# TARGET T0459 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0459.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 875 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.108 0.113 0.128 0.182 0.208 0.194 0.069 2 N 0.097 0.072 0.088 0.144 0.177 0.266 0.156 3 A 0.074 0.036 0.052 0.109 0.188 0.322 0.220 4 M 0.070 0.037 0.043 0.087 0.148 0.308 0.308 5 L 0.063 0.041 0.054 0.089 0.156 0.343 0.253 6 R 0.049 0.074 0.108 0.173 0.249 0.268 0.079 7 Y 0.073 0.138 0.213 0.261 0.205 0.098 0.012 8 G 0.207 0.201 0.169 0.188 0.160 0.068 0.007 9 D 0.382 0.260 0.158 0.116 0.058 0.023 0.003 10 T 0.430 0.250 0.152 0.104 0.047 0.016 0.002 11 E 0.536 0.223 0.115 0.079 0.037 0.009 0.001 12 I 0.539 0.214 0.122 0.079 0.036 0.010 0.001 13 C 0.484 0.214 0.143 0.104 0.044 0.010 0.001 14 I 0.253 0.326 0.216 0.132 0.057 0.015 0.001 15 D 0.105 0.201 0.231 0.277 0.144 0.039 0.003 16 P 0.054 0.150 0.214 0.264 0.211 0.094 0.013 17 S 0.013 0.030 0.049 0.135 0.320 0.384 0.069 18 E 0.063 0.190 0.275 0.278 0.145 0.045 0.004 19 S 0.046 0.175 0.288 0.295 0.146 0.046 0.004 20 V 0.013 0.018 0.024 0.084 0.270 0.493 0.099 21 L 0.006 0.019 0.053 0.181 0.334 0.356 0.051 22 H 0.049 0.279 0.350 0.218 0.078 0.022 0.003 23 L 0.026 0.102 0.207 0.342 0.244 0.073 0.006 24 L 0.009 0.018 0.039 0.131 0.354 0.402 0.047 25 G 0.087 0.197 0.227 0.258 0.160 0.062 0.009 26 K 0.165 0.441 0.235 0.109 0.039 0.010 0.001 27 K 0.013 0.106 0.301 0.380 0.163 0.034 0.003 28 Y 0.003 0.011 0.025 0.103 0.374 0.428 0.057 29 T 0.003 0.016 0.047 0.137 0.315 0.402 0.081 30 M 0.005 0.012 0.033 0.098 0.191 0.481 0.180 31 L 0.004 0.011 0.032 0.118 0.232 0.397 0.206 32 I 0.003 0.006 0.009 0.023 0.082 0.393 0.483 33 I 0.001 0.002 0.004 0.022 0.097 0.527 0.347 34 S 0.004 0.028 0.076 0.195 0.319 0.320 0.058 35 V 0.003 0.021 0.076 0.202 0.329 0.329 0.040 36 L 0.004 0.013 0.039 0.137 0.408 0.360 0.038 37 G 0.080 0.219 0.290 0.267 0.114 0.027 0.002 38 N 0.483 0.378 0.106 0.027 0.005 0.001 0.001 39 G 0.537 0.290 0.131 0.039 0.004 0.001 0.001 40 S 0.777 0.176 0.037 0.009 0.001 0.001 0.001 41 T 0.569 0.254 0.109 0.055 0.012 0.001 0.001 42 R 0.643 0.232 0.078 0.033 0.012 0.003 0.001 43 Q 0.402 0.284 0.190 0.083 0.032 0.008 0.001 44 N 0.227 0.292 0.211 0.173 0.075 0.020 0.002 45 F 0.179 0.187 0.213 0.233 0.139 0.045 0.004 46 N 0.429 0.373 0.143 0.045 0.009 0.001 0.001 47 D 0.210 0.420 0.258 0.095 0.016 0.001 0.001 48 I 0.158 0.115 0.131 0.292 0.244 0.058 0.002 49 R 0.153 0.301 0.288 0.200 0.053 0.005 0.001 50 S 0.569 0.347 0.068 0.014 0.002 0.001 0.001 51 S 0.285 0.278 0.248 0.144 0.039 0.006 0.001 52 I 0.172 0.144 0.177 0.262 0.197 0.046 0.002 53 P 0.507 0.344 0.112 0.032 0.006 0.001 0.001 54 G 0.555 0.295 0.107 0.035 0.007 0.001 0.001 55 I 0.308 0.206 0.180 0.173 0.105 0.027 0.001 56 S 0.372 0.271 0.165 0.130 0.051 0.010 0.001 57 S 0.614 0.266 0.081 0.030 0.008 0.001 0.001 58 T 0.521 0.279 0.128 0.052 0.015 0.004 0.001 59 I 0.184 0.200 0.201 0.212 0.138 0.057 0.007 60 L 0.177 0.161 0.180 0.229 0.186 0.062 0.004 61 S 0.202 0.258 0.250 0.187 0.079 0.022 0.002 62 R 0.385 0.319 0.171 0.087 0.029 0.008 0.001 63 R 0.170 0.188 0.187 0.207 0.170 0.071 0.007 64 I 0.067 0.076 0.133 0.297 0.301 0.117 0.008 65 K 0.297 0.376 0.197 0.096 0.028 0.005 0.001 66 D 0.477 0.328 0.130 0.049 0.013 0.003 0.001 67 L 0.254 0.226 0.211 0.193 0.093 0.022 0.001 68 I 0.290 0.261 0.206 0.162 0.067 0.013 0.001 69 D 0.578 0.248 0.100 0.051 0.019 0.004 0.001 70 S 0.325 0.311 0.216 0.106 0.034 0.008 0.001 71 G 0.333 0.282 0.183 0.131 0.055 0.015 0.001 72 L 0.122 0.141 0.213 0.251 0.194 0.074 0.005 73 V 0.146 0.150 0.152 0.227 0.217 0.101 0.007 74 E 0.270 0.337 0.235 0.114 0.036 0.007 0.001 75 R 0.239 0.243 0.216 0.195 0.086 0.019 0.001 76 R 0.492 0.346 0.113 0.039 0.008 0.001 0.001 77 S 0.347 0.293 0.197 0.126 0.033 0.003 0.001 78 G 0.440 0.305 0.157 0.074 0.020 0.004 0.001 79 Q 0.553 0.277 0.116 0.046 0.008 0.001 0.001 80 I 0.510 0.360 0.098 0.026 0.006 0.001 0.001 81 T 0.035 0.106 0.190 0.340 0.257 0.071 0.002 82 T 0.047 0.210 0.311 0.288 0.118 0.025 0.001 83 Y 0.044 0.134 0.169 0.236 0.279 0.128 0.011 84 A 0.019 0.137 0.367 0.358 0.103 0.015 0.001 85 L 0.013 0.026 0.050 0.200 0.437 0.266 0.009 86 T 0.058 0.258 0.313 0.263 0.096 0.013 0.001 87 E 0.332 0.384 0.171 0.081 0.026 0.006 0.001 88 K 0.200 0.297 0.286 0.167 0.042 0.008 0.001 89 G 0.134 0.267 0.210 0.211 0.143 0.034 0.001 90 M 0.243 0.386 0.247 0.101 0.021 0.003 0.001 91 N 0.182 0.381 0.250 0.143 0.038 0.007 0.001 92 V 0.024 0.053 0.087 0.193 0.378 0.249 0.015 93 R 0.014 0.118 0.298 0.369 0.176 0.024 0.001 94 N 0.075 0.330 0.302 0.221 0.061 0.009 0.001 95 S 0.009 0.028 0.075 0.239 0.380 0.251 0.019 96 L 0.001 0.003 0.007 0.045 0.242 0.607 0.095 97 M 0.010 0.136 0.350 0.335 0.133 0.034 0.002 98 P 0.009 0.075 0.231 0.408 0.218 0.055 0.003 99 L 0.002 0.005 0.005 0.026 0.171 0.644 0.146 100 L 0.002 0.025 0.120 0.342 0.371 0.131 0.008 101 Q 0.033 0.359 0.394 0.171 0.038 0.005 0.001 102 Y 0.006 0.024 0.120 0.374 0.384 0.088 0.003 103 I 0.010 0.029 0.062 0.206 0.432 0.249 0.012 104 S 0.152 0.360 0.269 0.158 0.051 0.009 0.001 105 V 0.235 0.396 0.244 0.102 0.020 0.003 0.001 106 L 0.074 0.175 0.232 0.272 0.200 0.044 0.002 107 D 0.165 0.226 0.303 0.222 0.078 0.006 0.001 108 R 0.687 0.245 0.054 0.013 0.001 0.001 0.001 109 N 0.751 0.173 0.051 0.021 0.004 0.001 0.001 110 G 0.820 0.131 0.036 0.011 0.002 0.001 0.001 111 D 0.688 0.183 0.073 0.039 0.014 0.002 0.001