# TARGET T0459 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0459.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 875 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.117 0.197 0.095 0.030 0.181 0.024 0.030 0.106 0.075 0.085 0.060 2 N 0.209 0.095 0.053 0.022 0.223 0.017 0.014 0.112 0.115 0.059 0.079 3 A 0.159 0.115 0.042 0.019 0.222 0.022 0.026 0.190 0.117 0.047 0.041 4 M 0.115 0.180 0.053 0.012 0.286 0.006 0.014 0.112 0.083 0.093 0.046 5 L 0.169 0.173 0.053 0.020 0.301 0.017 0.021 0.081 0.056 0.062 0.049 6 R 0.074 0.264 0.180 0.038 0.239 0.012 0.019 0.067 0.036 0.041 0.031 7 Y 0.069 0.165 0.079 0.034 0.130 0.027 0.075 0.242 0.101 0.050 0.028 8 G 0.035 0.121 0.078 0.041 0.086 0.052 0.092 0.213 0.123 0.126 0.033 9 D 0.154 0.099 0.051 0.016 0.240 0.015 0.033 0.123 0.092 0.102 0.075 10 T 0.030 0.078 0.042 0.018 0.068 0.017 0.035 0.289 0.274 0.126 0.023 11 E 0.023 0.081 0.037 0.019 0.054 0.026 0.103 0.282 0.195 0.157 0.024 12 I 0.050 0.110 0.039 0.021 0.085 0.023 0.049 0.183 0.161 0.224 0.055 13 C 0.034 0.103 0.069 0.034 0.077 0.029 0.073 0.245 0.168 0.139 0.029 14 I 0.050 0.134 0.099 0.033 0.067 0.026 0.045 0.146 0.120 0.228 0.052 15 D 0.025 0.329 0.185 0.031 0.112 0.014 0.018 0.179 0.060 0.031 0.017 16 P 0.014 0.151 0.041 0.002 0.032 0.001 0.007 0.571 0.130 0.041 0.010 17 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.841 0.138 0.014 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.939 0.056 0.001 0.001 19 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.953 0.039 0.002 0.001 20 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.928 0.067 0.003 0.001 21 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.887 0.104 0.005 0.001 22 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.905 0.074 0.001 0.001 23 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.088 0.841 0.046 0.014 0.001 24 L 0.013 0.096 0.105 0.072 0.050 0.042 0.067 0.326 0.121 0.098 0.011 25 G 0.006 0.070 0.069 0.224 0.008 0.106 0.076 0.299 0.079 0.057 0.005 26 K 0.002 0.012 0.029 0.022 0.004 0.052 0.068 0.463 0.151 0.188 0.008 27 K 0.006 0.032 0.013 0.002 0.014 0.006 0.035 0.585 0.271 0.030 0.006 28 Y 0.052 0.047 0.012 0.001 0.067 0.001 0.002 0.403 0.271 0.083 0.062 29 T 0.001 0.009 0.003 0.001 0.004 0.001 0.005 0.866 0.108 0.003 0.001 30 M 0.004 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.875 0.109 0.001 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.933 0.052 0.001 0.001 32 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.946 0.037 0.001 0.001 33 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.889 0.089 0.009 0.002 34 S 0.001 0.006 0.004 0.002 0.003 0.004 0.011 0.853 0.113 0.004 0.001 35 V 0.002 0.008 0.005 0.001 0.004 0.003 0.031 0.833 0.101 0.010 0.001 36 L 0.004 0.007 0.003 0.003 0.006 0.015 0.137 0.644 0.149 0.028 0.003 37 G 0.014 0.035 0.008 0.014 0.023 0.022 0.124 0.484 0.186 0.078 0.012 38 N 0.014 0.078 0.033 0.045 0.030 0.064 0.155 0.283 0.117 0.163 0.017 39 G 0.029 0.066 0.036 0.030 0.053 0.043 0.096 0.212 0.106 0.254 0.074 40 S 0.061 0.194 0.094 0.047 0.115 0.038 0.038 0.088 0.103 0.162 0.060 41 T 0.051 0.166 0.179 0.096 0.129 0.041 0.042 0.091 0.057 0.104 0.046 42 R 0.166 0.175 0.049 0.004 0.267 0.005 0.016 0.101 0.075 0.085 0.057 43 Q 0.078 0.216 0.069 0.013 0.201 0.027 0.057 0.183 0.071 0.051 0.035 44 N 0.069 0.382 0.190 0.010 0.139 0.004 0.007 0.098 0.026 0.049 0.026 45 F 0.008 0.011 0.005 0.003 0.014 0.005 0.005 0.714 0.203 0.027 0.005 46 N 0.001 0.005 0.005 0.005 0.002 0.004 0.005 0.878 0.086 0.006 0.001 47 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.905 0.072 0.010 0.001 48 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.865 0.123 0.009 0.001 49 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.744 0.235 0.006 0.001 50 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.047 0.789 0.149 0.006 0.001 51 S 0.016 0.003 0.002 0.002 0.009 0.004 0.072 0.432 0.178 0.256 0.025 52 I 0.078 0.108 0.036 0.010 0.096 0.008 0.014 0.217 0.132 0.223 0.078 53 P 0.002 0.025 0.012 0.011 0.009 0.120 0.181 0.469 0.157 0.012 0.002 54 G 0.029 0.020 0.036 0.016 0.023 0.004 0.007 0.071 0.083 0.642 0.070 55 I 0.029 0.319 0.289 0.031 0.107 0.013 0.030 0.082 0.027 0.060 0.014 56 S 0.016 0.631 0.158 0.007 0.079 0.001 0.002 0.072 0.015 0.011 0.008 57 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.836 0.142 0.006 0.001 58 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.917 0.064 0.008 0.001 59 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.917 0.059 0.015 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.918 0.068 0.007 0.001 61 S 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.925 0.050 0.004 0.001 62 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.936 0.039 0.007 0.002 63 R 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.930 0.046 0.008 0.001 64 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.903 0.083 0.008 0.001 65 K 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.008 0.926 0.053 0.002 0.001 66 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.921 0.056 0.011 0.001 67 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.007 0.002 0.012 0.897 0.065 0.009 0.001 68 I 0.008 0.005 0.002 0.001 0.005 0.002 0.021 0.778 0.153 0.018 0.006 69 D 0.004 0.007 0.005 0.005 0.009 0.012 0.053 0.759 0.111 0.034 0.002 70 S 0.005 0.621 0.239 0.027 0.046 0.003 0.007 0.025 0.011 0.015 0.003 71 G 0.052 0.047 0.050 0.037 0.034 0.011 0.011 0.059 0.031 0.486 0.183 72 L 0.115 0.168 0.026 0.008 0.247 0.023 0.041 0.217 0.080 0.051 0.025 73 V 0.243 0.073 0.020 0.028 0.316 0.031 0.029 0.089 0.041 0.060 0.071 74 E 0.130 0.213 0.103 0.049 0.253 0.028 0.030 0.070 0.035 0.051 0.038 75 R 0.121 0.256 0.107 0.009 0.342 0.003 0.006 0.030 0.028 0.058 0.040 76 R 0.139 0.241 0.191 0.020 0.300 0.006 0.011 0.021 0.013 0.022 0.036 77 S 0.033 0.241 0.251 0.063 0.120 0.068 0.124 0.053 0.024 0.014 0.008 78 G 0.067 0.413 0.227 0.035 0.161 0.009 0.013 0.019 0.019 0.017 0.020 79 Q 0.108 0.170 0.048 0.024 0.242 0.037 0.092 0.073 0.075 0.079 0.052 80 I 0.201 0.171 0.039 0.004 0.465 0.004 0.010 0.012 0.013 0.033 0.048 81 T 0.260 0.158 0.024 0.009 0.459 0.011 0.007 0.007 0.006 0.013 0.045 82 T 0.287 0.074 0.017 0.011 0.436 0.011 0.014 0.013 0.012 0.030 0.095 83 Y 0.256 0.179 0.061 0.015 0.397 0.012 0.008 0.009 0.008 0.011 0.043 84 A 0.140 0.293 0.048 0.001 0.472 0.001 0.003 0.006 0.002 0.005 0.027 85 L 0.187 0.251 0.037 0.020 0.295 0.015 0.006 0.010 0.008 0.056 0.114 86 T 0.003 0.244 0.671 0.054 0.015 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 87 E 0.004 0.007 0.018 0.011 0.003 0.016 0.040 0.596 0.285 0.014 0.005 88 K 0.003 0.200 0.181 0.042 0.017 0.013 0.045 0.320 0.124 0.051 0.004 89 G 0.011 0.039 0.028 0.028 0.017 0.015 0.012 0.180 0.100 0.466 0.104 90 M 0.008 0.059 0.017 0.007 0.028 0.039 0.077 0.550 0.180 0.029 0.007 91 N 0.048 0.099 0.022 0.002 0.081 0.001 0.017 0.512 0.142 0.049 0.028 92 V 0.005 0.014 0.011 0.004 0.005 0.003 0.005 0.465 0.325 0.155 0.007 93 R 0.002 0.014 0.006 0.001 0.006 0.001 0.011 0.818 0.136 0.004 0.001 94 N 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.008 0.894 0.086 0.002 0.001 95 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.926 0.048 0.005 0.001 96 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.903 0.086 0.008 0.001 97 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.043 0.001 0.001 98 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.970 0.024 0.002 0.001 99 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.908 0.082 0.006 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.914 0.072 0.003 0.001 101 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.925 0.053 0.006 0.001 102 Y 0.001 0.003 0.003 0.002 0.003 0.004 0.021 0.830 0.101 0.029 0.002 103 I 0.004 0.009 0.002 0.001 0.008 0.001 0.013 0.728 0.204 0.026 0.005 104 S 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.004 0.044 0.772 0.148 0.018 0.001 105 V 0.004 0.024 0.015 0.005 0.018 0.016 0.105 0.633 0.124 0.050 0.005 106 L 0.057 0.022 0.008 0.005 0.050 0.009 0.067 0.404 0.164 0.164 0.048 107 D 0.041 0.082 0.058 0.017 0.079 0.012 0.046 0.318 0.179 0.138 0.030 108 R 0.015 0.157 0.055 0.037 0.053 0.044 0.170 0.314 0.083 0.063 0.009 109 N 0.030 0.310 0.191 0.026 0.133 0.027 0.066 0.092 0.053 0.057 0.016 110 G 0.069 0.070 0.054 0.028 0.061 0.029 0.039 0.070 0.069 0.333 0.177 111 D 0.184 0.107 0.041 0.008 0.368 0.007 0.013 0.062 0.067 0.078 0.066