# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.1778 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.048 0.043 0.389 0.215 0.003 0.049 0.015 0.016 0.003 0.003 0.042 0.027 0.107 0.001 0.022 0.017 2 N 0.001 0.005 0.013 0.007 0.001 0.871 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.024 0.063 0.001 0.001 0.003 3 S 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.922 0.010 0.051 0.001 0.001 0.001 4 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.964 0.024 0.001 0.001 0.001 5 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.981 0.001 0.001 0.001 6 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 7 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 8 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 9 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 10 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.007 0.001 0.001 11 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.969 0.005 0.008 0.010 12 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.150 0.746 0.003 0.047 13 I 0.004 0.002 0.031 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.066 0.002 0.871 0.008 14 G 0.005 0.013 0.038 0.006 0.004 0.036 0.037 0.001 0.024 0.044 0.006 0.023 0.174 0.025 0.007 0.556 15 E 0.599 0.027 0.027 0.024 0.001 0.021 0.004 0.010 0.001 0.001 0.077 0.012 0.162 0.007 0.019 0.009 16 D 0.005 0.535 0.184 0.053 0.001 0.029 0.003 0.002 0.016 0.001 0.009 0.050 0.056 0.001 0.006 0.053 17 Y 0.062 0.043 0.310 0.460 0.001 0.011 0.004 0.001 0.002 0.001 0.006 0.006 0.065 0.001 0.001 0.029 18 I 0.008 0.007 0.715 0.235 0.003 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 19 E 0.002 0.011 0.064 0.797 0.045 0.049 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.020 0.001 0.001 0.001 20 L 0.001 0.020 0.011 0.326 0.390 0.146 0.020 0.023 0.001 0.002 0.019 0.004 0.019 0.016 0.001 0.001 21 E 0.003 0.103 0.008 0.218 0.017 0.075 0.004 0.424 0.014 0.005 0.040 0.022 0.024 0.001 0.039 0.002 22 N 0.013 0.063 0.016 0.172 0.008 0.060 0.004 0.014 0.250 0.131 0.058 0.053 0.064 0.001 0.003 0.091 23 E 0.326 0.058 0.145 0.193 0.018 0.026 0.015 0.006 0.013 0.007 0.040 0.052 0.066 0.008 0.004 0.020 24 I 0.024 0.048 0.437 0.197 0.006 0.088 0.006 0.019 0.003 0.003 0.022 0.034 0.078 0.001 0.023 0.009 25 H 0.012 0.120 0.134 0.296 0.064 0.138 0.026 0.005 0.010 0.010 0.022 0.022 0.075 0.021 0.002 0.043 26 L 0.047 0.092 0.084 0.604 0.003 0.019 0.004 0.030 0.005 0.002 0.028 0.015 0.045 0.001 0.014 0.008 27 K 0.008 0.027 0.209 0.237 0.014 0.307 0.016 0.002 0.013 0.022 0.011 0.028 0.075 0.001 0.001 0.028 28 P 0.059 0.032 0.064 0.178 0.011 0.131 0.002 0.020 0.001 0.001 0.343 0.024 0.128 0.001 0.003 0.002 29 E 0.002 0.149 0.030 0.247 0.003 0.045 0.002 0.004 0.009 0.003 0.049 0.376 0.076 0.001 0.001 0.005 30 V 0.015 0.019 0.030 0.226 0.001 0.084 0.002 0.002 0.001 0.001 0.041 0.079 0.492 0.001 0.001 0.005 31 F 0.003 0.027 0.078 0.122 0.002 0.042 0.003 0.001 0.001 0.001 0.040 0.052 0.622 0.001 0.001 0.006 32 Y 0.004 0.016 0.029 0.285 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.049 0.578 0.001 0.001 0.003 33 E 0.001 0.008 0.035 0.167 0.001 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.727 0.001 0.001 0.005 34 V 0.002 0.009 0.025 0.153 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.774 0.001 0.001 0.003 35 W 0.001 0.011 0.019 0.172 0.002 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.746 0.003 0.001 0.006 36 K 0.005 0.014 0.028 0.131 0.005 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.008 0.007 0.760 0.003 0.004 0.014 37 Y 0.002 0.004 0.020 0.030 0.189 0.023 0.113 0.002 0.001 0.002 0.007 0.009 0.133 0.453 0.002 0.009 38 V 0.009 0.024 0.025 0.041 0.010 0.015 0.025 0.182 0.002 0.001 0.019 0.006 0.078 0.017 0.542 0.005 39 G 0.004 0.049 0.021 0.064 0.002 0.011 0.005 0.010 0.127 0.093 0.007 0.011 0.048 0.002 0.019 0.527 40 E 0.735 0.008 0.058 0.048 0.003 0.019 0.006 0.001 0.010 0.006 0.009 0.013 0.046 0.003 0.002 0.032 41 P 0.059 0.039 0.450 0.102 0.011 0.092 0.005 0.012 0.002 0.002 0.098 0.040 0.074 0.004 0.006 0.005 42 E 0.008 0.250 0.057 0.383 0.015 0.093 0.006 0.010 0.007 0.003 0.026 0.087 0.041 0.003 0.003 0.009 43 L 0.021 0.055 0.066 0.495 0.010 0.104 0.010 0.009 0.007 0.004 0.057 0.034 0.107 0.002 0.006 0.013 44 K 0.015 0.236 0.143 0.466 0.002 0.022 0.006 0.004 0.006 0.002 0.009 0.020 0.045 0.001 0.002 0.021 45 T 0.026 0.023 0.187 0.702 0.001 0.016 0.002 0.001 0.005 0.001 0.003 0.005 0.020 0.001 0.001 0.008 46 Y 0.008 0.010 0.344 0.615 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.003 47 V 0.005 0.006 0.064 0.812 0.031 0.070 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 48 I 0.001 0.098 0.016 0.621 0.055 0.165 0.004 0.014 0.001 0.001 0.010 0.003 0.008 0.002 0.001 0.001 49 E 0.003 0.132 0.008 0.500 0.013 0.225 0.002 0.049 0.007 0.004 0.026 0.015 0.011 0.001 0.004 0.002 50 D 0.021 0.229 0.047 0.315 0.004 0.058 0.003 0.019 0.071 0.012 0.082 0.067 0.038 0.001 0.005 0.028 51 E 0.078 0.077 0.178 0.494 0.002 0.029 0.002 0.003 0.011 0.006 0.016 0.033 0.041 0.001 0.005 0.025 52 I 0.021 0.017 0.332 0.242 0.075 0.161 0.026 0.003 0.002 0.002 0.019 0.014 0.035 0.045 0.002 0.004 53 V 0.008 0.373 0.086 0.418 0.012 0.011 0.007 0.025 0.002 0.001 0.009 0.005 0.015 0.001 0.019 0.009 54 E 0.001 0.002 0.010 0.079 0.655 0.074 0.114 0.004 0.003 0.012 0.002 0.003 0.004 0.034 0.001 0.002 55 P 0.046 0.051 0.054 0.106 0.008 0.009 0.008 0.589 0.004 0.001 0.039 0.002 0.006 0.001 0.074 0.002 56 G 0.002 0.007 0.005 0.083 0.010 0.100 0.002 0.006 0.313 0.388 0.017 0.041 0.008 0.001 0.001 0.016 57 E 0.582 0.073 0.024 0.121 0.011 0.021 0.004 0.015 0.008 0.002 0.063 0.045 0.015 0.003 0.002 0.008 58 Y 0.022 0.096 0.275 0.347 0.003 0.061 0.006 0.016 0.019 0.006 0.025 0.064 0.033 0.001 0.013 0.013 59 D 0.027 0.063 0.208 0.225 0.004 0.272 0.006 0.005 0.011 0.007 0.015 0.051 0.077 0.001 0.001 0.026 60 P 0.029 0.024 0.030 0.110 0.010 0.329 0.007 0.005 0.003 0.002 0.305 0.038 0.100 0.002 0.002 0.003 61 P 0.005 0.149 0.030 0.113 0.006 0.034 0.004 0.010 0.002 0.001 0.281 0.280 0.072 0.005 0.004 0.003 62 E 0.014 0.175 0.086 0.320 0.003 0.014 0.012 0.008 0.021 0.002 0.012 0.170 0.108 0.005 0.017 0.033 63 M 0.019 0.008 0.403 0.271 0.003 0.014 0.045 0.001 0.003 0.001 0.006 0.004 0.163 0.002 0.005 0.049 64 K 0.041 0.061 0.356 0.263 0.014 0.082 0.012 0.012 0.002 0.002 0.011 0.007 0.100 0.002 0.004 0.032 65 Y 0.006 0.010 0.028 0.144 0.474 0.108 0.054 0.006 0.003 0.005 0.032 0.011 0.017 0.100 0.001 0.002 66 T 0.007 0.083 0.029 0.142 0.009 0.035 0.002 0.453 0.005 0.001 0.044 0.038 0.021 0.002 0.126 0.002 67 N 0.007 0.092 0.018 0.115 0.003 0.031 0.005 0.004 0.225 0.057 0.012 0.021 0.021 0.001 0.002 0.386 68 V 0.696 0.014 0.092 0.046 0.006 0.053 0.018 0.003 0.003 0.001 0.023 0.012 0.018 0.007 0.003 0.005 69 K 0.005 0.625 0.219 0.085 0.001 0.016 0.001 0.012 0.002 0.001 0.006 0.007 0.003 0.001 0.009 0.007 70 K 0.011 0.043 0.122 0.775 0.002 0.007 0.002 0.001 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 71 V 0.039 0.003 0.596 0.353 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.001 0.022 0.093 0.868 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 I 0.001 0.002 0.002 0.161 0.022 0.806 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 K 0.001 0.892 0.001 0.096 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 K 0.009 0.005 0.006 0.963 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 76 V 0.012 0.002 0.846 0.126 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 Y 0.001 0.011 0.006 0.961 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 F 0.001 0.023 0.004 0.766 0.022 0.171 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 E 0.002 0.108 0.010 0.762 0.029 0.034 0.001 0.017 0.003 0.001 0.019 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 80 T 0.004 0.036 0.014 0.311 0.190 0.331 0.010 0.018 0.017 0.005 0.024 0.022 0.011 0.002 0.001 0.003 81 L 0.005 0.028 0.024 0.048 0.455 0.044 0.086 0.053 0.003 0.007 0.179 0.014 0.010 0.038 0.006 0.002 82 D 0.004 0.104 0.006 0.036 0.003 0.079 0.002 0.461 0.023 0.011 0.014 0.055 0.012 0.001 0.184 0.006 83 N 0.019 0.066 0.019 0.027 0.001 0.005 0.003 0.001 0.317 0.037 0.021 0.006 0.011 0.002 0.003 0.463 84 V 0.711 0.012 0.197 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.001 0.002 0.003 85 R 0.004 0.007 0.901 0.070 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 86 V 0.006 0.009 0.056 0.843 0.010 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 87 V 0.001 0.064 0.033 0.687 0.029 0.156 0.002 0.006 0.001 0.001 0.008 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 88 T 0.003 0.132 0.022 0.675 0.010 0.081 0.002 0.021 0.003 0.003 0.025 0.012 0.008 0.001 0.001 0.002 89 D 0.001 0.010 0.004 0.020 0.002 0.901 0.001 0.004 0.003 0.002 0.016 0.019 0.015 0.001 0.001 0.002 90 Y 0.001 0.012 0.002 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.918 0.014 0.027 0.001 0.001 0.001 91 S 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.915 0.036 0.001 0.001 0.001 92 E 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.118 0.773 0.001 0.004 0.005 93 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.104 0.859 0.001 0.001 0.001 94 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.991 0.001 0.001 0.001 95 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 96 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 97 L 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.001 0.002 98 K 0.001 0.003 0.008 0.005 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.924 0.017 0.005 0.021 99 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.001 0.049 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.045 0.876 0.003 0.005 100 R 0.001 0.003 0.007 0.002 0.001 0.002 0.002 0.035 0.001 0.001 0.002 0.002 0.029 0.002 0.907 0.006 101 G 0.008 0.010 0.014 0.007 0.001 0.003 0.007 0.001 0.069 0.025 0.004 0.004 0.041 0.005 0.004 0.799 102 T 0.894 0.005 0.030 0.020 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.008 0.024 0.001 0.003 0.003 103 K 0.008 0.084 0.517 0.105 0.004 0.151 0.007 0.003 0.005 0.002 0.015 0.022 0.057 0.003 0.002 0.015 104 L 0.026 0.048 0.065 0.504 0.018 0.117 0.009 0.008 0.002 0.001 0.073 0.032 0.087 0.003 0.003 0.004 105 E 0.007 0.098 0.073 0.427 0.019 0.095 0.011 0.023 0.006 0.003 0.032 0.089 0.098 0.004 0.006 0.009 106 H 0.016 0.052 0.057 0.380 0.024 0.098 0.023 0.021 0.018 0.008 0.064 0.036 0.159 0.009 0.010 0.025 107 H 0.026 0.067 0.126 0.247 0.022 0.090 0.026 0.027 0.017 0.008 0.056 0.059 0.178 0.013 0.014 0.026 108 H 0.032 0.076 0.107 0.208 0.026 0.092 0.035 0.028 0.017 0.010 0.072 0.051 0.179 0.016 0.022 0.030 109 H 0.032 0.081 0.107 0.152 0.052 0.086 0.048 0.030 0.016 0.012 0.074 0.056 0.165 0.031 0.021 0.038 110 H 0.034 0.086 0.104 0.118 0.067 0.072 0.088 0.051 0.017 0.012 0.065 0.056 0.112 0.050 0.035 0.033 111 H 0.039 0.065 0.107 0.112 0.034 0.079 0.069 0.073 0.029 0.020 0.086 0.050 0.109 0.021 0.068 0.040