# TARGET T0460 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0460.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.18387 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.003 0.031 0.020 0.060 0.003 0.125 0.060 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.042 0.035 0.189 0.082 0.096 0.240 0.001 2 N 0.001 0.002 0.020 0.019 0.039 0.002 0.048 0.061 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.021 0.074 0.089 0.274 0.320 0.001 3 S 0.001 0.001 0.007 0.006 0.015 0.003 0.011 0.099 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.006 0.749 0.020 0.022 0.041 0.001 4 E 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.040 0.064 0.775 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.083 0.006 0.006 0.008 0.001 5 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.003 0.037 0.862 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.020 0.017 0.006 0.010 0.001 6 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.001 0.019 0.845 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.005 0.072 0.005 0.006 0.009 0.001 7 K 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.011 0.018 0.894 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.052 0.002 0.001 0.003 0.001 8 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.043 0.049 0.865 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 9 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.060 0.756 0.036 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.086 0.019 0.007 0.004 0.001 10 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.003 0.045 0.645 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.219 0.021 0.009 0.030 0.001 11 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.062 0.119 0.693 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.015 0.002 0.006 0.001 12 D 0.001 0.001 0.004 0.007 0.009 0.077 0.115 0.325 0.173 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.136 0.038 0.033 0.015 0.001 13 I 0.001 0.002 0.007 0.005 0.057 0.001 0.093 0.142 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.364 0.057 0.061 0.172 0.001 14 G 0.001 0.002 0.010 0.010 0.019 0.009 0.242 0.119 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.013 0.191 0.158 0.076 0.124 0.001 15 E 0.002 0.003 0.017 0.011 0.036 0.031 0.087 0.161 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.020 0.321 0.101 0.055 0.110 0.001 16 D 0.006 0.009 0.043 0.031 0.055 0.015 0.096 0.339 0.008 0.003 0.002 0.002 0.004 0.004 0.024 0.018 0.110 0.037 0.087 0.106 0.002 17 Y 0.011 0.018 0.012 0.012 0.269 0.002 0.054 0.260 0.002 0.001 0.002 0.003 0.006 0.011 0.030 0.088 0.090 0.056 0.033 0.033 0.005 18 I 0.038 0.063 0.102 0.073 0.038 0.007 0.088 0.318 0.003 0.001 0.007 0.008 0.014 0.022 0.087 0.028 0.033 0.017 0.016 0.031 0.005 19 E 0.075 0.094 0.032 0.055 0.265 0.009 0.036 0.172 0.009 0.002 0.014 0.011 0.028 0.026 0.019 0.048 0.022 0.032 0.022 0.021 0.009 20 L 0.067 0.084 0.092 0.165 0.162 0.003 0.023 0.090 0.018 0.008 0.010 0.010 0.023 0.017 0.072 0.024 0.042 0.017 0.037 0.032 0.005 21 E 0.053 0.073 0.061 0.098 0.176 0.003 0.082 0.060 0.010 0.004 0.006 0.006 0.014 0.010 0.064 0.027 0.140 0.026 0.032 0.049 0.006 22 N 0.041 0.060 0.059 0.088 0.161 0.013 0.168 0.043 0.008 0.003 0.006 0.005 0.010 0.005 0.026 0.021 0.094 0.086 0.031 0.068 0.004 23 E 0.035 0.059 0.065 0.094 0.213 0.011 0.111 0.039 0.006 0.003 0.007 0.005 0.015 0.006 0.028 0.034 0.068 0.091 0.050 0.052 0.007 24 I 0.071 0.088 0.157 0.140 0.194 0.006 0.032 0.026 0.003 0.003 0.009 0.005 0.019 0.004 0.029 0.016 0.046 0.035 0.057 0.053 0.009 25 H 0.068 0.085 0.159 0.180 0.184 0.003 0.021 0.012 0.003 0.002 0.011 0.008 0.018 0.006 0.038 0.018 0.046 0.024 0.053 0.050 0.008 26 L 0.064 0.077 0.082 0.098 0.322 0.001 0.028 0.005 0.003 0.001 0.007 0.008 0.015 0.007 0.048 0.035 0.064 0.022 0.039 0.070 0.006 27 K 0.039 0.041 0.157 0.207 0.095 0.001 0.015 0.006 0.001 0.001 0.004 0.005 0.008 0.004 0.062 0.015 0.059 0.018 0.063 0.195 0.003 28 P 0.026 0.039 0.031 0.044 0.388 0.002 0.022 0.018 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.004 0.015 0.030 0.163 0.032 0.037 0.133 0.003 29 E 0.053 0.065 0.122 0.082 0.085 0.010 0.118 0.147 0.001 0.001 0.009 0.007 0.019 0.006 0.045 0.018 0.081 0.038 0.042 0.045 0.005 30 V 0.084 0.081 0.073 0.058 0.187 0.004 0.047 0.202 0.002 0.001 0.010 0.009 0.027 0.007 0.026 0.026 0.060 0.039 0.025 0.028 0.006 31 F 0.093 0.129 0.044 0.054 0.164 0.001 0.027 0.305 0.001 0.001 0.010 0.010 0.021 0.007 0.035 0.019 0.028 0.013 0.015 0.018 0.005 32 Y 0.114 0.192 0.047 0.069 0.048 0.006 0.014 0.388 0.003 0.001 0.007 0.007 0.016 0.006 0.020 0.004 0.039 0.006 0.004 0.007 0.003 33 E 0.104 0.139 0.014 0.027 0.077 0.022 0.016 0.524 0.008 0.001 0.007 0.005 0.015 0.002 0.004 0.004 0.020 0.004 0.002 0.002 0.002 34 V 0.048 0.102 0.008 0.029 0.121 0.004 0.026 0.580 0.006 0.003 0.003 0.004 0.013 0.005 0.008 0.006 0.018 0.006 0.003 0.005 0.002 35 W 0.047 0.108 0.017 0.024 0.090 0.003 0.056 0.535 0.005 0.003 0.004 0.004 0.006 0.004 0.020 0.008 0.035 0.010 0.004 0.013 0.002 36 K 0.051 0.069 0.049 0.093 0.039 0.087 0.099 0.311 0.044 0.015 0.006 0.003 0.009 0.003 0.010 0.003 0.066 0.019 0.009 0.011 0.004 37 Y 0.027 0.024 0.020 0.053 0.173 0.041 0.135 0.086 0.115 0.079 0.006 0.004 0.010 0.002 0.006 0.008 0.103 0.051 0.034 0.019 0.004 38 V 0.011 0.018 0.094 0.083 0.070 0.002 0.120 0.018 0.006 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 0.006 0.113 0.051 0.104 0.268 0.001 39 G 0.002 0.003 0.015 0.015 0.142 0.001 0.028 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.147 0.169 0.148 0.299 0.001 40 E 0.002 0.002 0.069 0.052 0.026 0.003 0.015 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.004 0.242 0.019 0.125 0.414 0.001 41 P 0.003 0.004 0.016 0.012 0.229 0.003 0.075 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.021 0.263 0.040 0.061 0.231 0.001 42 E 0.009 0.015 0.089 0.079 0.100 0.005 0.281 0.037 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.004 0.051 0.024 0.083 0.078 0.072 0.061 0.002 43 L 0.048 0.049 0.071 0.052 0.217 0.002 0.128 0.030 0.001 0.001 0.009 0.007 0.019 0.016 0.056 0.077 0.064 0.038 0.059 0.049 0.007 44 K 0.107 0.120 0.194 0.196 0.084 0.002 0.029 0.007 0.001 0.001 0.013 0.010 0.033 0.021 0.085 0.019 0.019 0.013 0.015 0.021 0.011 45 T 0.150 0.228 0.020 0.028 0.320 0.001 0.013 0.005 0.001 0.001 0.015 0.016 0.039 0.028 0.017 0.063 0.006 0.010 0.010 0.012 0.018 46 Y 0.222 0.227 0.128 0.106 0.039 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.024 0.022 0.055 0.037 0.081 0.013 0.004 0.005 0.008 0.006 0.014 47 V 0.175 0.200 0.029 0.032 0.210 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.027 0.029 0.087 0.076 0.028 0.041 0.005 0.005 0.010 0.005 0.030 48 I 0.142 0.154 0.084 0.071 0.053 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.022 0.024 0.051 0.086 0.232 0.027 0.009 0.003 0.007 0.009 0.014 49 E 0.083 0.126 0.040 0.102 0.121 0.001 0.018 0.006 0.001 0.001 0.020 0.018 0.046 0.097 0.158 0.059 0.044 0.016 0.010 0.020 0.014 50 D 0.073 0.096 0.044 0.105 0.203 0.008 0.035 0.009 0.004 0.002 0.025 0.017 0.046 0.042 0.051 0.075 0.027 0.031 0.043 0.056 0.008 51 E 0.048 0.052 0.149 0.143 0.095 0.014 0.037 0.009 0.004 0.002 0.013 0.008 0.040 0.029 0.096 0.037 0.076 0.037 0.047 0.052 0.011 52 I 0.036 0.042 0.047 0.065 0.227 0.005 0.066 0.008 0.002 0.002 0.012 0.009 0.024 0.020 0.055 0.071 0.075 0.064 0.080 0.077 0.014 53 V 0.020 0.019 0.130 0.087 0.082 0.001 0.024 0.003 0.002 0.001 0.005 0.005 0.010 0.018 0.159 0.030 0.058 0.043 0.115 0.187 0.004 54 E 0.004 0.004 0.044 0.044 0.043 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.021 0.020 0.056 0.008 0.121 0.618 0.001 55 P 0.001 0.002 0.006 0.010 0.162 0.001 0.032 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.043 0.454 0.024 0.041 0.185 0.001 56 G 0.001 0.002 0.034 0.031 0.029 0.004 0.442 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.030 0.016 0.090 0.048 0.082 0.173 0.001 57 E 0.002 0.002 0.049 0.029 0.070 0.004 0.134 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 0.030 0.177 0.140 0.155 0.176 0.001 58 Y 0.002 0.002 0.044 0.031 0.105 0.001 0.093 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.031 0.038 0.130 0.092 0.152 0.268 0.001 59 D 0.001 0.001 0.031 0.029 0.027 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.009 0.029 0.034 0.229 0.574 0.001 60 P 0.001 0.001 0.018 0.019 0.022 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.006 0.556 0.014 0.097 0.234 0.001 61 P 0.001 0.001 0.005 0.006 0.016 0.016 0.099 0.170 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.630 0.009 0.008 0.033 0.001 62 E 0.001 0.002 0.002 0.003 0.016 0.008 0.602 0.301 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.023 0.005 0.006 0.001 63 M 0.007 0.015 0.025 0.018 0.131 0.002 0.171 0.403 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.035 0.049 0.036 0.081 0.001 64 K 0.027 0.031 0.079 0.076 0.200 0.008 0.105 0.213 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 0.010 0.084 0.025 0.040 0.070 0.001 65 Y 0.032 0.031 0.044 0.143 0.210 0.010 0.167 0.042 0.032 0.014 0.002 0.001 0.003 0.001 0.016 0.006 0.108 0.038 0.063 0.037 0.001 66 T 0.020 0.022 0.051 0.050 0.184 0.004 0.263 0.026 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.013 0.146 0.045 0.041 0.112 0.001 67 N 0.006 0.012 0.055 0.072 0.078 0.005 0.159 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.013 0.052 0.256 0.140 0.111 0.001 68 V 0.012 0.016 0.022 0.018 0.469 0.001 0.037 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.013 0.064 0.055 0.077 0.131 0.067 0.002 69 K 0.030 0.024 0.457 0.172 0.028 0.002 0.026 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.001 0.130 0.010 0.029 0.009 0.032 0.030 0.003 70 K 0.041 0.080 0.017 0.039 0.602 0.001 0.018 0.003 0.001 0.001 0.006 0.005 0.013 0.005 0.012 0.062 0.011 0.032 0.023 0.017 0.013 71 V 0.105 0.119 0.138 0.111 0.157 0.001 0.012 0.004 0.001 0.001 0.017 0.016 0.030 0.013 0.117 0.081 0.005 0.010 0.035 0.022 0.005 72 K 0.080 0.096 0.192 0.212 0.120 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.012 0.009 0.033 0.017 0.126 0.037 0.009 0.008 0.019 0.016 0.008 73 I 0.095 0.085 0.020 0.037 0.510 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.018 0.017 0.029 0.011 0.028 0.075 0.008 0.008 0.022 0.015 0.010 74 K 0.087 0.091 0.185 0.156 0.037 0.001 0.019 0.003 0.001 0.001 0.010 0.010 0.033 0.022 0.273 0.019 0.018 0.010 0.009 0.011 0.007 75 K 0.113 0.188 0.028 0.056 0.276 0.002 0.013 0.005 0.001 0.001 0.021 0.015 0.048 0.023 0.022 0.092 0.009 0.027 0.024 0.017 0.018 76 V 0.143 0.162 0.065 0.056 0.120 0.001 0.006 0.010 0.001 0.001 0.020 0.025 0.060 0.072 0.136 0.058 0.012 0.010 0.017 0.012 0.015 77 Y 0.129 0.221 0.061 0.063 0.114 0.001 0.007 0.011 0.001 0.001 0.017 0.016 0.059 0.064 0.145 0.051 0.008 0.004 0.006 0.006 0.018 78 F 0.234 0.236 0.050 0.065 0.114 0.002 0.008 0.012 0.001 0.001 0.025 0.024 0.045 0.041 0.069 0.026 0.009 0.004 0.007 0.008 0.020 79 E 0.156 0.228 0.083 0.122 0.107 0.004 0.014 0.023 0.002 0.001 0.020 0.017 0.053 0.039 0.058 0.019 0.017 0.008 0.007 0.011 0.012 80 T 0.107 0.160 0.044 0.110 0.265 0.005 0.021 0.022 0.007 0.004 0.016 0.011 0.030 0.015 0.029 0.041 0.015 0.019 0.041 0.031 0.008 81 L 0.059 0.058 0.118 0.187 0.141 0.002 0.016 0.007 0.017 0.010 0.006 0.005 0.012 0.007 0.087 0.016 0.119 0.022 0.063 0.045 0.003 82 D 0.028 0.032 0.058 0.073 0.166 0.007 0.162 0.008 0.011 0.006 0.004 0.003 0.010 0.005 0.034 0.028 0.201 0.028 0.035 0.099 0.003 83 N 0.016 0.028 0.034 0.046 0.141 0.004 0.296 0.003 0.002 0.001 0.003 0.003 0.007 0.005 0.038 0.030 0.060 0.160 0.045 0.070 0.005 84 V 0.033 0.048 0.064 0.041 0.220 0.002 0.051 0.004 0.001 0.001 0.008 0.006 0.015 0.015 0.050 0.135 0.025 0.097 0.091 0.086 0.011 85 R 0.062 0.063 0.266 0.104 0.066 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.024 0.012 0.042 0.040 0.161 0.036 0.010 0.016 0.043 0.026 0.021 86 V 0.105 0.101 0.047 0.040 0.150 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.051 0.037 0.109 0.117 0.070 0.059 0.007 0.006 0.023 0.014 0.057 87 V 0.075 0.077 0.073 0.082 0.041 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.040 0.039 0.059 0.148 0.250 0.058 0.008 0.004 0.012 0.010 0.017 88 T 0.049 0.062 0.046 0.091 0.114 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.017 0.021 0.065 0.124 0.113 0.132 0.043 0.014 0.028 0.053 0.010 89 D 0.018 0.022 0.031 0.049 0.156 0.002 0.026 0.023 0.004 0.001 0.008 0.009 0.015 0.021 0.053 0.074 0.071 0.049 0.112 0.254 0.002 90 Y 0.003 0.003 0.017 0.019 0.023 0.001 0.028 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.120 0.018 0.572 0.040 0.039 0.060 0.001 91 S 0.002 0.002 0.012 0.011 0.008 0.019 0.049 0.486 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.298 0.018 0.017 0.060 0.001 92 E 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.024 0.063 0.777 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.091 0.014 0.006 0.007 0.001 93 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.014 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.007 0.002 0.006 0.001 94 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.002 0.001 95 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.007 0.960 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 96 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.016 0.947 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 97 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.022 0.918 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 0.005 0.002 0.006 0.001 98 K 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.026 0.081 0.768 0.040 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.010 0.004 0.006 0.001 99 K 0.001 0.001 0.004 0.009 0.014 0.030 0.190 0.198 0.237 0.111 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.132 0.031 0.022 0.014 0.001 100 R 0.001 0.001 0.006 0.006 0.024 0.003 0.423 0.055 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.208 0.073 0.066 0.108 0.001 101 G 0.001 0.001 0.006 0.005 0.025 0.004 0.160 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.110 0.426 0.121 0.102 0.001 102 T 0.002 0.002 0.036 0.017 0.043 0.008 0.042 0.037 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.038 0.146 0.102 0.202 0.291 0.001 103 K 0.004 0.006 0.047 0.026 0.129 0.004 0.041 0.089 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.006 0.069 0.050 0.113 0.053 0.178 0.171 0.003 104 L 0.007 0.007 0.046 0.045 0.086 0.005 0.054 0.093 0.003 0.001 0.005 0.005 0.008 0.020 0.150 0.076 0.151 0.038 0.111 0.085 0.004 105 E 0.009 0.013 0.046 0.047 0.078 0.008 0.110 0.104 0.004 0.001 0.005 0.005 0.010 0.031 0.132 0.070 0.148 0.036 0.052 0.088 0.003 106 H 0.009 0.012 0.030 0.054 0.102 0.015 0.158 0.081 0.008 0.002 0.004 0.004 0.011 0.019 0.057 0.062 0.128 0.071 0.078 0.092 0.003 107 H 0.007 0.010 0.037 0.038 0.093 0.006 0.112 0.073 0.006 0.002 0.002 0.003 0.005 0.009 0.069 0.037 0.191 0.074 0.093 0.132 0.002 108 H 0.006 0.008 0.041 0.042 0.073 0.010 0.153 0.058 0.007 0.003 0.002 0.002 0.004 0.005 0.049 0.030 0.195 0.076 0.105 0.128 0.002 109 H 0.006 0.007 0.041 0.038 0.089 0.010 0.130 0.047 0.007 0.003 0.002 0.002 0.004 0.005 0.044 0.034 0.201 0.089 0.102 0.138 0.002 110 H 0.006 0.008 0.042 0.041 0.092 0.007 0.152 0.041 0.004 0.002 0.002 0.002 0.004 0.005 0.048 0.035 0.170 0.085 0.099 0.153 0.002 111 H 0.007 0.008 0.049 0.045 0.107 0.007 0.088 0.034 0.004 0.002 0.003 0.002 0.004 0.005 0.052 0.040 0.124 0.104 0.149 0.164 0.002