# TARGET T0459 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0459.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 70.3342 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.249 0.237 0.222 0.109 0.116 0.011 0.016 0.015 0.008 0.018 0.001 2 N 0.228 0.097 0.106 0.175 0.055 0.039 0.214 0.042 0.035 0.009 0.001 3 A 0.244 0.315 0.239 0.055 0.104 0.012 0.007 0.006 0.008 0.009 0.001 4 M 0.242 0.362 0.197 0.066 0.049 0.037 0.014 0.002 0.028 0.002 0.001 5 L 0.197 0.363 0.298 0.037 0.054 0.028 0.004 0.001 0.014 0.002 0.002 6 R 0.123 0.492 0.208 0.039 0.061 0.039 0.009 0.002 0.026 0.001 0.001 7 Y 0.136 0.325 0.306 0.119 0.034 0.028 0.010 0.002 0.038 0.002 0.001 8 G 0.073 0.033 0.117 0.023 0.191 0.004 0.044 0.184 0.005 0.325 0.001 9 D 0.115 0.081 0.306 0.157 0.051 0.151 0.070 0.006 0.052 0.005 0.006 10 T 0.427 0.121 0.134 0.246 0.033 0.016 0.009 0.004 0.007 0.002 0.001 11 E 0.397 0.144 0.171 0.146 0.053 0.028 0.024 0.008 0.022 0.007 0.001 12 I 0.269 0.244 0.181 0.200 0.034 0.027 0.013 0.003 0.028 0.001 0.001 13 C 0.177 0.285 0.241 0.107 0.084 0.035 0.029 0.007 0.026 0.008 0.001 14 I 0.185 0.240 0.354 0.109 0.035 0.048 0.007 0.002 0.016 0.004 0.001 15 D 0.048 0.167 0.472 0.005 0.085 0.048 0.013 0.001 0.148 0.012 0.001 16 P 0.915 0.001 0.044 0.017 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 17 S 0.940 0.003 0.008 0.042 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.979 0.002 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 S 0.992 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 H 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.811 0.001 0.002 0.184 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 G 0.597 0.002 0.036 0.046 0.006 0.002 0.077 0.166 0.002 0.065 0.001 26 K 0.672 0.009 0.039 0.215 0.005 0.018 0.034 0.006 0.002 0.001 0.001 27 K 0.634 0.059 0.052 0.222 0.010 0.011 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 28 Y 0.458 0.193 0.195 0.073 0.025 0.025 0.010 0.004 0.016 0.002 0.001 29 T 0.531 0.311 0.080 0.024 0.027 0.012 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 30 M 0.616 0.197 0.142 0.012 0.012 0.016 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 31 L 0.632 0.269 0.060 0.011 0.010 0.010 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 32 I 0.628 0.280 0.058 0.008 0.009 0.010 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 33 I 0.765 0.160 0.036 0.014 0.008 0.011 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 34 S 0.732 0.169 0.036 0.015 0.032 0.008 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 35 V 0.689 0.124 0.074 0.068 0.015 0.014 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 36 L 0.401 0.111 0.181 0.244 0.017 0.023 0.006 0.003 0.013 0.001 0.001 37 G 0.336 0.131 0.138 0.087 0.102 0.014 0.049 0.054 0.012 0.077 0.001 38 N 0.111 0.052 0.081 0.533 0.020 0.031 0.133 0.005 0.032 0.003 0.001 39 G 0.070 0.011 0.083 0.048 0.068 0.007 0.122 0.397 0.002 0.192 0.001 40 S 0.239 0.062 0.123 0.457 0.026 0.030 0.039 0.011 0.009 0.004 0.001 41 T 0.081 0.217 0.251 0.057 0.265 0.015 0.044 0.016 0.023 0.031 0.001 42 R 0.359 0.165 0.279 0.097 0.032 0.038 0.009 0.004 0.009 0.002 0.005 43 Q 0.086 0.488 0.229 0.095 0.055 0.023 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 44 N 0.015 0.234 0.533 0.007 0.053 0.096 0.006 0.001 0.052 0.003 0.001 45 F 0.974 0.002 0.005 0.011 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 N 0.970 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 D 0.958 0.002 0.002 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 I 0.968 0.002 0.005 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 R 0.961 0.006 0.010 0.017 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 50 S 0.902 0.010 0.011 0.073 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 S 0.532 0.018 0.039 0.374 0.005 0.007 0.015 0.003 0.005 0.001 0.001 52 I 0.056 0.139 0.208 0.007 0.007 0.015 0.022 0.001 0.545 0.001 0.001 53 P 0.267 0.001 0.699 0.010 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 54 G 0.163 0.008 0.035 0.058 0.026 0.003 0.040 0.606 0.001 0.060 0.001 55 I 0.419 0.167 0.311 0.056 0.021 0.017 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 56 S 0.335 0.102 0.422 0.018 0.040 0.046 0.003 0.002 0.023 0.011 0.001 57 S 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 T 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 I 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 R 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 I 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 D 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 L 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 I 0.985 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 D 0.968 0.003 0.004 0.021 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 S 0.266 0.009 0.018 0.695 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 71 G 0.015 0.001 0.009 0.009 0.027 0.001 0.129 0.713 0.002 0.094 0.001 72 L 0.088 0.258 0.498 0.042 0.051 0.051 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 73 V 0.015 0.770 0.105 0.016 0.046 0.029 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 74 E 0.015 0.758 0.109 0.017 0.057 0.020 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 75 R 0.024 0.565 0.274 0.010 0.050 0.042 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 76 R 0.051 0.545 0.175 0.038 0.061 0.046 0.009 0.001 0.072 0.001 0.001 77 S 0.054 0.271 0.403 0.084 0.102 0.030 0.014 0.004 0.026 0.008 0.002 78 G 0.017 0.074 0.133 0.013 0.347 0.002 0.016 0.094 0.005 0.298 0.001 79 Q 0.039 0.185 0.626 0.040 0.062 0.023 0.004 0.003 0.006 0.005 0.007 80 I 0.006 0.636 0.275 0.005 0.048 0.016 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 81 T 0.007 0.804 0.109 0.005 0.045 0.017 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 82 T 0.006 0.808 0.119 0.004 0.034 0.015 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 83 Y 0.003 0.784 0.099 0.001 0.052 0.023 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 84 A 0.004 0.608 0.245 0.001 0.016 0.047 0.003 0.001 0.076 0.001 0.001 85 L 0.028 0.240 0.568 0.016 0.019 0.108 0.003 0.001 0.014 0.001 0.003 86 T 0.022 0.234 0.530 0.004 0.156 0.028 0.001 0.001 0.017 0.007 0.001 87 E 0.983 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 K 0.883 0.002 0.009 0.104 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 G 0.854 0.002 0.013 0.066 0.003 0.002 0.027 0.027 0.002 0.004 0.001 90 M 0.949 0.006 0.021 0.017 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 N 0.904 0.011 0.025 0.034 0.003 0.012 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 92 V 0.915 0.001 0.001 0.081 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 R 0.984 0.002 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 N 0.989 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 S 0.984 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 L 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 M 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 P 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 Q 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 Y 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 I 0.986 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 S 0.989 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 V 0.913 0.009 0.004 0.069 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 L 0.627 0.022 0.032 0.281 0.002 0.011 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 107 D 0.408 0.116 0.202 0.076 0.029 0.061 0.058 0.006 0.036 0.007 0.001 108 R 0.584 0.071 0.112 0.159 0.016 0.028 0.010 0.003 0.010 0.005 0.001 109 N 0.162 0.038 0.147 0.492 0.019 0.022 0.076 0.008 0.033 0.004 0.001 110 G 0.039 0.004 0.032 0.019 0.031 0.002 0.075 0.594 0.001 0.202 0.001 111 D 0.134 0.113 0.354 0.191 0.025 0.106 0.032 0.003 0.038 0.003 0.002