# TARGET T0462 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0462.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 71.0371 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.025 0.041 0.014 0.060 0.069 0.070 0.110 0.005 0.006 0.043 0.557 2 K 0.412 0.084 0.004 0.022 0.034 0.040 0.046 0.019 0.002 0.037 0.299 3 L 0.364 0.042 0.002 0.012 0.015 0.025 0.074 0.025 0.001 0.046 0.394 4 S 0.048 0.006 0.001 0.029 0.028 0.044 0.084 0.002 0.001 0.061 0.696 5 R 0.015 0.002 0.002 0.011 0.015 0.048 0.107 0.001 0.001 0.059 0.740 6 L 0.022 0.001 0.001 0.013 0.032 0.021 0.092 0.002 0.001 0.025 0.791 7 V 0.893 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.014 0.001 0.001 0.015 0.067 8 P 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.008 0.066 0.001 0.001 0.004 0.913 9 G 0.010 0.001 0.001 0.005 0.005 0.017 0.121 0.001 0.001 0.011 0.828 10 V 0.006 0.003 0.001 0.029 0.458 0.206 0.082 0.001 0.001 0.036 0.179 11 P 0.003 0.002 0.001 0.057 0.061 0.230 0.087 0.001 0.001 0.032 0.528 12 A 0.001 0.001 0.001 0.098 0.339 0.411 0.018 0.001 0.001 0.021 0.110 13 R 0.002 0.001 0.001 0.101 0.305 0.490 0.011 0.001 0.001 0.030 0.058 14 I 0.010 0.002 0.001 0.116 0.287 0.265 0.022 0.002 0.001 0.086 0.209 15 K 0.001 0.001 0.001 0.142 0.355 0.417 0.011 0.001 0.001 0.022 0.051 16 R 0.007 0.003 0.001 0.076 0.211 0.355 0.031 0.001 0.001 0.059 0.257 17 L 0.004 0.002 0.001 0.158 0.311 0.231 0.045 0.001 0.001 0.034 0.212 18 E 0.065 0.028 0.002 0.090 0.090 0.109 0.092 0.003 0.001 0.055 0.465 19 V 0.109 0.100 0.002 0.022 0.017 0.020 0.096 0.008 0.001 0.055 0.570 20 S 0.062 0.416 0.001 0.005 0.003 0.005 0.051 0.009 0.001 0.038 0.410 21 G 0.024 0.670 0.001 0.007 0.005 0.010 0.041 0.002 0.001 0.047 0.192 22 E 0.010 0.774 0.003 0.004 0.013 0.007 0.019 0.002 0.001 0.054 0.113 23 L 0.021 0.911 0.001 0.002 0.003 0.003 0.006 0.005 0.001 0.018 0.030 24 H 0.012 0.941 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.020 0.013 25 E 0.021 0.859 0.005 0.002 0.004 0.004 0.008 0.002 0.001 0.032 0.063 26 K 0.069 0.765 0.029 0.005 0.002 0.005 0.017 0.018 0.009 0.027 0.053 27 L 0.225 0.088 0.206 0.011 0.005 0.009 0.041 0.042 0.142 0.112 0.118 28 V 0.732 0.008 0.002 0.003 0.003 0.004 0.024 0.003 0.001 0.010 0.210 29 G 0.014 0.005 0.001 0.013 0.002 0.007 0.062 0.002 0.001 0.008 0.887 30 M 0.034 0.001 0.002 0.027 0.012 0.015 0.148 0.001 0.001 0.029 0.731 31 G 0.012 0.001 0.001 0.016 0.025 0.049 0.124 0.001 0.001 0.052 0.718 32 F 0.005 0.001 0.001 0.012 0.013 0.009 0.073 0.001 0.001 0.009 0.878 33 V 0.676 0.002 0.001 0.038 0.009 0.010 0.055 0.003 0.001 0.045 0.161 34 P 0.016 0.002 0.001 0.008 0.004 0.013 0.102 0.001 0.001 0.018 0.835 35 G 0.009 0.003 0.001 0.031 0.006 0.029 0.129 0.001 0.001 0.013 0.780 36 E 0.003 0.005 0.001 0.057 0.304 0.348 0.060 0.001 0.001 0.032 0.189 37 E 0.003 0.005 0.001 0.049 0.154 0.352 0.055 0.001 0.001 0.039 0.343 38 I 0.002 0.004 0.001 0.077 0.381 0.362 0.017 0.001 0.001 0.023 0.132 39 E 0.005 0.004 0.002 0.051 0.351 0.459 0.012 0.001 0.001 0.035 0.079 40 I 0.018 0.005 0.001 0.053 0.298 0.417 0.018 0.002 0.001 0.055 0.132 41 V 0.011 0.002 0.001 0.060 0.341 0.338 0.027 0.001 0.001 0.058 0.161 42 Q 0.006 0.002 0.001 0.067 0.251 0.367 0.035 0.001 0.001 0.024 0.246 43 V 0.012 0.004 0.007 0.030 0.119 0.167 0.065 0.004 0.009 0.091 0.492 44 A 0.326 0.001 0.002 0.012 0.067 0.038 0.069 0.005 0.002 0.049 0.430 45 P 0.631 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.031 0.002 0.001 0.028 0.295 46 L 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 0.069 0.001 0.001 0.004 0.911 47 G 0.010 0.001 0.001 0.006 0.006 0.012 0.133 0.001 0.001 0.012 0.821 48 D 0.012 0.004 0.001 0.026 0.276 0.184 0.126 0.004 0.001 0.055 0.313 49 P 0.006 0.004 0.001 0.056 0.049 0.182 0.089 0.001 0.001 0.075 0.536 50 I 0.001 0.002 0.001 0.048 0.256 0.566 0.019 0.001 0.001 0.032 0.075 51 V 0.003 0.001 0.001 0.078 0.271 0.331 0.023 0.001 0.001 0.056 0.235 52 C 0.001 0.001 0.001 0.088 0.465 0.362 0.008 0.001 0.001 0.018 0.056 53 K 0.021 0.001 0.001 0.080 0.257 0.327 0.028 0.001 0.001 0.062 0.221 54 I 0.468 0.001 0.001 0.031 0.065 0.071 0.046 0.004 0.001 0.086 0.227 55 G 0.007 0.001 0.001 0.021 0.028 0.067 0.097 0.001 0.001 0.015 0.763 56 N 0.005 0.002 0.001 0.013 0.020 0.089 0.117 0.001 0.001 0.026 0.728 57 R 0.002 0.002 0.001 0.024 0.529 0.263 0.035 0.001 0.001 0.026 0.119 58 N 0.004 0.007 0.001 0.057 0.207 0.319 0.035 0.001 0.001 0.043 0.326 59 I 0.002 0.007 0.001 0.048 0.438 0.343 0.015 0.001 0.001 0.016 0.129 60 T 0.009 0.033 0.001 0.071 0.287 0.367 0.026 0.001 0.001 0.035 0.171 61 L 0.017 0.071 0.004 0.044 0.328 0.213 0.028 0.004 0.001 0.032 0.257 62 R 0.109 0.325 0.003 0.023 0.149 0.114 0.027 0.018 0.002 0.029 0.201 63 K 0.194 0.186 0.009 0.020 0.093 0.108 0.044 0.012 0.005 0.059 0.270 64 R 0.132 0.096 0.025 0.020 0.118 0.092 0.058 0.008 0.005 0.058 0.388 65 E 0.178 0.046 0.005 0.021 0.068 0.142 0.066 0.011 0.002 0.034 0.428 66 A 0.046 0.012 0.008 0.024 0.054 0.087 0.137 0.003 0.001 0.044 0.583 67 D 0.006 0.007 0.002 0.070 0.134 0.398 0.055 0.002 0.001 0.029 0.297 68 L 0.005 0.004 0.001 0.045 0.099 0.359 0.040 0.001 0.001 0.069 0.377 69 I 0.002 0.002 0.001 0.053 0.434 0.339 0.019 0.001 0.001 0.034 0.115 70 E 0.002 0.002 0.001 0.100 0.290 0.413 0.016 0.001 0.001 0.046 0.129 71 V 0.002 0.001 0.001 0.074 0.454 0.318 0.011 0.001 0.001 0.022 0.117 72 E 0.003 0.002 0.002 0.128 0.331 0.365 0.019 0.001 0.002 0.042 0.105 73 V 0.120 0.005 0.002 0.051 0.116 0.157 0.060 0.005 0.002 0.073 0.409 74 V 0.300 0.004 0.001 0.022 0.035 0.034 0.064 0.006 0.001 0.046 0.486 75 G 0.034 0.002 0.001 0.007 0.005 0.012 0.089 0.001 0.001 0.017 0.833 76 G 0.008 0.006 0.001 0.009 0.011 0.026 0.102 0.001 0.001 0.016 0.821 77 E 0.023 0.022 0.001 0.011 0.088 0.061 0.077 0.004 0.001 0.017 0.696 78 L 0.100 0.057 0.005 0.016 0.084 0.059 0.085 0.010 0.001 0.047 0.536 79 P 0.125 0.075 0.002 0.021 0.059 0.136 0.082 0.010 0.001 0.054 0.435 80 L 0.062 0.032 0.002 0.031 0.078 0.157 0.085 0.005 0.001 0.054 0.494 81 I 0.018 0.012 0.005 0.080 0.133 0.250 0.072 0.003 0.003 0.057 0.367 82 L 0.082 0.011 0.005 0.038 0.089 0.135 0.075 0.005 0.004 0.096 0.459 83 A 0.228 0.005 0.001 0.030 0.047 0.045 0.070 0.004 0.001 0.081 0.487 84 D 0.076 0.004 0.001 0.013 0.015 0.024 0.084 0.002 0.001 0.030 0.750 85 D 0.014 0.003 0.001 0.006 0.005 0.013 0.113 0.001 0.001 0.014 0.832 86 G 0.017 0.009 0.001 0.022 0.088 0.124 0.145 0.002 0.001 0.039 0.553 87 T 0.009 0.006 0.001 0.036 0.154 0.352 0.073 0.002 0.001 0.048 0.320 88 Y 0.005 0.008 0.001 0.031 0.205 0.250 0.058 0.001 0.001 0.043 0.397 89 E 0.009 0.010 0.001 0.044 0.294 0.344 0.035 0.002 0.001 0.040 0.220 90 I 0.019 0.012 0.002 0.048 0.227 0.255 0.052 0.002 0.001 0.057 0.324 91 T 0.011 0.008 0.005 0.075 0.250 0.313 0.051 0.002 0.004 0.061 0.220 92 K 0.121 0.015 0.003 0.036 0.101 0.181 0.064 0.004 0.002 0.071 0.402 93 L 0.137 0.014 0.001 0.032 0.063 0.064 0.080 0.004 0.001 0.055 0.547 94 N 0.048 0.024 0.001 0.021 0.030 0.038 0.115 0.002 0.001 0.024 0.698 95 G 0.016 0.083 0.001 0.013 0.016 0.030 0.105 0.002 0.001 0.025 0.709 96 G 0.035 0.321 0.001 0.013 0.039 0.041 0.080 0.005 0.001 0.033 0.431 97 R 0.031 0.459 0.002 0.036 0.061 0.082 0.055 0.003 0.001 0.051 0.220 98 R 0.022 0.555 0.003 0.020 0.045 0.051 0.041 0.003 0.001 0.043 0.217 99 F 0.037 0.721 0.003 0.012 0.027 0.035 0.019 0.010 0.001 0.022 0.114 100 L 0.053 0.719 0.004 0.011 0.021 0.030 0.019 0.007 0.001 0.046 0.091 101 F 0.051 0.398 0.020 0.013 0.039 0.038 0.038 0.005 0.004 0.181 0.213 102 R 0.124 0.423 0.016 0.013 0.026 0.042 0.049 0.026 0.004 0.064 0.214 103 M 0.292 0.137 0.029 0.008 0.020 0.020 0.054 0.027 0.011 0.073 0.329 104 K 0.262 0.102 0.005 0.013 0.027 0.044 0.063 0.008 0.001 0.035 0.438 105 N 0.048 0.058 0.001 0.012 0.010 0.032 0.083 0.006 0.001 0.025 0.725 106 L 0.038 0.018 0.005 0.063 0.083 0.115 0.119 0.003 0.002 0.081 0.474 107 G 0.029 0.008 0.021 0.021 0.048 0.087 0.091 0.004 0.020 0.142 0.529 108 I 0.172 0.003 0.001 0.015 0.023 0.021 0.084 0.004 0.001 0.029 0.646 109 E 0.763 0.001 0.001 0.007 0.003 0.004 0.026 0.002 0.001 0.021 0.173 110 S 0.003 0.001 0.001 0.011 0.001 0.009 0.096 0.001 0.001 0.005 0.873 111 G 0.002 0.001 0.001 0.024 0.007 0.035 0.099 0.001 0.001 0.020 0.810 112 K 0.002 0.001 0.001 0.045 0.635 0.182 0.026 0.001 0.001 0.031 0.078 113 K 0.002 0.001 0.001 0.210 0.086 0.212 0.041 0.001 0.001 0.084 0.362 114 I 0.001 0.001 0.001 0.152 0.386 0.290 0.016 0.001 0.001 0.034 0.119 115 Q 0.002 0.001 0.001 0.259 0.276 0.327 0.012 0.001 0.001 0.050 0.071 116 V 0.006 0.001 0.001 0.244 0.224 0.249 0.030 0.001 0.001 0.066 0.179 117 S 0.008 0.002 0.001 0.303 0.172 0.243 0.045 0.002 0.001 0.052 0.172 118 G 0.029 0.005 0.002 0.105 0.114 0.175 0.096 0.003 0.001 0.059 0.411 119 R 0.035 0.008 0.001 0.096 0.084 0.157 0.126 0.004 0.001 0.068 0.420 120 R 0.021 0.007 0.001 0.077 0.067 0.121 0.130 0.002 0.001 0.054 0.519 121 Y 0.008 0.006 0.002 0.183 0.112 0.237 0.087 0.002 0.001 0.050 0.312 122 Y 0.028 0.013 0.002 0.138 0.139 0.218 0.077 0.003 0.001 0.074 0.307 123 I 0.059 0.016 0.002 0.118 0.097 0.123 0.092 0.004 0.001 0.087 0.402 124 E 0.033 0.027 0.002 0.100 0.063 0.099 0.114 0.005 0.001 0.040 0.516 125 G 0.036 0.035 0.002 0.066 0.027 0.076 0.116 0.004 0.001 0.058 0.579 126 R 0.048 0.071 0.003 0.081 0.121 0.126 0.105 0.006 0.001 0.065 0.374 127 E 0.062 0.082 0.004 0.072 0.087 0.155 0.088 0.008 0.001 0.057 0.385 128 I 0.076 0.066 0.008 0.065 0.077 0.088 0.103 0.008 0.002 0.053 0.452 129 D 0.127 0.090 0.007 0.071 0.072 0.151 0.094 0.014 0.002 0.082 0.292 130 L 0.111 0.058 0.003 0.033 0.046 0.083 0.112 0.009 0.001 0.064 0.479 131 G 0.044 0.044 0.005 0.063 0.092 0.154 0.111 0.006 0.002 0.081 0.397 132 Y 0.038 0.019 0.004 0.044 0.053 0.111 0.148 0.004 0.003 0.167 0.410 133 G 0.044 0.016 0.009 0.050 0.054 0.084 0.168 0.007 0.005 0.136 0.427 134 E 0.173 0.019 0.003 0.050 0.050 0.076 0.110 0.014 0.002 0.069 0.433 135 A 0.052 0.009 0.002 0.032 0.014 0.049 0.118 0.004 0.001 0.073 0.645 136 T 0.009 0.008 0.001 0.078 0.068 0.153 0.109 0.002 0.001 0.051 0.520 137 K 0.009 0.005 0.001 0.080 0.098 0.190 0.070 0.001 0.001 0.057 0.489 138 I 0.004 0.003 0.003 0.134 0.312 0.170 0.058 0.001 0.001 0.043 0.271 139 W 0.036 0.010 0.002 0.201 0.118 0.211 0.061 0.003 0.001 0.071 0.286 140 V 0.136 0.008 0.002 0.067 0.052 0.078 0.091 0.008 0.001 0.122 0.436 141 R 0.014 0.007 0.001 0.117 0.060 0.119 0.126 0.001 0.001 0.039 0.515 142 R 0.016 0.011 0.001 0.056 0.046 0.146 0.116 0.002 0.001 0.032 0.575 143 V 0.011 0.015 0.002 0.083 0.207 0.131 0.089 0.002 0.001 0.034 0.424 144 S 0.141 0.101 0.004 0.072 0.100 0.119 0.072 0.015 0.001 0.061 0.315 145 D 0.171 0.066 0.003 0.035 0.039 0.063 0.091 0.011 0.001 0.042 0.477 146 A 0.083 0.050 0.024 0.036 0.034 0.073 0.095 0.012 0.012 0.074 0.507 147 G 0.210 0.017 0.002 0.019 0.021 0.045 0.098 0.007 0.001 0.047 0.532 148 E 0.212 0.010 0.002 0.015 0.025 0.033 0.090 0.005 0.001 0.065 0.544 149 E 0.007 0.005 0.001 0.021 0.017 0.030 0.089 0.001 0.001 0.017 0.812 150 S 0.034 0.011 0.001 0.017 0.016 0.030 0.099 0.002 0.001 0.035 0.754 151 H 0.142 0.012 0.002 0.014 0.075 0.045 0.116 0.005 0.001 0.063 0.525 152 P 0.040 0.008 0.001 0.024 0.013 0.021 0.112 0.002 0.001 0.033 0.745 153 Q 0.070 0.015 0.002 0.023 0.020 0.036 0.125 0.004 0.001 0.041 0.665 154 K 0.050 0.015 0.002 0.025 0.026 0.033 0.136 0.003 0.001 0.049 0.661