# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.1778 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.066 0.024 0.024 0.012 0.018 0.066 0.007 0.782 2 N 0.037 0.027 0.014 0.010 0.024 0.173 0.006 0.709 3 S 0.057 0.029 0.019 0.005 0.017 0.055 0.006 0.813 4 E 0.037 0.079 0.016 0.007 0.009 0.242 0.004 0.605 5 V 0.045 0.110 0.014 0.004 0.006 0.507 0.005 0.310 6 I 0.030 0.805 0.008 0.003 0.009 0.026 0.002 0.117 7 K 0.009 0.899 0.006 0.001 0.006 0.005 0.001 0.074 8 E 0.008 0.888 0.003 0.001 0.002 0.017 0.003 0.079 9 F 0.025 0.924 0.002 0.001 0.002 0.009 0.007 0.030 10 L 0.020 0.962 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 11 E 0.052 0.839 0.019 0.003 0.003 0.015 0.014 0.055 12 D 0.098 0.706 0.022 0.003 0.004 0.011 0.030 0.125 13 I 0.182 0.579 0.027 0.005 0.009 0.017 0.041 0.140 14 G 0.168 0.285 0.108 0.019 0.015 0.099 0.043 0.262 15 E 0.080 0.105 0.195 0.022 0.016 0.092 0.020 0.471 16 D 0.123 0.127 0.081 0.041 0.044 0.112 0.018 0.453 17 Y 0.112 0.132 0.093 0.050 0.075 0.072 0.013 0.453 18 I 0.037 0.104 0.306 0.163 0.147 0.067 0.006 0.170 19 E 0.032 0.078 0.184 0.137 0.189 0.051 0.009 0.319 20 L 0.044 0.089 0.152 0.161 0.284 0.038 0.009 0.223 21 E 0.028 0.068 0.107 0.123 0.181 0.076 0.012 0.405 22 N 0.042 0.035 0.096 0.105 0.158 0.078 0.019 0.467 23 E 0.131 0.040 0.066 0.086 0.115 0.101 0.023 0.438 24 I 0.081 0.044 0.067 0.118 0.137 0.101 0.011 0.440 25 H 0.039 0.029 0.102 0.193 0.276 0.072 0.008 0.281 26 L 0.054 0.038 0.088 0.089 0.190 0.059 0.011 0.472 27 K 0.051 0.018 0.077 0.139 0.188 0.091 0.005 0.429 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 29 E 0.014 0.004 0.063 0.131 0.213 0.184 0.004 0.388 30 V 0.153 0.020 0.072 0.061 0.098 0.076 0.007 0.513 31 F 0.032 0.048 0.111 0.219 0.356 0.029 0.004 0.201 32 Y 0.013 0.029 0.143 0.218 0.410 0.030 0.003 0.153 33 E 0.019 0.050 0.108 0.251 0.274 0.048 0.005 0.246 34 V 0.022 0.072 0.078 0.179 0.344 0.039 0.007 0.259 35 W 0.022 0.117 0.062 0.186 0.355 0.022 0.007 0.229 36 K 0.027 0.085 0.083 0.265 0.328 0.032 0.009 0.171 37 Y 0.060 0.128 0.029 0.152 0.154 0.053 0.015 0.410 38 V 0.082 0.121 0.036 0.107 0.303 0.034 0.013 0.303 39 G 0.058 0.076 0.035 0.063 0.150 0.079 0.026 0.513 40 E 0.097 0.024 0.040 0.070 0.087 0.094 0.011 0.578 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 42 E 0.030 0.016 0.036 0.088 0.206 0.170 0.005 0.450 43 L 0.197 0.047 0.076 0.087 0.150 0.039 0.011 0.394 44 K 0.070 0.039 0.092 0.270 0.238 0.051 0.008 0.233 45 T 0.037 0.026 0.077 0.169 0.231 0.031 0.007 0.422 46 Y 0.039 0.017 0.116 0.287 0.386 0.026 0.005 0.123 47 V 0.015 0.010 0.134 0.229 0.288 0.042 0.005 0.278 48 I 0.003 0.002 0.158 0.328 0.417 0.011 0.001 0.079 49 E 0.005 0.005 0.108 0.228 0.321 0.036 0.003 0.295 50 D 0.010 0.007 0.135 0.095 0.285 0.059 0.006 0.404 51 E 0.055 0.008 0.137 0.127 0.158 0.141 0.015 0.358 52 I 0.064 0.008 0.101 0.087 0.120 0.058 0.014 0.548 53 V 0.024 0.007 0.146 0.164 0.318 0.045 0.007 0.289 54 E 0.023 0.006 0.060 0.076 0.085 0.101 0.003 0.646 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 56 G 0.020 0.002 0.055 0.050 0.182 0.062 0.004 0.626 57 E 0.192 0.005 0.034 0.052 0.043 0.058 0.012 0.604 58 Y 0.131 0.007 0.031 0.044 0.055 0.059 0.009 0.664 59 D 0.078 0.008 0.028 0.052 0.093 0.119 0.005 0.617 60 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 61 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.994 62 E 0.259 0.003 0.009 0.031 0.049 0.137 0.011 0.502 63 M 0.441 0.047 0.014 0.052 0.054 0.032 0.006 0.355 64 K 0.096 0.070 0.018 0.108 0.170 0.079 0.006 0.452 65 Y 0.061 0.046 0.050 0.131 0.324 0.039 0.006 0.344 66 T 0.028 0.042 0.036 0.217 0.265 0.058 0.008 0.345 67 N 0.054 0.026 0.015 0.123 0.140 0.118 0.018 0.507 68 V 0.062 0.076 0.075 0.114 0.205 0.079 0.011 0.379 69 K 0.022 0.045 0.067 0.214 0.218 0.145 0.009 0.280 70 K 0.064 0.041 0.033 0.065 0.107 0.105 0.018 0.568 71 V 0.065 0.063 0.096 0.155 0.318 0.022 0.009 0.272 72 K 0.015 0.011 0.114 0.320 0.335 0.055 0.004 0.145 73 I 0.007 0.008 0.068 0.185 0.218 0.034 0.004 0.477 74 K 0.004 0.002 0.111 0.339 0.466 0.018 0.002 0.059 75 K 0.013 0.006 0.069 0.103 0.140 0.077 0.006 0.585 76 V 0.015 0.005 0.311 0.184 0.290 0.034 0.004 0.157 77 Y 0.005 0.003 0.223 0.217 0.422 0.027 0.002 0.102 78 F 0.004 0.004 0.126 0.273 0.391 0.019 0.002 0.180 79 E 0.006 0.004 0.146 0.259 0.404 0.045 0.002 0.134 80 T 0.017 0.006 0.052 0.110 0.147 0.077 0.007 0.584 81 L 0.025 0.010 0.151 0.135 0.382 0.058 0.006 0.232 82 D 0.015 0.012 0.060 0.129 0.140 0.207 0.009 0.428 83 N 0.142 0.009 0.035 0.048 0.125 0.111 0.042 0.488 84 V 0.310 0.015 0.066 0.056 0.068 0.193 0.025 0.266 85 R 0.068 0.011 0.180 0.153 0.128 0.209 0.010 0.241 86 V 0.023 0.011 0.185 0.119 0.173 0.121 0.005 0.363 87 V 0.010 0.003 0.258 0.132 0.415 0.020 0.002 0.160 88 T 0.007 0.008 0.233 0.226 0.243 0.068 0.003 0.212 89 D 0.011 0.011 0.054 0.041 0.079 0.164 0.005 0.636 90 Y 0.037 0.013 0.093 0.031 0.123 0.132 0.009 0.561 91 S 0.006 0.010 0.010 0.006 0.012 0.519 0.004 0.433 92 E 0.040 0.027 0.006 0.003 0.009 0.429 0.007 0.479 93 F 0.065 0.458 0.004 0.004 0.010 0.176 0.004 0.278 94 Q 0.043 0.663 0.005 0.006 0.016 0.111 0.004 0.153 95 K 0.012 0.878 0.001 0.002 0.004 0.019 0.002 0.082 96 I 0.009 0.958 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.024 97 L 0.005 0.984 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 98 K 0.009 0.957 0.005 0.003 0.003 0.003 0.004 0.016 99 K 0.022 0.914 0.007 0.004 0.005 0.003 0.012 0.033 100 R 0.104 0.742 0.015 0.005 0.009 0.008 0.052 0.065 101 G 0.222 0.272 0.087 0.016 0.016 0.029 0.123 0.235 102 T 0.104 0.072 0.316 0.039 0.021 0.134 0.028 0.287 103 K 0.029 0.025 0.073 0.026 0.029 0.097 0.009 0.713 104 L 0.035 0.033 0.120 0.064 0.154 0.095 0.007 0.492 105 E 0.031 0.043 0.104 0.043 0.063 0.172 0.006 0.538 106 H 0.076 0.069 0.066 0.044 0.073 0.097 0.013 0.561 107 H 0.132 0.125 0.055 0.041 0.076 0.083 0.016 0.472 108 H 0.104 0.081 0.041 0.035 0.054 0.095 0.020 0.569 109 H 0.092 0.062 0.044 0.031 0.050 0.103 0.021 0.598 110 H 0.121 0.056 0.038 0.031 0.049 0.099 0.017 0.590 111 H 0.077 0.039 0.026 0.019 0.031 0.081 0.012 0.715