 0.003 0.019 0.003 0.046 0.011 0.008 0.015 0.735 38 I 0.237 0.009 0.053 0.146 0.003 0.004 0.067 0.024 0.062 0.008 0.002 0.314 0.071 39 E 0.357 0.003 0.012 0.068 0.001 0.002 0.070 0.017 0.042 0.003 0.001 0.174 0.252 40 I 0.510 0.001 0.005 0.011 0.001 0.002 0.071 0.015 0.033 0.001 0.001 0.111 0.239 41 V 0.538 0.001 0.010 0.128 0.006 0.005 0.085 0.014 0.028 0.002 0.002 0.076 0.107 42 Q 0.460 0.002 0.013 0.006 0.005 0.004 0.030 0.004 0.029 0.005 0.007 0.318 0.116 43 V 0.188 0.015 0.069 0.016 0.018 0.009 0.022 0.005 0.015 0.024 0.025 0.029 0.566 44 A 0.019 0.010 0.416 0.007 0.007 0.003 0.002 0.001 0.010 0.125 0.018 0.356 0.026 45 P 0.005 0.011 0.445 0.004 0.066 0.009 0.001 0.001 0.006 0.124 0.131 0.010 0.188 46 L 0.001 0.004 0.081 0.005 0.093 0.005 0.001 0.001 0.001 0.062 0.733 0.010 0.006 47 G 0.001 0.002 0.073 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.339 0.559 0.004 0.003 48 D 0.003 0.011 0.481 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.402 0.034 0.025 0.031 49 P 0.049 0.017 0.486 0.025 0.004 0.002 0.005 0.003 0.021 0.113 0.037 0.052 0.187 50 I 0.378 0.005 0.031 0.028 0.002 0.001 0.101 0.020 0.068 0.018 0.004 0.223 0.120 51 V 0.579 0.001 0.006 0.012 0.001 0.001 0.129 0.033 0.014 0.001 0.001 0.044 0.181 52 C 0.711 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.124 0.025 0.013 0.001 0.001 0.085 0.038 53 K 0.646 0.001 0.008 0.007 0.001 0.001 0.090 0.032 0.024 0.001 0.001 0.085 0.104 54 I 0.297 0.001 0.057 0.032 0.003 0.001 0.030 0.008 0.042 0.009 0.011 0.190 0.318 55 G 0.030 0.001 0.049 0.153 0.003 0.001 0.006 0.001 0.009 0.159 0.460 0.086 0.043 56 N 0.021 0.003 0.123 0.013 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.346 0.389 0.027 0.070 57 R 0.080 0.010 0.231 0.011 0.003 0.004 0.005 0.001 0.010 0.139 0.023 0.381 0.103 58 N 0.216 0.008 0.052 0.003 0.002 0.006 0.030 0.008 0.012 0.012 0.006 0.058 0.586 59 I 0.388 0.012 0.043 0.037 0.008 0.022 0.092 0.017 0.027 0.010 0.005 0.220 0.116 60 T 0.400 0.008 0.048 0.075 0.012 0.028 0.065 0.010 0.021 0.012 0.010 0.101 0.212 61 L 0.274 0.009 0.063 0.025 0.041 0.072 0.038 0.005 0.023 0.030 0.030 0.160 0.230 62 R 0.081 0.010 0.230 0.020 0.055 0.167 0.011 0.002 0.016 0.078 0.078 0.053 0.198 63 K 0.017 0.006 0.082 0.006 0.139 0.559 0.002 0.001 0.003 0.053 0.083 0.021 0.029 64 R 0.005 0.006 0.060 0.004 0.208 0.486 0.001 0.001 0.002 0.039 0.159 0.011 0.018 65 E 0.007 0.005 0.084 0.004 0.325 0.346 0.001 0.001 0.001 0.038 0.151 0.008 0.030 66 A 0.013 0.004 0.085 0.031 0.393 0.258 0.001 0.001 0.003 0.056 0.128 0.010 0.017 67 D 0.032 0.005 0.053 0.060 0.311 0.142 0.003 0.001 0.005 0.088 0.243 0.027 0.031 68 L 0.144 0.007 0.091 0.057 0.097 0.062 0.013 0.007 0.044 0.057 0.159 0.040 0.223 69 I 0.295 0.004 0.071 0.037 0.004 0.017 0.052 0.023 0.138 0.036 0.013 0.157 0.152 70 E 0.278 0.003 0.047 0.034 0.001 0.010 0.053 0.031 0.124 0.008 0.005 0.335 0.070 71 V 0.423 0.002 0.019 0.016 0.001 0.005 0.064 0.048 0.088 0.003 0.001 0.052 0.278 72 E 0.312 0.003 0.018 0.040 0.001 0.008 0.071 0.049 0.122 0.007 0.002 0.323 0.044 73 V 0.141 0.006 0.038 0.004 0.003 0.005 0.033 0.021 0.076 0.008 0.007 0.027 0.633 74 V 0.040 0.005 0.195 0.048 0.007 0.003 0.011 0.007 0.055 0.053 0.044 0.455 0.076 75 G 0.009 0.005 0.208 0.020 0.013 0.003 0.002 0.002 0.009 0.247 0.290 0.037 0.156 76 G 0.004 0.010 0.195 0.008 0.011 0.003 0.001 0.001 0.003 0.407 0.246 0.087 0.025 77 E 0.017 0.034 0.438 0.011 0.020 0.007 0.002 0.001 0.005 0.119 0.111 0.025 0.210 78 L 0.028 0.030 0.446 0.018 0.012 0.010 0.002 0.001 0.007 0.140 0.028 0.200 0.077 79 P 0.049 0.024 0.362 0.026 0.020 0.023 0.004 0.001 0.008 0.043 0.033 0.072 0.336 80 L 0.175 0.017 0.153 0.030 0.037 0.029 0.009 0.001 0.007 0.021 0.016 0.262 0.242 81 I 0.292 0.010 0.074 0.020 0.018 0.024 0.015 0.001 0.009 0.010 0.009 0.292 0.225 82 L 0.211 0.024 0.099 0.008 0.021 0.030 0.015 0.002 0.011 0.013 0.022 0.116 0.426 83 A 0.081 0.026 0.282 0.027 0.025 0.031 0.007 0.002 0.014 0.045 0.097 0.209 0.154 84 D 0.016 0.007 0.186 0.015 0.030 0.016 0.002 0.001 0.005 0.137 0.348 0.086 0.151 85 D 0.002 0.002 0.064 0.012 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.191 0.661 0.014 0.032 86 G 0.005 0.005 0.112 0.012 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.323 0.427 0.086 0.016 87 T 0.041 0.033 0.313 0.008 0.015 0.012 0.004 0.001 0.008 0.076 0.053 0.035 0.400 88 Y 0.094 0.027 0.154 0.028 0.011 0.017 0.013 0.003 0.021 0.041 0.021 0.421 0.148 89 E 0.174 0.019 0.107 0.039 0.007 0.015 0.016 0.002 0.016 0.017 0.013 0.164 0.412 90 I 0.205 0.010 0.084 0.048 0.007 0.013 0.014 0.001 0.014 0.011 0.007 0.330 0.256 91 T 0.226 0.008 0.084 0.048 0.008 0.016 0.020 0.002 0.013 0.013 0.011 0.209 0.341 92 K 0.192 0.011 0.080 0.013 0.012 0.025 0.015 0.003 0.014 0.017 0.020 0.290 0.307 93 L 0.117 0.010 0.106 0.024 0.027 0.042 0.010 0.003 0.010 0.033 0.057 0.115 0.446 94 N 0.026 0.006 0.100 0.035 0.033 0.052 0.003 0.001 0.004 0.135 0.389 0.153 0.063 95 G 0.010 0.008 0.111 0.012 0.022 0.049 0.001 0.001 0.003 0.196 0.462 0.033 0.091 96 G 0.016 0.014 0.317 0.010 0.016 0.078 0.002 0.001 0.003 0.222 0.171 0.062 0.090 97 R 0.026 0.017 0.323 0.009 0.011 0.199 0.003 0.001 0.005 0.106 0.052 0.137 0.111 98 R 0.051 0.016 0.167 0.011 0.019 0.361 0.005 0.001 0.005 0.032 0.032 0.069 0.231 99 F 0.060 0.007 0.090 0.030 0.028 0.581 0.004 0.001 0.004 0.017 0.020 0.083 0.077 100 L 0.069 0.003 0.039 0.024 0.038 0.662 0.004 0.001 0.003 0.010 0.022 0.036 0.088 101 F 0.074 0.003 0.033 0.012 0.038 0.667 0.003 0.001 0.002 0.009 0.035 0.049 0.075 102 R 0.057 0.003 0.040 0.009 0.033 0.677 0.002 0.001 0.002 0.010 0.052 0.036 0.080 103 M 0.035 0.002 0.047 0.006 0.036 0.725 0.001 0.001 0.002 0.012 0.039 0.028 0.067 104 K 0.021 0.002 0.051 0.014 0.059 0.669 0.001 0.001 0.002 0.020 0.087 0.045 0.028 105 N 0.022 0.004 0.071 0.006 0.069 0.585 0.001 0.001 0.003 0.035 0.121 0.019 0.064 106 L 0.051 0.011 0.225 0.011 0.033 0.249 0.002 0.001 0.009 0.098 0.092 0.137 0.082 107 G 0.040 0.020 0.306 0.009 0.041 0.164 0.004 0.001 0.010 0.068 0.070 0.064 0.203 108 I 0.015 0.040 0.549 0.005 0.048 0.097 0.002 0.001 0.008 0.043 0.076 0.040 0.077 109 E 0.006 0.004 0.347 0.030 0.082 0.082 0.001 0.001 0.007 0.089 0.280 0.044 0.027 110 S 0.001 0.001 0.028 0.003 0.019 0.008 0.001 0.001 0.001 0.040 0.892 0.002 0.006 111 G 0.001 0.001 0.050 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.184 0.754 0.003 0.002 112 K 0.005 0.015 0.704 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.093 0.001 0.129 0.011 113 K 0.016 0.010 0.109 0.002 0.001 0.001 0.025 0.009 0.300 0.008 0.002 0.009 0.509 114 I 0.143 0.009 0.051 0.112 0.001 0.001 0.101 0.137 0.208 0.008 0.001 0.169 0.060 115 Q 0.160 0.001 0.007 0.018 0.001 0.001 0.199 0.178 0.282 0.001 0.001 0.070 0.083 116 V 0.123 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.206 0.321 0.188 0.001 0.001 0.030 0.118 117 S 0.022 0.002 0.058 0.073 0.002 0.001 0.058 0.201 0.350 0.023 0.023 0.145 0.040 118 G 0.010 0.005 0.227 0.017 0.003 0.001 0.008 0.015 0.072 0.385 0.131 0.046 0.083 119 R 0.004 0.012 0.547 0.025 0.006 0.001 0.002 0.002 0.044 0.229 0.061 0.042 0.025 120 R 0.012 0.017 0.375 0.043 0.032 0.005 0.009 0.006 0.048 0.199 0.144 0.015 0.096 121 Y 0.053 0.025 0.271 0.076 0.026 0.009 0.022 0.018 0.061 0.161 0.045 0.177 0.056 122 Y 0.169 0.015 0.075 0.026 0.009 0.006 0.083 0.058 0.089 0.027 0.009 0.058 0.376 123 I 0.233 0.012 0.054 0.064 0.007 0.006 0.149 0.080 0.133 0.017 0.008 0.133 0.104 124 E 0.096 0.012 0.107 0.075 0.006 0.009 0.091 0.074 0.211 0.049 0.040 0.129 0.103 125 G 0.066 0.009 0.235 0.045 0.010 0.012 0.043 0.067 0.127 0.094 0.034 0.033 0.225 126 R 0.032 0.006 0.145 0.062 0.008 0.018 0.013 0.032 0.116 0.153 0.036 0.354 0.026 127 E 0.065 0.014 0.069 0.005 0.022 0.036 0.066 0.062 0.183 0.033 0.032 0.008 0.406 128 I 0.075 0.027 0.169 0.077 0.048 0.054 0.054 0.079 0.101 0.067 0.037 0.184 0.027 129 D 0.051 0.019 0.307 0.014 0.042 0.062 0.013 0.017 0.059 0.107 0.057 0.049 0.204 130 L 0.023 0.023 0.225 0.019 0.146 0.131 0.006 0.004 0.014 0.101 0.231 0.019 0.057 131 G 0.017 0.016 0.225 0.019 0.128 0.090 0.004 0.003 0.018 0.158 0.239 0.054 0.030 132 Y 0.009 0.019 0.206 0.009 0.123 0.071 0.003 0.002 0.009 0.229 0.210 0.013 0.096 133 G 0.006 0.015 0.218 0.013 0.065 0.053 0.001 0.001 0.004 0.226 0.340 0.037 0.021 134 E 0.013 0.018 0.271 0.017 0.106 0.058 0.002 0.001 0.006 0.164 0.247 0.033 0.064 135 A 0.026 0.015 0.201 0.040 0.118 0.051 0.005 0.002 0.011 0.131 0.270 0.025 0.105 136 T 0.069 0.010 0.156 0.094 0.059 0.043 0.007 0.003 0.016 0.196 0.110 0.192 0.047 137 K 0.184 0.009 0.112 0.030 0.018 0.022 0.023 0.008 0.027 0.042 0.033 0.065 0.428 138 I 0.335 0.006 0.039 0.016 0.005 0.007 0.086 0.026 0.054 0.009 0.004 0.265 0.149 139 W 0.312 0.013 0.046 0.021 0.003 0.007 0.100 0.041 0.066 0.009 0.007 0.141 0.236 140 V 0.160 0.011 0.171 0.041 0.007 0.008 0.029 0.017 0.089 0.020 0.014 0.249 0.185 141 R 0.031 0.004 0.179 0.300 0.013 0.009 0.012 0.006 0.046 0.121 0.125 0.064 0.091 142 R 0.030 0.010 0.215 0.024 0.014 0.009 0.010 0.006 0.052 0.219 0.190 0.123 0.099 143 V 0.067 0.024 0.253 0.007 0.013 0.010 0.018 0.011 0.071 0.062 0.025 0.064 0.373 144 S 0.066 0.030 0.207 0.010 0.008 0.011 0.018 0.014 0.092 0.041 0.011 0.391 0.099 145 D 0.035 0.061 0.274 0.014 0.014 0.018 0.013 0.014 0.090 0.084 0.037 0.066 0.282 146 A 0.021 0.057 0.425 0.041 0.029 0.027 0.007 0.005 0.033 0.113 0.085 0.063 0.094 147 G 0.011 0.021 0.369 0.017 0.071 0.044 0.003 0.002 0.013 0.159 0.168 0.028 0.092 148 E 0.009 0.011 0.251 0.012 0.121 0.055 0.001 0.001 0.006 0.167 0.278 0.043 0.044 149 E 0.006 0.013 0.146 0.005 0.135 0.058 0.001 0.001 0.002 0.124 0.468 0.014 0.027 150 S 0.005 0.024 0.322 0.005 0.067 0.030 0.001 0.001 0.003 0.248 0.253 0.022 0.020 151 H 0.006 0.029 0.599 0.003 0.024 0.019 0.001 0.001 0.005 0.192 0.050 0.035 0.034 152 P 0.006 0.044 0.596 0.004 0.028 0.021 0.001 0.001 0.005 0.125 0.091 0.019 0.060 153 Q 0.004 0.035 0.544 0.009 0.029 0.021 0.001 0.001 0.005 0.169 0.125 0.033 0.024 154 K 0.003 0.020 0.648 0.005 0.023 0.019 0.001 0.001 0.006 0.155 0.064 0.017 0.040