# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.18387 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.069 0.043 0.141 0.087 0.012 0.139 0.026 0.021 0.007 0.023 0.055 0.096 0.229 0.007 0.013 0.033 2 N 0.011 0.028 0.029 0.018 0.001 0.363 0.001 0.012 0.003 0.008 0.126 0.109 0.278 0.001 0.006 0.007 3 S 0.006 0.007 0.006 0.007 0.001 0.023 0.001 0.001 0.002 0.002 0.452 0.188 0.303 0.001 0.001 0.004 4 E 0.003 0.003 0.005 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.543 0.376 0.001 0.001 0.001 5 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.031 0.951 0.001 0.001 0.001 6 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.983 0.001 0.001 0.001 7 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 8 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 9 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.001 0.003 10 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.005 0.002 0.001 11 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.962 0.007 0.010 0.013 12 D 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.330 0.514 0.009 0.099 13 I 0.005 0.005 0.081 0.002 0.001 0.002 0.020 0.006 0.001 0.001 0.006 0.002 0.381 0.004 0.470 0.017 14 G 0.005 0.008 0.033 0.004 0.003 0.042 0.025 0.002 0.007 0.015 0.018 0.015 0.488 0.034 0.007 0.292 15 E 0.349 0.040 0.026 0.016 0.001 0.022 0.012 0.008 0.003 0.001 0.132 0.041 0.275 0.027 0.027 0.019 16 D 0.010 0.365 0.129 0.025 0.001 0.027 0.011 0.003 0.009 0.002 0.008 0.161 0.162 0.004 0.036 0.049 17 Y 0.038 0.029 0.462 0.147 0.001 0.008 0.008 0.002 0.004 0.001 0.028 0.008 0.160 0.003 0.011 0.091 18 I 0.019 0.008 0.717 0.162 0.002 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.055 0.001 0.001 0.006 19 E 0.011 0.040 0.185 0.530 0.037 0.080 0.009 0.003 0.001 0.002 0.005 0.005 0.078 0.004 0.001 0.009 20 L 0.003 0.020 0.014 0.186 0.428 0.163 0.078 0.006 0.001 0.001 0.027 0.005 0.026 0.040 0.001 0.002 21 E 0.002 0.149 0.029 0.089 0.007 0.070 0.005 0.492 0.006 0.003 0.030 0.016 0.019 0.002 0.075 0.004 22 N 0.014 0.099 0.031 0.147 0.001 0.030 0.002 0.014 0.352 0.093 0.040 0.038 0.023 0.001 0.006 0.108 23 E 0.621 0.033 0.141 0.096 0.003 0.007 0.007 0.001 0.006 0.001 0.016 0.018 0.019 0.003 0.002 0.026 24 I 0.028 0.013 0.703 0.152 0.002 0.039 0.004 0.006 0.001 0.001 0.011 0.010 0.021 0.001 0.004 0.005 25 H 0.011 0.124 0.121 0.477 0.018 0.167 0.007 0.002 0.008 0.003 0.010 0.010 0.025 0.001 0.001 0.012 26 L 0.013 0.161 0.041 0.719 0.001 0.019 0.001 0.004 0.001 0.001 0.015 0.010 0.012 0.001 0.001 0.002 27 K 0.006 0.030 0.186 0.356 0.006 0.323 0.001 0.003 0.005 0.007 0.012 0.025 0.035 0.001 0.001 0.005 28 P 0.006 0.007 0.018 0.091 0.001 0.338 0.001 0.002 0.001 0.001 0.431 0.011 0.093 0.001 0.001 0.001 29 E 0.001 0.326 0.012 0.147 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.450 0.033 0.001 0.001 0.001 30 V 0.004 0.002 0.016 0.223 0.001 0.083 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.035 0.571 0.001 0.001 0.002 31 F 0.001 0.024 0.049 0.020 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.024 0.826 0.001 0.001 0.001 32 Y 0.001 0.008 0.001 0.130 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.033 0.781 0.001 0.001 0.001 33 E 0.001 0.005 0.003 0.088 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.030 0.844 0.001 0.001 0.001 34 V 0.001 0.006 0.004 0.048 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.911 0.001 0.001 0.003 35 W 0.001 0.012 0.004 0.036 0.001 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.917 0.001 0.001 0.001 36 K 0.001 0.007 0.004 0.029 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.929 0.002 0.003 0.006 37 Y 0.003 0.005 0.008 0.017 0.022 0.007 0.082 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.203 0.592 0.006 0.039 38 V 0.006 0.034 0.065 0.035 0.002 0.006 0.015 0.035 0.001 0.001 0.005 0.007 0.203 0.007 0.557 0.021 39 G 0.012 0.032 0.075 0.065 0.001 0.013 0.007 0.005 0.034 0.038 0.009 0.007 0.158 0.005 0.008 0.532 40 E 0.600 0.024 0.077 0.089 0.005 0.046 0.011 0.002 0.003 0.002 0.016 0.014 0.088 0.004 0.003 0.015 41 P 0.022 0.037 0.211 0.114 0.002 0.227 0.004 0.015 0.002 0.002 0.189 0.034 0.127 0.001 0.005 0.006 42 E 0.004 0.519 0.038 0.242 0.002 0.024 0.003 0.001 0.007 0.001 0.012 0.108 0.031 0.001 0.001 0.008 43 L 0.019 0.022 0.093 0.621 0.002 0.083 0.003 0.004 0.001 0.001 0.025 0.017 0.103 0.001 0.004 0.004 44 K 0.003 0.107 0.604 0.205 0.001 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.037 0.001 0.001 0.005 45 T 0.007 0.007 0.027 0.907 0.001 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.001 0.021 0.001 0.001 0.003 46 Y 0.007 0.016 0.209 0.715 0.006 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.016 0.001 0.001 0.006 47 V 0.005 0.014 0.030 0.841 0.021 0.065 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.002 48 I 0.002 0.118 0.029 0.557 0.096 0.148 0.007 0.011 0.001 0.001 0.014 0.003 0.008 0.002 0.001 0.002 49 E 0.005 0.065 0.014 0.257 0.015 0.436 0.003 0.097 0.009 0.008 0.059 0.010 0.013 0.002 0.005 0.002 50 D 0.011 0.462 0.050 0.156 0.002 0.043 0.003 0.015 0.038 0.016 0.114 0.052 0.020 0.001 0.005 0.012 51 E 0.118 0.088 0.116 0.353 0.003 0.041 0.004 0.007 0.024 0.003 0.058 0.108 0.038 0.005 0.006 0.026 52 I 0.028 0.023 0.580 0.152 0.011 0.059 0.026 0.003 0.002 0.001 0.018 0.019 0.056 0.004 0.004 0.013 53 V 0.008 0.115 0.203 0.587 0.006 0.013 0.004 0.005 0.003 0.001 0.005 0.008 0.026 0.001 0.002 0.013 54 E 0.014 0.015 0.036 0.306 0.285 0.152 0.108 0.002 0.004 0.008 0.006 0.006 0.017 0.030 0.001 0.010 55 P 0.011 0.141 0.132 0.267 0.008 0.063 0.005 0.278 0.002 0.002 0.028 0.005 0.016 0.001 0.039 0.003 56 G 0.006 0.053 0.021 0.238 0.008 0.127 0.004 0.011 0.183 0.186 0.063 0.042 0.017 0.002 0.002 0.037 57 E 0.378 0.112 0.072 0.224 0.006 0.021 0.007 0.008 0.008 0.002 0.083 0.039 0.024 0.002 0.004 0.011 58 Y 0.019 0.058 0.415 0.382 0.002 0.028 0.003 0.006 0.008 0.003 0.006 0.033 0.020 0.001 0.004 0.012 59 D 0.015 0.044 0.107 0.218 0.010 0.488 0.009 0.003 0.002 0.008 0.014 0.022 0.055 0.001 0.001 0.004 60 P 0.005 0.047 0.017 0.122 0.008 0.214 0.002 0.012 0.001 0.001 0.487 0.019 0.060 0.002 0.001 0.002 61 P 0.004 0.076 0.030 0.150 0.006 0.050 0.005 0.013 0.009 0.003 0.142 0.405 0.092 0.004 0.005 0.005 62 E 0.014 0.173 0.124 0.316 0.003 0.011 0.015 0.004 0.016 0.002 0.007 0.077 0.169 0.006 0.018 0.046 63 M 0.020 0.013 0.350 0.281 0.005 0.043 0.025 0.003 0.003 0.001 0.009 0.006 0.187 0.003 0.007 0.044 64 K 0.023 0.093 0.397 0.207 0.008 0.100 0.009 0.010 0.002 0.003 0.023 0.010 0.097 0.002 0.003 0.015 65 Y 0.025 0.031 0.036 0.229 0.115 0.291 0.033 0.012 0.008 0.007 0.084 0.020 0.056 0.041 0.002 0.009 66 T 0.010 0.310 0.085 0.216 0.006 0.038 0.005 0.106 0.006 0.002 0.052 0.049 0.055 0.001 0.052 0.006 67 N 0.014 0.077 0.068 0.241 0.010 0.087 0.007 0.011 0.101 0.035 0.039 0.043 0.090 0.006 0.004 0.166 68 V 0.203 0.034 0.237 0.138 0.010 0.117 0.027 0.009 0.003 0.002 0.068 0.033 0.099 0.005 0.007 0.007 69 K 0.008 0.485 0.207 0.172 0.001 0.015 0.003 0.012 0.004 0.002 0.009 0.035 0.027 0.001 0.008 0.011 70 K 0.023 0.011 0.085 0.830 0.001 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.004 0.002 0.010 0.001 0.001 0.016 71 V 0.032 0.007 0.569 0.372 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 72 K 0.001 0.015 0.040 0.931 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 I 0.001 0.002 0.003 0.314 0.005 0.666 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 74 K 0.001 0.867 0.006 0.111 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 75 K 0.001 0.003 0.004 0.970 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 76 V 0.004 0.014 0.732 0.222 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 77 Y 0.001 0.009 0.012 0.956 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 78 F 0.001 0.012 0.012 0.626 0.029 0.284 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 79 E 0.002 0.142 0.013 0.725 0.013 0.033 0.001 0.016 0.002 0.001 0.029 0.006 0.014 0.001 0.001 0.002 80 T 0.007 0.047 0.021 0.287 0.173 0.280 0.016 0.010 0.024 0.012 0.018 0.043 0.037 0.010 0.002 0.014 81 L 0.009 0.060 0.066 0.051 0.299 0.048 0.202 0.031 0.001 0.002 0.090 0.008 0.034 0.083 0.009 0.005 82 D 0.004 0.057 0.018 0.040 0.004 0.037 0.006 0.541 0.016 0.013 0.017 0.030 0.015 0.003 0.190 0.010 83 N 0.030 0.069 0.039 0.065 0.001 0.007 0.004 0.004 0.369 0.054 0.018 0.009 0.020 0.002 0.006 0.304 84 V 0.718 0.021 0.124 0.086 0.001 0.005 0.003 0.001 0.004 0.001 0.003 0.014 0.008 0.001 0.001 0.009 85 R 0.015 0.014 0.765 0.177 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 86 V 0.008 0.019 0.104 0.797 0.007 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.006 0.001 0.001 0.003 87 V 0.004 0.041 0.049 0.759 0.057 0.061 0.005 0.002 0.001 0.001 0.008 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 88 T 0.004 0.077 0.030 0.599 0.021 0.153 0.003 0.051 0.002 0.004 0.017 0.015 0.018 0.001 0.003 0.002 89 D 0.002 0.033 0.007 0.050 0.007 0.694 0.001 0.015 0.010 0.023 0.102 0.024 0.027 0.001 0.001 0.004 90 Y 0.011 0.023 0.009 0.017 0.002 0.037 0.001 0.007 0.003 0.003 0.705 0.115 0.064 0.001 0.001 0.001 91 S 0.001 0.009 0.007 0.005 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.800 0.096 0.001 0.002 0.001 92 E 0.002 0.004 0.005 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.054 0.775 0.001 0.001 0.008 93 F 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.138 0.830 0.001 0.001 0.001 94 Q 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.963 0.001 0.001 0.001 95 K 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 96 I 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.965 0.004 0.001 0.004 97 L 0.001 0.007 0.016 0.028 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.889 0.006 0.020 0.012 98 K 0.002 0.004 0.029 0.015 0.002 0.012 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.849 0.015 0.008 0.049 99 K 0.009 0.005 0.012 0.006 0.034 0.011 0.113 0.002 0.001 0.001 0.022 0.003 0.154 0.600 0.006 0.020 100 R 0.003 0.040 0.034 0.009 0.001 0.006 0.009 0.082 0.001 0.001 0.018 0.015 0.108 0.005 0.656 0.012 101 G 0.012 0.026 0.056 0.026 0.003 0.010 0.018 0.003 0.095 0.034 0.012 0.021 0.121 0.013 0.008 0.543 102 T 0.648 0.026 0.084 0.060 0.001 0.019 0.006 0.006 0.002 0.001 0.015 0.027 0.084 0.001 0.009 0.009 103 K 0.017 0.083 0.360 0.131 0.005 0.137 0.009 0.006 0.007 0.006 0.048 0.040 0.113 0.005 0.004 0.029 104 L 0.024 0.050 0.086 0.360 0.016 0.119 0.010 0.009 0.003 0.002 0.101 0.064 0.141 0.003 0.005 0.006 105 E 0.007 0.118 0.129 0.332 0.025 0.070 0.013 0.017 0.006 0.003 0.036 0.079 0.136 0.010 0.006 0.012 106 H 0.014 0.032 0.082 0.356 0.027 0.100 0.018 0.030 0.009 0.006 0.040 0.032 0.202 0.011 0.018 0.021 107 H 0.018 0.068 0.151 0.200 0.029 0.083 0.030 0.026 0.013 0.010 0.069 0.037 0.201 0.015 0.017 0.035 108 H 0.041 0.068 0.092 0.207 0.028 0.091 0.028 0.037 0.016 0.010 0.063 0.066 0.180 0.017 0.022 0.036 109 H 0.036 0.082 0.141 0.164 0.038 0.087 0.037 0.026 0.019 0.012 0.061 0.057 0.151 0.023 0.020 0.045 110 H 0.035 0.074 0.118 0.121 0.063 0.103 0.070 0.033 0.013 0.011 0.066 0.061 0.137 0.033 0.027 0.034 111 H 0.029 0.097 0.115 0.101 0.030 0.094 0.042 0.073 0.018 0.014 0.093 0.070 0.123 0.019 0.049 0.036