# TARGET T0459 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0459.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 875 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.007 0.029 0.253 0.006 0.159 0.154 0.001 0.001 0.006 0.154 0.189 0.016 0.027 2 N 0.014 0.034 0.188 0.009 0.237 0.134 0.002 0.001 0.006 0.104 0.224 0.018 0.029 3 A 0.023 0.016 0.136 0.006 0.324 0.117 0.002 0.001 0.005 0.108 0.213 0.013 0.035 4 M 0.050 0.025 0.115 0.005 0.192 0.131 0.005 0.002 0.013 0.097 0.284 0.038 0.042 5 L 0.057 0.041 0.261 0.007 0.096 0.099 0.004 0.002 0.012 0.138 0.184 0.031 0.067 6 R 0.020 0.042 0.416 0.004 0.028 0.063 0.002 0.001 0.012 0.191 0.110 0.052 0.060 7 Y 0.007 0.029 0.358 0.006 0.027 0.047 0.001 0.001 0.004 0.232 0.217 0.018 0.053 8 G 0.002 0.023 0.310 0.003 0.025 0.031 0.001 0.001 0.002 0.332 0.231 0.022 0.019 9 D 0.001 0.016 0.545 0.004 0.028 0.032 0.001 0.001 0.001 0.249 0.103 0.005 0.015 10 T 0.001 0.022 0.390 0.002 0.078 0.067 0.001 0.001 0.002 0.218 0.193 0.009 0.017 11 E 0.002 0.030 0.273 0.001 0.117 0.108 0.001 0.001 0.003 0.165 0.274 0.012 0.014 12 I 0.003 0.023 0.330 0.001 0.154 0.098 0.001 0.001 0.002 0.174 0.189 0.006 0.018 13 C 0.002 0.021 0.307 0.002 0.096 0.106 0.001 0.001 0.002 0.201 0.243 0.008 0.012 14 I 0.002 0.024 0.322 0.002 0.045 0.148 0.001 0.001 0.001 0.219 0.219 0.005 0.012 15 D 0.001 0.012 0.483 0.001 0.017 0.195 0.001 0.001 0.001 0.232 0.043 0.007 0.009 16 P 0.001 0.006 0.150 0.001 0.018 0.711 0.001 0.001 0.001 0.037 0.069 0.001 0.006 17 S 0.001 0.001 0.009 0.001 0.007 0.958 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 19 S 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 20 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 21 L 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 22 H 0.002 0.001 0.005 0.001 0.009 0.950 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.001 0.001 23 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.939 0.001 0.001 0.001 0.004 0.044 0.001 0.001 24 L 0.001 0.003 0.007 0.001 0.005 0.894 0.001 0.001 0.001 0.011 0.077 0.001 0.001 25 G 0.001 0.001 0.033 0.001 0.008 0.655 0.001 0.001 0.001 0.027 0.273 0.001 0.001 26 K 0.001 0.001 0.050 0.001 0.011 0.367 0.001 0.001 0.001 0.111 0.459 0.001 0.001 27 K 0.001 0.002 0.102 0.001 0.026 0.612 0.001 0.001 0.001 0.101 0.149 0.001 0.004 28 Y 0.003 0.006 0.119 0.001 0.012 0.787 0.001 0.001 0.008 0.031 0.017 0.005 0.010 29 T 0.006 0.002 0.039 0.003 0.006 0.886 0.002 0.002 0.010 0.016 0.008 0.012 0.008 30 M 0.007 0.001 0.006 0.001 0.003 0.946 0.002 0.005 0.012 0.004 0.002 0.002 0.009 31 L 0.013 0.001 0.002 0.001 0.003 0.960 0.004 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.002 32 I 0.021 0.001 0.001 0.001 0.003 0.952 0.005 0.006 0.005 0.001 0.003 0.001 0.003 33 I 0.012 0.001 0.002 0.001 0.006 0.962 0.003 0.003 0.002 0.001 0.005 0.001 0.002 34 S 0.008 0.001 0.006 0.001 0.009 0.946 0.002 0.001 0.002 0.004 0.016 0.003 0.003 35 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 36 L 0.004 0.001 0.006 0.001 0.009 0.910 0.002 0.001 0.001 0.007 0.055 0.002 0.002 37 G 0.001 0.003 0.025 0.001 0.013 0.565 0.003 0.001 0.001 0.012 0.372 0.002 0.003 38 N 0.001 0.001 0.090 0.001 0.016 0.267 0.001 0.001 0.001 0.049 0.571 0.001 0.002 39 G 0.001 0.002 0.182 0.001 0.054 0.184 0.001 0.001 0.001 0.212 0.359 0.002 0.003 40 S 0.001 0.010 0.263 0.001 0.094 0.073 0.001 0.001 0.002 0.256 0.294 0.001 0.006 41 T 0.001 0.004 0.357 0.006 0.037 0.019 0.001 0.001 0.005 0.492 0.067 0.008 0.004 42 R 0.001 0.030 0.727 0.005 0.021 0.017 0.001 0.001 0.054 0.063 0.041 0.002 0.039 43 Q 0.002 0.120 0.535 0.002 0.004 0.018 0.006 0.001 0.106 0.086 0.011 0.075 0.036 44 N 0.001 0.039 0.740 0.001 0.003 0.039 0.001 0.001 0.058 0.053 0.008 0.002 0.055 45 F 0.001 0.001 0.044 0.001 0.024 0.836 0.001 0.001 0.001 0.017 0.075 0.001 0.001 46 N 0.001 0.001 0.023 0.001 0.042 0.849 0.001 0.001 0.001 0.017 0.067 0.001 0.001 47 D 0.001 0.001 0.015 0.001 0.074 0.880 0.001 0.001 0.001 0.007 0.023 0.001 0.001 48 I 0.001 0.002 0.012 0.001 0.027 0.934 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.001 0.001 49 R 0.001 0.003 0.012 0.001 0.057 0.815 0.001 0.001 0.001 0.005 0.103 0.001 0.001 50 S 0.001 0.001 0.014 0.001 0.034 0.605 0.001 0.001 0.001 0.015 0.327 0.001 0.002 51 S 0.001 0.010 0.074 0.001 0.049 0.652 0.001 0.001 0.001 0.053 0.152 0.001 0.005 52 I 0.001 0.023 0.329 0.001 0.058 0.330 0.001 0.001 0.003 0.191 0.050 0.004 0.011 53 P 0.001 0.001 0.099 0.003 0.155 0.117 0.001 0.001 0.001 0.102 0.520 0.001 0.001 54 G 0.001 0.004 0.052 0.001 0.106 0.085 0.001 0.001 0.001 0.141 0.606 0.001 0.002 55 I 0.001 0.059 0.421 0.001 0.051 0.170 0.001 0.001 0.006 0.188 0.083 0.005 0.016 56 S 0.001 0.016 0.497 0.001 0.013 0.291 0.001 0.001 0.007 0.148 0.022 0.001 0.004 57 S 0.001 0.001 0.008 0.001 0.025 0.921 0.001 0.001 0.001 0.010 0.036 0.001 0.001 58 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 59 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 61 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 63 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 64 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 67 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 68 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 69 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.013 0.902 0.001 0.001 0.001 0.004 0.076 0.001 0.001 70 S 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 0.237 0.001 0.001 0.001 0.010 0.731 0.001 0.001 71 G 0.001 0.001 0.024 0.001 0.008 0.026 0.001 0.001 0.001 0.020 0.919 0.001 0.001 72 L 0.002 0.007 0.739 0.002 0.014 0.029 0.002 0.001 0.005 0.083 0.026 0.021 0.070 73 V 0.012 0.059 0.211 0.006 0.016 0.030 0.011 0.001 0.058 0.066 0.019 0.215 0.294 74 E 0.036 0.029 0.152 0.014 0.014 0.019 0.022 0.001 0.027 0.059 0.029 0.216 0.383 75 R 0.016 0.024 0.317 0.022 0.006 0.011 0.014 0.001 0.023 0.052 0.022 0.197 0.297 76 R 0.002 0.015 0.433 0.014 0.003 0.002 0.002 0.001 0.011 0.126 0.033 0.086 0.274 77 S 0.001 0.020 0.604 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.225 0.056 0.032 0.043 78 G 0.001 0.003 0.816 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.022 0.012 0.013 79 Q 0.001 0.009 0.793 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.084 0.019 0.020 0.059 80 I 0.030 0.012 0.485 0.019 0.001 0.001 0.005 0.001 0.039 0.063 0.013 0.117 0.215 81 T 0.143 0.004 0.145 0.008 0.001 0.001 0.024 0.001 0.034 0.026 0.002 0.301 0.311 82 T 0.256 0.004 0.039 0.012 0.001 0.001 0.050 0.003 0.039 0.008 0.001 0.162 0.426 83 Y 0.331 0.002 0.037 0.016 0.001 0.001 0.078 0.006 0.022 0.007 0.001 0.305 0.193 84 A 0.392 0.003 0.036 0.003 0.001 0.001 0.057 0.004 0.019 0.004 0.002 0.219 0.259 85 L 0.183 0.022 0.186 0.006 0.009 0.004 0.019 0.003 0.021 0.045 0.010 0.073 0.420 86 T 0.009 0.008 0.682 0.004 0.009 0.014 0.001 0.001 0.014 0.139 0.018 0.038 0.065 87 E 0.001 0.002 0.129 0.002 0.077 0.271 0.001 0.001 0.001 0.201 0.303 0.003 0.011 88 K 0.001 0.001 0.060 0.001 0.077 0.338 0.001 0.001 0.001 0.136 0.384 0.001 0.001 89 G 0.001 0.002 0.048 0.001 0.177 0.565 0.001 0.001 0.001 0.049 0.155 0.001 0.002 90 M 0.001 0.003 0.133 0.001 0.077 0.699 0.001 0.001 0.001 0.041 0.043 0.001 0.002 91 N 0.001 0.012 0.078 0.001 0.055 0.714 0.001 0.001 0.001 0.037 0.093 0.002 0.006 92 V 0.001 0.006 0.036 0.001 0.012 0.885 0.001 0.001 0.001 0.028 0.030 0.001 0.002 93 R 0.001 0.001 0.010 0.001 0.008 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 94 N 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 95 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 96 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 97 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 98 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 99 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 101 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 102 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 103 I 0.001 0.001 0.011 0.001 0.006 0.948 0.001 0.001 0.001 0.007 0.027 0.001 0.001 104 S 0.001 0.001 0.015 0.001 0.041 0.880 0.001 0.001 0.001 0.008 0.053 0.001 0.001 105 V 0.001 0.001 0.010 0.001 0.030 0.795 0.001 0.001 0.001 0.019 0.145 0.001 0.001 106 L 0.001 0.003 0.076 0.001 0.034 0.530 0.001 0.001 0.001 0.071 0.282 0.001 0.002 107 D 0.001 0.016 0.402 0.001 0.019 0.172 0.001 0.001 0.002 0.263 0.117 0.004 0.005 108 R 0.001 0.016 0.618 0.001 0.027 0.078 0.001 0.001 0.002 0.147 0.101 0.002 0.008 109 N 0.001 0.007 0.305 0.001 0.074 0.085 0.001 0.001 0.001 0.182 0.341 0.002 0.004 110 G 0.001 0.012 0.435 0.001 0.060 0.065 0.001 0.001 0.001 0.109 0.313 0.002 0.004 111 D 0.001 0.003 0.856 0.001 0.020 0.030 0.001 0.001 0.001 0.065 0.023 0.001 0.003